MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Thermus thermophilus HB27 plasmid pTT27

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005838	GC	3	6	5199	5204	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_005838	CT	3	6	7990	7995	0 %	50 %	0 %	50 %	46255081
3	NC_005838	GC	3	6	17149	17154	0 %	0 %	50 %	50 %	46255093
4	NC_005838	GA	3	6	22618	22623	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005838	GC	3	6	24123	24128	0 %	0 %	50 %	50 %	46255097
6	NC_005838	AG	3	6	27352	27357	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005838	GA	3	6	27448	27453	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005838	CG	3	6	33935	33940	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_005838	CG	3	6	34768	34773	0 %	0 %	50 %	50 %	46255109
10	NC_005838	CG	3	6	34993	34998	0 %	0 %	50 %	50 %	46255109
11	NC_005838	CG	3	6	39590	39595	0 %	0 %	50 %	50 %	46255113
12	NC_005838	GC	4	8	40465	40472	0 %	0 %	50 %	50 %	46255114
13	NC_005838	TC	3	6	45338	45343	0 %	50 %	0 %	50 %	46255119
14	NC_005838	TC	3	6	48746	48751	0 %	50 %	0 %	50 %	46255123
15	NC_005838	GA	3	6	49424	49429	50 %	0 %	50 %	0 %	46255125
16	NC_005838	GC	3	6	54578	54583	0 %	0 %	50 %	50 %	46255130
17	NC_005838	CG	3	6	55091	55096	0 %	0 %	50 %	50 %	46255130
18	NC_005838	TC	3	6	57019	57024	0 %	50 %	0 %	50 %	46255133
19	NC_005838	GA	3	6	57645	57650	50 %	0 %	50 %	0 %	46255134
20	NC_005838	CG	3	6	58074	58079	0 %	0 %	50 %	50 %	46255134
21	NC_005838	GA	4	8	58581	58588	50 %	0 %	50 %	0 %	46255135
22	NC_005838	CT	3	6	59160	59165	0 %	50 %	0 %	50 %	46255136
23	NC_005838	TG	3	6	59328	59333	0 %	50 %	50 %	0 %	46255137
24	NC_005838	CT	3	6	59416	59421	0 %	50 %	0 %	50 %	46255137
25	NC_005838	GC	3	6	61797	61802	0 %	0 %	50 %	50 %	46255138
26	NC_005838	GC	3	6	63745	63750	0 %	0 %	50 %	50 %	46255141
27	NC_005838	CG	3	6	66954	66959	0 %	0 %	50 %	50 %	46255145
28	NC_005838	GT	3	6	69547	69552	0 %	50 %	50 %	0 %	46255148
29	NC_005838	TC	4	8	72626	72633	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_005838	CG	3	6	73135	73140	0 %	0 %	50 %	50 %	46255150
31	NC_005838	TC	3	6	73564	73569	0 %	50 %	0 %	50 %	46255150
32	NC_005838	GA	3	6	73639	73644	50 %	0 %	50 %	0 %	46255150
33	NC_005838	AC	3	6	74182	74187	50 %	0 %	0 %	50 %	46255150
34	NC_005838	GC	3	6	75826	75831	0 %	0 %	50 %	50 %	46255151
35	NC_005838	AG	3	6	75923	75928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005838	AG	4	8	77573	77580	50 %	0 %	50 %	0 %	46255153
37	NC_005838	GA	3	6	77684	77689	50 %	0 %	50 %	0 %	46255153
38	NC_005838	CG	3	6	79858	79863	0 %	0 %	50 %	50 %	46255155
39	NC_005838	AG	3	6	80340	80345	50 %	0 %	50 %	0 %	46255155
40	NC_005838	GC	3	6	80559	80564	0 %	0 %	50 %	50 %	46255155
41	NC_005838	AG	3	6	81783	81788	50 %	0 %	50 %	0 %	46255156
42	NC_005838	CT	3	6	82330	82335	0 %	50 %	0 %	50 %	46255156
43	NC_005838	TC	4	8	85714	85721	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_005838	CG	3	6	86223	86228	0 %	0 %	50 %	50 %	46255163
45	NC_005838	TC	3	6	86652	86657	0 %	50 %	0 %	50 %	46255163
46	NC_005838	GC	3	6	86892	86897	0 %	0 %	50 %	50 %	46255164
47	NC_005838	AG	3	6	89002	89007	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005838	GC	3	6	89711	89716	0 %	0 %	50 %	50 %	46255169
49	NC_005838	TC	3	6	90332	90337	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_005838	CG	3	6	90836	90841	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_005838	AG	3	6	96482	96487	50 %	0 %	50 %	0 %	46255176
52	NC_005838	CG	3	6	101178	101183	0 %	0 %	50 %	50 %	46255180
