MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 chromosome I

Total Repeats: 2183

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006396	GGAAC	2	10	1564	1573	40 %	0 %	40 %	20 %	55376944
2	NC_006396	CCGGA	2	10	4883	4892	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_006396	CCACG	2	10	5449	5458	20 %	0 %	20 %	60 %	55376947
4	NC_006396	CATCG	2	10	6162	6171	20 %	20 %	20 %	40 %	55376948
5	NC_006396	GTTCG	2	10	10283	10292	0 %	40 %	40 %	20 %	55376952
6	NC_006396	ACGGA	2	10	12009	12018	40 %	0 %	40 %	20 %	55376954
7	NC_006396	GATCA	2	10	12599	12608	40 %	20 %	20 %	20 %	55376954
8	NC_006396	TCCAG	2	10	13128	13137	20 %	20 %	20 %	40 %	55376954
9	NC_006396	AAGCG	2	10	14790	14799	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_006396	GCTAT	2	10	15323	15332	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_006396	CGATT	2	10	18993	19002	20 %	40 %	20 %	20 %	55376960
12	NC_006396	GTCGT	2	10	20128	20137	0 %	40 %	40 %	20 %	55376960
13	NC_006396	GCAAC	2	10	20711	20720	40 %	0 %	20 %	40 %	55376961
14	NC_006396	TCGCG	2	10	22258	22267	0 %	20 %	40 %	40 %	55376963
15	NC_006396	CGGTG	2	10	23208	23217	0 %	20 %	60 %	20 %	55376963
16	NC_006396	GTCGT	2	10	23244	23253	0 %	40 %	40 %	20 %	55376963
17	NC_006396	GTACC	2	10	24260	24269	20 %	20 %	20 %	40 %	55376964
18	NC_006396	AGCGG	2	10	24323	24332	20 %	0 %	60 %	20 %	55376964
19	NC_006396	CGCTC	2	10	25629	25638	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_006396	TGCTC	2	10	25930	25939	0 %	40 %	20 %	40 %	55376967
21	NC_006396	GCGTC	2	10	26566	26575	0 %	20 %	40 %	40 %	55376967
22	NC_006396	TTCGC	2	10	27836	27845	0 %	40 %	20 %	40 %	55376968
23	NC_006396	CCCGG	2	10	32195	32204	0 %	0 %	40 %	60 %	55376972
24	NC_006396	GGACG	2	10	34321	34330	20 %	0 %	60 %	20 %	55376976
25	NC_006396	CTCGT	2	10	35501	35510	0 %	40 %	20 %	40 %	55376977
26	NC_006396	CACCG	2	10	35740	35749	20 %	0 %	20 %	60 %	55376977
27	NC_006396	GACCG	2	10	36297	36306	20 %	0 %	40 %	40 %	55376978
28	NC_006396	GAAGG	2	10	37249	37258	40 %	0 %	60 %	0 %	55376980
29	NC_006396	ATACG	2	10	37993	38002	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_006396	TCTGC	2	10	38086	38095	0 %	40 %	20 %	40 %	55376981
31	NC_006396	GCTGT	2	10	39237	39246	0 %	40 %	40 %	20 %	55376982
32	NC_006396	GGACC	2	10	39695	39704	20 %	0 %	40 %	40 %	55376982
33	NC_006396	TCCGG	2	10	39734	39743	0 %	20 %	40 %	40 %	55376982
34	NC_006396	TCACG	2	10	44366	44375	20 %	20 %	20 %	40 %	55376989
35	NC_006396	GAGTG	2	10	48989	48998	20 %	20 %	60 %	0 %	55376995
36	NC_006396	GGTCG	2	10	49144	49153	0 %	20 %	60 %	20 %	55376995
37	NC_006396	ACCCG	2	10	50450	50459	20 %	0 %	20 %	60 %	55376997
38	NC_006396	GTGGC	2	10	51383	51392	0 %	20 %	60 %	20 %	55376999
39	NC_006396	GCCGA	2	10	55466	55475	20 %	0 %	40 %	40 %	55377006
40	NC_006396	TCGAT	2	10	56619	56628	20 %	40 %	20 %	20 %	55377009
41	NC_006396	CACGA	2	10	57277	57286	40 %	0 %	20 %	40 %	55377009
42	NC_006396	ACGAC	2	10	58762	58771	40 %	0 %	20 %	40 %	55377011
43	NC_006396	TGGGA	2	10	60699	60708	20 %	20 %	60 %	0 %	55377012
44	NC_006396	GGGGC	2	10	60799	60808	0 %	0 %	80 %	20 %	55377012
45	NC_006396	GGGCG	2	10	60969	60978	0 %	0 %	80 %	20 %	55377012
46	NC_006396	GCGAC	2	10	62041	62050	20 %	0 %	40 %	40 %	55377013
47	NC_006396	CGACG	2	10	62611	62620	20 %	0 %	40 %	40 %	55377014
48	NC_006396	CCGGA	2	10	63249	63258	20 %	0 %	40 %	40 %	55377014
49	NC_006396	ACCGA	2	10	63542	63551	40 %	0 %	20 %	40 %	55377014
