MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG700

Total Repeats: 263

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006395	CACGG	2	10	901	910	20 %	0 %	40 %	40 %	55376581
2	NC_006395	TCGAA	2	10	1376	1385	40 %	20 %	20 %	20 %	55376581
3	NC_006395	CAACG	2	10	1566	1575	40 %	0 %	20 %	40 %	55376581
4	NC_006395	TCGTC	2	10	3708	3717	0 %	40 %	20 %	40 %	55376582
5	NC_006395	GGTGT	2	10	5455	5464	0 %	40 %	60 %	0 %	55376583
6	NC_006395	CCAGA	2	10	5483	5492	40 %	0 %	20 %	40 %	55376583
7	NC_006395	GAAGA	2	10	5915	5924	60 %	0 %	40 %	0 %	55376583
8	NC_006395	TCGTC	2	10	7913	7922	0 %	40 %	20 %	40 %	55376584
9	NC_006395	ATCGG	2	10	9007	9016	20 %	20 %	40 %	20 %	55376585
10	NC_006395	ACGGA	2	10	11349	11358	40 %	0 %	40 %	20 %	55376587
11	NC_006395	CGGGG	2	10	13479	13488	0 %	0 %	80 %	20 %	55376589
12	NC_006395	CCGGG	2	10	15044	15053	0 %	0 %	60 %	40 %	55376590
13	NC_006395	CCTGA	2	10	16928	16937	20 %	20 %	20 %	40 %	55376591
14	NC_006395	GACCG	2	10	17726	17735	20 %	0 %	40 %	40 %	55376592
15	NC_006395	ACGGC	2	10	19433	19442	20 %	0 %	40 %	40 %	55376593
16	NC_006395	CCGAG	2	10	20662	20671	20 %	0 %	40 %	40 %	55376594
17	NC_006395	GCTCG	2	10	24151	24160	0 %	20 %	40 %	40 %	55376596
18	NC_006395	CGTCC	2	10	26235	26244	0 %	20 %	20 %	60 %	55376597
19	NC_006395	CAGCG	2	10	28436	28445	20 %	0 %	40 %	40 %	55376599
20	NC_006395	GAACG	2	10	36310	36319	40 %	0 %	40 %	20 %	55376606
21	NC_006395	TCCGC	2	10	38300	38309	0 %	20 %	20 %	60 %	55376607
22	NC_006395	GTTCG	2	10	41520	41529	0 %	40 %	40 %	20 %	55376610
23	NC_006395	GCGTT	2	10	43164	43173	0 %	40 %	40 %	20 %	55376611
24	NC_006395	GTGTT	2	10	43330	43339	0 %	60 %	40 %	0 %	55376611
25	NC_006395	TTCCC	2	10	45324	45333	0 %	40 %	0 %	60 %	55376612
26	NC_006395	GGAAC	2	10	45804	45813	40 %	0 %	40 %	20 %	55376612
27	NC_006395	CAGTA	2	10	47123	47132	40 %	20 %	20 %	20 %	55376613
28	NC_006395	ACGTT	2	10	49088	49097	20 %	40 %	20 %	20 %	55376615
29	NC_006395	GGCTC	2	10	50777	50786	0 %	20 %	40 %	40 %	55376616
30	NC_006395	CGTCG	2	10	52901	52910	0 %	20 %	40 %	40 %	55376618
31	NC_006395	CGTCG	2	10	53592	53601	0 %	20 %	40 %	40 %	55376618
32	NC_006395	CCCGT	2	10	53665	53674	0 %	20 %	20 %	60 %	55376618
33	NC_006395	ATCGA	2	10	54341	54350	40 %	20 %	20 %	20 %	55376620
34	NC_006395	CTCCG	2	10	55595	55604	0 %	20 %	20 %	60 %	55376622
35	NC_006395	CTGTT	2	10	56135	56144	0 %	60 %	20 %	20 %	55376622
36	NC_006395	ACAGC	2	10	56354	56363	40 %	0 %	20 %	40 %	55376622
37	NC_006395	CGCCA	2	10	56881	56890	20 %	0 %	20 %	60 %	55376623
38	NC_006395	GCGGG	2	10	57273	57282	0 %	0 %	80 %	20 %	55376623
39	NC_006395	GTCTG	2	10	59231	59240	0 %	40 %	40 %	20 %	55376625
40	NC_006395	GCAAC	2	10	59369	59378	40 %	0 %	20 %	40 %	55376625
41	NC_006395	CGTCG	2	10	63456	63465	0 %	20 %	40 %	40 %	55376629
42	NC_006395	GGTCG	2	10	63726	63735	0 %	20 %	60 %	20 %	55376629
43	NC_006395	CGAAT	2	10	64983	64992	40 %	20 %	20 %	20 %	55376631
44	NC_006395	GCCGA	2	10	65830	65839	20 %	0 %	40 %	40 %	55376632
45	NC_006395	CGGAC	2	10	69011	69020	20 %	0 %	40 %	40 %	55376634
46	NC_006395	CCGTT	2	10	69986	69995	0 %	40 %	20 %	40 %	55376635
