MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG300

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006391	CGTT	2	8	78	85	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_006391	CAGC	2	8	354	361	25 %	0 %	25 %	50 %	55376188
3	NC_006391	CGCA	2	8	545	552	25 %	0 %	25 %	50 %	55376188
4	NC_006391	CGAC	2	8	876	883	25 %	0 %	25 %	50 %	55376188
5	NC_006391	GTCT	2	8	1113	1120	0 %	50 %	25 %	25 %	55376188
6	NC_006391	ACGG	2	8	1280	1287	25 %	0 %	50 %	25 %	55376188
7	NC_006391	TTGA	2	8	1958	1965	25 %	50 %	25 %	0 %	55376188
8	NC_006391	AGCG	2	8	2690	2697	25 %	0 %	50 %	25 %	55376188
9	NC_006391	CGGT	2	8	2924	2931	0 %	25 %	50 %	25 %	55376188
10	NC_006391	GACC	2	8	2992	2999	25 %	0 %	25 %	50 %	55376188
11	NC_006391	CGAA	2	8	3257	3264	50 %	0 %	25 %	25 %	55376188
12	NC_006391	CCAG	2	8	3378	3385	25 %	0 %	25 %	50 %	55376188
13	NC_006391	TCGC	2	8	3617	3624	0 %	25 %	25 %	50 %	55376188
14	NC_006391	GGAG	2	8	4118	4125	25 %	0 %	75 %	0 %	55376188
15	NC_006391	CCTG	2	8	4815	4822	0 %	25 %	25 %	50 %	55376190
16	NC_006391	CGAG	2	8	5586	5593	25 %	0 %	50 %	25 %	55376191
17	NC_006391	TCAA	2	8	5812	5819	50 %	25 %	0 %	25 %	55376192
18	NC_006391	AAAC	2	8	5915	5922	75 %	0 %	0 %	25 %	55376192
19	NC_006391	GTTC	2	8	6262	6269	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_006391	AGTC	2	8	6415	6422	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_006391	CCCA	2	8	6449	6456	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_006391	GAAA	2	8	6818	6825	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_006391	GCTG	2	8	8147	8154	0 %	25 %	50 %	25 %	55376195
24	NC_006391	CGGA	2	8	8203	8210	25 %	0 %	50 %	25 %	55376195
25	NC_006391	GTAC	2	8	8730	8737	25 %	25 %	25 %	25 %	55376195
26	NC_006391	TAAG	2	8	9005	9012	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006391	GGCT	2	8	9541	9548	0 %	25 %	50 %	25 %	55376196
28	NC_006391	GCGA	2	8	9992	9999	25 %	0 %	50 %	25 %	55376196
29	NC_006391	GGTA	2	8	10264	10271	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006391	TAAG	2	8	10274	10281	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006391	GTCT	2	8	10848	10855	0 %	50 %	25 %	25 %	55376198
32	NC_006391	GTCA	2	8	11065	11072	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_006391	ACGC	2	8	11111	11118	25 %	0 %	25 %	50 %	55376199
34	NC_006391	GGGC	2	8	11189	11196	0 %	0 %	75 %	25 %	55376199
35	NC_006391	CCAG	2	8	11215	11222	25 %	0 %	25 %	50 %	55376199
36	NC_006391	CGAG	2	8	11446	11453	25 %	0 %	50 %	25 %	55376199
37	NC_006391	CAAC	2	8	11989	11996	50 %	0 %	0 %	50 %	55376199
38	NC_006391	AAGC	2	8	12023	12030	50 %	0 %	25 %	25 %	55376199
39	NC_006391	CATC	2	8	12136	12143	25 %	25 %	0 %	50 %	55376199
40	NC_006391	GTTT	2	8	12246	12253	0 %	75 %	25 %	0 %	55376199
41	NC_006391	ACGC	2	8	12787	12794	25 %	0 %	25 %	50 %	55376199
42	NC_006391	ACCG	2	8	13606	13613	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_006391	TCCG	2	8	13795	13802	0 %	25 %	25 %	50 %	55376202
44	NC_006391	GTCC	2	8	14657	14664	0 %	25 %	25 %	50 %	55376203
45	NC_006391	ACGG	2	8	14917	14924	25 %	0 %	50 %	25 %	55376205
46	NC_006391	CTGA	2	8	15178	15185	25 %	25 %	25 %	25 %	55376205
47	NC_006391	CATC	2	8	15578	15585	25 %	25 %	0 %	50 %	55376206
48	NC_006391	AACG	2	8	17492	17499	50 %	0 %	25 %	25 %	55376209
49	NC_006391	CGTT	2	8	17606	17613	0 %	50 %	25 %	25 %	55376209
50	NC_006391	CCGA	2	8	17639	17646	25 %	0 %	25 %	50 %	55376209
51	NC_006391	GGAC	2	8	18428	18435	25 %	0 %	50 %	25 %	55376209
52	NC_006391	CAAA	2	8	18678	18685	75 %	0 %	0 %	25 %	55376209
53	NC_006391	GGCT	2	8	18688	18695	0 %	25 %	50 %	25 %	55376209
54	NC_006391	CGAC	2	8	19335	19342	25 %	0 %	25 %	50 %	55376209
55	NC_006391	GAGC	2	8	19716	19723	25 %	0 %	50 %	25 %	55376209
56	NC_006391	CCGG	2	8	19756	19763	0 %	0 %	50 %	50 %	55376209
57	NC_006391	CCAT	2	8	19764	19771	25 %	25 %	0 %	50 %	55376209
