MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Mycobacterium ulcerans AGY99 plasmid pMUM001

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005916	GCCTAC	2	12	308	319	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	49146085
2	NC_005916	CCGCAG	2	12	695	706	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146085
3	NC_005916	CGCCAG	2	12	3479	3490	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146089
4	NC_005916	CCGGTG	2	12	6787	6798	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	49146092
5	NC_005916	GCACCC	2	12	11865	11876	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	49146098
6	NC_005916	GATCTG	2	12	12264	12275	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	49146099
7	NC_005916	GTAGGG	2	12	13852	13863	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	49146101
8	NC_005916	GGGTAG	2	12	13883	13894	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	49146101
9	NC_005916	CCCCGC	3	18	15854	15871	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	49146103
10	NC_005916	AACCGG	2	12	18519	18530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49146106
11	NC_005916	GCGGGC	2	12	19761	19772	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	49146108
12	NC_005916	CCCGAT	2	12	22409	22420	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	49146109
13	NC_005916	AACCGG	2	12	23861	23872	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49146110
14	NC_005916	ATCGGG	2	12	25234	25245	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	49146112
15	NC_005916	TCCGGT	2	12	28476	28487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	49146115
16	NC_005916	TTGCCA	2	12	29440	29451	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	49146115
17	NC_005916	GGTATT	2	12	30208	30219	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	49146116
18	NC_005916	CGGTGG	2	12	31025	31036	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
19	NC_005916	GGGTGT	2	12	31199	31210	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146116
20	NC_005916	GGCGGT	2	12	31403	31414	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
21	NC_005916	TCGGTG	3	18	32452	32469	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
22	NC_005916	TCGGTG	2	12	33169	33180	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
23	NC_005916	GAACAC	2	12	34518	34529	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146116
24	NC_005916	CGGTGG	2	12	36422	36433	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
25	NC_005916	GGGTGT	2	12	36596	36607	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146116
26	NC_005916	GGCGGT	2	12	36800	36811	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
27	NC_005916	TCGGTG	3	18	37849	37866	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
28	NC_005916	TCGGTG	2	12	38566	38577	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
29	NC_005916	GGCACC	2	12	39540	39551	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146116
30	NC_005916	GAACAC	2	12	39915	39926	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146116
31	NC_005916	CGGTGG	2	12	41819	41830	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
32	NC_005916	GGGTGT	2	12	41993	42004	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146116
33	NC_005916	GGCGGT	2	12	42197	42208	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
34	NC_005916	TCGGTG	3	18	43246	43263	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
35	NC_005916	TCGGTG	2	12	43963	43974	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
36	NC_005916	GGCACC	2	12	44937	44948	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146116
37	NC_005916	GAACAC	2	12	45312	45323	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146116
38	NC_005916	CGGTGG	2	12	47216	47227	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
39	NC_005916	GGGTGT	2	12	47390	47401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146116
40	NC_005916	GGCGGT	2	12	47594	47605	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
41	NC_005916	TCGGTG	3	18	48643	48660	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
42	NC_005916	TCGGTG	2	12	49360	49371	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
43	NC_005916	GAACAC	2	12	50709	50720	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146116
44	NC_005916	CGGTGG	2	12	52613	52624	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
45	NC_005916	GGGTGT	2	12	52787	52798	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146116
46	NC_005916	GGCGGT	2	12	52991	53002	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
47	NC_005916	TCGGTG	3	18	54040	54057	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
48	NC_005916	TCGGTG	2	12	54757	54768	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
49	NC_005916	GGCACC	2	12	55731	55742	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146116
50	NC_005916	GAACAC	2	12	56106	56117	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146116
51	NC_005916	CGGTGG	2	12	67244	67255	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
52	NC_005916	GGGTGT	2	12	67418	67429	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146116
53	NC_005916	GGCGGT	2	12	67622	67633	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146116
54	NC_005916	TCGGTG	3	18	68671	68688	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
55	NC_005916	TCGGTG	2	12	69388	69399	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146116
56	NC_005916	GAACAC	2	12	70737	70748	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146116
57	NC_005916	GGTGCC	2	12	71469	71480	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	49146116
58	NC_005916	CCCGAT	2	12	74713	74724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	49146119
59	NC_005916	TCCGGT	2	12	74995	75006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	49146120
60	NC_005916	GGTATT	2	12	79276	79287	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	49146123
61	NC_005916	CGGTGG	2	12	80093	80104	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146123
62	NC_005916	GGGTGT	2	12	80267	80278	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146123
63	NC_005916	GGCGGT	2	12	80471	80482	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146123
64	NC_005916	TCGGTG	3	18	82468	82485	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146123
65	NC_005916	TCGGTG	2	12	83185	83196	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146123
66	NC_005916	GAACAC	2	12	84534	84545	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146123
67	NC_005916	CGGTGG	2	12	86775	86786	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
68	NC_005916	GGGTGT	2	12	86949	86960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
69	NC_005916	GGCGGT	2	12	87153	87164	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
70	NC_005916	TCGGTG	4	24	88202	88225	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
71	NC_005916	TCGGTG	2	12	88925	88936	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
