MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Streptococcus thermophilus LMG 18311 chromosome

Total Repeats: 24420

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006448	AGA	2	6	236	241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820104
2	NC_006448	ATT	2	6	262	267	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820104
3	NC_006448	TCA	2	6	286	291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820104
4	NC_006448	GAA	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820104
5	NC_006448	TGA	2	6	373	378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820104
6	NC_006448	AAC	2	6	490	495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55820104
7	NC_006448	AGC	2	6	587	592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820104
8	NC_006448	TAA	2	6	692	697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820104
9	NC_006448	TTA	2	6	751	756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820104
10	NC_006448	TGA	2	6	836	841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820104
11	NC_006448	ATA	3	9	916	924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820104
12	NC_006448	GGA	2	6	1437	1442	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55820104
13	NC_006448	ACT	2	6	1563	1568	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_006448	CTA	5	15	1661	1675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_006448	ATA	2	6	1678	1683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006448	TAA	2	6	1685	1690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006448	TAA	2	6	1722	1727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820105
18	NC_006448	AGA	2	6	1887	1892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820105
19	NC_006448	GTA	2	6	1922	1927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820105
20	NC_006448	GTT	2	6	1957	1962	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820105
21	NC_006448	GAA	2	6	1993	1998	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820105
22	NC_006448	AAG	2	6	2084	2089	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820105
23	NC_006448	GCA	2	6	2158	2163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820105
24	NC_006448	GTC	2	6	2177	2182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820105
25	NC_006448	GTA	2	6	2305	2310	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820105
26	NC_006448	CAG	2	6	2339	2344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820105
27	NC_006448	TCT	2	6	2378	2383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820105
28	NC_006448	ATC	2	6	2584	2589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820105
29	NC_006448	CAG	2	6	2786	2791	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820105
30	NC_006448	AGG	2	6	2880	2885	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006448	GAA	2	6	2921	2926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820106
32	NC_006448	ATG	2	6	3036	3041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820106
33	NC_006448	GTC	2	6	3043	3048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820106
34	NC_006448	AAG	2	6	3060	3065	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820106
35	NC_006448	CTA	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_006448	CAG	2	6	3306	3311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820107
37	NC_006448	GCT	2	6	3380	3385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820107
38	NC_006448	CAA	2	6	3399	3404	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55820107
39	NC_006448	GAT	2	6	3617	3622	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820107
40	NC_006448	TTC	2	6	3801	3806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820107
41	NC_006448	AGA	2	6	3826	3831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820107
42	NC_006448	GAA	2	6	3866	3871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820107
43	NC_006448	ACA	2	6	3902	3907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55820107
44	NC_006448	TGA	2	6	3934	3939	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820107
45	NC_006448	TGA	2	6	3958	3963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820107
46	NC_006448	AGT	2	6	4015	4020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820107
47	NC_006448	GAA	2	6	4043	4048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820107
48	NC_006448	GAT	2	6	4061	4066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820107
49	NC_006448	GCA	2	6	4133	4138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820107
50	NC_006448	AGC	2	6	4228	4233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820107
51	NC_006448	AAG	2	6	4329	4334	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820107
52	NC_006448	GAA	2	6	4349	4354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820107
53	NC_006448	TGT	2	6	4366	4371	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820107
54	NC_006448	CAT	2	6	4384	4389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820107
55	NC_006448	AAT	2	6	4480	4485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820108
56	NC_006448	TAG	2	6	4494	4499	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820108
57	NC_006448	CAA	2	6	4671	4676	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55820108
58	NC_006448	TTA	2	6	4720	4725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820108
59	NC_006448	GGA	2	6	4738	4743	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55820108
60	NC_006448	GAT	2	6	4760	4765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820108
61	NC_006448	CAG	2	6	4809	4814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820108
62	NC_006448	ACT	2	6	5001	5006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820108
63	NC_006448	GAA	2	6	5075	5080	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820109
64	NC_006448	TCA	2	6	5081	5086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820109
65	NC_006448	TAG	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
66	NC_006448	GAT	2	6	5298	5303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
67	NC_006448	GCT	2	6	5310	5315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820109
68	NC_006448	TGT	2	6	5708	5713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820109
69	NC_006448	CGG	2	6	5722	5727	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55820109
70	NC_006448	AGA	2	6	5747	5752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820109
71	NC_006448	TGA	2	6	5948	5953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
72	NC_006448	TCA	2	6	6023	6028	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820109
73	NC_006448	ACT	2	6	6052	6057	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820109
74	NC_006448	CTT	2	6	6101	6106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820109
75	NC_006448	TCG	2	6	6218	6223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820109
76	NC_006448	TAG	2	6	6326	6331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
77	NC_006448	GTT	2	6	6411	6416	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820109
78	NC_006448	CGT	2	6	6456	6461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820109
79	NC_006448	TGT	2	6	6530	6535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820109
80	NC_006448	ACT	2	6	6604	6609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820109
81	NC_006448	TGC	2	6	6629	6634	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820109
82	NC_006448	TAA	2	6	6710	6715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820109
83	NC_006448	ATG	2	6	6721	6726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
84	NC_006448	GAT	3	9	6840	6848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
85	NC_006448	TGC	2	6	7004	7009	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820109
86	NC_006448	ATG	2	6	7024	7029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
