MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 chromosome II

Total Repeats: 201

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006397	TAGA	2	8	62	69	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006397	ATGA	2	8	617	624	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_006397	CCTA	2	8	1378	1385	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_006397	GTTG	2	8	1806	1813	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006397	TCCA	2	8	2227	2234	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_006397	CGTT	2	8	3065	3072	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_006397	CAGT	2	8	3873	3880	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_006397	GCGG	2	8	4146	4153	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_006397	TTCC	2	8	4289	4296	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_006397	AAAT	2	8	5904	5911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_006397	TGGT	2	8	6770	6777	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_006397	TGAG	2	8	8077	8084	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006397	GAAA	2	8	8669	8676	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006397	AGTT	2	8	8999	9006	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006397	GAAC	2	8	9320	9327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_006397	CTGG	3	12	12032	12043	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_006397	GCAA	2	8	14450	14457	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_006397	CAAG	2	8	17391	17398	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_006397	TCTG	2	8	18231	18238	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_006397	TTTG	2	8	18643	18650	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006397	AGCG	2	8	20501	20508	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_006397	ACGG	2	8	22544	22551	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_006397	CAAC	2	8	23341	23348	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_006397	ACGG	2	8	24610	24617	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_006397	ATAA	2	8	25251	25258	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006397	TGGT	2	8	25398	25405	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006397	GTCA	2	8	25436	25443	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_006397	TTCC	2	8	27604	27611	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_006397	GCCA	2	8	28309	28316	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_006397	CCAA	2	8	28511	28518	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_006397	CACC	2	8	30537	30544	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
32	NC_006397	TGAC	2	8	31302	31309	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_006397	TGAG	2	8	34522	34529	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006397	GGTG	2	8	37809	37816	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006397	CCCG	2	8	38053	38060	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_006397	GAGT	2	8	38495	38502	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_006397	GGTT	2	8	38508	38515	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_006397	TTCT	2	8	38621	38628	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_006397	AAAT	2	8	39042	39049	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006397	TGAG	2	8	39211	39218	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006397	ATTA	2	8	39606	39613	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006397	GTAG	2	8	39870	39877	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006397	GTCA	2	8	39900	39907	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_006397	TCGT	2	8	39915	39922	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_006397	CGAC	2	8	42213	42220	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_006397	TGAA	2	8	47538	47545	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006397	TCGT	2	8	47639	47646	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_006397	CAGA	2	8	49806	49813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_006397	TGTC	2	8	50085	50092	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_006397	GTAA	2	8	50102	50109	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006397	GATA	2	8	51495	51502	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006397	AGAT	2	8	51710	51717	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_006397	TCCC	2	8	51797	51804	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
54	NC_006397	CATC	2	8	51906	51913	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_006397	CACT	2	8	51992	51999	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_006397	AACG	2	8	59516	59523	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_006397	GCAG	2	8	59755	59762	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_006397	ATTG	2	8	60081	60088	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006397	CAGC	2	8	60134	60141	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_006397	GACA	2	8	60785	60792	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_006397	ACCG	2	8	61084	61091	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_006397	GCCG	2	8	61294	61301	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_006397	TGCC	2	8	64111	64118	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_006397	TTTG	2	8	64856	64863	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006397	GACC	2	8	67999	68006	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_006397	GCCT	2	8	68067	68074	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_006397	TGGC	2	8	68149	68156	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_006397	TAAT	2	8	69407	69414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006397	CTGG	2	8	71575	71582	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_006397	AGTC	2	8	71797	71804	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_006397	AGGC	2	8	72221	72228	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_006397	ACCG	2	8	72355	72362	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_006397	AACG	2	8	72550	72557	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_006397	ACGG	2	8	72582	72589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_006397	GCTG	2	8	74328	74335	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_006397	GAAC	2	8	74428	74435	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_006397	ATGA	2	8	75947	75954	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006397	AGCG	2	8	76189	76196	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_006397	AGGC	2	8	76283	76290	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_006397	TCAC	2	8	80115	80122	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_006397	CTGG	2	8	82018	82025	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_006397	GGCA	2	8	82427	82434	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_006397	CGTT	2	8	83755	83762	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_006397	GAAT	2	8	91769	91776	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006397	CCCA	2	8	91865	91872	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
