MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG700

Total Repeats: 327

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006395	TTAAG	2	10	245	254	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006395	CACGG	2	10	901	910	20 %	0 %	40 %	40 %	55376581
3	NC_006395	TCGAA	2	10	1376	1385	40 %	20 %	20 %	20 %	55376581
4	NC_006395	CAACG	2	10	1566	1575	40 %	0 %	20 %	40 %	55376581
5	NC_006395	TCGTC	2	10	3708	3717	0 %	40 %	20 %	40 %	55376582
6	NC_006395	TCGAA	2	10	4537	4546	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_006395	GGTGT	2	10	5455	5464	0 %	40 %	60 %	0 %	55376583
8	NC_006395	CCAGA	2	10	5483	5492	40 %	0 %	20 %	40 %	55376583
9	NC_006395	GAAGA	2	10	5915	5924	60 %	0 %	40 %	0 %	55376583
10	NC_006395	TGAAA	2	10	7169	7178	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_006395	TCGTC	2	10	7913	7922	0 %	40 %	20 %	40 %	55376584
12	NC_006395	ATCGG	2	10	9007	9016	20 %	20 %	40 %	20 %	55376585
13	NC_006395	ACGGA	2	10	11349	11358	40 %	0 %	40 %	20 %	55376587
14	NC_006395	CGGGG	2	10	13479	13488	0 %	0 %	80 %	20 %	55376589
15	NC_006395	TCAAT	2	10	14648	14657	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_006395	CCGGG	2	10	15044	15053	0 %	0 %	60 %	40 %	55376590
17	NC_006395	CCTGA	2	10	16928	16937	20 %	20 %	20 %	40 %	55376591
18	NC_006395	CGTCG	2	10	17457	17466	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_006395	GACCG	2	10	17726	17735	20 %	0 %	40 %	40 %	55376592
20	NC_006395	ACGGC	2	10	19433	19442	20 %	0 %	40 %	40 %	55376593
21	NC_006395	CTGGT	2	10	20628	20637	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_006395	CCGAG	2	10	20662	20671	20 %	0 %	40 %	40 %	55376594
23	NC_006395	GCTCG	2	10	24151	24160	0 %	20 %	40 %	40 %	55376596
24	NC_006395	CGTCC	2	10	26235	26244	0 %	20 %	20 %	60 %	55376597
25	NC_006395	CTCGT	2	10	27365	27374	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_006395	CAGCG	2	10	28436	28445	20 %	0 %	40 %	40 %	55376599
27	NC_006395	ACAGA	2	10	29248	29257	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_006395	GGGTC	2	10	30625	30634	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_006395	GAACG	2	10	36310	36319	40 %	0 %	40 %	20 %	55376606
30	NC_006395	TCCGC	2	10	38300	38309	0 %	20 %	20 %	60 %	55376607
31	NC_006395	CGCGA	2	10	40929	40938	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_006395	GTTCG	2	10	41520	41529	0 %	40 %	40 %	20 %	55376610
33	NC_006395	GCGTT	2	10	43164	43173	0 %	40 %	40 %	20 %	55376611
34	NC_006395	GTGTT	2	10	43330	43339	0 %	60 %	40 %	0 %	55376611
35	NC_006395	TTCCC	2	10	45324	45333	0 %	40 %	0 %	60 %	55376612
36	NC_006395	GGAAC	2	10	45804	45813	40 %	0 %	40 %	20 %	55376612
37	NC_006395	CAGTA	2	10	47123	47132	40 %	20 %	20 %	20 %	55376613
38	NC_006395	ACGTT	2	10	49088	49097	20 %	40 %	20 %	20 %	55376615
39	NC_006395	GGCTC	2	10	50777	50786	0 %	20 %	40 %	40 %	55376616
40	NC_006395	CGTCG	2	10	52901	52910	0 %	20 %	40 %	40 %	55376618
41	NC_006395	CGTCG	2	10	53592	53601	0 %	20 %	40 %	40 %	55376618
42	NC_006395	CCCGT	2	10	53665	53674	0 %	20 %	20 %	60 %	55376618
43	NC_006395	ATCGA	2	10	54341	54350	40 %	20 %	20 %	20 %	55376620
