MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG500

Total Repeats: 381

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006393	TATC	2	8	28	35	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_006393	CTCG	2	8	204	211	0 %	25 %	25 %	50 %	55376281
3	NC_006393	CGAG	2	8	602	609	25 %	0 %	50 %	25 %	55376281
4	NC_006393	TGAG	2	8	647	654	25 %	25 %	50 %	0 %	55376281
5	NC_006393	GAAC	2	8	735	742	50 %	0 %	25 %	25 %	55376281
6	NC_006393	GCTT	2	8	1047	1054	0 %	50 %	25 %	25 %	55376281
7	NC_006393	TCGT	2	8	1253	1260	0 %	50 %	25 %	25 %	55376281
8	NC_006393	GTCG	2	8	1581	1588	0 %	25 %	50 %	25 %	55376282
9	NC_006393	TCCG	2	8	2230	2237	0 %	25 %	25 %	50 %	55376283
10	NC_006393	GCCC	2	8	2402	2409	0 %	0 %	25 %	75 %	55376283
11	NC_006393	GGAC	2	8	2450	2457	25 %	0 %	50 %	25 %	55376283
12	NC_006393	CGTC	2	8	2540	2547	0 %	25 %	25 %	50 %	55376283
13	NC_006393	ACCG	2	8	2799	2806	25 %	0 %	25 %	50 %	55376283
14	NC_006393	TCGG	2	8	3560	3567	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_006393	GCAC	2	8	3692	3699	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_006393	AAAG	2	8	4169	4176	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006393	GCTC	2	8	4254	4261	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_006393	AGAA	2	8	4456	4463	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006393	GGCG	2	8	4817	4824	0 %	0 %	75 %	25 %	55376285
20	NC_006393	GCTC	2	8	5258	5265	0 %	25 %	25 %	50 %	55376285
21	NC_006393	AGAA	2	8	5393	5400	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_006393	AGAA	2	8	5528	5535	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_006393	CGAT	2	8	6072	6079	25 %	25 %	25 %	25 %	55376286
24	NC_006393	TAAA	2	8	6233	6240	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006393	TGTA	2	8	6308	6315	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_006393	ACAA	2	8	6323	6330	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_006393	ACGT	2	8	6414	6421	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_006393	TTCT	2	8	6441	6448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_006393	CCCA	2	8	6545	6552	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_006393	AAAT	2	8	6702	6709	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006393	TCAG	2	8	6716	6723	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_006393	CAGT	2	8	6922	6929	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_006393	CGAC	2	8	7259	7266	25 %	0 %	25 %	50 %	55376287
34	NC_006393	TGGC	2	8	8008	8015	0 %	25 %	50 %	25 %	55376287
35	NC_006393	CAGC	2	8	8562	8569	25 %	0 %	25 %	50 %	55376288
36	NC_006393	CACT	2	8	8649	8656	25 %	25 %	0 %	50 %	55376288
37	NC_006393	GGCA	2	8	8902	8909	25 %	0 %	50 %	25 %	55376288
38	NC_006393	TCCC	2	8	8937	8944	0 %	25 %	0 %	75 %	55376288
39	NC_006393	GATT	2	8	8962	8969	25 %	50 %	25 %	0 %	55376288
40	NC_006393	GCAA	2	8	9206	9213	50 %	0 %	25 %	25 %	55376288
41	NC_006393	TGGC	2	8	9309	9316	0 %	25 %	50 %	25 %	55376288
42	NC_006393	TCTT	2	8	10047	10054	0 %	75 %	0 %	25 %	55376288
43	NC_006393	GGCC	2	8	10079	10086	0 %	0 %	50 %	50 %	55376288
44	NC_006393	CACT	2	8	10287	10294	25 %	25 %	0 %	50 %	55376288
45	NC_006393	CGTG	2	8	10729	10736	0 %	25 %	50 %	25 %	55376289
46	NC_006393	GCGT	2	8	10750	10757	0 %	25 %	50 %	25 %	55376289
47	NC_006393	GTTC	2	8	10792	10799	0 %	50 %	25 %	25 %	55376289
48	NC_006393	TCGA	2	8	11349	11356	25 %	25 %	25 %	25 %	55376289
49	NC_006393	TCAA	2	8	12300	12307	50 %	25 %	0 %	25 %	55376290
50	NC_006393	CCTG	2	8	13280	13287	0 %	25 %	25 %	50 %	55376291
51	NC_006393	CATT	2	8	13315	13322	25 %	50 %	0 %	25 %	55376291
