MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Photobacterium profundum SS9 plasmid pPBPR1

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005871	AT	3	6	331	336	50 %	50 %	0 %	0 %	47104026
2	NC_005871	TA	4	8	1029	1036	50 %	50 %	0 %	0 %	47104027
3	NC_005871	CA	3	6	1131	1136	50 %	0 %	0 %	50 %	47104027
4	NC_005871	AC	3	6	1295	1300	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_005871	GT	3	6	2689	2694	0 %	50 %	50 %	0 %	47104030
6	NC_005871	CA	3	6	5117	5122	50 %	0 %	0 %	50 %	47104032
7	NC_005871	TA	3	6	8260	8265	50 %	50 %	0 %	0 %	47104034
8	NC_005871	CT	3	6	9160	9165	0 %	50 %	0 %	50 %	47104036
9	NC_005871	TG	3	6	9884	9889	0 %	50 %	50 %	0 %	47104036
10	NC_005871	AC	3	6	10117	10122	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_005871	CA	3	6	10334	10339	50 %	0 %	0 %	50 %	47104037
12	NC_005871	GT	3	6	11021	11026	0 %	50 %	50 %	0 %	47104038
13	NC_005871	AT	3	6	11365	11370	50 %	50 %	0 %	0 %	47104038
14	NC_005871	TG	3	6	11760	11765	0 %	50 %	50 %	0 %	47104038
15	NC_005871	CT	3	6	13001	13006	0 %	50 %	0 %	50 %	47104039
16	NC_005871	TG	3	6	14701	14706	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005871	CA	3	6	16120	16125	50 %	0 %	0 %	50 %	47104041
18	NC_005871	AC	3	6	16899	16904	50 %	0 %	0 %	50 %	47104041
19	NC_005871	TA	4	8	18732	18739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005871	TC	3	6	18814	18819	0 %	50 %	0 %	50 %	47104043
21	NC_005871	CA	3	6	23018	23023	50 %	0 %	0 %	50 %	47104046
22	NC_005871	TC	3	6	23206	23211	0 %	50 %	0 %	50 %	47104046
23	NC_005871	AC	3	6	23411	23416	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_005871	CG	3	6	24316	24321	0 %	0 %	50 %	50 %	47104047
25	NC_005871	AC	4	8	26869	26876	50 %	0 %	0 %	50 %	47104047
26	NC_005871	AT	3	6	26997	27002	50 %	50 %	0 %	0 %	47104047
27	NC_005871	AC	3	6	28314	28319	50 %	0 %	0 %	50 %	47104047
28	NC_005871	TA	3	6	29273	29278	50 %	50 %	0 %	0 %	47104047
29	NC_005871	GT	3	6	30315	30320	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005871	CA	3	6	30620	30625	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_005871	AC	3	6	32063	32068	50 %	0 %	0 %	50 %	47104050
32	NC_005871	TA	3	6	33012	33017	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005871	AT	3	6	34623	34628	50 %	50 %	0 %	0 %	47104051
34	NC_005871	CT	3	6	36868	36873	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_005871	CT	3	6	38261	38266	0 %	50 %	0 %	50 %	47104055
36	NC_005871	TC	3	6	38277	38282	0 %	50 %	0 %	50 %	47104055
37	NC_005871	AC	3	6	39684	39689	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_005871	AC	3	6	39990	39995	50 %	0 %	0 %	50 %	47104057
39	NC_005871	AC	3	6	40235	40240	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_005871	GA	3	6	41116	41121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005871	AC	3	6	41333	41338	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_005871	AC	3	6	41821	41826	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_005871	CA	3	6	41886	41891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_005871	GA	3	6	42095	42100	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005871	AC	3	6	42187	42192	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_005871	TC	3	6	43551	43556	0 %	50 %	0 %	50 %	47104058
47	NC_005871	AC	3	6	43661	43666	50 %	0 %	0 %	50 %	47104058
48	NC_005871	AG	3	6	44977	44982	50 %	0 %	50 %	0 %	47104060
49	NC_005871	TC	3	6	46166	46171	0 %	50 %	0 %	50 %	47104061
50	NC_005871	AG	3	6	46546	46551	50 %	0 %	50 %	0 %	47104061
51	NC_005871	TG	4	8	47241	47248	0 %	50 %	50 %	0 %	47104062
52	NC_005871	CT	3	6	47609	47614	0 %	50 %	0 %	50 %	47104062
53	NC_005871	AT	3	6	47838	47843	50 %	50 %	0 %	0 %	47104063
54	NC_005871	AT	3	6	48787	48792	50 %	50 %	0 %	0 %	47104064
55	NC_005871	GT	3	6	49342	49347	0 %	50 %	50 %	0 %	47104065
56	NC_005871	AT	3	6	50259	50264	50 %	50 %	0 %	0 %	47104065
57	NC_005871	CA	3	6	51327	51332	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_005871	AG	3	6	51811	51816	50 %	0 %	50 %	0 %	47104066
59	NC_005871	AT	3	6	52254	52259	50 %	50 %	0 %	0 %	47104067
