MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG700

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006395	CCGTGA	2	12	1599	1610	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376581
2	NC_006395	GATAGA	2	12	2160	2171	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	55376581
3	NC_006395	ACCGTA	2	12	2758	2769	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376581
4	NC_006395	CGACTG	2	12	6481	6492	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376583
5	NC_006395	GATATC	2	12	9879	9890	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	55376585
6	NC_006395	TCTCGG	2	12	18007	18018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55376592
7	NC_006395	GACACC	2	12	23285	23296	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55376595
8	NC_006395	GCGACG	2	12	25175	25186	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55376596
9	NC_006395	CAGAGA	2	12	26742	26753	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55376598
10	NC_006395	ACCAGC	2	12	31058	31069	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55376601
11	NC_006395	GTTCAT	2	12	32950	32961	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	55376602
12	NC_006395	CCTCGT	2	12	33253	33264	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55376602
13	NC_006395	CTTCGA	2	12	35071	35082	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376604
14	NC_006395	GTTCAA	2	12	38998	39009	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	55376608
15	NC_006395	CGCGAG	2	12	43743	43754	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55376611
16	NC_006395	CCGGGT	2	12	44207	44218	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55376611
17	NC_006395	TTCGGA	2	12	46296	46307	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55376612
18	NC_006395	CCGTCC	2	12	51701	51712	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55376617
19	NC_006395	TCGGAC	2	12	52145	52156	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376617
20	NC_006395	TGTCGG	2	12	52344	52355	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	55376617
21	NC_006395	TTCGAC	2	12	67641	67652	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	161723228
22	NC_006395	CCACGC	2	12	69327	69338	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	55376634
23	NC_006395	CCGATG	2	12	71099	71110	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376636
24	NC_006395	CGTAGG	2	12	72562	72573	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376638
25	NC_006395	CGACGC	2	12	74533	74544	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376639
26	NC_006395	GACGTG	2	12	76326	76337	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376640
27	NC_006395	CGAACC	2	12	76367	76378	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55376640
28	NC_006395	GTCGGA	2	12	83625	83636	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376648
29	NC_006395	GCTGGT	2	12	84205	84216	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	55376649
30	NC_006395	ATGCCG	2	12	90111	90122	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376654
31	NC_006395	GTGGGC	2	12	101731	101742	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	55376668
32	NC_006395	CGACGG	2	12	102737	102748	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55376669
33	NC_006395	TGGATG	2	12	104843	104854	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	55376672
34	NC_006395	GGCTGC	2	12	105237	105248	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55376672
35	NC_006395	CGACGC	2	12	106918	106929	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376674
36	NC_006395	GAGCAA	2	12	115746	115757	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55376684
37	NC_006395	CCGATA	2	12	117557	117568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376686
38	NC_006395	TCGTTT	2	12	119812	119823	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	55376688
39	NC_006395	ATGGTG	2	12	122410	122421	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	55376690
40	NC_006395	GTCACA	2	12	125587	125598	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376694
41	NC_006395	GGACGA	2	12	136667	136678	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55376706
42	NC_006395	TCGAGG	2	12	137443	137454	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376707
43	NC_006395	GGGACT	2	12	138258	138269	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376709
44	NC_006395	GTCACG	2	12	142058	142069	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376713
45	NC_006395	GATGCG	2	12	144475	144486	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376714
46	NC_006395	CCATCG	2	12	154115	154126	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55376719
47	NC_006395	CAGCCG	2	12	156805	156816	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376722
48	NC_006395	CCGCGA	2	12	157279	157290	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376722
49	NC_006395	CCGTTT	2	12	158030	158041	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	55376722
50	NC_006395	AGCCAG	2	12	159600	159611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55376723
51	NC_006395	TGCGAT	2	12	160758	160769	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55376724
52	NC_006395	CGATTA	2	12	160955	160966	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	55376724
53	NC_006395	CACCGT	2	12	164804	164815	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55376726
54	NC_006395	GGTGAC	2	12	167195	167206	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376729
55	NC_006395	ATGAGG	2	12	168160	168171	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	55376730
56	NC_006395	AGTCCA	2	12	169057	169068	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376730
57	NC_006395	CGCGTG	2	12	182483	182494	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55376742
58	NC_006395	CCGTTC	2	12	182585	182596	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55376742
59	NC_006395	CGGCTC	2	12	185515	185526	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55376743
60	NC_006395	GTTCTC	2	12	185803	185814	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	55376743
61	NC_006395	GTCTCA	2	12	187993	188004	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376745
62	NC_006395	GTGTCT	2	12	189682	189693	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	55376747
63	NC_006395	TCCTGC	2	12	198813	198824	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55376753
64	NC_006395	ACCGAT	2	12	205365	205376	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376758
65	NC_006395	TGTCAC	2	12	205506	205517	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376758
66	NC_006395	TCTACG	2	12	206934	206945	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376759
67	NC_006395	AGTACG	2	12	214978	214989	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55376766
68	NC_006395	CGGTCT	2	12	218462	218473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55376769