58	NC_006391	CGGC	2	8	20168	20175	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_006391	TTTC	2	8	21356	21363	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_006391	GCTT	2	8	21518	21525	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_006391	GACG	2	8	21817	21824	25 %	0 %	50 %	25 %	55376210
62	NC_006391	ATAA	2	8	22094	22101	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006391	CCAA	2	8	23067	23074	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_006391	TCCG	3	12	23427	23438	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_006391	GCCA	2	8	23924	23931	25 %	0 %	25 %	50 %	55376211
66	NC_006391	AGCG	2	8	24006	24013	25 %	0 %	50 %	25 %	55376211
67	NC_006391	CAAT	2	8	24952	24959	50 %	25 %	0 %	25 %	55376211
68	NC_006391	CGAC	2	8	25410	25417	25 %	0 %	25 %	50 %	55376212
69	NC_006391	CGCT	2	8	25562	25569	0 %	25 %	25 %	50 %	55376212
70	NC_006391	CGTC	2	8	26000	26007	0 %	25 %	25 %	50 %	55376212
71	NC_006391	TCAC	2	8	26624	26631	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_006391	CGCT	2	8	27545	27552	0 %	25 %	25 %	50 %	55376213
73	NC_006391	GCCG	2	8	27906	27913	0 %	0 %	50 %	50 %	55376213
74	NC_006391	GACC	2	8	27947	27954	25 %	0 %	25 %	50 %	55376213
75	NC_006391	CTTG	2	8	28368	28375	0 %	50 %	25 %	25 %	55376214
76	NC_006391	GATG	2	8	28395	28402	25 %	25 %	50 %	0 %	55376214
77	NC_006391	TAAA	2	8	28560	28567	75 %	25 %	0 %	0 %	55376215
78	NC_006391	ACCT	2	8	28654	28661	25 %	25 %	0 %	50 %	55376215
79	NC_006391	CTGA	2	8	28790	28797	25 %	25 %	25 %	25 %	55376215
80	NC_006391	GAGC	2	8	29210	29217	25 %	0 %	50 %	25 %	55376216
81	NC_006391	GATG	2	8	29468	29475	25 %	25 %	50 %	0 %	55376217
82	NC_006391	CGGA	2	8	29610	29617	25 %	0 %	50 %	25 %	55376217
83	NC_006391	GCCG	2	8	29712	29719	0 %	0 %	50 %	50 %	55376217
84	NC_006391	CGAC	2	8	29728	29735	25 %	0 %	25 %	50 %	55376217
85	NC_006391	CCGT	2	8	29794	29801	0 %	25 %	25 %	50 %	55376217
86	NC_006391	CGGG	2	8	30324	30331	0 %	0 %	75 %	25 %	55376218
87	NC_006391	GCTG	2	8	30778	30785	0 %	25 %	50 %	25 %	55376219
88	NC_006391	GCCT	2	8	30885	30892	0 %	25 %	25 %	50 %	55376219
89	NC_006391	GCTG	2	8	31122	31129	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_006391	CCCG	2	8	31781	31788	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NC_006391	ACCC	2	8	32219	32226	25 %	0 %	0 %	75 %	55376221
92	NC_006391	ACGG	2	8	32471	32478	25 %	0 %	50 %	25 %	55376221
93	NC_006391	GAAC	2	8	32495	32502	50 %	0 %	25 %	25 %	55376222
94	NC_006391	GGCG	2	8	33124	33131	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
95	NC_006391	TCGG	2	8	33396	33403	0 %	25 %	50 %	25 %	55376223
96	NC_006391	GGCA	2	8	33630	33637	25 %	0 %	50 %	25 %	55376223
97	NC_006391	ACCG	2	8	34216	34223	25 %	0 %	25 %	50 %	55376223
98	NC_006391	CCCG	2	8	34375	34382	0 %	0 %	25 %	75 %	55376223
99	NC_006391	GCTC	2	8	34590	34597	0 %	25 %	25 %	50 %	55376223
100	NC_006391	TGAC	2	8	34858	34865	25 %	25 %	25 %	25 %	55376223
101	NC_006391	GTCG	2	8	34919	34926	0 %	25 %	50 %	25 %	55376224
102	NC_006391	CGGG	2	8	35053	35060	0 %	0 %	75 %	25 %	55376224
103	NC_006391	CCCG	2	8	35387	35394	0 %	0 %	25 %	75 %	55376224
104	NC_006391	CTCG	2	8	36099	36106	0 %	25 %	25 %	50 %	55376226
105	NC_006391	CGGC	2	8	36700	36707	0 %	0 %	50 %	50 %	55376226
106	NC_006391	GGGC	2	8	37250	37257	0 %	0 %	75 %	25 %	55376226
107	NC_006391	GGCA	2	8	37486	37493	25 %	0 %	50 %	25 %	55376226
108	NC_006391	CCCG	2	8	38014	38021	0 %	0 %	25 %	75 %	55376227
109	NC_006391	CGGC	2	8	38299	38306	0 %	0 %	50 %	50 %	55376227
110	NC_006391	CGGT	2	8	38377	38384	0 %	25 %	50 %	25 %	55376227
111	NC_006391	GCAC	2	8	38648	38655	25 %	0 %	25 %	50 %	55376227
112	NC_006391	CGGC	2	8	38820	38827	0 %	0 %	50 %	50 %	55376227
113	NC_006391	CGAC	2	8	39174	39181	25 %	0 %	25 %	50 %	55376227
114	NC_006391	TGAC	2	8	39472	39479	25 %	25 %	25 %	25 %	55376227

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.