MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27 plasmid pTT27

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005838	AGGCC	2	10	330	339	20 %	0 %	40 %	40 %	46255072
2	NC_005838	GGCCT	2	10	938	947	0 %	20 %	40 %	40 %	46255072
3	NC_005838	GGGGC	2	10	954	963	0 %	0 %	80 %	20 %	46255072
4	NC_005838	GGGGC	2	10	1026	1035	0 %	0 %	80 %	20 %	46255072
5	NC_005838	CCCCG	2	10	1729	1738	0 %	0 %	20 %	80 %	46255073
6	NC_005838	TTCCC	2	10	2096	2105	0 %	40 %	0 %	60 %	46255073
7	NC_005838	CAGGC	2	10	2889	2898	20 %	0 %	40 %	40 %	46255075
8	NC_005838	AGGGC	2	10	2959	2968	20 %	0 %	60 %	20 %	46255075
9	NC_005838	TCCCC	2	10	3567	3576	0 %	20 %	0 %	80 %	46255076
10	NC_005838	GGGCG	2	10	11582	11591	0 %	0 %	80 %	20 %	46255085
11	NC_005838	CCCGA	2	10	12341	12350	20 %	0 %	20 %	60 %	46255086
12	NC_005838	GGGGC	2	10	12512	12521	0 %	0 %	80 %	20 %	46255086
13	NC_005838	CTCCC	2	10	14404	14413	0 %	20 %	0 %	80 %	46255088
14	NC_005838	TGGGT	2	10	14913	14922	0 %	40 %	60 %	0 %	46255089
15	NC_005838	CCGGC	2	10	15670	15679	0 %	0 %	40 %	60 %	46255090
16	NC_005838	GGAGC	2	10	15954	15963	20 %	0 %	60 %	20 %	46255091
17	NC_005838	AGGCT	2	10	16001	16010	20 %	20 %	40 %	20 %	46255091
18	NC_005838	CGGGG	2	10	18041	18050	0 %	0 %	80 %	20 %	46255094
19	NC_005838	GGGCG	2	10	19348	19357	0 %	0 %	80 %	20 %	46255094
20	NC_005838	CCACC	2	10	19540	19549	20 %	0 %	0 %	80 %	46255094
21	NC_005838	GAGGC	2	10	19616	19625	20 %	0 %	60 %	20 %	46255094
22	NC_005838	GGCGG	2	10	19792	19801	0 %	0 %	80 %	20 %	46255094
23	NC_005838	GGCCT	2	10	19940	19949	0 %	20 %	40 %	40 %	46255095
24	NC_005838	CCAGG	2	10	20176	20185	20 %	0 %	40 %	40 %	46255095
25	NC_005838	TCCTC	2	10	20916	20925	0 %	40 %	0 %	60 %	46255095
26	NC_005838	CAAGG	2	10	24207	24216	40 %	0 %	40 %	20 %	46255097
27	NC_005838	CGCTC	2	10	24733	24742	0 %	20 %	20 %	60 %	46255097
28	NC_005838	GGAAG	2	10	26565	26574	40 %	0 %	60 %	0 %	46255100
29	NC_005838	GGGGA	2	10	27562	27571	20 %	0 %	80 %	0 %	46255101
30	NC_005838	GCGGG	2	10	29474	29483	0 %	0 %	80 %	20 %	46255104
31	NC_005838	GGAGG	2	10	31040	31049	20 %	0 %	80 %	0 %	46255105
32	NC_005838	TCGCC	2	10	33034	33043	0 %	20 %	20 %	60 %	46255107
33	NC_005838	TGAGG	2	10	36464	36473	20 %	20 %	60 %	0 %	46255110
34	NC_005838	CGGAG	2	10	37730	37739	20 %	0 %	60 %	20 %	46255112
35	NC_005838	TCCGC	2	10	37834	37843	0 %	20 %	20 %	60 %	46255112
36	NC_005838	CGGGA	2	10	38442	38451	20 %	0 %	60 %	20 %	46255113
37	NC_005838	TGGCC	2	10	38545	38554	0 %	20 %	40 %	40 %	46255113
38	NC_005838	GCTCC	2	10	39728	39737	0 %	20 %	20 %	60 %	46255114
39	NC_005838	GGCCC	2	10	40478	40487	0 %	0 %	40 %	60 %	46255114
40	NC_005838	CCTTC	2	10	41160	41169	0 %	40 %	0 %	60 %	46255115
41	NC_005838	CCCCG	2	10	42243	42252	0 %	0 %	20 %	80 %	46255117
42	NC_005838	GCGGG	2	10	42922	42931	0 %	0 %	80 %	20 %	46255117
43	NC_005838	GCCCT	2	10	43171	43180	0 %	20 %	20 %	60 %	46255117
44	NC_005838	GGGCC	2	10	44068	44077	0 %	0 %	60 %	40 %	46255118
45	NC_005838	AGCCC	2	10	44643	44652	20 %	0 %	20 %	60 %	46255118
46	NC_005838	GGGCG	2	10	44933	44942	0 %	0 %	80 %	20 %	46255119