50	NC_006396	ACGGA	2	10	64262	64271	40 %	0 %	40 %	20 %	55377015
51	NC_006396	CGACT	2	10	64970	64979	20 %	20 %	20 %	40 %	55377015
52	NC_006396	AGCGA	2	10	68808	68817	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_006396	CGATG	2	10	70124	70133	20 %	20 %	40 %	20 %	55377019
54	NC_006396	AGCCC	2	10	72735	72744	20 %	0 %	20 %	60 %	55377020
55	NC_006396	TTTAT	2	10	73180	73189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006396	CCTCG	2	10	74522	74531	0 %	20 %	20 %	60 %	55377022
57	NC_006396	TCGGG	2	10	74851	74860	0 %	20 %	60 %	20 %	55377022
58	NC_006396	CTGTC	2	10	75117	75126	0 %	40 %	20 %	40 %	55377023
59	NC_006396	TCGAA	2	10	76679	76688	40 %	20 %	20 %	20 %	55377025
60	NC_006396	GACCT	2	10	79390	79399	20 %	20 %	20 %	40 %	55377026
61	NC_006396	TCGCC	2	10	81012	81021	0 %	20 %	20 %	60 %	55377029
62	NC_006396	GTCGC	2	10	82049	82058	0 %	20 %	40 %	40 %	55377030
63	NC_006396	GACCG	2	10	84918	84927	20 %	0 %	40 %	40 %	55377034
64	NC_006396	GCGTC	2	10	85285	85294	0 %	20 %	40 %	40 %	55377034
65	NC_006396	CGGAC	2	10	86564	86573	20 %	0 %	40 %	40 %	55377034
66	NC_006396	CGTCT	2	10	87543	87552	0 %	40 %	20 %	40 %	55377033
67	NC_006396	TCGGC	2	10	88087	88096	0 %	20 %	40 %	40 %	55377035
68	NC_006396	GGTGA	2	10	88171	88180	20 %	20 %	60 %	0 %	55377035
69	NC_006396	GCGCC	2	10	90309	90318	0 %	0 %	40 %	60 %	55377040
70	NC_006396	ACGGT	2	10	90750	90759	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_006396	TGTCG	2	10	91523	91532	0 %	40 %	40 %	20 %	55377041
72	NC_006396	GCTCG	2	10	91996	92005	0 %	20 %	40 %	40 %	55377041
73	NC_006396	CAGTT	2	10	94245	94254	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_006396	GTCCG	2	10	96756	96765	0 %	20 %	40 %	40 %	55377047
75	NC_006396	CCGAG	2	10	98850	98859	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_006396	CGACC	2	10	99162	99171	20 %	0 %	20 %	60 %	55377050
77	NC_006396	CCCGA	2	10	99514	99523	20 %	0 %	20 %	60 %	55377050
78	NC_006396	CGGGA	2	10	101587	101596	20 %	0 %	60 %	20 %	55377053
79	NC_006396	GGACG	2	10	101625	101634	20 %	0 %	60 %	20 %	55377053
80	NC_006396	GTACC	2	10	102453	102462	20 %	20 %	20 %	40 %	55377054
81	NC_006396	CCCAC	2	10	104163	104172	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
82	NC_006396	GCCCG	2	10	106023	106032	0 %	0 %	40 %	60 %	55377058
83	NC_006396	CACGA	2	10	111041	111050	40 %	0 %	20 %	40 %	55377062
84	NC_006396	CCCGG	2	10	111121	111130	0 %	0 %	40 %	60 %	55377062
85	NC_006396	TCGAA	2	10	111960	111969	40 %	20 %	20 %	20 %	55377062
86	NC_006396	CTGGG	2	10	113004	113013	0 %	20 %	60 %	20 %	55377063
87	NC_006396	CGAAC	2	10	113086	113095	40 %	0 %	20 %	40 %	55377063
88	NC_006396	GCCGC	2	10	114489	114498	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
89	NC_006396	CTGGT	2	10	115072	115081	0 %	40 %	40 %	20 %	55377066
90	NC_006396	GGACG	2	10	115397	115406	20 %	0 %	60 %	20 %	55377067
91	NC_006396	GGAAC	2	10	115993	116002	40 %	0 %	40 %	20 %	55377068
92	NC_006396	TCGCC	2	10	117800	117809	0 %	20 %	20 %	60 %	55377069
93	NC_006396	GCGCC	2	10	122313	122322	0 %	0 %	40 %	60 %	55377072
94	NC_006396	CCCGT	2	10	122871	122880	0 %	20 %	20 %	60 %	55377072
95	NC_006396	GGTCG	2	10	125046	125055	0 %	20 %	60 %	20 %	55377075
96	NC_006396	CGTCG	2	10	126303	126312	0 %	20 %	40 %	40 %	55377076
97	NC_006396	CGGCG	2	10	127407	127416	0 %	0 %	60 %	40 %	55377077