44	NC_006395	CCGGT	2	10	54980	54989	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_006395	CTCCG	2	10	55595	55604	0 %	20 %	20 %	60 %	55376622
46	NC_006395	CTGTT	2	10	56135	56144	0 %	60 %	20 %	20 %	55376622
47	NC_006395	ACAGC	2	10	56354	56363	40 %	0 %	20 %	40 %	55376622
48	NC_006395	CGCCA	2	10	56881	56890	20 %	0 %	20 %	60 %	55376623
49	NC_006395	GCGGG	2	10	57273	57282	0 %	0 %	80 %	20 %	55376623
50	NC_006395	GTCTG	2	10	59231	59240	0 %	40 %	40 %	20 %	55376625
51	NC_006395	GCAAC	2	10	59369	59378	40 %	0 %	20 %	40 %	55376625
52	NC_006395	TTCGG	2	10	60557	60566	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_006395	GTGCT	2	10	61511	61520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_006395	TGATT	2	10	62005	62014	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006395	CGTCG	2	10	63456	63465	0 %	20 %	40 %	40 %	55376629
56	NC_006395	GGTCG	2	10	63726	63735	0 %	20 %	60 %	20 %	55376629
57	NC_006395	CGAAT	2	10	64983	64992	40 %	20 %	20 %	20 %	55376631
58	NC_006395	GCCGA	2	10	65830	65839	20 %	0 %	40 %	40 %	55376632
59	NC_006395	CACAG	2	10	66021	66030	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_006395	CGGAC	2	10	69011	69020	20 %	0 %	40 %	40 %	55376634
61	NC_006395	CCGTT	2	10	69986	69995	0 %	40 %	20 %	40 %	55376635
62	NC_006395	CAGCG	2	10	70885	70894	20 %	0 %	40 %	40 %	55376636
63	NC_006395	AGGAA	2	10	70983	70992	60 %	0 %	40 %	0 %	55376636
64	NC_006395	ACAGC	2	10	73039	73048	40 %	0 %	20 %	40 %	55376638
65	NC_006395	GCGTT	2	10	73756	73765	0 %	40 %	40 %	20 %	55376638
66	NC_006395	CCCGA	2	10	74339	74348	20 %	0 %	20 %	60 %	55376639
67	NC_006395	CGGTG	2	10	74718	74727	0 %	20 %	60 %	20 %	55376639
68	NC_006395	AACGG	2	10	79143	79152	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_006395	ATCGA	2	10	81031	81040	40 %	20 %	20 %	20 %	55376645
70	NC_006395	GCTGT	2	10	81886	81895	0 %	40 %	40 %	20 %	55376646
71	NC_006395	GAGGC	2	10	82656	82665	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_006395	TTCGC	2	10	83494	83503	0 %	40 %	20 %	40 %	55376648
73	NC_006395	TCGAT	2	10	84368	84377	20 %	40 %	20 %	20 %	55376649
74	NC_006395	GGCAA	2	10	85788	85797	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_006395	TTGAC	2	10	86208	86217	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_006395	GAGTG	2	10	87264	87273	20 %	20 %	60 %	0 %	55376652
77	NC_006395	CGACC	2	10	88700	88709	20 %	0 %	20 %	60 %	55376654
78	NC_006395	AACGC	2	10	89658	89667	40 %	0 %	20 %	40 %	55376654
79	NC_006395	GTGGG	2	10	90961	90970	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006395	AGTGC	2	10	93760	93769	20 %	20 %	40 %	20 %	55376659
81	NC_006395	ACTCG	2	10	93991	94000	20 %	20 %	20 %	40 %	55376659
82	NC_006395	AACCG	2	10	94671	94680	40 %	0 %	20 %	40 %	55376660
83	NC_006395	AATAC	2	10	97247	97256	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_006395	ATGGC	2	10	97533	97542	20 %	20 %	40 %	20 %	55376664
85	NC_006395	CCAGC	2	10	99574	99583	20 %	0 %	20 %	60 %	55376666
86	NC_006395	CATCG	2	10	99624	99633	20 %	20 %	20 %	40 %	55376666
87	NC_006395	CGCTG	2	10	102572	102581	0 %	20 %	40 %	40 %	55376669
88	NC_006395	CGAAC	2	10	103362	103371	40 %	0 %	20 %	40 %	55376670
