MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 chromosome II

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006397	GGCCCT	2	12	10956	10967	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55380078
2	NC_006397	TCGAGA	2	12	16874	16885	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380085
3	NC_006397	GACACC	2	12	18053	18064	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55380087
4	NC_006397	ATACAA	2	12	21976	21987	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	55380093
5	NC_006397	AGCCGT	2	12	26830	26841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380099
6	NC_006397	GGCACA	3	18	32455	32472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55380105
7	NC_006397	TTCGCG	2	12	33059	33070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55380105
8	NC_006397	CGTCGC	2	12	33665	33676	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55380106
9	NC_006397	CGAAGT	2	12	34940	34951	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380108
10	NC_006397	AACAAA	2	12	43555	43566	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	55380117
11	NC_006397	GATCCG	2	12	44778	44789	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380119
12	NC_006397	CGAGCG	2	12	52951	52962	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55380130
13	NC_006397	TGACGG	2	12	53551	53562	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55380130
14	NC_006397	CAGAGC	2	12	64373	64384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55380139
15	NC_006397	TGGTCG	2	12	72912	72923	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	55380152
16	NC_006397	GAGACT	2	12	78621	78632	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380156
17	NC_006397	GGGAAC	2	12	81079	81090	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55380158
18	NC_006397	CGAGGA	2	12	81558	81569	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55380158
19	NC_006397	CATCGC	2	12	85502	85513	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55380163
20	NC_006397	CGAAAC	2	12	86123	86134	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	55380164
21	NC_006397	GTACGC	2	12	87083	87094	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380165
22	NC_006397	GCGACG	2	12	88662	88673	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55380166
23	NC_006397	GTCGGC	2	12	90557	90568	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55380167
24	NC_006397	CCACTG	2	12	93945	93956	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55380171
25	NC_006397	ACCGTC	2	12	99000	99011	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55380175
26	NC_006397	AGCCGT	2	12	101515	101526	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380179
27	NC_006397	TCGACG	2	12	121397	121408	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380204
28	NC_006397	ATCGCC	2	12	127686	127697	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55380211
29	NC_006397	CGGGTA	2	12	128260	128271	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55380211
30	NC_006397	AGTCGA	2	12	130265	130276	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380211
31	NC_006397	CGTCGA	2	12	131471	131482	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380211
32	NC_006397	TGTGTC	2	12	131704	131715	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55380211
33	NC_006397	ACACCG	2	12	132466	132477	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55380212
34	NC_006397	CGACGG	2	12	140363	140374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55380221
35	NC_006397	AGTTCG	2	12	143573	143584	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55380223
36	NC_006397	CGTACT	2	12	146268	146279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55380223
37	NC_006397	TTCGCC	2	12	152495	152506	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55380230
38	NC_006397	CCCGGT	2	12	156294	156305	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55380234
39	NC_006397	CTGGAA	2	12	159287	159298	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380238
40	NC_006397	GGGTCA	2	12	162471	162482	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55380240
41	NC_006397	TCTTGA	2	12	166815	166826	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	55380244
42	NC_006397	GAGACA	2	12	166942	166953	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55380244
43	NC_006397	CGACGC	2	12	168206	168217	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55380245
44	NC_006397	ATATCC	2	12	170794	170805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	55380247
45	NC_006397	ACGATG	2	12	174159	174170	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380249
46	NC_006397	GGGCTG	2	12	176686	176697	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	55380251
47	NC_006397	GATCGA	2	12	176748	176759	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380251
48	NC_006397	CCGGAA	2	12	177922	177933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55380252
49	NC_006397	AGCGGA	2	12	178428	178439	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55380253
50	NC_006397	AAGACG	2	12	180175	180186	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55380254
51	NC_006397	GGTTCT	2	12	180187	180198	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55380254
52	NC_006397	AAAGCG	2	12	183603	183614	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55380257
53	NC_006397	GACCCA	2	12	184042	184053	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55380258
54	NC_006397	CACCGA	2	12	189519	189530	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55380262
55	NC_006397	CTCGAA	2	12	191115	191126	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55380263
56	NC_006397	GTCTGC	2	12	192423	192434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55380264
57	NC_006397	GGATTG	2	12	192664	192675	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	55380264
58	NC_006397	TCAACG	2	12	200676	200687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55380272
59	NC_006397	CTGTCC	2	12	201121	201132	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55380273
60	NC_006397	TACGGG	2	12	203986	203997	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55380275
61	NC_006397	CGAACT	2	12	204801	204812	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55380275
62	NC_006397	GATGGT	2	12	207293	207304	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	55380278
63	NC_006397	TGGCCG	2	12	210223	210234	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55380284
64	NC_006397	ACCGCC	2	12	218247	218258	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	55380291
65	NC_006397	CGGCCC	2	12	218519	218530	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	55380291
66	NC_006397	CGTCCT	2	12	220318	220329	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55380293
67	NC_006397	CGGTCT	2	12	220588	220599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55380293
68	NC_006397	GTCCGC	2	12	221558	221569	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55380293
69	NC_006397	TCGTAG	2	12	224134	224145	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55380295
70	NC_006397	GCCGTC	2	12	226896	226907	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55380298
71	NC_006397	GGAACG	2	12	230862	230873	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55380300
72	NC_006397	AGTGAG	2	12	233294	233305	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	55380303
73	NC_006397	TCTACC	2	12	233898	233909	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	55380303
74	NC_006397	GAGAAC	2	12	234719	234730	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55380304
75	NC_006397	GTCCAC	2	12	234752	234763	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55380304
76	NC_006397	GCTGTT	2	12	234961	234972	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55380304
77	NC_006397	GTAGGT	2	12	236602	236613	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	55380307
78	NC_006397	TCGGCA	2	12	238759	238770	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55380310
79	NC_006397	GGACGA	2	12	240632	240643	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55380312
80	NC_006397	CTTCGG	2	12	241369	241380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55380314
81	NC_006397	GAGAGC	2	12	245987	245998	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55380319
82	NC_006397	ATTCCG	2	12	249418	249429	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55380322
83	NC_006397	TCGGTG	2	12	251053	251064	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	55380322
84	NC_006397	TCCACT	2	12	251378	251389	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	55380322
85	NC_006397	GTCCCA	2	12	251595	251606	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55380322
86	NC_006397	TGACGG	2	12	262255	262266	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55380331
87	NC_006397	AGCGCG	2	12	263124	263135	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55380331
88	NC_006397	GTAGCA	2	12	265139	265150	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380333
89	NC_006397	TCCCGG	2	12	267707	267718	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55380335
90	NC_006397	CGACTA	2	12	274178	274189	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55380340
91	NC_006397	ATCAGG	2	12	287527	287538	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55380355

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.