87	NC_006448	ATT	3	9	7200	7208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820109
88	NC_006448	TTG	2	6	7221	7226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820109
89	NC_006448	TGA	2	6	7268	7273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
90	NC_006448	AAC	2	6	7276	7281	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55820109
91	NC_006448	ATT	2	6	7407	7412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820109
92	NC_006448	TAT	2	6	7645	7650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820109
93	NC_006448	GTA	2	6	7798	7803	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820109
94	NC_006448	ATC	2	6	7831	7836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820109
95	NC_006448	TGC	2	6	8285	8290	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820109
96	NC_006448	ATC	2	6	8325	8330	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820109
97	NC_006448	TTC	2	6	8358	8363	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820109
98	NC_006448	ATT	2	6	8442	8447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820109
99	NC_006448	AGA	2	6	8703	8708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006448	AAG	2	6	8796	8801	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820110
101	NC_006448	GCA	2	6	8951	8956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820110
102	NC_006448	AAG	2	6	9003	9008	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820110
103	NC_006448	GTT	2	6	9123	9128	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820111
104	NC_006448	GAT	2	6	9276	9281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820111
105	NC_006448	TTA	2	6	9357	9362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820111
106	NC_006448	GAA	2	6	9484	9489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006448	CTG	2	6	9521	9526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820112
108	NC_006448	TCT	2	6	9535	9540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820112
109	NC_006448	TGA	2	6	9834	9839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820112
110	NC_006448	TTA	2	6	10002	10007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820112
111	NC_006448	AGC	2	6	10133	10138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820112
112	NC_006448	AGC	2	6	10155	10160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820112
113	NC_006448	TAT	2	6	10216	10221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820112
114	NC_006448	TGA	2	6	10344	10349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820112
115	NC_006448	TTA	2	6	10425	10430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820112
116	NC_006448	AGC	2	6	10524	10529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820112
117	NC_006448	ATT	2	6	10570	10575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820112
118	NC_006448	ATG	2	6	10598	10603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820112
119	NC_006448	ATG	2	6	10673	10678	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820112
120	NC_006448	AAG	2	6	10730	10735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820112
121	NC_006448	GAT	2	6	10762	10767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820112
122	NC_006448	AAT	2	6	10784	10789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820112
123	NC_006448	TTG	2	6	10800	10805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820113
124	NC_006448	ATG	2	6	10809	10814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820113
125	NC_006448	TAG	2	6	10852	10857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820113
126	NC_006448	TGC	2	6	10888	10893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55820113
127	NC_006448	GAA	2	6	10980	10985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820113
128	NC_006448	ATT	2	6	10987	10992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820113
129	NC_006448	GCC	2	6	11064	11069	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55820113
130	NC_006448	AAG	2	6	11107	11112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820113
131	NC_006448	ACT	2	6	11116	11121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820113
132	NC_006448	CAT	2	6	11139	11144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820113
133	NC_006448	TGA	2	6	11147	11152	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820113
134	NC_006448	TTG	2	6	11178	11183	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820113
135	NC_006448	ATT	2	6	11247	11252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	55820113
136	NC_006448	TTC	2	6	11318	11323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820113
137	NC_006448	TCT	2	6	11408	11413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820113
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139	NC_006448	CTT	2	6	11520	11525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820113
140	NC_006448	TGA	2	6	11587	11592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820113
141	NC_006448	TAA	2	6	11671	11676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820113
142	NC_006448	AGA	2	6	11681	11686	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	55820113
143	NC_006448	TCT	2	6	11700	11705	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	55820113
144	NC_006448	CCT	2	6	11711	11716	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	55820113
145	NC_006448	CAC	2	6	11868	11873	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	55820113
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147	NC_006448	TGT	2	6	12029	12034	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	55820113
148	NC_006448	GAT	2	6	12076	12081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_006448	TAA	2	6	12098	12103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_006448	CAA	2	6	12207	12212	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	55820114
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153	NC_006448	CAG	2	6	12359	12364	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55820114
154	NC_006448	ATC	2	6	12435	12440	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55820114
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169	NC_006448	ATG	2	6	13152	13157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55820115
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247	NC_006448	TGT	2	6	18260	18265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
248	NC_006448	CAG	2	6	18343	18348	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
249	NC_006448	GGA	2	6	18533	18538	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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251	NC_006448	GGT	2	6	18871	18876	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
252	NC_006448	GTC	2	6	18885	18890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
253	NC_006448	CAT	2	6	18953	18958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
254	NC_006448	TAA	2	6	18988	18993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
255	NC_006448	GGA	2	6	18997	19002	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
256	NC_006448	ATC	2	6	19021	19026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
257	NC_006448	GAC	2	6	19091	19096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
258	NC_006448	CGC	2	6	19187	19192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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260	NC_006448	GAT	2	6	19302	19307	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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391	NC_006448	ATG	2	6	29224	29229	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
392	NC_006448	AAT	2	6	29399	29404	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
393	NC_006448	TAA	2	6	29443	29448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	55820129
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