98	NC_006396	GACCG	2	10	128724	128733	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_006396	CGTCA	2	10	130242	130251	20 %	20 %	20 %	40 %	55377080
100	NC_006396	AAACG	2	10	131532	131541	60 %	0 %	20 %	20 %	55377081
101	NC_006396	GTTCT	2	10	132374	132383	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_006396	CTGTG	2	10	132398	132407	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_006396	CCGAG	2	10	132919	132928	20 %	0 %	40 %	40 %	55377082
104	NC_006396	TCGCC	2	10	133176	133185	0 %	20 %	20 %	60 %	55377082
105	NC_006396	CGCGT	2	10	133861	133870	0 %	20 %	40 %	40 %	55377083
106	NC_006396	CGGCC	2	10	137003	137012	0 %	0 %	40 %	60 %	55377087
107	NC_006396	CGCGG	2	10	137781	137790	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_006396	GAGCG	2	10	139342	139351	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_006396	GAGCG	2	10	139473	139482	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_006396	GAGCA	2	10	141663	141672	40 %	0 %	40 %	20 %	55377091
111	NC_006396	CGGCC	2	10	142549	142558	0 %	0 %	40 %	60 %	55377091
112	NC_006396	CCGGA	2	10	143589	143598	20 %	0 %	40 %	40 %	55377091
113	NC_006396	ACGGC	2	10	145341	145350	20 %	0 %	40 %	40 %	55377091
114	NC_006396	ACTCG	2	10	145808	145817	20 %	20 %	20 %	40 %	55377091
115	NC_006396	CGGCG	2	10	146752	146761	0 %	0 %	60 %	40 %	55377092
116	NC_006396	GAAGA	2	10	146894	146903	60 %	0 %	40 %	0 %	55377092
117	NC_006396	TCGTC	2	10	148745	148754	0 %	40 %	20 %	40 %	55377094
118	NC_006396	CTAAT	2	10	149465	149474	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_006396	TGAAC	2	10	151076	151085	40 %	20 %	20 %	20 %	55377095
120	NC_006396	CGTCG	2	10	151623	151632	0 %	20 %	40 %	40 %	55377095
121	NC_006396	GTCGC	2	10	155398	155407	0 %	20 %	40 %	40 %	55377098
122	NC_006396	TCCGG	2	10	159552	159561	0 %	20 %	40 %	40 %	55377101
123	NC_006396	TACGC	2	10	160256	160265	20 %	20 %	20 %	40 %	55377101
124	NC_006396	CGGGC	2	10	160531	160540	0 %	0 %	60 %	40 %	55377101
125	NC_006396	CGCGA	2	10	160581	160590	20 %	0 %	40 %	40 %	55377101
126	NC_006396	GTCGA	2	10	161442	161451	20 %	20 %	40 %	20 %	55377103
127	NC_006396	TGGTC	2	10	161906	161915	0 %	40 %	40 %	20 %	55377103
128	NC_006396	TCGTC	2	10	162734	162743	0 %	40 %	20 %	40 %	55377103
129	NC_006396	GTCGA	2	10	163705	163714	20 %	20 %	40 %	20 %	55377104
130	NC_006396	CCGTC	2	10	163849	163858	0 %	20 %	20 %	60 %	55377104
131	NC_006396	GTTGG	2	10	164429	164438	0 %	40 %	60 %	0 %	55377104
132	NC_006396	ACCTG	2	10	166334	166343	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_006396	CCGTC	2	10	168373	168382	0 %	20 %	20 %	60 %	55377108
134	NC_006396	CCGCC	2	10	169594	169603	0 %	0 %	20 %	80 %	55377108
135	NC_006396	CACGC	2	10	171733	171742	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_006396	GACCG	2	10	173536	173545	20 %	0 %	40 %	40 %	55377112
137	NC_006396	GCGGG	2	10	173727	173736	0 %	0 %	80 %	20 %	55377112
138	NC_006396	TCGCC	2	10	175779	175788	0 %	20 %	20 %	60 %	55377114
139	NC_006396	CGGCG	2	10	175885	175894	0 %	0 %	60 %	40 %	55377114
140	NC_006396	ACGTG	2	10	178254	178263	20 %	20 %	40 %	20 %	55377116
141	NC_006396	TTACT	2	10	179641	179650	20 %	60 %	0 %	20 %	55377118
142	NC_006396	CGCGG	2	10	181962	181971	0 %	0 %	60 %	40 %	55377119
143	NC_006396	CCGGA	2	10	184198	184207	20 %	0 %	40 %	40 %	55377121
144	NC_006396	GGCTT	2	10	184375	184384	0 %	40 %	40 %	20 %	55377121
145	NC_006396	GTTTC	2	10	187181	187190	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_006396	CTCGG	2	10	187616	187625	0 %	20 %	40 %	40 %	55377123
