MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27 plasmid pTT27

Total Repeats: 80

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005838	TGGA	2	8	44	51	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005838	CCCT	2	8	252	259	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_005838	AAGG	2	8	5293	5300	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005838	TCCG	2	8	22747	22754	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_005838	GCCC	2	8	22825	22832	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NC_005838	AGGG	2	8	25093	25100	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005838	GGAG	2	8	25134	25141	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005838	GGGC	2	8	39623	39630	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_005838	CCTC	2	8	40680	40687	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
10	NC_005838	GGGC	2	8	53784	53791	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
11	NC_005838	GCCC	2	8	53907	53914	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
12	NC_005838	AGAC	2	8	57537	57544	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_005838	GCAG	2	8	58514	58521	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_005838	CAAC	2	8	72511	72518	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_005838	CTTC	2	8	72651	72658	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_005838	CTGC	2	8	72693	72700	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_005838	GCCC	2	8	77231	77238	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
18	NC_005838	CCCG	2	8	77348	77355	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
19	NC_005838	ACGC	2	8	77469	77476	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_005838	AAAC	2	8	78920	78927	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_005838	CCGC	2	8	81225	81232	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_005838	CTTC	2	8	85739	85746	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_005838	CTGC	2	8	85781	85788	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_005838	CTTA	2	8	87830	87837	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_005838	GGCC	2	8	88281	88288	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_005838	GTGG	2	8	90626	90633	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005838	CTGG	2	8	111552	111559	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_005838	TGGG	2	8	111742	111749	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_005838	TCCG	2	8	112572	112579	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_005838	CTCC	2	8	124433	124440	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_005838	CCCT	2	8	124523	124530	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
32	NC_005838	TGGC	2	8	138996	139003	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_005838	CCCG	2	8	139130	139137	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_005838	AAAC	2	8	139197	139204	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_005838	CGCC	2	8	149743	149750	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_005838	GGGC	2	8	149778	149785	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_005838	CGCC	2	8	149825	149832	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_005838	TTTC	2	8	152523	152530	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_005838	TTAC	2	8	152733	152740	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_005838	CGGG	2	8	152899	152906	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
41	NC_005838	GGTC	2	8	153167	153174	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_005838	CCCT	2	8	153875	153882	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
43	NC_005838	GGAG	2	8	154737	154744	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005838	AGGG	2	8	154890	154897	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005838	CGCC	2	8	155890	155897	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
46	NC_005838	CCTC	2	8	155949	155956	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
47	NC_005838	CGTC	2	8	159330	159337	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_005838	CTTC	2	8	160020	160027	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_005838	CTGC	2	8	160062	160069	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_005838	CCGG	2	8	165067	165074	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_005838	GAGG	2	8	169992	169999	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005838	GAGG	2	8	179976	179983	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005838	GCTT	2	8	181226	181233	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_005838	CCAG	2	8	181257	181264	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_005838	CCGT	2	8	181384	181391	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_005838	TCCC	2	8	181520	181527	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
57	NC_005838	AGGT	2	8	181543	181550	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005838	CGCC	2	8	182455	182462	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
59	NC_005838	GAAG	2	8	182464	182471	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005838	GGAG	2	8	183118	183125	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005838	GCCC	2	8	187635	187642	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
62	NC_005838	AAGG	2	8	187652	187659	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005838	TCCC	2	8	189349	189356	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_005838	GAGG	2	8	192068	192075	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005838	ACCT	2	8	194439	194446	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_005838	GGGC	2	8	199958	199965	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_005838	GGCG	2	8	201011	201018	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
68	NC_005838	AGGA	2	8	201791	201798	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005838	ACGG	2	8	201897	201904	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_005838	CGGG	2	8	202077	202084	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
71	NC_005838	CGCC	2	8	203423	203430	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
72	NC_005838	GGAA	2	8	206907	206914	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005838	CACG	2	8	209810	209817	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_005838	CGGG	2	8	211329	211336	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
75	NC_005838	GAGG	2	8	211506	211513	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005838	CCAC	2	8	211564	211571	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_005838	CCTC	2	8	211649	211656	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_005838	AAAG	2	8	213681	213688	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005838	AGCA	2	8	214792	214799	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_005838	GACG	2	8	228297	228304	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.