52	NC_006393	AATT	2	8	13660	13667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_006393	CCCG	2	8	14336	14343	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_006393	GGAT	2	8	15068	15075	25 %	25 %	50 %	0 %	55376293
55	NC_006393	ACCG	2	8	15411	15418	25 %	0 %	25 %	50 %	55376293
56	NC_006393	AGCG	2	8	16618	16625	25 %	0 %	50 %	25 %	55376294
57	NC_006393	CGCC	2	8	16741	16748	0 %	0 %	25 %	75 %	55376294
58	NC_006393	CAGC	2	8	16758	16765	25 %	0 %	25 %	50 %	55376294
59	NC_006393	GCTT	2	8	17178	17185	0 %	50 %	25 %	25 %	55376294
60	NC_006393	CTTG	2	8	18326	18333	0 %	50 %	25 %	25 %	55376295
61	NC_006393	TCGA	2	8	18748	18755	25 %	25 %	25 %	25 %	55376295
62	NC_006393	TCGA	2	8	19041	19048	25 %	25 %	25 %	25 %	55376295
63	NC_006393	AGCC	2	8	19363	19370	25 %	0 %	25 %	50 %	55376295
64	NC_006393	ATCG	2	8	19597	19604	25 %	25 %	25 %	25 %	55376295
65	NC_006393	TCGA	2	8	19690	19697	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_006393	TTCT	2	8	19748	19755	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_006393	ACTC	2	8	20414	20421	25 %	25 %	0 %	50 %	55376296
68	NC_006393	AAAC	2	8	20820	20827	75 %	0 %	0 %	25 %	55376297
69	NC_006393	CTCA	2	8	22095	22102	25 %	25 %	0 %	50 %	55376299
70	NC_006393	TCAA	2	8	22277	22284	50 %	25 %	0 %	25 %	55376299
71	NC_006393	GCCT	2	8	22496	22503	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_006393	GAGC	2	8	22732	22739	25 %	0 %	50 %	25 %	55376300
73	NC_006393	CATC	2	8	22757	22764	25 %	25 %	0 %	50 %	55376300
74	NC_006393	CAGC	2	8	22816	22823	25 %	0 %	25 %	50 %	55376300
75	NC_006393	TATT	2	8	22954	22961	25 %	75 %	0 %	0 %	55376300
76	NC_006393	GGTG	2	8	23074	23081	0 %	25 %	75 %	0 %	55376301
77	NC_006393	CGAC	2	8	23320	23327	25 %	0 %	25 %	50 %	55376301
78	NC_006393	CCAA	2	8	23711	23718	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_006393	GTGA	2	8	23876	23883	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006393	TTTG	2	8	24161	24168	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006393	CAGA	2	8	24646	24653	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_006393	ACGT	2	8	24709	24716	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_006393	TCGT	2	8	25043	25050	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_006393	GGAA	2	8	25078	25085	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006393	CAGG	2	8	25434	25441	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_006393	AGTC	2	8	25488	25495	25 %	25 %	25 %	25 %	55376302
87	NC_006393	TCAG	2	8	25512	25519	25 %	25 %	25 %	25 %	55376302
88	NC_006393	TCTG	2	8	25679	25686	0 %	50 %	25 %	25 %	55376302
89	NC_006393	CCCG	2	8	26059	26066	0 %	0 %	25 %	75 %	55376302
90	NC_006393	GAGC	2	8	26487	26494	25 %	0 %	50 %	25 %	55376304
91	NC_006393	CCCA	2	8	27187	27194	25 %	0 %	0 %	75 %	55376304
92	NC_006393	AACC	2	8	27669	27676	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_006393	GTTA	2	8	27703	27710	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006393	GGAA	2	8	27841	27848	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006393	TGTT	2	8	28101	28108	0 %	75 %	25 %	0 %	55376305
96	NC_006393	GTTC	2	8	28870	28877	0 %	50 %	25 %	25 %	55376305
97	NC_006393	GTAG	2	8	29080	29087	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006393	CTGG	2	8	29456	29463	0 %	25 %	50 %	25 %	55376306
99	NC_006393	ACTC	2	8	29594	29601	25 %	25 %	0 %	50 %	55376307
100	NC_006393	GACC	2	8	29866	29873	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_006393	CGGC	2	8	30160	30167	0 %	0 %	50 %	50 %	55376308
102	NC_006393	GTTC	2	8	30367	30374	0 %	50 %	25 %	25 %	55376308
