MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough plasmid pDV

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005863	GGGCGT	2	12	5612	5623	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46562241
2	NC_005863	CAAGCT	2	12	5717	5728	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	46562241
3	NC_005863	CAGCTT	2	12	7555	7566	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	46562240
4	NC_005863	ACGGGC	2	12	9181	9192	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562239
5	NC_005863	GCCCCG	2	12	9565	9576	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	46562239
6	NC_005863	TTGACC	2	12	9874	9885	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	46562239
7	NC_005863	GTAGCC	2	12	10464	10475	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46562238
8	NC_005863	AGGTCG	2	12	11602	11613	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562238
9	NC_005863	TGCCCG	2	12	15688	15699	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562235
10	NC_005863	GAGGTT	2	12	17039	17050	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	46562234
11	NC_005863	AACTCG	2	12	18125	18136	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	46562233
12	NC_005863	TGATCA	2	12	18582	18593	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	46562232
13	NC_005863	GGCGTC	2	12	20475	20486	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562270
14	NC_005863	GGGCAT	2	12	29399	29410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562224
15	NC_005863	TCGCCA	2	12	30143	30154	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562223
16	NC_005863	TGCCCG	2	12	30747	30758	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562223
17	NC_005863	TTGCAG	2	12	32343	32354	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	46562218
18	NC_005863	TGGCAT	2	12	33361	33372	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	46562217
19	NC_005863	CATCAG	2	12	34768	34779	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	46562216
20	NC_005863	GATGGA	2	12	35245	35256	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	46562216
21	NC_005863	CGGGGC	2	12	36268	36279	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562215
22	NC_005863	TCCGTC	2	12	37555	37566	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	46562213
23	NC_005863	CCGAGG	2	12	37642	37653	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562213
24	NC_005863	AGAGCG	2	12	38153	38164	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46562213
25	NC_005863	GGTCTC	2	12	39522	39533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46562213
26	NC_005863	TGAAGA	2	12	39983	39994	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	46562213
27	NC_005863	CTGGCG	2	12	41821	41832	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562211
28	NC_005863	GGGCCG	2	12	42467	42478	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562211
29	NC_005863	GGCGCA	2	12	42795	42806	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562211
30	NC_005863	CGCCCT	2	12	43179	43190	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46562211
31	NC_005863	GGGTGC	2	12	44944	44955	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46562210
32	NC_005863	GCGGGG	2	12	47316	47327	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	46562208
33	NC_005863	CGGTGC	2	12	48056	48067	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562207
34	NC_005863	TGACGG	2	12	49980	49991	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562206
35	NC_005863	CCCCCG	2	12	50049	50060	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	46562206
36	NC_005863	GACGCA	2	12	50104	50115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	46562206
37	NC_005863	CAGGTG	2	12	50309	50320	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562206
38	NC_005863	ACAACG	2	12	50732	50743	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	46562205
39	NC_005863	CTTCGA	2	12	51570	51581	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	46562205
40	NC_005863	CGGGGC	2	12	54367	54378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562203
41	NC_005863	ACGCCA	2	12	56012	56023	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	46562202
42	NC_005863	CGCTGC	2	12	57089	57100	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562201
43	NC_005863	CCATGA	2	12	58904	58915	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	46562200
44	NC_005863	GTGGGG	2	12	59173	59184	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	46562200
45	NC_005863	GGTGGG	2	12	59817	59828	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	46562276
46	NC_005863	TGCGGC	2	12	59964	59975	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562276
47	NC_005863	CGCTGG	2	12	60920	60931	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562276
48	NC_005863	CGTGGA	2	12	66069	66080	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562198
49	NC_005863	CGCCCT	2	12	66411	66422	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46562198
50	NC_005863	CGCGTC	2	12	66834	66845	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562198
51	NC_005863	GTCAGG	2	12	70628	70639	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562194
52	NC_005863	GCCTCG	2	12	72289	72300	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562194
53	NC_005863	GGGCGG	2	12	73411	73422	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	46562193
54	NC_005863	CCCGGT	2	12	75497	75508	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562192
55	NC_005863	GGGCTT	2	12	76660	76671	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	46562191
56	NC_005863	CGCGTG	2	12	77067	77078	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562191
57	NC_005863	CCGTGC	2	12	77625	77636	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562190
58	NC_005863	GTGGGG	2	12	77651	77662	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	46562190
59	NC_005863	CCTCGC	2	12	79186	79197	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46562189
60	NC_005863	GGCAGG	2	12	79927	79938	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46562189
61	NC_005863	CCGGGG	2	12	79986	79997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562189
