MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Nocardia farcinica IFM 10152 plasmid pNF1

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006362	AAGACG	2	12	296	307	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	54027649
2	NC_006362	TGGACG	2	12	910	921	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	54027650
3	NC_006362	CTTCCT	2	12	3458	3469	0 %	50 %	0 %	50 %	54027652
4	NC_006362	GCGGTG	2	12	4021	4032	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	54027652
5	NC_006362	CCCGAC	2	12	4566	4577	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027653
6	NC_006362	ATCGGC	2	12	5222	5233	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027654
7	NC_006362	GGCCGG	2	12	7466	7477	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54027657
8	NC_006362	CGCCAG	2	12	7935	7946	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027657
9	NC_006362	TGACCC	2	12	9676	9687	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	54027658
10	NC_006362	CCGGTG	2	12	11176	11187	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027660
11	NC_006362	CCACGC	2	12	11675	11686	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027661
12	NC_006362	TCTCCA	2	12	13005	13016	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	54027664
13	NC_006362	CGCGAC	2	12	15116	15127	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027665
14	NC_006362	CGGTGG	2	12	15235	15246	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	54027665
15	NC_006362	GGTCGG	2	12	15823	15834	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	54027666
16	NC_006362	TGGCGC	2	12	18425	18436	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027668
17	NC_006362	CGCGGG	2	12	19598	19609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54027669
18	NC_006362	CTGCGG	2	12	20663	20674	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027670
19	NC_006362	CAGGCG	2	12	26333	26344	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027673
20	NC_006362	CCGGAT	2	12	26498	26509	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027673
21	NC_006362	TGTCGG	2	12	26665	26676	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	54027673
22	NC_006362	GAGGGC	2	12	28848	28859	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	54027676
23	NC_006362	CGGCAC	2	12	30672	30683	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027676
24	NC_006362	GGTCTG	2	12	31074	31085	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	54027676
25	NC_006362	GGCGAG	2	12	37165	37176	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	54027679
26	NC_006362	AGTCGG	2	12	38955	38966	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	54027679
27	NC_006362	TGCGTC	2	12	39165	39176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	54027679
28	NC_006362	CAACGG	2	12	40416	40427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54027681
29	NC_006362	CGGTGC	2	12	45453	45464	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027686
30	NC_006362	TGCCGG	3	18	45471	45488	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027686
31	NC_006362	CATCAG	2	12	45929	45940	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	54027686
32	NC_006362	CATCGG	2	12	45941	45952	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027686
33	NC_006362	GCTACG	2	12	47671	47682	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027688
34	NC_006362	TCGCGG	2	12	47773	47784	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027688
35	NC_006362	TGGCGG	2	12	48208	48219	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	54027688
36	NC_006362	GCCCGC	2	12	48623	48634	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	54027689
37	NC_006362	CCAGGC	2	12	51243	51254	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027692
38	NC_006362	AGGTGC	2	12	53809	53820	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	54027696
39	NC_006362	ACCGGC	2	12	55324	55335	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027698
40	NC_006362	GAACAG	2	12	56688	56699	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	54027699
41	NC_006362	GACGGC	2	12	57302	57313	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027700
42	NC_006362	TGATCG	2	12	60680	60691	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	54027703
43	NC_006362	TCGCGG	2	12	62183	62194	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027704
44	NC_006362	GACCAG	2	12	64159	64170	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54027705
45	NC_006362	CCATGG	2	12	65150	65161	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027706
46	NC_006362	GCGTTG	2	12	65165	65176	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	54027706
47	NC_006362	TGGGGT	2	12	66341	66352	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	54027707
48	NC_006362	CCCCGG	2	12	68105	68116	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	54027708
49	NC_006362	GATGGT	2	12	69293	69304	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	54027709
50	NC_006362	ATCGGC	2	12	70439	70450	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027710
51	NC_006362	CGTCGG	2	12	73812	73823	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027713
52	NC_006362	ACCTCG	2	12	73838	73849	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	54027713
53	NC_006362	CCGGTG	2	12	75259	75270	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027715
54	NC_006362	ACCTCG	2	12	75561	75572	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	54027715
55	NC_006362	GCGCCC	2	12	75647	75658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	54027715
56	NC_006362	CCGCAC	2	12	77554	77565	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027716
57	NC_006362	CGCACG	2	12	78421	78432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027717
58	NC_006362	TGGACC	2	12	78598	78609	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027717
59	NC_006362	CGCAGT	2	12	79004	79015	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027717
60	NC_006362	CGGTAG	2	12	80174	80185	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	54027718
61	NC_006362	GTTCCT	2	12	81000	81011	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	54027718
62	NC_006362	CAGGGC	2	12	82223	82234	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027719
