MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG500

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006393	CATCG	2	10	312	321	20 %	20 %	20 %	40 %	55376281
2	NC_006393	AGCGA	2	10	1192	1201	40 %	0 %	40 %	20 %	55376281
3	NC_006393	GCGCC	2	10	1269	1278	0 %	0 %	40 %	60 %	55376281
4	NC_006393	GACCA	2	10	5660	5669	40 %	0 %	20 %	40 %	55376286
5	NC_006393	GCAAC	2	10	6208	6217	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_006393	TTGTC	2	10	13186	13195	0 %	60 %	20 %	20 %	55376291
7	NC_006393	CATCT	2	10	13543	13552	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_006393	GGGAC	2	10	14725	14734	20 %	0 %	60 %	20 %	55376293
9	NC_006393	AGTCG	2	10	14739	14748	20 %	20 %	40 %	20 %	55376293
10	NC_006393	AGAGC	2	10	19397	19406	40 %	0 %	40 %	20 %	55376295
11	NC_006393	GATCG	2	10	19566	19575	20 %	20 %	40 %	20 %	55376295
12	NC_006393	TCCGT	2	10	19797	19806	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_006393	TCACG	2	10	22164	22173	20 %	20 %	20 %	40 %	55376299
14	NC_006393	TCGAT	2	10	22722	22731	20 %	40 %	20 %	20 %	55376300
15	NC_006393	CCACG	2	10	23007	23016	20 %	0 %	20 %	60 %	55376300
16	NC_006393	GCAAC	2	10	24971	24980	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_006393	AACGA	2	10	25114	25123	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_006393	ACCAC	2	10	25955	25964	40 %	0 %	0 %	60 %	55376302
19	NC_006393	ACCAC	2	10	25991	26000	40 %	0 %	0 %	60 %	55376302
20	NC_006393	CTAGA	2	10	27420	27429	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_006393	AACGA	2	10	27874	27883	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_006393	CGGGC	2	10	31805	31814	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_006393	GGCTG	2	10	32095	32104	0 %	20 %	60 %	20 %	55376311
24	NC_006393	AAAAT	2	10	32691	32700	80 %	20 %	0 %	0 %	55376313
25	NC_006393	AGTTT	2	10	34854	34863	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006393	GCCAG	2	10	37298	37307	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_006393	TGGCT	2	10	38018	38027	0 %	40 %	40 %	20 %	55376318
28	NC_006393	AACAG	2	10	43196	43205	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_006393	TCAGG	2	10	43211	43220	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_006393	GTCTC	2	10	43701	43710	0 %	40 %	20 %	40 %	55376326
31	NC_006393	TTCAT	2	10	44205	44214	20 %	60 %	0 %	20 %	55376326
32	NC_006393	TCACC	2	10	44497	44506	20 %	20 %	0 %	60 %	55376326
33	NC_006393	GCATC	2	10	46037	46046	20 %	20 %	20 %	40 %	55376329
34	NC_006393	CTTCG	2	10	47958	47967	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_006393	TGAGT	2	10	55509	55518	20 %	40 %	40 %	0 %	55376337
36	NC_006393	TGGCG	2	10	58942	58951	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_006393	CCATT	2	10	58955	58964	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_006393	TCAAA	2	10	63981	63990	60 %	20 %	0 %	20 %	55376343
39	NC_006393	CGTCG	2	10	64587	64596	0 %	20 %	40 %	40 %	55376344
40	NC_006393	CGAGG	2	10	65956	65965	20 %	0 %	60 %	20 %	55376347
41	NC_006393	ACCGC	2	10	66078	66087	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_006393	ACACG	2	10	66731	66740	40 %	0 %	20 %	40 %	55376348
43	NC_006393	TCGGC	2	10	67445	67454	0 %	20 %	40 %	40 %	55376349
44	NC_006393	TGTTC	2	10	68926	68935	0 %	60 %	20 %	20 %	55376350
45	NC_006393	CATCT	2	10	69010	69019	20 %	40 %	0 %	40 %	55376350
46	NC_006393	AGTCC	2	10	69852	69861	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_006393	AAGTC	2	10	71301	71310	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_006393	AAACC	2	10	71576	71585	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_006393	TAGTT	2	10	72139	72148	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006393	CCCAG	2	10	72975	72984	20 %	0 %	20 %	60 %	55376354
51	NC_006393	GTTGG	2	10	76070	76079	0 %	40 %	60 %	0 %	55376356
52	NC_006393	TCCGC	2	10	77009	77018	0 %	20 %	20 %	60 %	55376356
53	NC_006393	CAGCG	2	10	82537	82546	20 %	0 %	40 %	40 %	55376361
54	NC_006393	CTCAC	2	10	84974	84983	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_006393	AGCGC	2	10	85379	85388	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_006393	GAGCG	2	10	86736	86745	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_006393	CGAAC	2	10	87225	87234	40 %	0 %	20 %	40 %	55376365
58	NC_006393	CTGCC	2	10	88249	88258	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_006393	TGCTG	2	10	88648	88657	0 %	40 %	40 %	20 %	55376366
60	NC_006393	CGACT	2	10	88973	88982	20 %	20 %	20 %	40 %	55376366
61	NC_006393	TCCAT	2	10	92206	92215	20 %	40 %	0 %	40 %	55376371
62	NC_006393	GTTCG	2	10	96399	96408	0 %	40 %	40 %	20 %	55376376
63	NC_006393	GGACG	2	10	96534	96543	20 %	0 %	60 %	20 %	55376376
64	NC_006393	AAAAT	2	10	98221	98230	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006393	CGACA	2	10	98821	98830	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_006393	TACCC	2	10	105661	105670	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_006393	GAGTC	2	10	105677	105686	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_006393	AAACC	2	10	105899	105908	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_006393	AGCTG	2	10	109597	109606	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_006393	GAGAA	2	10	109796	109805	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006393	GGCGT	2	10	111404	111413	0 %	20 %	60 %	20 %	55376393
72	NC_006393	CTGTC	2	10	112119	112128	0 %	40 %	20 %	40 %	55376394
73	NC_006393	ACGGC	2	10	112341	112350	20 %	0 %	40 %	40 %	55376394
74	NC_006393	GGTCG	2	10	112351	112360	0 %	20 %	60 %	20 %	55376394
75	NC_006393	GTAGG	2	10	112972	112981	20 %	20 %	60 %	0 %	55376394
76	NC_006393	AGATA	2	10	113229	113238	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_006393	CGGCA	2	10	114570	114579	20 %	0 %	40 %	40 %	55376395
78	NC_006393	CTTCT	2	10	120058	120067	0 %	60 %	0 %	40 %	55376402
79	NC_006393	CAGCT	2	10	120555	120564	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_006393	ACAAA	2	10	121130	121139	80 %	0 %	0 %	20 %	55376403
81	NC_006393	GACCT	2	10	121838	121847	20 %	20 %	20 %	40 %	55376403
82	NC_006393	TGGTT	2	10	124575	124584	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006393	ATTCA	2	10	125523	125532	40 %	40 %	0 %	20 %	55376404
84	NC_006393	TGCGG	2	10	125600	125609	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_006393	GCGGT	2	10	128671	128680	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_006393	TCGTC	2	10	130120	130129	0 %	40 %	20 %	40 %	55376408
87	NC_006393	AGACG	2	10	131909	131918	40 %	0 %	40 %	20 %	55376411

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.