MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus plantarum WCFS1 plasmid pWCFS103

Total Repeats: 405

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006377	TAG	2	6	303	308	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307186
2	NC_006377	TCT	2	6	342	347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307186
3	NC_006377	CCA	2	6	389	394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307186
4	NC_006377	CTT	2	6	462	467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307186
5	NC_006377	TTC	2	6	515	520	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307186
6	NC_006377	ATC	2	6	521	526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307186
7	NC_006377	TTC	2	6	1056	1061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307187
8	NC_006377	TCT	2	6	1143	1148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307187
9	NC_006377	CAA	2	6	1195	1200	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307187
10	NC_006377	CCA	2	6	1203	1208	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307187
11	NC_006377	ACA	2	6	2109	2114	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307188
12	NC_006377	GAT	2	6	2235	2240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307188
13	NC_006377	AAG	2	6	2275	2280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	54307188
14	NC_006377	AAT	2	6	2385	2390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307188
15	NC_006377	AGA	3	9	2696	2704	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	54307188
16	NC_006377	ATT	2	6	2841	2846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307188
17	NC_006377	TGG	2	6	2864	2869	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307189
18	NC_006377	AAT	2	6	2904	2909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307189
19	NC_006377	TCT	2	6	2953	2958	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307189
20	NC_006377	TAC	2	6	3012	3017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307189
21	NC_006377	ATC	2	6	3032	3037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307189
22	NC_006377	AAT	2	6	3209	3214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307189
23	NC_006377	ACA	2	6	3516	3521	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307190
24	NC_006377	ATA	2	6	3546	3551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307190
25	NC_006377	ATC	2	6	3874	3879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307191
26	NC_006377	TCA	2	6	3928	3933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307191
27	NC_006377	AAC	2	6	3961	3966	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307191
28	NC_006377	CTT	2	6	3995	4000	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307191
29	NC_006377	AAC	2	6	4129	4134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307191
30	NC_006377	AGT	2	6	4251	4256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307191
31	NC_006377	TAG	2	6	4843	4848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307192
32	NC_006377	TAT	2	6	5381	5386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307193
33	NC_006377	CAC	2	6	5497	5502	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307193
34	NC_006377	AAG	2	6	5544	5549	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	54307193
35	NC_006377	TTG	2	6	5557	5562	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307193
36	NC_006377	TGT	2	6	5593	5598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307193
37	NC_006377	ATT	2	6	5773	5778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307194
38	NC_006377	CCA	2	6	5853	5858	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307194
39	NC_006377	TTG	2	6	5885	5890	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307194
40	NC_006377	GCA	2	6	5913	5918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307194
41	NC_006377	ATT	2	6	5970	5975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307194
42	NC_006377	TGA	2	6	5982	5987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307194
43	NC_006377	GAA	2	6	6025	6030	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	54307194
44	NC_006377	GTT	2	6	6046	6051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307194
45	NC_006377	ATT	2	6	6073	6078	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307195
46	NC_006377	TGC	2	6	6092	6097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	54307195
47	NC_006377	TAA	2	6	6208	6213	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307195
48	NC_006377	GAT	2	6	6260	6265	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307195
49	NC_006377	TGG	2	6	6406	6411	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307195
50	NC_006377	ATT	2	6	6542	6547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307196
51	NC_006377	ACG	2	6	6583	6588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307196
52	NC_006377	GTT	2	6	6726	6731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307196
53	NC_006377	GCC	2	6	6733	6738	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	54307196
54	NC_006377	GTT	2	6	6781	6786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307196
55	NC_006377	TGC	2	6	6813	6818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	54307196
56	NC_006377	GAA	2	6	6832	6837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	54307196
57	NC_006377	CGG	2	6	6905	6910	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54307196
58	NC_006377	AAT	2	6	6994	6999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307196
59	NC_006377	CTT	2	6	7025	7030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307196
60	NC_006377	AGC	2	6	7158	7163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307196
61	NC_006377	AGC	2	6	7167	7172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307196
62	NC_006377	CAG	2	6	7204	7209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307196
63	NC_006377	CAA	2	6	7270	7275	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307196
64	NC_006377	ACA	2	6	7287	7292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307196
65	NC_006377	CCG	2	6	7414	7419	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	54307196
66	NC_006377	ATT	2	6	7483	7488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307196
67	NC_006377	AAC	2	6	7518	7523	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307196
68	NC_006377	CCA	2	6	7580	7585	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307196
69	NC_006377	ATC	2	6	7598	7603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307196