69	NC_006395	GCCGGG	2	12	220209	220220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	55376769
70	NC_006395	GAGCCA	3	18	222621	222638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55376772
71	NC_006395	TAGCAA	2	12	223927	223938	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	55376772
72	NC_006395	ACATCG	2	12	236263	236274	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376783
73	NC_006395	CGACGC	2	12	241990	242001	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376787
74	NC_006395	GGCCGA	2	12	242492	242503	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55376788
75	NC_006395	GGGCGG	2	12	246467	246478	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	55376793
76	NC_006395	CGACTG	2	12	247884	247895	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376795
77	NC_006395	AGTGGC	2	12	251968	251979	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376800
78	NC_006395	TCTGCA	3	18	252089	252106	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376800
79	NC_006395	GCCGAG	2	12	268253	268264	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	55376812
80	NC_006395	TGCCGA	2	12	269131	269142	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376812
81	NC_006395	CCGCTC	2	12	271568	271579	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	55376814
82	NC_006395	GACACG	2	12	284188	284199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55376826
83	NC_006395	ACGCCG	2	12	285185	285196	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376827
84	NC_006395	CAACTC	2	12	286828	286839	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	55376829
85	NC_006395	GACGTG	2	12	291053	291064	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376831
86	NC_006395	GCCGAC	2	12	291221	291232	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376831
87	NC_006395	ACTCGC	2	12	294549	294560	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	55376835
88	NC_006395	GTTCCA	2	12	295066	295077	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376835
89	NC_006395	GACGAT	2	12	299180	299191	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55376838
90	NC_006395	GATATC	2	12	299253	299264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	55376838
91	NC_006395	GTGAAC	2	12	299658	299669	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55376838
92	NC_006395	GCCGAC	2	12	303627	303638	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376841
93	NC_006395	CCATCA	2	12	304533	304544	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	55376842
94	NC_006395	GCCGTC	2	12	307854	307865	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	55376845
95	NC_006395	GCGGCC	2	12	307912	307923	0 %	0 %	50 %	50 %	55376845
96	NC_006395	CATCGG	2	12	308061	308072	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376845
97	NC_006395	GATGTC	2	12	308713	308724	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55376846
98	NC_006395	TCGGCG	2	12	308858	308869	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55376846
99	NC_006395	GCGACC	2	12	309687	309698	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376847
100	NC_006395	TCTCGG	2	12	311040	311051	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55376849
101	NC_006395	TCGCTC	2	12	314380	314391	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	55376853
102	NC_006395	GCCACA	2	12	314847	314858	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	55376853
103	NC_006395	CAGAGC	2	12	317116	317127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55376854
104	NC_006395	CCAGCG	2	12	318657	318668	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376856
105	NC_006395	GAACAG	2	12	320927	320938	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55376859
106	NC_006395	TGACCG	2	12	322392	322403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376861
107	NC_006395	GATGCC	2	12	322784	322795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	55376861
108	NC_006395	GGTCGC	2	12	323571	323582	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	55376862
109	NC_006395	GAAGTT	2	12	330952	330963	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	55376868
110	NC_006395	GCCGTT	2	12	333262	333273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55376868
111	NC_006395	CGAGGT	2	12	333309	333320	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376868
112	NC_006395	GGTTGT	2	12	337666	337677	0 %	50 %	50 %	0 %	55376873
113	NC_006395	AGGGCG	2	12	337710	337721	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	55376873
114	NC_006395	AACGAA	2	12	344543	344554	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	55376879
115	NC_006395	AGTACG	2	12	346703	346714	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55376881
116	NC_006395	GGGTCA	2	12	346877	346888	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376881
117	NC_006395	TCAGGT	2	12	349138	349149	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55376884
118	NC_006395	TGACAC	2	12	349498	349509	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376884
119	NC_006395	GAACAG	2	12	352850	352861	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	55376888
120	NC_006395	GATACC	2	12	353231	353242	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	55376888
121	NC_006395	AGTGGT	2	12	354391	354402	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	55376889
122	NC_006395	GGCGAT	2	12	355007	355018	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376889
123	NC_006395	CAGACG	2	12	363719	363730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	55376899
124	NC_006395	CCCGGA	3	18	364135	364152	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376900
125	NC_006395	GGAGAA	2	12	380460	380471	50 %	0 %	50 %	0 %	55376914
126	NC_006395	GAAGGG	2	12	383780	383791	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	55376916
127	NC_006395	TGCGCT	2	12	386266	386277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55376918
128	NC_006395	GAAGGC	2	12	386429	386440	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	55376918
129	NC_006395	ACAGGT	2	12	391489	391500	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	55376924
130	NC_006395	GACGCC	2	12	393469	393480	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376925
131	NC_006395	CGGCCG	2	12	394917	394928	0 %	0 %	50 %	50 %	55376925
132	NC_006395	CTGTGA	2	12	399688	399699	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	55376930
133	NC_006395	GCTTCG	2	12	400187	400198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	55376931
134	NC_006395	TCCAGT	3	18	400340	400357	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	55376931
135	NC_006395	GACGGT	2	12	401659	401670	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	55376931
136	NC_006395	GACCGC	2	12	403240	403251	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	55376933

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.