MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. Wilmington

Total Repeats: 379

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006142	ATTTA	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006142	TACAT	2	10	13912	13921	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_006142	AAAGT	2	10	14397	14406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006142	ATTTA	2	10	18372	18381	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006142	TTAAT	2	10	19001	19010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_006142	AATTA	2	10	26708	26717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_006142	TTTAT	2	10	26942	26951	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006142	ACTAA	2	10	50169	50178	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_006142	AATTC	2	10	54456	54465	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_006142	TATTG	2	10	54545	54554	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_006142	ATCTT	2	10	54625	54634	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_006142	ATTAT	2	10	54760	54769	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006142	AAATT	2	10	67671	67680	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_006142	TAGTA	2	10	72823	72832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_006142	AATAA	2	10	73192	73201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006142	AAATT	2	10	73615	73624	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_006142	ATTTT	2	10	81288	81297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_006142	TATAC	2	10	84013	84022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_006142	GAATA	2	10	84144	84153	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_006142	TTTGT	2	10	90321	90330	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_006142	GTAGC	2	10	90345	90354	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_006142	TAATG	2	10	91446	91455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_006142	TATAA	2	10	104472	104481	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_006142	ATTTT	2	10	109418	109427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_006142	TTGCT	2	10	129444	129453	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_006142	AATTT	2	10	129728	129737	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006142	AATAA	2	10	129802	129811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_006142	ATTGC	2	10	130653	130662	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_006142	TAAGC	2	10	130739	130748	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_006142	TTTTA	2	10	132708	132717	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_006142	CATTA	2	10	133898	133907	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_006142	TATTT	2	10	141529	141538	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_006142	ATATT	2	10	142426	142435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006142	TAAAC	2	10	142880	142889	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_006142	TAAAG	2	10	170150	170159	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_006142	TACTT	2	10	170643	170652	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_006142	GCATT	2	10	175675	175684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_006142	GTTTC	2	10	175805	175814	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_006142	TATAG	2	10	179752	179761	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_006142	ATTTT	2	10	185128	185137	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_006142	AATTT	2	10	189603	189612	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006142	ATTAT	2	10	189683	189692	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006142	TAATA	2	10	195623	195632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006142	TAATA	2	10	202729	202738	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_006142	GCTAA	2	10	204258	204267	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_006142	ATATT	2	10	210170	210179	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006142	TTTTA	2	10	210514	210523	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_006142	ATTTT	2	10	221280	221289	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_006142	ATTAT	2	10	222594	222603	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_006142	ATGTA	2	10	226695	226704	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_006142	TAAAA	2	10	229948	229957	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_006142	CTACA	2	10	231254	231263	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_006142	AATTG	2	10	233738	233747	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_006142	ATATG	2	10	233895	233904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_006142	TTTAA	2	10	234389	234398	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_006142	TAAAA	2	10	234555	234564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_006142	AAATG	2	10	238476	238485	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_006142	TGCAA	2	10	243744	243753	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_006142	TATAA	2	10	246579	246588	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006142	TTTAA	2	10	249438	249447	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_006142	TATCG	2	10	249463	249472	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_006142	TTATA	2	10	252954	252963	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_006142	TAAAT	2	10	253225	253234	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006142	AAGTT	2	10	255520	255529	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_006142	ATCCC	2	10	259246	259255	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_006142	TGCAA	2	10	259331	259340	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_006142	TTTTA	2	10	271399	271408	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_006142	AATAT	2	10	274623	274632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006142	TATAA	2	10	275611	275620	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_006142	AAATG	2	10	275765	275774	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_006142	ATCAA	2	10	276079	276088	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_006142	TAAAA	2	10	278197	278206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_006142	ATTAA	2	10	278316	278325	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_006142	TAGTT	2	10	282175	282184	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_006142	TTCAT	2	10	284236	284245	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_006142	TTTAA	2	10	290261	290270	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_006142	TATAA	2	10	308736	308745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_006142	GTTGT	2	10	310600	310609	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_006142	GCAAT	2	10	314434	314443	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_006142	AATAA	2	10	315987	315996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006142	GTTAT	2	10	319058	319067	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_006142	ATTTA	2	10	320275	320284	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006142	ATTTT	2	10	321621	321630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_006142	TATAA	2	10	323798	323807	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_006142	TTTTA	2	10	324057	324066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_006142	GTTAA	2	10	326980	326989	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_006142	TAAAA	2	10	331270	