86	NC_006397	TTCC	2	8	91964	91971	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_006397	GCCA	2	8	92050	92057	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_006397	CTAT	2	8	92093	92100	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_006397	GCGA	2	8	95365	95372	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_006397	ACCC	2	8	95423	95430	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_006397	GTTC	2	8	95466	95473	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_006397	GATA	2	8	96644	96651	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006397	GTTT	2	8	97260	97267	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006397	CGTT	2	8	98235	98242	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_006397	GAAG	2	8	100260	100267	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006397	CCGG	2	8	100674	100681	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_006397	GACT	2	8	102061	102068	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_006397	GGCC	2	8	102168	102175	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_006397	TGAC	2	8	103906	103913	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_006397	CAGC	2	8	104890	104897	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_006397	AAAT	2	8	105076	105083	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006397	CTTG	2	8	109260	109267	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_006397	TTGG	2	8	109433	109440	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_006397	CACT	2	8	109934	109941	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_006397	CATC	2	8	110775	110782	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_006397	GGTC	2	8	110931	110938	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_006397	CTGT	2	8	111174	111181	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_006397	CCGT	2	8	111209	111216	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_006397	TGGA	2	8	111326	111333	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_006397	GGCC	2	8	111553	111560	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_006397	ACGA	2	8	114226	114233	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_006397	CAAC	2	8	114375	114382	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_006397	CGGT	2	8	114948	114955	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_006397	GCAG	2	8	115157	115164	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_006397	CTGC	2	8	115246	115253	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_006397	AGCA	2	8	115697	115704	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_006397	GCTG	2	8	116078	116085	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_006397	AGTA	2	8	117730	117737	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006397	ATTA	2	8	117765	117772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006397	TGAA	2	8	117784	117791	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_006397	AAGG	2	8	117852	117859	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_006397	GGAT	2	8	117976	117983	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_006397	ACTG	2	8	121949	121956	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_006397	AGCG	2	8	121966	121973	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_006397	TGGG	2	8	121996	122003	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006397	GGAA	2	8	133374	133381	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006397	CTTA	2	8	133779	133786	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_006397	CCGA	2	8	135463	135470	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_006397	GACG	2	8	135582	135589	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
130	NC_006397	CAGA	2	8	137420	137427	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_006397	CGGT	2	8	137541	137548	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_006397	CGAG	2	8	139419	139426	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_006397	CACC	2	8	139846	139853	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
134	NC_006397	TTCC	2	8	140047	140054	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_006397	TAAG	2	8	147998	148005	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_006397	CTTC	2	8	154778	154785	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_006397	AACA	2	8	155375	155382	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_006397	CTGA	2	8	155430	155437	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_006397	CAGC	2	8	157159	157166	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_006397	CCAG	2	8	157540	157547	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_006397	CCAA	2	8	158092	158099	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_006397	AATG	2	8	158107	158114	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_006397	GCAA	2	8	158708	158715	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_006397	AAAC	2	8	158770	158777	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_006397	GACT	2	8	158819	158826	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_006397	TTGT	2	8	164445	164452	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_006397	CGCT	2	8	168990	168997	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_006397	CAGT	2	8	169006	169013	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_006397	GTGA	2	8	170199	170206	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_006397	ATCG	2	8	171949	171956	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_006397	ACTT	2	8	172634	172641	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_006397	CCTG	2	8	175616	175623	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_006397	GGCA	2	8	176907	176914	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_006397	GTCG	2	8	176966	176973	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
155	NC_006397	ATTT	2	8	178123	178130	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_006397	CTGT	2	8	180606	180613	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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181	NC_006397	CTGA	2	8	260544	260551	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_006397	ATCG	2	8	260585	260592	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
183	NC_006397	TAGT	2	8	263419	263426	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
184	NC_006397	GAGC	2	8	263598	263605	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
185	NC_006397	GACA	2	8	264909	264916	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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195	NC_006397	TGTT	2	8	283126	283133	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
196	NC_006397	GTCG	2	8	283401	283408	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
197	NC_006397	GAAC	2	8	284612	284619	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
198	NC_006397	ACCA	2	8	284772	284779	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
199	NC_006397	TTAG	2	8	284788	284795	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
200	NC_006397	CTGT	2	8	286228	286235	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
201	NC_006397	GGCT	2	8	288034	288041	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.