70	NC_006377	AGC	2	6	7655	7660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307196
71	NC_006377	GTG	3	9	7822	7830	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307196
72	NC_006377	GTT	2	6	7857	7862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307196
73	NC_006377	ATT	2	6	7930	7935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307196
74	NC_006377	CAA	2	6	7963	7968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307196
75	NC_006377	AAC	2	6	7998	8003	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307196
76	NC_006377	TGG	2	6	8065	8070	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307196
77	NC_006377	TTA	2	6	8333	8338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307197
78	NC_006377	TGG	2	6	8386	8391	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307197
79	NC_006377	GTC	2	6	8417	8422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	54307197
80	NC_006377	ATT	2	6	8486	8491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307197
81	NC_006377	GGC	2	6	8614	8619	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54307197
82	NC_006377	GGC	2	6	8638	8643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54307197
83	NC_006377	TGA	2	6	8692	8697	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307197
84	NC_006377	TAT	2	6	8716	8721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307197
85	NC_006377	GTT	2	6	8762	8767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307197
86	NC_006377	ATG	2	6	8916	8921	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307197
87	NC_006377	ATT	2	6	8965	8970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307197
88	NC_006377	GCG	2	6	8993	8998	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54307197
89	NC_006377	AGT	2	6	9020	9025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307197
90	NC_006377	TTG	2	6	9077	9082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307197
91	NC_006377	CAA	2	6	9089	9094	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307197
92	NC_006377	TCA	2	6	9097	9102	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307197
93	NC_006377	TCT	2	6	9147	9152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307197
94	NC_006377	GGT	2	6	9172	9177	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307197
95	NC_006377	ACA	2	6	9203	9208	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307197
96	NC_006377	TCA	2	6	9293	9298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307197
97	NC_006377	AAT	2	6	9305	9310	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307197
98	NC_006377	ATT	2	6	9395	9400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307197
99	NC_006377	ATG	2	6	9606	9611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307198
100	NC_006377	CAA	2	6	9627	9632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307198
101	NC_006377	CTG	2	6	9709	9714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	54307198
102	NC_006377	AGT	2	6	9765	9770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307198
103	NC_006377	ACA	2	6	9782	9787	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307198
104	NC_006377	AAT	2	6	9840	9845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307198
105	NC_006377	TGT	2	6	9961	9966	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307199
106	NC_006377	ATC	2	6	10103	10108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307199
107	NC_006377	AAC	2	6	10256	10261	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307199
108	NC_006377	ATT	2	6	10301	10306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307200
109	NC_006377	CGG	2	6	10313	10318	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54307200
110	NC_006377	CGG	2	6	10336	10341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54307200
111	NC_006377	ATT	2	6	10385	10390	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307200
112	NC_006377	TTG	2	6	10774	10779	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307200
113	NC_006377	ATT	2	6	10896	10901	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307200
114	NC_006377	TTA	2	6	10933	10938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307200
115	NC_006377	GTT	2	6	10986	10991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307200
116	NC_006377	TCT	2	6	11019	11024	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	54307200
117	NC_006377	GTT	2	6	11046	11051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307200
118	NC_006377	AAT	2	6	11064	11069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307200
119	NC_006377	TGG	2	6	11173	11178	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307200
120	NC_006377	CAT	2	6	11187	11192	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	54307200
121	NC_006377	TTA	2	6	11193	11198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307200
122	NC_006377	GAA	2	6	11242	11247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	54307200
123	NC_006377	GTT	2	6	11328	11333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307200
124	NC_006377	AAC	2	6	11393	11398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307200
125	NC_006377	TGA	2	6	11405	11410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307200
126	NC_006377	CAC	2	6	11605	11610	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307200
127	NC_006377	GCA	2	6	11643	11648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54307200
128	NC_006377	AAC	2	6	11659	11664	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	54307200
129	NC_006377	TGT	2	6	12046	12051	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	54307201
130	NC_006377	ATA	2	6	12137	12142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	54307201
131	NC_006377	TAG	2	6	12254	12259	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307201
132	NC_006377	TGA	2	6	12315	12320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	54307201
133	NC_006377	TTA	2	6	12334	12339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307201
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136	NC_006377	TTA	2	6	12455	12460	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	54307202
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257	NC_006377	ACC	2	6	21632	21637	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	54307214
258	NC_006377	TGG	2	6	21652	21657	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54307214
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.