103	NC_006393	CGTA	2	8	30792	30799	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_006393	TGGC	2	8	30803	30810	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_006393	GACG	2	8	31032	31039	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_006393	CTTG	2	8	31428	31435	0 %	50 %	25 %	25 %	55376310
107	NC_006393	GCCG	2	8	32588	32595	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_006393	ACCA	2	8	32805	32812	50 %	0 %	0 %	50 %	55376313
109	NC_006393	GAGC	2	8	32999	33006	25 %	0 %	50 %	25 %	55376314
110	NC_006393	TGCT	2	8	33409	33416	0 %	50 %	25 %	25 %	55376314
111	NC_006393	CTGT	2	8	34017	34024	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_006393	CAGT	2	8	34125	34132	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_006393	TGCG	2	8	34278	34285	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_006393	GTAC	2	8	34381	34388	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_006393	ATAG	2	8	34743	34750	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006393	CTGT	2	8	35550	35557	0 %	50 %	25 %	25 %	55376316
117	NC_006393	CTCG	2	8	36906	36913	0 %	25 %	25 %	50 %	55376317
118	NC_006393	CCGA	2	8	37123	37130	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_006393	TGGG	2	8	37337	37344	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_006393	CGCA	2	8	37724	37731	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_006393	ATCC	2	8	37898	37905	25 %	25 %	0 %	50 %	55376318
122	NC_006393	CGAC	2	8	38627	38634	25 %	0 %	25 %	50 %	55376319
123	NC_006393	CGTC	2	8	39715	39722	0 %	25 %	25 %	50 %	55376322
124	NC_006393	AAAT	2	8	41096	41103	75 %	25 %	0 %	0 %	55376324
125	NC_006393	GATG	2	8	41328	41335	25 %	25 %	50 %	0 %	55376324
126	NC_006393	TGAT	2	8	41409	41416	25 %	50 %	25 %	0 %	55376324
127	NC_006393	ATCA	2	8	41768	41775	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_006393	CCGT	2	8	41814	41821	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_006393	ATTT	2	8	42623	42630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_006393	TGCT	2	8	42900	42907	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_006393	GGCG	2	8	42943	42950	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
132	NC_006393	ACCG	2	8	43077	43084	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_006393	GGAA	2	8	43955	43962	50 %	0 %	50 %	0 %	55376326
134	NC_006393	GTCG	2	8	43971	43978	0 %	25 %	50 %	25 %	55376326
135	NC_006393	GATC	2	8	44196	44203	25 %	25 %	25 %	25 %	55376326
136	NC_006393	ATCC	2	8	44326	44333	25 %	25 %	0 %	50 %	55376326
137	NC_006393	TCAA	2	8	44816	44823	50 %	25 %	0 %	25 %	55376326
138	NC_006393	TCGA	2	8	45291	45298	25 %	25 %	25 %	25 %	55376327
139	NC_006393	GATT	2	8	45320	45327	25 %	50 %	25 %	0 %	55376327
140	NC_006393	CGGA	2	8	45672	45679	25 %	0 %	50 %	25 %	55376328
141	NC_006393	CGTC	2	8	45866	45873	0 %	25 %	25 %	50 %	55376329
142	NC_006393	CAAC	2	8	46581	46588	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_006393	TCGA	2	8	47385	47392	25 %	25 %	25 %	25 %	55376331
144	NC_006393	TTTC	2	8	48044	48051	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_006393	GCAG	2	8	48899	48906	25 %	0 %	50 %	25 %	55376333
146	NC_006393	CTCG	2	8	48987	48994	0 %	25 %	25 %	50 %	55376334
147	NC_006393	CGAG	2	8	49068	49075	25 %	0 %	50 %	25 %	55376334
148	NC_006393	CGCC	2	8	49503	49510	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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288	NC_006393	TTCA	2	8	100371	100378	25 %	50 %	0 %	25 %	55376379
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.