147	NC_006396	CCGGC	2	10	187689	187698	0 %	0 %	40 %	60 %	55377123
148	NC_006396	CTCGT	2	10	188635	188644	0 %	40 %	20 %	40 %	55377124
149	NC_006396	GACAG	2	10	190944	190953	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
150	NC_006396	TTTCG	2	10	191393	191402	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_006396	CTGCC	2	10	193615	193624	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
152	NC_006396	GCGTC	2	10	195584	195593	0 %	20 %	40 %	40 %	55377132
153	NC_006396	ATCGC	2	10	196632	196641	20 %	20 %	20 %	40 %	55377134
154	NC_006396	GGTCT	2	10	196733	196742	0 %	40 %	40 %	20 %	55377134
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156	NC_006396	CATTG	2	10	200197	200206	20 %	40 %	20 %	20 %	55377139
157	NC_006396	GTCGA	2	10	203955	203964	20 %	20 %	40 %	20 %	55377142
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161	NC_006396	CGGGA	2	10	212539	212548	20 %	0 %	60 %	20 %	55377150
162	NC_006396	CGACG	2	10	215599	215608	20 %	0 %	40 %	40 %	55377152
163	NC_006396	GGCTG	2	10	216608	216617	0 %	20 %	60 %	20 %	55377153
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165	NC_006396	GTCGT	2	10	221819	221828	0 %	40 %	40 %	20 %	55377159
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169	NC_006396	CAGCA	2	10	227451	227460	40 %	0 %	20 %	40 %	55377163
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171	NC_006396	GACCG	2	10	228223	228232	20 %	0 %	40 %	40 %	55377164
172	NC_006396	GGCGC	2	10	228304	228313	0 %	0 %	60 %	40 %	55377165
173	NC_006396	TCGCT	2	10	228381	228390	0 %	40 %	20 %	40 %	55377165
174	NC_006396	TCCGG	2	10	228675	228684	0 %	20 %	40 %	40 %	55377165
175	NC_006396	GCATC	2	10	229029	229038	20 %	20 %	20 %	40 %	55377165
176	NC_006396	CGGTC	2	10	229440	229449	0 %	20 %	40 %	40 %	55377166
177	NC_006396	CCCTA	2	10	234336	234345	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
178	NC_006396	AGCAC	2	10	234952	234961	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
179	NC_006396	GTTCG	2	10	235018	235027	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_006396	AGCGC	2	10	236417	236426	20 %	0 %	40 %	40 %	55377176
181	NC_006396	GCCTC	2	10	239687	239696	0 %	20 %	20 %	60 %	55377179
182	NC_006396	CTGCC	2	10	240241	240250	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
183	NC_006396	GGTCG	2	10	249937	249946	0 %	20 %	60 %	20 %	55377190
184	NC_006396	ACCAG	2	10	252632	252641	40 %	0 %	20 %	40 %	55377194
185	NC_006396	CCGGA	2	10	252678	252687	20 %	0 %	40 %	40 %	55377194
186	NC_006396	TCGGC	2	10	252847	252856	0 %	20 %	40 %	40 %	55377194
187	NC_006396	GTACA	2	10	253280	253289	40 %	20 %	20 %	20 %	55377194
188	NC_006396	TTCTT	2	10	255796	255805	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
189	NC_006396	GGCGT	2	10	256392	256401	0 %	20 %	60 %	20 %	55377201
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191	NC_006396	CGACG	2	10	259160	259169	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
192	NC_006396	CGACG	2	10	261591	261600	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
193	NC_006396	TAGCC	2	10	263780	263789	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
194	NC_006396	GCGCG	2	10	264437	264446	0 %	0 %	60 %	40 %	55377209
195	NC_006396	GCTCG	2	10	264467	264476	0 %	20 %	40 %	40 %	55377209
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213	NC_006396	TCGAG	2	10	289989	289998	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
