MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG600

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006394	ACTCC	2	10	962	971	20 %	20 %	0 %	60 %	55376414
2	NC_006394	GTCAC	2	10	6577	6586	20 %	20 %	20 %	40 %	55376420
3	NC_006394	CGGCG	2	10	10914	10923	0 %	0 %	60 %	40 %	55376425
4	NC_006394	CGACG	2	10	13467	13476	20 %	0 %	40 %	40 %	55376427
5	NC_006394	ATATG	2	10	14395	14404	40 %	40 %	20 %	0 %	55376429
6	NC_006394	CATCA	2	10	14744	14753	40 %	20 %	0 %	40 %	55376429
7	NC_006394	AGTAA	2	10	18901	18910	60 %	20 %	20 %	0 %	55376432
8	NC_006394	CAACG	2	10	19281	19290	40 %	0 %	20 %	40 %	55376433
9	NC_006394	ACTCG	2	10	20345	20354	20 %	20 %	20 %	40 %	55376435
10	NC_006394	TCAAA	2	10	24526	24535	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_006394	CTCGT	2	10	25978	25987	0 %	40 %	20 %	40 %	55376444
12	NC_006394	TCCGT	2	10	26063	26072	0 %	40 %	20 %	40 %	55376444
13	NC_006394	GCGAC	2	10	26426	26435	20 %	0 %	40 %	40 %	55376444
14	NC_006394	ACCAA	2	10	29083	29092	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_006394	CCGAC	2	10	32085	32094	20 %	0 %	20 %	60 %	55376452
16	NC_006394	GGGCC	2	10	34090	34099	0 %	0 %	60 %	40 %	55376454
17	NC_006394	GGGTC	2	10	37122	37131	0 %	20 %	60 %	20 %	55376457
18	NC_006394	CACAG	2	10	39252	39261	40 %	0 %	20 %	40 %	55376457
19	NC_006394	ACGGC	2	10	40059	40068	20 %	0 %	40 %	40 %	55376459
20	NC_006394	CGTCC	2	10	44789	44798	0 %	20 %	20 %	60 %	55376463
21	NC_006394	CGAGC	2	10	45572	45581	20 %	0 %	40 %	40 %	55376463
22	NC_006394	TCGAC	2	10	47016	47025	20 %	20 %	20 %	40 %	55376465
23	NC_006394	GGCGG	2	10	47344	47353	0 %	0 %	80 %	20 %	55376465
24	NC_006394	TACCT	2	10	48976	48985	20 %	40 %	0 %	40 %	55376467
25	NC_006394	ATCGA	2	10	52244	52253	40 %	20 %	20 %	20 %	55376470
26	NC_006394	TGGGT	2	10	52991	53000	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006394	TCCTG	2	10	53022	53031	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_006394	TTGTG	2	10	55431	55440	0 %	60 %	40 %	0 %	55376474
29	NC_006394	GTCGG	2	10	57624	57633	0 %	20 %	60 %	20 %	55376477
30	NC_006394	CAGAC	2	10	59577	59586	40 %	0 %	20 %	40 %	55376481
31	NC_006394	AACCA	2	10	62344	62353	60 %	0 %	0 %	40 %	55376484
32	NC_006394	TTCGC	2	10	63114	63123	0 %	40 %	20 %	40 %	55376485
33	NC_006394	TCGCC	2	10	63468	63477	0 %	20 %	20 %	60 %	55376485
34	NC_006394	TCTCA	2	10	65358	65367	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_006394	GACCG	2	10	67153	67162	20 %	0 %	40 %	40 %	55376489
36	NC_006394	CCCAT	2	10	68421	68430	20 %	20 %	0 %	60 %	55376490
37	NC_006394	GAATC	2	10	70373	70382	40 %	20 %	20 %	20 %	55376491
38	NC_006394	ATCCC	2	10	72346	72355	20 %	20 %	0 %	60 %	55376493
39	NC_006394	TCGCC	2	10	86261	86270	0 %	20 %	20 %	60 %	55376509
40	NC_006394	GACGC	2	10	88671	88680	20 %	0 %	40 %	40 %	55376509
41	NC_006394	TTCAT	2	10	90781	90790	20 %	60 %	0 %	20 %	55376510
42	NC_006394	TGGAT	2	10	91671	91680	20 %	40 %	40 %	0 %	55376511
43	NC_006394	CCAAC	2	10	92326	92335	40 %	0 %	0 %	60 %	55376511
44	NC_006394	TCGAA	2	10	93852	93861	40 %	20 %	20 %	20 %	55376513
45	NC_006394	ACGGA	2	10	94646	94655	40 %	0 %	40 %	20 %	55376515