60	NC_005871	TC	3	6	52318	52323	0 %	50 %	0 %	50 %	47104067
61	NC_005871	CA	4	8	53272	53279	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_005871	CT	4	8	54824	54831	0 %	50 %	0 %	50 %	47104068
63	NC_005871	AG	3	6	54949	54954	50 %	0 %	50 %	0 %	47104068
64	NC_005871	CA	3	6	55904	55909	50 %	0 %	0 %	50 %	47104068
65	NC_005871	TC	3	6	56013	56018	0 %	50 %	0 %	50 %	47104068
66	NC_005871	AT	3	6	56357	56362	50 %	50 %	0 %	0 %	47104069
67	NC_005871	CT	3	6	57168	57173	0 %	50 %	0 %	50 %	47104069
68	NC_005871	AT	3	6	58230	58235	50 %	50 %	0 %	0 %	47104070
69	NC_005871	CA	3	6	58308	58313	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_005871	CT	3	6	59206	59211	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_005871	GA	3	6	59295	59300	50 %	0 %	50 %	0 %	47104072
72	NC_005871	CT	4	8	59406	59413	0 %	50 %	0 %	50 %	47104072
73	NC_005871	AT	3	6	60032	60037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005871	CT	3	6	61557	61562	0 %	50 %	0 %	50 %	47104074
75	NC_005871	CT	3	6	61711	61716	0 %	50 %	0 %	50 %	47104074
76	NC_005871	AT	3	6	61857	61862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005871	AG	3	6	62891	62896	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005871	CA	4	8	63620	63627	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_005871	GC	3	6	64872	64877	0 %	0 %	50 %	50 %	47104078
80	NC_005871	AT	3	6	65103	65108	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005871	TA	3	6	65673	65678	50 %	50 %	0 %	0 %	47104079
82	NC_005871	AT	4	8	65871	65878	50 %	50 %	0 %	0 %	47104079
83	NC_005871	TA	3	6	66387	66392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005871	AT	3	6	66428	66433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005871	CT	3	6	66807	66812	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_005871	GA	3	6	67425	67430	50 %	0 %	50 %	0 %	47104080
87	NC_005871	AG	3	6	67758	67763	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005871	CT	3	6	67969	67974	0 %	50 %	0 %	50 %	47104081
89	NC_005871	TC	3	6	68105	68110	0 %	50 %	0 %	50 %	47104081
90	NC_005871	CT	3	6	68320	68325	0 %	50 %	0 %	50 %	47104082
91	NC_005871	AT	3	6	68553	68558	50 %	50 %	0 %	0 %	47104082
92	NC_005871	AT	3	6	68818	68823	50 %	50 %	0 %	0 %	47104082
93	NC_005871	TA	3	6	69608	69613	50 %	50 %	0 %	0 %	47104082
94	NC_005871	AT	3	6	69637	69642	50 %	50 %	0 %	0 %	47104082
95	NC_005871	AG	3	6	70045	70050	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005871	TA	3	6	70133	70138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005871	AC	3	6	70256	70261	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_005871	TG	3	6	70273	70278	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005871	TA	3	6	70442	70447	50 %	50 %	0 %	0 %	47104083
100	NC_005871	TA	4	8	71069	71076	50 %	50 %	0 %	0 %	47104083
101	NC_005871	GT	3	6	71207	71212	0 %	50 %	50 %	0 %	47104083
102	NC_005871	TC	3	6	71555	71560	0 %	50 %	0 %	50 %	47104084
103	NC_005871	GA	3	6	71920	71925	50 %	0 %	50 %	0 %	47104084
104	NC_005871	AT	3	6	72459	72464	50 %	50 %	0 %	0 %	47104085
105	NC_005871	TG	3	6	74778	74783	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005871	AG	3	6	76779	76784	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005871	TA	3	6	77173	77178	50 %	50 %	0 %	0 %	47104090
108	NC_005871	TA	3	6	77190	77195	50 %	50 %	0 %	0 %	47104090
109	NC_005871	AG	3	6	77629	77634	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005871	AG	3	6	77895	77900	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005871	CT	3	6	78140	78145	0 %	50 %	0 %	50 %	47104091
112	NC_005871	AC	4	8	78264	78271	50 %	0 %	0 %	50 %	47104091
113	NC_005871	AC	3	6	78843	78848	50 %	0 %	0 %	50 %	47104091
114	NC_005871	CT	3	6	79191	79196	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_005871	TA	3	6	79282	79287	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005871	GA	3	6	79659	79664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005871	GA	3	6	79719	79724	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.