214	NC_006396	CGACC	2	10	290160	290169	20 %	0 %	20 %	60 %	55377233
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220	NC_006396	GCCGA	2	10	298355	298364	20 %	0 %	40 %	40 %	55377242
221	NC_006396	GCCGA	2	10	300166	300175	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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229	NC_006396	ATCTA	2	10	316572	316581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
230	NC_006396	CGACG	2	10	320041	320050	20 %	0 %	40 %	40 %	55377263
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234	NC_006396	GGGAC	2	10	325592	325601	20 %	0 %	60 %	20 %	55377269
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236	NC_006396	CGAGC	2	10	328635	328644	20 %	0 %	40 %	40 %	55377270
237	NC_006396	GCCGA	2	10	330773	330782	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
238	NC_006396	AACCG	2	10	331089	331098	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
239	NC_006396	TCGAA	2	10	332183	332192	40 %	20 %	20 %	20 %	55377274
240	NC_006396	CCGAC	2	10	332237	332246	20 %	0 %	20 %	60 %	55377274
241	NC_006396	GACCG	2	10	332791	332800	20 %	0 %	40 %	40 %	55377274
242	NC_006396	CGTCG	2	10	334718	334727	0 %	20 %	40 %	40 %	55377276
243	NC_006396	TCGGT	2	10	335051	335060	0 %	40 %	40 %	20 %	55377277
244	NC_006396	GCGTC	2	10	337456	337465	0 %	20 %	40 %	40 %	55377280
245	NC_006396	CGGCG	2	10	338520	338529	0 %	0 %	60 %	40 %	55377280
246	NC_006396	GTAGC	2	10	341560	341569	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
247	NC_006396	ATTCC	2	10	342850	342859	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
248	NC_006396	AACGC	2	10	342902	342911	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
249	NC_006396	ACAGC	2	10	349613	349622	40 %	0 %	20 %	40 %	55377289
250	NC_006396	CCTCG	2	10	353876	353885	0 %	20 %	20 %	60 %	55377294
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252	NC_006396	CGCGG	2	10	356929	356938	0 %	0 %	60 %	40 %	55377297
253	NC_006396	ACCGG	2	10	357290	357299	20 %	0 %	40 %	40 %	55377297
254	NC_006396	GCACA	2	10	360735	360744	40 %	0 %	20 %	40 %	55377301
255	NC_006396	TGACG	2	10	362399	362408	20 %	20 %	40 %	20 %	55377303
256	NC_006396	AAACG	2	10	364091	364100	60 %	0 %	20 %	20 %	55377304
257	NC_006396	CTGGA	2	10	364506	364515	20 %	20 %	40 %	20 %	55377304
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259	NC_006396	CGCCC	2	10	366175	366184	0 %	0 %	20 %	80 %	55377306
260	NC_006396	TACCG	2	10	372666	372675	20 %	20 %	20 %	40 %	55377313
261	NC_006396	CCGTA	2	10	374184	374193	20 %	20 %	20 %	40 %	55377314
262	NC_006396	GATCA	2	10	375478	375487	40 %	20 %	20 %	20 %	55377316
263	NC_006396	CCTCG	2	10	375830	375839	0 %	20 %	20 %	60 %	55377316
264	NC_006396	GCATC	2	10	377571	377580	20 %	20 %	20 %	40 %	55377317
265	NC_006396	GTCAA	2	10	379072	379081	40 %	20 %	20 %	20 %	55377318
266	NC_006396	AGAGC	2	10	383586	383595	40 %	0 %	40 %	20 %	55377321
267	NC_006396	GACCG	2	10	384275	384284	20 %	0 %	40 %	40 %	55377321
268	NC_006396	AACCG	2	10	384510	384519	40 %	0 %	20 %	40 %	55377321
269	NC_006396	CGTTC	2	10	388698	388707	0 %	40 %	20 %	40 %	55377327
270	NC_006396	CGGCG	2	10	392148	392157	0 %	0 %	60 %	40 %	55377332
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272	NC_006396	GATAC	2	10	394317	394326	40 %	20 %	20 %	20 %	55377334
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