MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27 plasmid pTT27

Total Repeats: 217

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005838	CCCGGG	2	12	903	914	0 %	0 %	50 %	50 %	46255072
2	NC_005838	GTCTCC	2	12	2483	2494	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	46255074
3	NC_005838	AGGGCC	2	12	2983	2994	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255075
4	NC_005838	CCAGGG	2	12	3109	3120	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255075
5	NC_005838	CGAAGG	2	12	3157	3168	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46255075
6	NC_005838	AGGTCC	2	12	3584	3595	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255076
7	NC_005838	GCGGTG	2	12	4971	4982	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255077
8	NC_005838	GGCCTC	2	12	5910	5921	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255078
9	NC_005838	GCCCTC	2	12	6059	6070	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255079
10	NC_005838	AGGCTC	2	12	7350	7361	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255080
11	NC_005838	GTGGGG	2	12	7491	7502	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	46255080
12	NC_005838	CCGAGG	2	12	8032	8043	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255081
13	NC_005838	TCCAGG	2	12	8869	8880	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255081
14	NC_005838	CCTGGC	2	12	9828	9839	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255083
15	NC_005838	GGGGTG	2	12	9940	9951	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	46255083
16	NC_005838	GAGGCG	2	12	11075	11086	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46255084
17	NC_005838	ACCCTC	2	12	11283	11294	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	46255085
18	NC_005838	CGCCCC	2	12	11666	11677	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	46255085
19	NC_005838	CCCTGG	2	12	12265	12276	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255085
20	NC_005838	GGTCCT	2	12	12679	12690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46255086
21	NC_005838	CCTGGA	2	12	12919	12930	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255086
22	NC_005838	CACCCC	2	12	13252	13263	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	46255086
23	NC_005838	GCCTTG	2	12	14071	14082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46255088
24	NC_005838	CCCTCC	2	12	14216	14227	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	46255088
25	NC_005838	GCCTGG	2	12	15184	15195	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255090
26	NC_005838	CCTCCG	2	12	16621	16632	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255092
27	NC_005838	CCCTCC	2	12	18552	18563	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	46255094
28	NC_005838	CGGCCT	2	12	18922	18933	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255094
29	NC_005838	TGGGGA	2	12	19683	19694	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	46255094
30	NC_005838	AGACGA	2	12	21273	21284	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	46255095
31	NC_005838	TCCACG	2	12	21604	21615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46255096
32	NC_005838	GTTCAC	2	12	25945	25956	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	46255099
33	NC_005838	CAGGTG	2	12	26647	26658	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46255100
34	NC_005838	CCCAGG	2	12	27137	27148	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255100
35	NC_005838	CACCTT	2	12	28890	28901	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	46255103
36	NC_005838	GAGCGC	2	12	29139	29150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255103
37	NC_005838	ATCGGG	2	12	29277	29288	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46255104
38	NC_005838	CGGGGG	2	12	31907	31918	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	46255106
39	NC_005838	CGTGGC	2	12	32335	32346	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255107
40	NC_005838	GGGCCT	2	12	32892	32903	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255107
41	NC_005838	GGCGGT	2	12	33844	33855	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255108
42	NC_005838	CTGGAG	2	12	34357	34368	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46255109
43	NC_005838	TCCTCG	2	12	37474	37485	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	46255112
44	NC_005838	GGCCAC	2	12	38120	38131	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255112
45	NC_005838	CGTCCT	2	12	38219	38230	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	46255112
46	NC_005838	CGCCTT	2	12	38723	38734	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	46255113
47	NC_005838	CGGGGA	2	12	39184	39195	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46255113
48	NC_005838	CGGCCA	2	12	39229	39240	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255113
49	NC_005838	GTTCTG	2	12	40732	40743	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	46255115
50	NC_005838	CCTGGC	2	12	41560	41571	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255116
51	NC_005838	GCCCTC	2	12	42436	42447	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255117