331279	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006142	ATTAT	2	10	331356	331365	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_006142	ATTTA	2	10	333205	333214	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_006142	ATTTT	2	10	333283	333292	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_006142	TAAAA	2	10	336640	336649	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006142	AATAA	2	10	337115	337124	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_006142	TTTTG	2	10	337599	337608	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_006142	TTAAT	2	10	353063	353072	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_006142	ATTAA	2	10	357499	357508	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006142	ATGGT	2	10	362293	362302	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006142	AATAT	2	10	365073	365082	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006142	TTATT	2	10	367815	367824	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_006142	TAATT	2	10	375198	375207	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006142	ACATA	2	10	380877	380886	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_006142	AATAA	2	10	383619	383628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_006142	TAATC	2	10	390672	390681	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_006142	ATCTA	2	10	397447	397456	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_006142	TTCAT	2	10	403662	403671	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_006142	TATAT	2	10	404062	404071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_006142	TGATA	2	10	405079	405088	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_006142	AAAGT	2	10	408977	408986	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_006142	TATCA	2	10	423147	423156	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_006142	ATATC	2	10	423703	423712	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_006142	TGATA	2	10	425360	425369	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_006142	TATAT	2	10	425506	425515	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_006142	ATTAT	2	10	425637	425646	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_006142	TTTAT	2	10	425683	425692	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006142	TAGTA	2	10	426090	426099	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_006142	AATTT	2	10	429235	429244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_006142	TAATA	2	10	429466	429475	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_006142	TGATC	2	10	433226	433235	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_006142	ATTGA	2	10	433392	433401	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006142	ATGCA	2	10	433428	433437	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_006142	CTAAA	2	10	433956	433965	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_006142	CAATT	2	10	434014	434023	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_006142	GTCAT	2	10	434751	434760	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_006142	TTTAA	2	10	442083	442092	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006142	TTAAT	2	10	443157	443166	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_006142	TTTTA	2	10	444462	444471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_006142	AAGAA	2	10	447798	447807	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_006142	GTATA	2	10	451471	451480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_006142	TTAAG	2	10	452001	452010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_006142	CAATA	2	10	461631	461640	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_006142	TAATA	2	10	462314	462323	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_006142	ATGGT	2	10	462326	462335	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_006142	TTGCT	2	10	463185	463194	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_006142	TTTAA	2	10	463294	463303	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_006142	AAGAT	2	10	464585	464594	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_006142	TGTTT	2	10	478959	478968	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_006142	TATTT	2	10	479199	479208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_006142	TTCAC	2	10	480229	480238	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_006142	ATTCC	2	10	491040	491049	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_006142	GTATT	2	10	494961	494970	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_006142	TTTAA	2	10	496283	496292	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006142	ACCAA	2	10	496724	496733	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_006142	ATATA	2	10	498248	498257	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_006142	ATTGT	2	10	498331	498340	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_006142	CTTTT	2	10	506980	506989	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_006142	ATTTT	2	10	507407	507416	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_006142	TATTC	2	10	507732	507741	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_006142	TATGA	2	10	507868	507877	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_006142	TCAGT	2	10	507894	507903	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_006142	TTTAA	2	10	507995	508004	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_006142	TGAAA	2	10	508614	508623	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_006142	TTCTA	2	10	508657	508666	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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159	NC_006142	AGCTA	2	10	529682	529691	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_006142	TCATA	2	10	542135	542144	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_006142	TATAT	2	10	553222	553231	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_006142	TATAA	2	10	565811	565820	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_006142	TTAAG	2	10	578493	578502	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_006142	TCAAT	2	10	614614	614623	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
183	NC_006142	CTTAA	2	10	621318	621327	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_006142	TTAAG	2	10	624092	624101	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_006142	TAATT	2	10	631519	631528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_006142	TTGAA	2	10	633492	633501	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_006142	TTGAC	2	10	639637	639646	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_006142	AACAA	2	10	645741	645750	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_006142	TTTAA	2	10	646003	646012	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_006142	CAAAA	2	10	742945	742954	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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272	NC_006142	TAATA	2	10	839152	839161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
273	NC_006142	TACCT	2	10	839186	839195	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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281	NC_006142	ATATA	2	10	852683	852692	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_006142	AAAAT	2	10	871829	871838	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_006142	AAAAT	2	10	872882	872891	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_006142	TTGTA	2	10	873096	873105	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.