89	NC_006395	GGTCA	2	10	103953	103962	20 %	20 %	40 %	20 %	55376670
90	NC_006395	CGATA	2	10	104716	104725	40 %	20 %	20 %	20 %	55376672
91	NC_006395	AGCCG	2	10	108909	108918	20 %	0 %	40 %	40 %	55376677
92	NC_006395	CTCGC	2	10	111507	111516	0 %	20 %	20 %	60 %	55376680
93	NC_006395	GCCTG	2	10	114679	114688	0 %	20 %	40 %	40 %	55376683
94	NC_006395	CGAGT	2	10	117078	117087	20 %	20 %	40 %	20 %	55376686
95	NC_006395	GGTCG	2	10	117307	117316	0 %	20 %	60 %	20 %	55376686
96	NC_006395	TCGCC	2	10	118143	118152	0 %	20 %	20 %	60 %	55376686
97	NC_006395	GCCGA	2	10	118475	118484	20 %	0 %	40 %	40 %	55376687
98	NC_006395	CCGAA	2	10	118718	118727	40 %	0 %	20 %	40 %	55376687
99	NC_006395	CTTAT	2	10	120573	120582	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_006395	AGGCG	2	10	121426	121435	20 %	0 %	60 %	20 %	55376689
101	NC_006395	GACTC	2	10	122987	122996	20 %	20 %	20 %	40 %	55376690
102	NC_006395	TCCGG	2	10	123337	123346	0 %	20 %	40 %	40 %	55376691
103	NC_006395	AGACG	2	10	124117	124126	40 %	0 %	40 %	20 %	55376692
104	NC_006395	AGATG	2	10	126259	126268	40 %	20 %	40 %	0 %	55376695
105	NC_006395	CGGCC	2	10	126968	126977	0 %	0 %	40 %	60 %	55376696
106	NC_006395	GTATT	2	10	127446	127455	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006395	GAGCC	2	10	127664	127673	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_006395	AGATC	2	10	129085	129094	40 %	20 %	20 %	20 %	55376699
109	NC_006395	CGAGA	2	10	129986	129995	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_006395	CGTGA	2	10	130083	130092	20 %	20 %	40 %	20 %	55376701
111	NC_006395	AGCGA	2	10	131968	131977	40 %	0 %	40 %	20 %	55376702
112	NC_006395	CCAGC	2	10	132500	132509	20 %	0 %	20 %	60 %	55376702
113	NC_006395	AGGTC	2	10	132512	132521	20 %	20 %	40 %	20 %	55376702
114	NC_006395	CGTCG	2	10	133658	133667	0 %	20 %	40 %	40 %	55376702
115	NC_006395	GTCGT	2	10	134718	134727	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_006395	TGTGG	2	10	142931	142940	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006395	GTCGG	2	10	143885	143894	0 %	20 %	60 %	20 %	55376714
118	NC_006395	TAGGC	2	10	147093	147102	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_006395	TGGGG	2	10	147699	147708	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006395	GGGCA	2	10	147980	147989	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_006395	GCACC	2	10	148165	148174	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_006395	CCCAG	2	10	148697	148706	20 %	0 %	20 %	60 %	55376718
123	NC_006395	CGTTC	2	10	150197	150206	0 %	40 %	20 %	40 %	55376718
124	NC_006395	CTCCC	2	10	150269	150278	0 %	20 %	0 %	80 %	55376718
125	NC_006395	GGACG	2	10	150969	150978	20 %	0 %	60 %	20 %	55376719
126	NC_006395	AGCGA	2	10	151066	151075	40 %	0 %	40 %	20 %	55376719
127	NC_006395	GGAAC	2	10	151363	151372	40 %	0 %	40 %	20 %	55376719
128	NC_006395	ACAGC	2	10	153601	153610	40 %	0 %	20 %	40 %	55376719
129	NC_006395	CGATG	2	10	156413	156422	20 %	20 %	40 %	20 %	55376722
130	NC_006395	GCTTC	2	10	158889	158898	0 %	40 %	20 %	40 %	55376722
131	NC_006395	CGGTG	2	10	159952	159961	0 %	20 %	60 %	20 %	55376723