52	NC_005838	GGACCT	2	12	42495	42506	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255117
53	NC_005838	GGGCCC	2	12	42524	42535	0 %	0 %	50 %	50 %	46255117
54	NC_005838	CCAGGG	2	12	44092	44103	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255118
55	NC_005838	CCGTCC	2	12	45494	45505	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255119
56	NC_005838	CTGGGC	2	12	45867	45878	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255119
57	NC_005838	GCCCAG	2	12	47507	47518	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255122
58	NC_005838	TTCCTC	2	12	47920	47931	0 %	50 %	0 %	50 %	46255122
59	NC_005838	GTGGAG	2	12	52199	52210	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	46255128
60	NC_005838	AAGGCC	2	12	52762	52773	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	46255129
61	NC_005838	CGTCTT	2	12	55540	55551	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	46255131
62	NC_005838	TCTTCC	2	12	56520	56531	0 %	50 %	0 %	50 %	46255133
63	NC_005838	GGTCTT	2	12	56863	56874	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	46255133
64	NC_005838	CCGACG	2	12	56877	56888	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255133
65	NC_005838	TGGCCC	2	12	57150	57161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255133
66	NC_005838	CGCCCC	2	12	57844	57855	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	46255134
67	NC_005838	GGTCCT	2	12	59454	59465	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46255137
68	NC_005838	ACCTCC	2	12	60482	60493	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	46255137
69	NC_005838	GGAAGC	2	12	60961	60972	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46255138
70	NC_005838	CCTGGC	2	12	61175	61186	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255138
71	NC_005838	GGCCGG	2	12	61577	61588	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	46255138
72	NC_005838	GGCCCT	2	12	61763	61774	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255138
73	NC_005838	GGGCCT	2	12	62423	62434	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255140
74	NC_005838	GGGCGA	2	12	63532	63543	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46255141
75	NC_005838	AGGTGG	2	12	63711	63722	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	46255141
76	NC_005838	GGGAGG	2	12	64908	64919	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	46255142
77	NC_005838	GCCGAG	2	12	66882	66893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255144
78	NC_005838	CGGGTC	2	12	70888	70899	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255149
79	NC_005838	CCGAGG	2	12	71165	71176	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255149
80	NC_005838	ACATCC	2	12	72089	72100	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	46255149
81	NC_005838	GAGCGT	2	12	72342	72353	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46255149
82	NC_005838	CAAGCC	2	12	73611	73622	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	46255150
83	NC_005838	GGCCAG	2	12	75456	75467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255151
84	NC_005838	GCCTCC	2	12	81568	81579	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255156
85	NC_005838	GCTTGC	2	12	82688	82699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46255156
86	NC_005838	AGGGCC	2	12	83095	83106	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255157
87	NC_005838	CAGGGC	2	12	83937	83948	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255159
88	NC_005838	GAGGGG	2	12	87525	87536	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	46255164
89	NC_005838	CCTTCC	2	12	87959	87970	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	46255165
90	NC_005838	TGCGGG	2	12	89507	89518	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255168
91	NC_005838	ACCCGG	2	12	89582	89593	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255168
92	NC_005838	CCTGGC	2	12	93351	93362	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255173
93	NC_005838	CCTGGA	2	12	94713	94724	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255173
94	NC_005838	GCGGGA	2	12	95079	95090	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46255173
95	NC_005838	CAAGGA	2	12	95220	95231	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	46255174
96	NC_005838	ATCCGC	2	12	95634	95645	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46255175
97	NC_005838	GGGTGG	2	12	96730	96741	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	46255176
98	NC_005838	CTGGAG	2	12	97247	97258	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	46255177
99	NC_005838	CGCCTA	2	12	97300	97311	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	46255177
100	NC_005838	CGAGCC	2	12	99888	99899	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255179
101	NC_005838	GGCCAG	2	12	99988	99999	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255179
102	NC_005838	CCCGGC	2	12	101695	101706	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	46255181
103	NC_005838	GAGGCC	2	12	102056	102067	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255181
104	NC_005838	TACTGG	2	12	102221	102232	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	46255181