47	NC_006395	CAGCG	2	10	70885	70894	20 %	0 %	40 %	40 %	55376636
48	NC_006395	AGGAA	2	10	70983	70992	60 %	0 %	40 %	0 %	55376636
49	NC_006395	ACAGC	2	10	73039	73048	40 %	0 %	20 %	40 %	55376638
50	NC_006395	GCGTT	2	10	73756	73765	0 %	40 %	40 %	20 %	55376638
51	NC_006395	CCCGA	2	10	74339	74348	20 %	0 %	20 %	60 %	55376639
52	NC_006395	CGGTG	2	10	74718	74727	0 %	20 %	60 %	20 %	55376639
53	NC_006395	ATCGA	2	10	81031	81040	40 %	20 %	20 %	20 %	55376645
54	NC_006395	GCTGT	2	10	81886	81895	0 %	40 %	40 %	20 %	55376646
55	NC_006395	TTCGC	2	10	83494	83503	0 %	40 %	20 %	40 %	55376648
56	NC_006395	TCGAT	2	10	84368	84377	20 %	40 %	20 %	20 %	55376649
57	NC_006395	GAGTG	2	10	87264	87273	20 %	20 %	60 %	0 %	55376652
58	NC_006395	CGACC	2	10	88700	88709	20 %	0 %	20 %	60 %	55376654
59	NC_006395	AACGC	2	10	89658	89667	40 %	0 %	20 %	40 %	55376654
60	NC_006395	AGTGC	2	10	93760	93769	20 %	20 %	40 %	20 %	55376659
61	NC_006395	ACTCG	2	10	93991	94000	20 %	20 %	20 %	40 %	55376659
62	NC_006395	AACCG	2	10	94671	94680	40 %	0 %	20 %	40 %	55376660
63	NC_006395	ATGGC	2	10	97533	97542	20 %	20 %	40 %	20 %	55376664
64	NC_006395	CCAGC	2	10	99574	99583	20 %	0 %	20 %	60 %	55376666
65	NC_006395	CATCG	2	10	99624	99633	20 %	20 %	20 %	40 %	55376666
66	NC_006395	CGCTG	2	10	102572	102581	0 %	20 %	40 %	40 %	55376669
67	NC_006395	CGAAC	2	10	103362	103371	40 %	0 %	20 %	40 %	55376670
68	NC_006395	GGTCA	2	10	103953	103962	20 %	20 %	40 %	20 %	55376670
69	NC_006395	CGATA	2	10	104716	104725	40 %	20 %	20 %	20 %	55376672
70	NC_006395	AGCCG	2	10	108909	108918	20 %	0 %	40 %	40 %	55376677
71	NC_006395	CTCGC	2	10	111507	111516	0 %	20 %	20 %	60 %	55376680
72	NC_006395	GCCTG	2	10	114679	114688	0 %	20 %	40 %	40 %	55376683
73	NC_006395	CGAGT	2	10	117078	117087	20 %	20 %	40 %	20 %	55376686
74	NC_006395	GGTCG	2	10	117307	117316	0 %	20 %	60 %	20 %	55376686
75	NC_006395	TCGCC	2	10	118143	118152	0 %	20 %	20 %	60 %	55376686
76	NC_006395	GCCGA	2	10	118475	118484	20 %	0 %	40 %	40 %	55376687
77	NC_006395	CCGAA	2	10	118718	118727	40 %	0 %	20 %	40 %	55376687
78	NC_006395	AGGCG	2	10	121426	121435	20 %	0 %	60 %	20 %	55376689
79	NC_006395	GACTC	2	10	122987	122996	20 %	20 %	20 %	40 %	55376690
80	NC_006395	TCCGG	2	10	123337	123346	0 %	20 %	40 %	40 %	55376691
81	NC_006395	AGACG	2	10	124117	124126	40 %	0 %	40 %	20 %	55376692
82	NC_006395	AGATG	2	10	126259	126268	40 %	20 %	40 %	0 %	55376695
83	NC_006395	CGGCC	2	10	126968	126977	0 %	0 %	40 %	60 %	55376696
84	NC_006395	AGATC	2	10	129085	129094	40 %	20 %	20 %	20 %	55376699
85	NC_006395	CGTGA	2	10	130083	130092	20 %	20 %	40 %	20 %	55376701
86	NC_006395	AGCGA	2	10	131968	131977	40 %	0 %	40 %	20 %	55376702
87	NC_006395	CCAGC	2	10	132500	132509	20 %	0 %	20 %	60 %	55376702
88	NC_006395	AGGTC	2	10	132512	132521	20 %	20 %	40 %	20 %	55376702
89	NC_006395	CGTCG	2	10	133658	133667	0 %	20 %	40 %	40 %	55376702
90	NC_006395	GTCGG	2	10	143885	143894	0 %	20 %	60 %	20 %	55376714
91	NC_006395	CCCAG	2	10	148697	148706	20 %	0 %	20 %	60 %	55376718
92	NC_006395	CGTTC	2	10	150197	150206	0 %	40 %	20 %	40 %	55376718
93	NC_006395	CTCCC	2	10	150269	150278	0 %	20 %	0 %	80 %	55376718