132	NC_006395	TCGAC	2	10	160601	160610	20 %	20 %	20 %	40 %	55376724
133	NC_006395	GTCGG	2	10	163625	163634	0 %	20 %	60 %	20 %	55376726
134	NC_006395	CCCGA	2	10	164635	164644	20 %	0 %	20 %	60 %	55376726
135	NC_006395	CGCAT	2	10	168922	168931	20 %	20 %	20 %	40 %	55376730
136	NC_006395	GGATT	2	10	169762	169771	20 %	40 %	40 %	0 %	55376731
137	NC_006395	ACGGT	2	10	170552	170561	20 %	20 %	40 %	20 %	55376732
138	NC_006395	GTACA	2	10	172642	172651	40 %	20 %	20 %	20 %	55376733
139	NC_006395	GCTCT	2	10	173064	173073	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_006395	TCGGT	2	10	174854	174863	0 %	40 %	40 %	20 %	55376736
141	NC_006395	CGCGT	2	10	174984	174993	0 %	20 %	40 %	40 %	55376736
142	NC_006395	ATTTT	2	10	175518	175527	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_006395	GTGGG	2	10	190832	190841	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
156	NC_006395	TCTCC	2	10	190943	190952	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
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192	NC_006395	TACTG	2	10	231466	231475	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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254	NC_006395	GCTCG	2	10	308229	308238	0 %	20 %	40 %	40 %	55376845
255	NC_006395	GCCAA	2	10	308465	308474	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
256	NC_006395	GTCGG	2	10	308737	308746	0 %	20 %	60 %	20 %	55376846
257	NC_006395	CGCGG	2	10	310255	310264	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
258	NC_006395	CGGAC	2	10	311687	311696	20 %	0 %	40 %	40 %	55376849
259	NC_006395	ACCCC	2	10	313285	313294	20 %	0 %	0 %	80 %	55376852
260	NC_006395	CGCGA	2	10	314206	314215	20 %	0 %	40 %	40 %	55376853
261	NC_006395	AGCAC	2	10	315492	315501	40 %	0 %	20 %	40 %	55376853
262	NC_006395	GGTTC	2	10	317792	317801	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
263	NC_006395	TCGAT	2	10	321189	321198	20 %	40 %	20 %	20 %	55376860
264	NC_006395	GATCA	2	10	321570	321579	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
265	NC_006395	CCGGT	2	10	327397	327406	0 %	20 %	40 %	40 %	55376864
266	NC_006395	GCGAC	2	10	327505	327514	20 %	0 %	40 %	40 %	55376864
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269	NC_006395	CCGGC	2	10	332744	332753	0 %	0 %	40 %	60 %	55376868
270	NC_006395	CGGGG	2	10	334965	334974	0 %	0 %	80 %	20 %	55376869
271	NC_006395	CCGCG	2	10	335190	335199	0 %	0 %	40 %	60 %	55376869
272	NC_006395	ATCGC	2	10	337283	337292	20 %	20 %	20 %	40 %	55376873
273	NC_006395	GTCGC	2	10	337697	337706	0 %	20 %	40 %	40 %	55376873
274	NC_006395	GCTCC	2	10	338923	338932	0 %	20 %	20 %	60 %	55376874
275	NC_006395	TCGGT	2	10	340612	340621	0 %	40 %	40 %	20 %	55376876
276	NC_006395	CGCGT	2	10	340967	340976	0 %	20 %	40 %	40 %	55376876
277	NC_006395	GAATC	2	10	342089	342098	40 %	20 %	20 %	20 %	55376876
278	NC_006395	CGGGC	2	10	342961	342970	0 %	0 %	60 %	40 %	55376877
279	NC_006395	TCGCT	2	10	346304	346313	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
280	NC_006395	ATCTG	2	10	348073	348082	20 %	40 %	20 %	20 %	55376882
281	NC_006395	GTCGA	2	10	350079	350088	20 %	20 %	40 %	20 %	55376885