62	NC_005863	CCTCGC	2	12	80907	80918	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46562188
63	NC_005863	ACCTGC	2	12	82119	82130	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562188
64	NC_005863	GGGGCC	2	12	82766	82777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562188
65	NC_005863	CTGTCG	2	12	83176	83187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46562187
66	NC_005863	CCCCGA	2	12	89313	89324	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	46562184
67	NC_005863	GGCGGG	2	12	92326	92337	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	46562182
68	NC_005863	GGCGAA	2	12	100069	100080	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46562179
69	NC_005863	TCGCCC	2	12	108151	108162	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46562174
70	NC_005863	CGACCC	2	12	109012	109023	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	46562174
71	NC_005863	GGGCGA	2	12	115276	115287	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46562169
72	NC_005863	GACGCC	2	12	115835	115846	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46562169
73	NC_005863	TCGAGG	2	12	116013	116024	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562169
74	NC_005863	GTGATG	2	12	116878	116889	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	46562168
75	NC_005863	TCGGTG	2	12	119131	119142	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	46562168
76	NC_005863	GCCTCG	2	12	120057	120068	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562263
77	NC_005863	GACGGC	2	12	125926	125937	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562163
78	NC_005863	GCCGGG	2	12	127630	127641	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562262
79	NC_005863	GCCACG	2	12	129643	129654	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46562161
80	NC_005863	ACGGGC	2	12	129995	130006	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562161
81	NC_005863	GCTGGT	2	12	130299	130310	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	46562161
82	NC_005863	AGGCCG	2	12	131782	131793	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562160
83	NC_005863	GAAGGC	2	12	134377	134388	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46562158
84	NC_005863	GCCGCT	2	12	134851	134862	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562158
85	NC_005863	GCTTGC	2	12	138213	138224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46562156
86	NC_005863	GGCGAA	2	12	138796	138807	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46562156
87	NC_005863	GCCAGC	2	12	141484	141495	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46562153
88	NC_005863	CGAAGA	2	12	142100	142111	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	46562153
89	NC_005863	TCCACG	2	12	143209	143220	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562277
90	NC_005863	CGCAGG	2	12	145531	145542	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	304570523
91	NC_005863	GCGAGG	2	12	145555	145566	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	304570523
92	NC_005863	GCCACG	2	12	145593	145604	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	304570523
93	NC_005863	TTCGGC	2	12	147291	147302	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46562278
94	NC_005863	CGTGGC	2	12	147461	147472	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562278
95	NC_005863	AGCATG	2	12	148169	148180	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	46562148
96	NC_005863	CGACCT	2	12	150735	150746	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562147
97	NC_005863	CCTCAT	2	12	150949	150960	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	46562147
98	NC_005863	TCGCCC	2	12	155691	155702	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46562142
99	NC_005863	CCCGCC	2	12	156212	156223	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	304570520
100	NC_005863	CGTCAC	2	12	160963	160974	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562140
101	NC_005863	TCGAAC	2	12	161247	161258	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	46562140
102	NC_005863	CGGGCG	2	12	161368	161379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562140
103	NC_005863	TACAGC	2	12	162997	163008	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	46562137
104	NC_005863	GGTGCT	2	12	163159	163170	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	46562136
105	NC_005863	CTGGCG	2	12	164309	164320	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46562136
106	NC_005863	GGCCAC	2	12	166825	166836	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	304570522
107	NC_005863	GGCGGG	2	12	167570	167581	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	304570522
108	NC_005863	ATGGCG	2	12	178147	178158	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46562257
109	NC_005863	GCCAGC	2	12	180204	180215	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46562256
110	NC_005863	GCAGAC	2	12	181090	181101	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	46562256
111	NC_005863	GGCCGG	2	12	182213	182224	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562255
112	NC_005863	CCATGC	2	12	182579	182590	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562255
113	NC_005863	GTTCCT	2	12	186117	186128	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	46562252
114	NC_005863	CTGCGC	2	12	188749	188760	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46562281
115	NC_005863	ATCGTC	2	12	189211	189222	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	46562281
116	NC_005863	CGACCT	2	12	193155	193166	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562249
117	NC_005863	CGAGGC	2	12	193389	193400	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46562249
118	NC_005863	ACCTGC	2	12	194529	194540	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46562248
119	NC_005863	GCCGGG	2	12	195620	195631	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46562248
120	NC_005863	CCGACA	2	12	200111	200122	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	46562246

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.