94	NC_006395	GGACG	2	10	150969	150978	20 %	0 %	60 %	20 %	55376719
95	NC_006395	AGCGA	2	10	151066	151075	40 %	0 %	40 %	20 %	55376719
96	NC_006395	GGAAC	2	10	151363	151372	40 %	0 %	40 %	20 %	55376719
97	NC_006395	ACAGC	2	10	153601	153610	40 %	0 %	20 %	40 %	55376719
98	NC_006395	CGATG	2	10	156413	156422	20 %	20 %	40 %	20 %	55376722
99	NC_006395	GCTTC	2	10	158889	158898	0 %	40 %	20 %	40 %	55376722
100	NC_006395	CGGTG	2	10	159952	159961	0 %	20 %	60 %	20 %	55376723
101	NC_006395	TCGAC	2	10	160601	160610	20 %	20 %	20 %	40 %	55376724
102	NC_006395	GTCGG	2	10	163625	163634	0 %	20 %	60 %	20 %	55376726
103	NC_006395	CCCGA	2	10	164635	164644	20 %	0 %	20 %	60 %	55376726
104	NC_006395	CGCAT	2	10	168922	168931	20 %	20 %	20 %	40 %	55376730
105	NC_006395	GGATT	2	10	169762	169771	20 %	40 %	40 %	0 %	55376731
106	NC_006395	ACGGT	2	10	170552	170561	20 %	20 %	40 %	20 %	55376732
107	NC_006395	GTACA	2	10	172642	172651	40 %	20 %	20 %	20 %	55376733
108	NC_006395	TCGGT	2	10	174854	174863	0 %	40 %	40 %	20 %	55376736
109	NC_006395	CGCGT	2	10	174984	174993	0 %	20 %	40 %	40 %	55376736
110	NC_006395	GTCGA	2	10	176484	176493	20 %	20 %	40 %	20 %	55376737
111	NC_006395	GCCCA	2	10	183440	183449	20 %	0 %	20 %	60 %	55376742
112	NC_006395	GATTT	2	10	183851	183860	20 %	60 %	20 %	0 %	55376742
113	NC_006395	CAATC	2	10	184251	184260	40 %	20 %	0 %	40 %	55376742
114	NC_006395	GTCTT	2	10	184652	184661	0 %	60 %	20 %	20 %	55376743
115	NC_006395	CGTTC	2	10	189404	189413	0 %	40 %	20 %	40 %	55376747
116	NC_006395	CTTCC	2	10	189549	189558	0 %	40 %	0 %	60 %	55376747
117	NC_006395	ACTAC	2	10	193041	193050	40 %	20 %	0 %	40 %	55376750
118	NC_006395	CAATC	2	10	196347	196356	40 %	20 %	0 %	40 %	55376751
119	NC_006395	TCGCC	2	10	197450	197459	0 %	20 %	20 %	60 %	55376752
120	NC_006395	TCGAG	2	10	199769	199778	20 %	20 %	40 %	20 %	55376754
121	NC_006395	AACGA	2	10	201328	201337	60 %	0 %	20 %	20 %	55376755
122	NC_006395	GCATC	2	10	201561	201570	20 %	20 %	20 %	40 %	55376755
123	NC_006395	GTTCG	2	10	201649	201658	0 %	40 %	40 %	20 %	55376755
124	NC_006395	CGCTT	2	10	201846	201855	0 %	40 %	20 %	40 %	55376755
125	NC_006395	CAGCT	2	10	203931	203940	20 %	20 %	20 %	40 %	55376757
126	NC_006395	CCCGC	2	10	204002	204011	0 %	0 %	20 %	80 %	55376757
127	NC_006395	CAAAC	2	10	204144	204153	60 %	0 %	0 %	40 %	55376757
128	NC_006395	ACGAG	2	10	205454	205463	40 %	0 %	40 %	20 %	55376758
129	NC_006395	CTCTT	2	10	206265	206274	0 %	60 %	0 %	40 %	55376759
130	NC_006395	CGGAC	2	10	209383	209392	20 %	0 %	40 %	40 %	55376762
131	NC_006395	ACGCT	2	10	209668	209677	20 %	20 %	20 %	40 %	55376762
132	NC_006395	CGAAC	2	10	209806	209815	40 %	0 %	20 %	40 %	55376762
133	NC_006395	TGGGT	2	10	209989	209998	0 %	40 %	60 %	0 %	55376762
134	NC_006395	TTCGG	2	10	211152	211161	0 %	40 %	40 %	20 %	55376763
135	NC_006395	CACAC	2	10	212432	212441	40 %	0 %	0 %	60 %	55376764
136	NC_006395	CTGTC	2	10	214049	214058	0 %	40 %	20 %	40 %	55376765
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263	NC_006395	TGGCT	2	10	410041	410050	0 %	40 %	40 %	20 %	55376941

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.