105	NC_005838	CCCTGC	2	12	102507	102518	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255181
106	NC_005838	GGGTGC	2	12	102675	102686	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255181
107	NC_005838	GCGTTG	2	12	104170	104181	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	46255183
108	NC_005838	CCCGGG	2	12	106671	106682	0 %	0 %	50 %	50 %	46255186
109	NC_005838	GCCCTG	2	12	107309	107320	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255186
110	NC_005838	GTGGAG	2	12	109388	109399	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	46255188
111	NC_005838	TCCGCC	2	12	109518	109529	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255188
112	NC_005838	CCCGGA	2	12	109620	109631	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255188
113	NC_005838	GCCCGA	2	12	109867	109878	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	46255188
114	NC_005838	GGGACA	2	12	110445	110456	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	46255189
115	NC_005838	GGACCT	2	12	110731	110742	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255189
116	NC_005838	CCGGGT	2	12	111115	111126	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255189
117	NC_005838	CCTGGC	2	12	113050	113061	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255192
118	NC_005838	ACATGG	2	12	113163	113174	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	46255192
119	NC_005838	AGGGCC	2	12	115635	115646	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255194
120	NC_005838	TGGCCT	2	12	119104	119115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46255198
121	NC_005838	CCGGTA	2	12	119864	119875	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255199
122	NC_005838	GAGGGC	2	12	121124	121135	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46255199
123	NC_005838	AGGCCA	2	12	121729	121740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	46255199
124	NC_005838	AGGGGA	2	12	121768	121779	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	46255199
125	NC_005838	TCCCGG	2	12	123397	123408	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255199
126	NC_005838	GGGTGC	2	12	124570	124581	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255200
127	NC_005838	GGTGCG	2	12	125072	125083	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255200
128	NC_005838	TCCCCG	2	12	126537	126548	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255201
129	NC_005838	GGTGGC	2	12	126745	126756	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255201
130	NC_005838	AGGCCG	2	12	127512	127523	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255201
131	NC_005838	GTGGAG	2	12	127943	127954	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	46255201
132	NC_005838	ACCCTC	2	12	128360	128371	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	46255201
133	NC_005838	GCGTGG	2	12	129099	129110	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	46255201
134	NC_005838	CCCCGA	2	12	130807	130818	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	46255201
135	NC_005838	GGCCCT	2	12	132540	132551	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255203
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139	NC_005838	GGTCCT	2	12	141167	141178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	46255209
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150	NC_005838	CCTTCT	2	12	158022	158033	0 %	50 %	0 %	50 %	46255225
151	NC_005838	ACGCGG	2	12	161507	161518	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255231
152	NC_005838	GTGGAG	2	12	161602	161613	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	46255231
153	NC_005838	CGCCCT	2	12	162184	162195	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	46255232
154	NC_005838	CCTTCG	2	12	163138	163149	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	46255233
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160	NC_005838	CAGGGC	2	12	167465	167476	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	46255238
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192	NC_005838	CGGAGG	2	12	212245	212256	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	46255282
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200	NC_005838	GCCTGG	2	12	220727	220738	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	46255290
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207	NC_005838	GGGCCC	2	12	225372	225383	0 %	0 %	50 %	50 %	46255294
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211	NC_005838	CCCGGG	2	12	228621	228632	0 %	0 %	50 %	50 %	46255296
212	NC_005838	CCTCTT	2	12	229844	229855	0 %	50 %	0 %	50 %	46255297
213	NC_005838	GGACCT	2	12	230180	230191	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	46255297
214	NC_005838	CTTCCC	2	12	230585	230596	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	46255298
215	NC_005838	GCCCTG	2	12	230795	230806	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	46255298
216	NC_005838	GCGGGG	2	12	230807	230818	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	46255298
217	NC_005838	GGCCCG	2	12	232074	232085	0 %	0 %	50 %	50 %	46255299

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.