MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25 chromosome

Total Repeats: 202

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005861	ACTTTT	2	12	4240	4251	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_005861	TAATTA	2	12	23640	23651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005861	ATTTGT	2	12	34746	34757	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005861	ATGGCA	2	12	43250	43261	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_005861	ATATGG	2	12	54389	54400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005861	AATATG	2	12	55399	55410	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005861	AATTTT	2	12	91280	91291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005861	ATTTTG	2	12	120851	120862	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005861	TTTTCT	2	12	128461	128472	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_005861	TATAAT	2	12	135272	135283	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005861	TTGAAT	2	12	174832	174843	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005861	AATTTA	2	12	192876	192887	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005861	GAAAAA	2	12	210885	210896	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005861	AGATAT	2	12	214652	214663	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005861	AAAATA	2	12	238254	238265	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005861	TTTGAA	2	12	260766	260777	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005861	ATAATT	2	12	292379	292390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005861	AGTTAT	2	12	292987	292998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005861	TAAAAT	2	12	319560	319571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005861	ATCTGA	2	12	378596	378607	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_005861	AAATTA	2	12	379984	379995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005861	TTGCTA	2	12	386474	386485	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_005861	TTCCAG	2	12	406696	406707	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_005861	CTATAT	2	12	409220	409231	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_005861	ATTTTT	2	12	427292	427303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005861	AAATCT	2	12	494692	494703	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_005861	CTTTTT	2	12	499421	499432	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_005861	AGGAAA	2	12	508563	508574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_005861	TTAAAG	2	12	516100	516111	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005861	TTGATA	2	12	544118	544129	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005861	AAAAAT	2	12	557708	557719	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005861	ACTATT	2	12	560266	560277	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_005861	AAAAAT	2	12	564015	564026	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005861	ATTTTT	2	12	569728	569739	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005861	TTTTAA	2	12	577504	577515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005861	TTAAAG	2	12	593832	593843	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005861	AATATT	2	12	600950	600961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005861	CTTCTA	2	12	613706	613717	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_005861	AGTAAA	2	12	638772	638783	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005861	ATTTTC	2	12	642401	642412	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_005861	CTATTT	2	12	655762	655773	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_005861	TAAGTC	2	12	655892	655903	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_005861	TAAAAG	2	12	656826	656837	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005861	ACAATA	2	12	666368	666379	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_005861	AACAGC	2	12	672623	672634	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_005861	CATTGA	2	12	675023	675034	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_005861	ATAATT	2	12	688874	688885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005861	CTACTT	2	12	692529	692540	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_005861	TACTAG	2	12	692690	692701	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_005861	TTTTAA	2	12	732217	732228	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005861	TAAAAT	2	12	747695	747706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005861	CTAATT	2	12	749989	750000	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_005861	TTGTTT	2	12	767870	767881	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005861	GAAAAA	2	12	768914	768925	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005861	GGAATT	2	12	784087	784098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005861	ATTTTT	2	12	787164	787175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005861	ACAAAA	2	12	787307	787318	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_005861	GTAATT	2	12	815425	815436	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005861	TTTAAA	2	12	846217	846228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005861	ATCTCA	2	12	853645	853656	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_005861	TATAAA	2	12	860704	860715	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005861	AAATTT	2	12	862130	862141	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005861	TTTTAA	2	12	900958	900969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005861	AATTTA	2	12	917055	917066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005861	TGTAAC	2	12	920152	920163	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_005861	AATAAA	2	12	927699	927710	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005861	ATTTTA	2	12	927857	927868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005861	AAAGAG	2	12	935399	935410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005861	AGATTC	2	12	948043	948054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_005861	AAAGAT	2	12	948440	948451	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005861	TTTTAT	2	12	978844	978855	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005861	TAAACT	2	12	994948	994959	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_005861	ATTTAT	2	12	1004814	1004825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005861	CTTTTT	2	12	1019812	1019823	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_005861	ATCCAT	2	12	1029132	1029143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_005861	TAAGGA	2	12	1036548	1036559	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005861	AAAATT	2	12	1102672	1102683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005861	ATTGAT	2	12	1154435	1154446	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005861	CTTTTG	2	12	1182816	1182827	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_005861	CAATAT	2	12	1192760	1192771	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_005861	TTTGCT	2	12	1192850	1192861	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_005861	AGGTCT	2	12	1194068	1194079	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_005861	ATTGGT	2	12	1194188	1194199	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005861	TTACAT	2	12	1203750	1203761	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_005861	TTTAAA	2	12	1203778	1203789	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005861	TAATTC	2	12	1226401	1226412	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_005861	TCGCTT	2	12	1229779	1229790	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_005861	TAAATA	2	12	1232788	1232799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005861	TAAAAA	2	12	1238375	1238386	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005861	TAGAAA	2	12	1238737	1238748	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005861	TAAAAA	2	12	1239230	1239241	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_005861	ATTTAA	2	12	1256514	1256525	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005861	ATTAAC	2	12	1267132	1267143	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_005861	ATGTAT	2	12	1267273	1267284	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005861	GATAAG	2	12	1311751	1311762	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005861	TTATTT	3	18	1325332	1325349	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005861	CATTTT	2	12	1333384	1333395	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_005861	TAAAAT	2	12	1346569	1346580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005861	AGTAAG	2	12	1350449	1350460	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005861	AAATTT	2	12	1351627	1351638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005861	ACTTTT	2	12	1361091	1361102	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_005861	AACTAA	2	12	1366262	1366273	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_005861	AATTTG	2	12	1403729	1403740	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005861	ATTCAC	2	12	1406368	1406379	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_005861	ACTTAT	2	12	1414911	1414922	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_005861	TAATTT	2	12	1422925	1422936	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005861	TCAATA	2	12	1428148	1428159	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_005861	AGAGAT	2	12	1444763	1444774	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005861	CAAAAA	2	12	1452803	1452814	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_005861	ATTTAA	2	12	1460179	1460190	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005861	TAATTA	2	12	1468619	1468630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005861	TTTTAG	2	12	1483246	1483257	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005861	ATTTTT	2	12	1499685	1499696	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005861	CAGCCA	2	12	1517744	1517755	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_005861	GCAAAA	2	12	1546567	1546578	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_005861	CTTTTT	2	12	1555499	1555510	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_005861	TGGAAT	2	12	1557721	1557732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005861	AGACAA	2	12	1572447	1572458	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_005861	CAAAAA	2	12	1572634	1572645	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_005861	TAAAAG	2	12	1579680	1579691	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005861	TTAAAT	2	12	1588050	1588061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005861	ATTTTT	2	12	1605202	1605213	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005861	TTTAAA	2	12	1605240	1605251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005861	TTAATT	2	12	1610218	1610229	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005861	TAAACA	2	12	1647842	1647853	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_005861	ACAAAA	2	12	1647858	1647869	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_005861	TGAAAT	2	12	1659862	1659873	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_005861	ATAAGA	2	12	1661316	1661327	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005861	TAGAAA	2	12	1671862	1671873	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.