47	NC_005838	GGGAG	2	10	45837	45846	20 %	0 %	80 %	0 %	46255119
48	NC_005838	GCGGG	2	10	46241	46250	0 %	0 %	80 %	20 %	46255119
49	NC_005838	GGCGG	2	10	46543	46552	0 %	0 %	80 %	20 %	46255120
50	NC_005838	GAGGC	2	10	47962	47971	20 %	0 %	60 %	20 %	46255122
51	NC_005838	AGGGG	2	10	49617	49626	20 %	0 %	80 %	0 %	46255125
52	NC_005838	GCCCC	2	10	50786	50795	0 %	0 %	20 %	80 %	46255127
53	NC_005838	TCCCC	2	10	53019	53028	0 %	20 %	0 %	80 %	46255129
54	NC_005838	GGCGG	2	10	53198	53207	0 %	0 %	80 %	20 %	46255129
55	NC_005838	CCACG	2	10	53409	53418	20 %	0 %	20 %	60 %	46255129
56	NC_005838	GGGCC	2	10	54032	54041	0 %	0 %	60 %	40 %	46255130
57	NC_005838	CCCCT	2	10	55032	55041	0 %	20 %	0 %	80 %	46255130
58	NC_005838	GGAGG	2	10	55294	55303	20 %	0 %	80 %	0 %	46255131
59	NC_005838	AAAGG	2	10	55844	55853	60 %	0 %	40 %	0 %	46255132
60	NC_005838	GCCCC	2	10	56587	56596	0 %	0 %	20 %	80 %	46255133
61	NC_005838	CCCTG	2	10	57330	57339	0 %	20 %	20 %	60 %	46255133
62	NC_005838	GCAAG	2	10	58613	58622	40 %	0 %	40 %	20 %	46255135
63	NC_005838	CCCCT	2	10	61479	61488	0 %	20 %	0 %	80 %	46255138
64	NC_005838	GCCCC	2	10	62175	62184	0 %	0 %	20 %	80 %	46255139
65	NC_005838	CCCCG	2	10	64251	64260	0 %	0 %	20 %	80 %	46255142
66	NC_005838	AAGGG	2	10	64379	64388	40 %	0 %	60 %	0 %	46255142
67	NC_005838	CCCTA	2	10	65254	65263	20 %	20 %	0 %	60 %	46255143
68	NC_005838	GGCCC	2	10	65523	65532	0 %	0 %	40 %	60 %	46255143
69	NC_005838	CCTCC	2	10	65881	65890	0 %	20 %	0 %	80 %	46255143
70	NC_005838	GCGCC	2	10	66792	66801	0 %	0 %	40 %	60 %	46255144
71	NC_005838	CGCCC	2	10	66926	66935	0 %	0 %	20 %	80 %	46255144
72	NC_005838	AGCCC	2	10	67363	67372	20 %	0 %	20 %	60 %	46255145
73	NC_005838	GCCCC	2	10	67945	67954	0 %	0 %	20 %	80 %	46255145
74	NC_005838	CCCCG	2	10	68432	68441	0 %	0 %	20 %	80 %	46255145
75	NC_005838	TCCAC	2	10	68515	68524	20 %	20 %	0 %	60 %	46255145
76	NC_005838	CGAAC	2	10	70007	70016	40 %	0 %	20 %	40 %	46255148
77	NC_005838	CGGGG	2	10	73358	73367	0 %	0 %	80 %	20 %	46255150
78	NC_005838	GTCCC	2	10	73728	73737	0 %	20 %	20 %	60 %	46255150
79	NC_005838	AGGAA	2	10	73782	73791	60 %	0 %	40 %	0 %	46255150
80	NC_005838	GCCGC	2	10	75383	75392	0 %	0 %	40 %	60 %	46255151
81	NC_005838	GGCGG	2	10	76430	76439	0 %	0 %	80 %	20 %	46255152
82	NC_005838	CCGGG	2	10	76994	77003	0 %	0 %	60 %	40 %	46255152
83	NC_005838	GGGAG	2	10	77147	77156	20 %	0 %	80 %	0 %	46255152
84	NC_005838	CCGCC	2	10	78023	78032	0 %	0 %	20 %	80 %	46255153
85	NC_005838	GCCTC	2	10	79515	79524	0 %	20 %	20 %	60 %	46255154
86	NC_005838	GCGCC	2	10	81753	81762	0 %	0 %	40 %	60 %	46255156
87	NC_005838	CGGAG	2	10	81896	81905	20 %	0 %	60 %	20 %	46255156
88	NC_005838	AGGGG	2	10	83084	83093	20 %	0 %	80 %	0 %	46255157
89	NC_005838	AGGGC	2	10	84098	84107	20 %	0 %	60 %	20 %	46255159
90	NC_005838	AGGCG	2	10	84621	84630	20 %	0 %	60 %	20 %	46255161
91	NC_005838	CGGGG	2	10	86446	86455	0 %	0 %	80 %	20 %	46255163
92	NC_005838	CCCTG	2	10	86879	86888	0 %	20 %	20 %	60 %	46255164
93	NC_005838	CCCTT	2	10	87452	87461	0 %	40 %	0 %	60 %	46255164
94	NC_005838	GTCCA	2	10	87511	87520	20 %	20 %	20 %	40 %	46255164