72	NC_005916	GAACAC	2	12	90274	90285	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
73	NC_005916	CGGTGG	2	12	92193	92204	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
74	NC_005916	GGGTGT	2	12	92367	92378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
75	NC_005916	GGCGGT	2	12	92571	92582	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
76	NC_005916	TCGGTG	3	18	94568	94585	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
77	NC_005916	TCGGTG	2	12	95285	95296	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
78	NC_005916	GGCACC	2	12	96259	96270	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146124
79	NC_005916	GAACAC	2	12	96634	96645	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
80	NC_005916	CGGTGG	2	12	98538	98549	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
81	NC_005916	GGGTGT	2	12	98712	98723	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
82	NC_005916	GGCGGT	2	12	98916	98927	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
83	NC_005916	TCGGTG	3	18	99947	99964	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
84	NC_005916	TCGGTG	2	12	100664	100675	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
85	NC_005916	GGCACC	2	12	101638	101649	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146124
86	NC_005916	GAACAC	2	12	102013	102024	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
87	NC_005916	CGGTGG	2	12	108534	108545	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
88	NC_005916	GGGTGT	2	12	108708	108719	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
89	NC_005916	GGCGGT	2	12	108912	108923	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
90	NC_005916	TCGGTG	3	18	110909	110926	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
91	NC_005916	TCGGTG	2	12	111626	111637	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
92	NC_005916	GGCACC	2	12	112600	112611	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146124
93	NC_005916	GAACAC	2	12	112975	112986	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
94	NC_005916	CGGTGG	2	12	114876	114887	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
95	NC_005916	GGGTGT	2	12	115050	115061	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
96	NC_005916	GGCGGT	2	12	115254	115265	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
97	NC_005916	TCGGTG	3	18	116303	116320	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
98	NC_005916	TCGGTG	2	12	117020	117031	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
99	NC_005916	GGCACC	2	12	117994	118005	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146124
100	NC_005916	GAACAC	2	12	118369	118380	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
101	NC_005916	CGGTGG	2	12	120291	120302	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
102	NC_005916	GGGTGT	2	12	120465	120476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
103	NC_005916	GGCGGT	2	12	120669	120680	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
104	NC_005916	TCGGTG	3	18	122666	122683	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
105	NC_005916	TCGGTG	2	12	123383	123394	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
106	NC_005916	GGCACC	2	12	124357	124368	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146124
107	NC_005916	GAACAC	2	12	124732	124743	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
108	NC_005916	CGGTGG	2	12	126654	126665	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
109	NC_005916	GGGTGT	2	12	126828	126839	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
110	NC_005916	GGCGGT	2	12	127032	127043	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
111	NC_005916	TCGGTG	3	18	128081	128098	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
112	NC_005916	TCGGTG	2	12	128798	128809	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
113	NC_005916	GAACAC	2	12	130147	130158	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
114	NC_005916	CGGTGG	2	12	132069	132080	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
115	NC_005916	GGGTGT	2	12	132243	132254	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	49146124
116	NC_005916	GGCGGT	2	12	132447	132458	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146124
117	NC_005916	TCGGTG	3	18	133496	133513	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
118	NC_005916	TCGGTG	2	12	134213	134224	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146124
119	NC_005916	GAACAC	2	12	135562	135573	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	49146124
120	NC_005916	GGTGCC	2	12	136294	136305	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	49146124
121	NC_005916	CTCGAA	2	12	139587	139598	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	49146127
122	NC_005916	TCGGGC	2	12	139666	139677	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	49146127
123	NC_005916	CGTCCA	2	12	140136	140147	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	49146128
124	NC_005916	AACCGG	2	12	145892	145903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49146134
125	NC_005916	GTTGGC	2	12	147756	147767	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146137
126	NC_005916	CCCGGT	2	12	149182	149193	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	49146138
127	NC_005916	ATGGCA	2	12	149591	149602	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	49146139
128	NC_005916	AACCGG	2	12	150555	150566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49146139
129	NC_005916	GCGTTG	2	12	151139	151150	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146140
130	NC_005916	CGTTGG	2	12	152463	152474	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	49146142
131	NC_005916	AACCGG	2	12	156380	156391	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	49146145
132	NC_005916	AGTCAC	2	12	160219	160230	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	49146150
133	NC_005916	AGCCCA	2	12	160515	160526	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	49146151
134	NC_005916	TCCGGT	2	12	162535	162546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	49146153
135	NC_005916	GTTGCT	2	12	166891	166902	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	49146157
136	NC_005916	GGTTCA	2	12	166928	166939	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	49146157
137	NC_005916	CCGCAG	2	12	169296	169307	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	49146161
138	NC_005916	CATCGC	2	12	169434	169445	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	49146161
139	NC_005916	CGATGC	2	12	170645	170656	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	49146162
140	NC_005916	GCGTGG	2	12	171030	171041	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	49146162
141	NC_005916	GCTCGA	2	12	173112	173123	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	49146165

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.