46	NC_006394	TCGGA	2	10	94749	94758	20 %	20 %	40 %	20 %	55376515
47	NC_006394	GAAGA	2	10	95952	95961	60 %	0 %	40 %	0 %	55376517
48	NC_006394	CGGAC	2	10	96091	96100	20 %	0 %	40 %	40 %	55376517
49	NC_006394	ATATT	2	10	97256	97265	40 %	60 %	0 %	0 %	55376518
50	NC_006394	CGGAA	2	10	99506	99515	40 %	0 %	40 %	20 %	55376520
51	NC_006394	CGAGT	2	10	99730	99739	20 %	20 %	40 %	20 %	55376520
52	NC_006394	CGTCG	2	10	99996	100005	0 %	20 %	40 %	40 %	55376520
53	NC_006394	CGAAA	2	10	101009	101018	60 %	0 %	20 %	20 %	55376521
54	NC_006394	GCGGG	2	10	101339	101348	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
55	NC_006394	CGACG	2	10	102311	102320	20 %	0 %	40 %	40 %	55376523
56	NC_006394	CCGGA	2	10	105618	105627	20 %	0 %	40 %	40 %	55376530
57	NC_006394	GACGG	2	10	106233	106242	20 %	0 %	60 %	20 %	55376530
58	NC_006394	CCCGA	2	10	106944	106953	20 %	0 %	20 %	60 %	55376530
59	NC_006394	GCGTT	2	10	107677	107686	0 %	40 %	40 %	20 %	55376530
60	NC_006394	TCCAC	2	10	107927	107936	20 %	20 %	0 %	60 %	55376531
61	NC_006394	GAACT	2	10	109164	109173	40 %	20 %	20 %	20 %	55376533
62	NC_006394	ACAGA	2	10	111358	111367	60 %	0 %	20 %	20 %	55376536
63	NC_006394	ATCGA	2	10	115010	115019	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_006394	CCGAC	2	10	115426	115435	20 %	0 %	20 %	60 %	55376542
65	NC_006394	AGGCA	2	10	116477	116486	40 %	0 %	40 %	20 %	55376544
66	NC_006394	AAGCG	2	10	122685	122694	40 %	0 %	40 %	20 %	55376552
67	NC_006394	GATGG	2	10	122779	122788	20 %	20 %	60 %	0 %	55376552
68	NC_006394	ACGGT	2	10	123246	123255	20 %	20 %	40 %	20 %	55376552
69	NC_006394	GTGCG	2	10	126869	126878	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_006394	ATTCG	2	10	126904	126913	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_006394	GGCGA	2	10	127508	127517	20 %	0 %	60 %	20 %	55376556
72	NC_006394	GTTCG	2	10	128858	128867	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_006394	TGGAT	2	10	130102	130111	20 %	40 %	40 %	0 %	55376559
74	NC_006394	AAATC	2	10	131723	131732	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_006394	CTATA	2	10	131923	131932	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_006394	CCATC	2	10	133870	133879	20 %	20 %	0 %	60 %	55376564
77	NC_006394	GTGAT	2	10	134975	134984	20 %	40 %	40 %	0 %	55376564
78	NC_006394	ATTCG	2	10	135055	135064	20 %	40 %	20 %	20 %	55376564
79	NC_006394	CCCAA	2	10	135542	135551	40 %	0 %	0 %	60 %	55376565
80	NC_006394	AAATC	2	10	140861	140870	60 %	20 %	0 %	20 %	55376570
81	NC_006394	GAGAA	2	10	140976	140985	60 %	0 %	40 %	0 %	55376570
82	NC_006394	AGTTC	2	10	143410	143419	20 %	40 %	20 %	20 %	55376572
83	NC_006394	ATCCG	2	10	145414	145423	20 %	20 %	20 %	40 %	55376574
84	NC_006394	TCCGC	2	10	146016	146025	0 %	20 %	20 %	60 %	55376574
85	NC_006394	CTTCG	2	10	147775	147784	0 %	40 %	20 %	40 %	55376574
86	NC_006394	TCCTC	2	10	148328	148337	0 %	40 %	0 %	60 %	55376575
87	NC_006394	GACGG	2	10	150641	150650	20 %	0 %	60 %	20 %	55376575
88	NC_006394	GACCA	2	10	154242	154251	40 %	0 %	20 %	40 %	55376577

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.