95	NC_005838	GGGTG	2	10	87605	87614	0 %	20 %	80 %	0 %	46255164
96	NC_005838	CCCCA	2	10	88435	88444	20 %	0 %	0 %	80 %	46255166
97	NC_005838	CACCG	2	10	91393	91402	20 %	0 %	20 %	60 %	46255170
98	NC_005838	CCTGG	2	10	93834	93843	0 %	20 %	40 %	40 %	46255173
99	NC_005838	AAAGG	2	10	96305	96314	60 %	0 %	40 %	0 %	46255175
100	NC_005838	AGGCC	2	10	96691	96700	20 %	0 %	40 %	40 %	46255176
101	NC_005838	GGCCC	2	10	97067	97076	0 %	0 %	40 %	60 %	46255176
102	NC_005838	AAGTA	2	10	100159	100168	60 %	20 %	20 %	0 %	46255179
103	NC_005838	TTTTC	2	10	100300	100309	0 %	80 %	0 %	20 %	46255179
104	NC_005838	GCCCG	2	10	102983	102992	0 %	0 %	40 %	60 %	46255181
105	NC_005838	GTCCC	2	10	103790	103799	0 %	20 %	20 %	60 %	46255182
106	NC_005838	GGGCC	2	10	103885	103894	0 %	0 %	60 %	40 %	46255182
107	NC_005838	GGGCG	2	10	105907	105916	0 %	0 %	80 %	20 %	46255185
108	NC_005838	CCTTC	2	10	108071	108080	0 %	40 %	0 %	60 %	46255187
109	NC_005838	AGCCG	2	10	108874	108883	20 %	0 %	40 %	40 %	46255187
110	NC_005838	AAGGG	2	10	109405	109414	40 %	0 %	60 %	0 %	46255188
111	NC_005838	CCTGG	2	10	112181	112190	0 %	20 %	40 %	40 %	46255191
112	NC_005838	CCTGG	2	10	112972	112981	0 %	20 %	40 %	40 %	46255192
113	NC_005838	CAGGC	2	10	115494	115503	20 %	0 %	40 %	40 %	46255194
114	NC_005838	TCCCT	2	10	115777	115786	0 %	40 %	0 %	60 %	46255194
115	NC_005838	GGCGG	2	10	118131	118140	0 %	0 %	80 %	20 %	46255197
116	NC_005838	CCAGG	2	10	118356	118365	20 %	0 %	40 %	40 %	46255197
117	NC_005838	CAAGC	2	10	118465	118474	40 %	0 %	20 %	40 %	46255198
118	NC_005838	GGAAG	2	10	120247	120256	40 %	0 %	60 %	0 %	46255199
119	NC_005838	CAGGC	2	10	120618	120627	20 %	0 %	40 %	40 %	46255199
120	NC_005838	CGAAG	2	10	120748	120757	40 %	0 %	40 %	20 %	46255199
121	NC_005838	GGGCG	2	10	122887	122896	0 %	0 %	80 %	20 %	46255199
122	NC_005838	GGGCG	2	10	123478	123487	0 %	0 %	80 %	20 %	46255199
123	NC_005838	CCGCC	2	10	127249	127258	0 %	0 %	20 %	80 %	46255201
124	NC_005838	GGAGC	2	10	127555	127564	20 %	0 %	60 %	20 %	46255201
125	NC_005838	TCCTT	2	10	127602	127611	0 %	60 %	0 %	40 %	46255201
126	NC_005838	GCCCC	2	10	129507	129516	0 %	0 %	20 %	80 %	46255201
127	NC_005838	GGGCC	2	10	130126	130135	0 %	0 %	60 %	40 %	46255201
128	NC_005838	GGGGA	2	10	130358	130367	20 %	0 %	80 %	0 %	46255201
129	NC_005838	CGGGG	2	10	130562	130571	0 %	0 %	80 %	20 %	46255201
130	NC_005838	GGGGC	2	10	130881	130890	0 %	0 %	80 %	20 %	46255201
131	NC_005838	GGGGA	2	10	131265	131274	20 %	0 %	80 %	0 %	46255202
132	NC_005838	GCCTT	2	10	133199	133208	0 %	40 %	20 %	40 %	46255203
133	NC_005838	AAGGA	2	10	136670	136679	60 %	0 %	40 %	0 %	46255205
134	NC_005838	CAAGC	2	10	137590	137599	40 %	0 %	20 %	40 %	46255206
135	NC_005838	GGTCC	2	10	137674	137683	0 %	20 %	40 %	40 %	46255206
136	NC_005838	GGGCC	2	10	138403	138412	0 %	0 %	60 %	40 %	46255207
137	NC_005838	CCCGG	2	10	140233	140242	0 %	0 %	40 %	60 %	46255209
138	NC_005838	GGGGA	2	10	140478	140487	20 %	0 %	80 %	0 %	46255209
139	NC_005838	CGGGC	2	10	141492	141501	0 %	0 %	60 %	40 %	46255209
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.