282	NC_006395	TATCG	2	10	351260	351269	20 %	40 %	20 %	20 %	55376886
283	NC_006395	CCCGT	2	10	351411	351420	0 %	20 %	20 %	60 %	55376886
284	NC_006395	CCGAG	2	10	351588	351597	20 %	0 %	40 %	40 %	55376886
285	NC_006395	GTCAG	2	10	351630	351639	20 %	20 %	40 %	20 %	55376886
286	NC_006395	GGAGA	2	10	352458	352467	40 %	0 %	60 %	0 %	55376887
287	NC_006395	TGTGT	2	10	355138	355147	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
288	NC_006395	ACGAA	2	10	358044	358053	60 %	0 %	20 %	20 %	55376892
289	NC_006395	TTCGA	2	10	358502	358511	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_006395	GATGG	2	10	359494	359503	20 %	20 %	60 %	0 %	55376893
291	NC_006395	ATCAG	2	10	360112	360121	40 %	20 %	20 %	20 %	55376895
292	NC_006395	GGAAT	2	10	360383	360392	40 %	20 %	40 %	0 %	55376895
293	NC_006395	GGGCT	2	10	360534	360543	0 %	20 %	60 %	20 %	55376895
294	NC_006395	CACCG	2	10	360654	360663	20 %	0 %	20 %	60 %	55376895
295	NC_006395	GTCCG	2	10	360695	360704	0 %	20 %	40 %	40 %	55376895
296	NC_006395	CATCG	2	10	362364	362373	20 %	20 %	20 %	40 %	55376897
297	NC_006395	GTGAC	2	10	363059	363068	20 %	20 %	40 %	20 %	55376898
298	NC_006395	TGTGG	2	10	363250	363259	0 %	40 %	60 %	0 %	55376899
299	NC_006395	ATCCG	2	10	363594	363603	20 %	20 %	20 %	40 %	55376899
300	NC_006395	AGAGC	2	10	364025	364034	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
301	NC_006395	TCTGT	2	10	366956	366965	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
302	NC_006395	GTGCT	2	10	367499	367508	0 %	40 %	40 %	20 %	55376902
303	NC_006395	GGACC	2	10	367509	367518	20 %	0 %	40 %	40 %	55376902
304	NC_006395	CTGAT	2	10	368786	368795	20 %	40 %	20 %	20 %	55376903
305	NC_006395	CGATG	2	10	369486	369495	20 %	20 %	40 %	20 %	55376903
306	NC_006395	ACCTC	2	10	373377	373386	20 %	20 %	0 %	60 %	55376909
307	NC_006395	CAGAC	2	10	373880	373889	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
308	NC_006395	GTGTC	2	10	373929	373938	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
309	NC_006395	CGTCG	2	10	375814	375823	0 %	20 %	40 %	40 %	55376911
310	NC_006395	CCCGA	2	10	377192	377201	20 %	0 %	20 %	60 %	55376912
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315	NC_006395	GTCGC	2	10	391845	391854	0 %	20 %	40 %	40 %	55376924
316	NC_006395	CCGGC	2	10	392041	392050	0 %	0 %	40 %	60 %	55376924
317	NC_006395	TTCGA	2	10	392168	392177	20 %	40 %	20 %	20 %	55376924
318	NC_006395	GCGCC	2	10	395539	395548	0 %	0 %	40 %	60 %	55376926
319	NC_006395	ACCGC	2	10	395571	395580	20 %	0 %	20 %	60 %	55376926
320	NC_006395	GGTTG	2	10	396534	396543	0 %	40 %	60 %	0 %	55376927
321	NC_006395	TGTCG	2	10	398526	398535	0 %	40 %	40 %	20 %	55376929
322	NC_006395	ACCGG	2	10	399082	399091	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
323	NC_006395	TCGAC	2	10	399370	399379	20 %	20 %	20 %	40 %	55376930
324	NC_006395	CTCGT	2	10	400315	400324	0 %	40 %	20 %	40 %	55376931
325	NC_006395	CCACA	2	10	405516	405525	40 %	0 %	0 %	60 %	55376935
326	NC_006395	CGGCG	2	10	405906	405915	0 %	0 %	60 %	40 %	55376936
327	NC_006395	TGGCT	2	10	410041	410050	0 %	40 %	40 %	20 %	55376941

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.