63	NC_006362	CACCGT	2	12	85154	85165	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	54027722
64	NC_006362	GAGCGC	2	12	87731	87742	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027724
65	NC_006362	GCGCCG	2	12	89286	89297	0 %	0 %	50 %	50 %	54027725
66	NC_006362	CGCGCC	2	12	91850	91861	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	54027728
67	NC_006362	CTGCCG	2	12	93426	93437	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	54027729
68	NC_006362	GCTCAG	2	12	93650	93661	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027729
69	NC_006362	TGCGAG	2	12	94760	94771	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	54027730
70	NC_006362	GAGGGC	2	12	97222	97233	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	54027733
71	NC_006362	CGCCGG	2	12	99219	99230	0 %	0 %	50 %	50 %	54027733
72	NC_006362	GTGTCG	2	12	101436	101447	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	54027734
73	NC_006362	ATCCCG	2	12	109610	109621	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	54027739
74	NC_006362	TCGGCG	2	12	110723	110734	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027740
75	NC_006362	GAGCGC	2	12	112385	112396	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027742
76	NC_006362	CTCGAC	2	12	114045	114056	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	54027743
77	NC_006362	AGCCCG	2	12	117527	117538	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027747
78	NC_006362	CGAGGC	2	12	120320	120331	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027748
79	NC_006362	CGAAGC	3	18	120410	120427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54027748
80	NC_006362	CGTCCG	2	12	121980	121991	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	54027750
81	NC_006362	TGCGCC	2	12	125262	125273	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	54027752
82	NC_006362	CACGCC	2	12	129661	129672	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027756
83	NC_006362	ATCCTG	2	12	130580	130591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	54027756
84	NC_006362	GCAGCC	2	12	130904	130915	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027756
85	NC_006362	ACCCCG	2	12	131523	131534	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027756
86	NC_006362	GCCACC	2	12	132848	132859	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027756
87	NC_006362	CAAGAC	2	12	132970	132981	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	54027756
88	NC_006362	CGACGT	2	12	135295	135306	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027757
89	NC_006362	CGACGG	2	12	135424	135435	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027757
90	NC_006362	CGGGCG	2	12	136595	136606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54027758
91	NC_006362	TGTCGA	2	12	136701	136712	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	54027758
92	NC_006362	AGGAGA	2	12	138246	138257	50 %	0 %	50 %	0 %	54027760
93	NC_006362	GCGGTG	2	12	138455	138466	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	54027760
94	NC_006362	GTGCCG	2	12	140438	140449	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027761
95	NC_006362	TCGCCG	2	12	140501	140512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	54027761
96	NC_006362	GGCCGG	2	12	140863	140874	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54027761
97	NC_006362	GCTCGG	2	12	141152	141163	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027762
98	NC_006362	GTCGAT	2	12	143427	143438	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	54027765
99	NC_006362	CAGCCG	2	12	144824	144835	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027766
100	NC_006362	AACCGC	2	12	144837	144848	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	54027766
101	NC_006362	CTCGAG	2	12	145055	145066	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027767
102	NC_006362	AGCGGT	2	12	145402	145413	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	54027767
103	NC_006362	CAATCG	2	12	148616	148627	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	54027773
104	NC_006362	GGGTCG	2	12	149239	149250	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	54027774
105	NC_006362	AGTGTG	2	12	151489	151500	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	54027778
106	NC_006362	TTCGCC	2	12	153941	153952	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	54027782
107	NC_006362	GACCGC	2	12	160232	160243	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	54027787
108	NC_006362	GTCGGC	2	12	161179	161190	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	54027788
109	NC_006362	CTTGGC	2	12	161714	161725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	54027789
110	NC_006362	CCACGC	2	12	161939	161950	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	54027789
111	NC_006362	TACTCG	2	12	162129	162140	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	54027789
112	NC_006362	GAGCCG	2	12	164949	164960	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027791
113	NC_006362	CCCGCC	2	12	165131	165142	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	54027791
114	NC_006362	TGGGGG	2	12	168155	168166	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	54027794
115	NC_006362	CGACCA	2	12	168881	168892	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	54027796
116	NC_006362	TTGTCT	2	12	170717	170728	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	54027798
117	NC_006362	CACGGG	2	12	172886	172897	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	54027800
118	NC_006362	CCGGGG	2	12	173242	173253	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	54027800
119	NC_006362	CCCGCT	2	12	176283	176294	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	54027804
120	NC_006362	CGACAG	2	12	176372	176383	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	54027804
121	NC_006362	ACCATC	2	12	176843	176854	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	54027805
122	NC_006362	GCAACA	2	12	178271	178282	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	54027806
123	NC_006362	ACGCTG	2	12	181587	181598	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	54027808

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.