53	NC_005838	GC	3	6	101557	101562	0 %	0 %	50 %	50 %	46255180
54	NC_005838	CG	3	6	101563	101568	0 %	0 %	50 %	50 %	46255180
55	NC_005838	GC	3	6	104969	104974	0 %	0 %	50 %	50 %	46255184
56	NC_005838	GC	3	6	109146	109151	0 %	0 %	50 %	50 %	46255188
57	NC_005838	GA	3	6	109689	109694	50 %	0 %	50 %	0 %	46255188
58	NC_005838	GC	3	6	112687	112692	0 %	0 %	50 %	50 %	46255192
59	NC_005838	AG	3	6	115745	115750	50 %	0 %	50 %	0 %	46255194
60	NC_005838	GC	3	6	115770	115775	0 %	0 %	50 %	50 %	46255194
61	NC_005838	GC	3	6	116142	116147	0 %	0 %	50 %	50 %	46255195
62	NC_005838	GA	3	6	116627	116632	50 %	0 %	50 %	0 %	46255196
63	NC_005838	CG	3	6	117859	117864	0 %	0 %	50 %	50 %	46255196
64	NC_005838	CG	3	6	118776	118781	0 %	0 %	50 %	50 %	46255198
65	NC_005838	CG	4	8	118988	118995	0 %	0 %	50 %	50 %	46255198
66	NC_005838	GA	3	6	119712	119717	50 %	0 %	50 %	0 %	46255199
67	NC_005838	GC	3	6	122169	122174	0 %	0 %	50 %	50 %	46255199
68	NC_005838	GC	3	6	123684	123689	0 %	0 %	50 %	50 %	46255199
69	NC_005838	GC	3	6	131921	131926	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_005838	GC	3	6	132373	132378	0 %	0 %	50 %	50 %	46255203
71	NC_005838	GC	3	6	133798	133803	0 %	0 %	50 %	50 %	46255203
72	NC_005838	TC	3	6	133887	133892	0 %	50 %	0 %	50 %	46255203
73	NC_005838	GC	3	6	134383	134388	0 %	0 %	50 %	50 %	46255203
74	NC_005838	GC	3	6	134860	134865	0 %	0 %	50 %	50 %	46255204
75	NC_005838	CT	3	6	136895	136900	0 %	50 %	0 %	50 %	46255205
76	NC_005838	GC	3	6	137025	137030	0 %	0 %	50 %	50 %	46255205
77	NC_005838	TG	3	6	143511	143516	0 %	50 %	50 %	0 %	46255210
78	NC_005838	CG	3	6	143592	143597	0 %	0 %	50 %	50 %	46255210
79	NC_005838	TC	3	6	147109	147114	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
80	NC_005838	GA	3	6	147239	147244	50 %	0 %	50 %	0 %	46255216
81	NC_005838	TC	3	6	147387	147392	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
82	NC_005838	CT	3	6	147515	147520	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
83	NC_005838	CT	3	6	148053	148058	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
84	NC_005838	AG	4	8	148238	148245	50 %	0 %	50 %	0 %	46255216
85	NC_005838	GC	3	6	149081	149086	0 %	0 %	50 %	50 %	46255217
86	NC_005838	GC	3	6	149429	149434	0 %	0 %	50 %	50 %	46255217
87	NC_005838	GC	3	6	149817	149822	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_005838	CG	3	6	149837	149842	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_005838	CG	3	6	150798	150803	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
90	NC_005838	CG	3	6	151257	151262	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
91	NC_005838	CG	3	6	151411	151416	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
92	NC_005838	GC	3	6	151635	151640	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
93	NC_005838	CG	3	6	151794	151799	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
94	NC_005838	CG	3	6	151992	151997	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
95	NC_005838	CG	3	6	152105	152110	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
96	NC_005838	GC	3	6	152226	152231	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
97	NC_005838	GC	3	6	154807	154812	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_005838	GA	3	6	155231	155236	50 %	0 %	50 %	0 %	46255222
99	NC_005838	GA	3	6	155539	155544	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005838	GA	3	6	156594	156599	50 %	0 %	50 %	0 %	46255225
101	NC_005838	CT	3	6	157776	157781	0 %	50 %	0 %	50 %	46255225
102	NC_005838	TC	4	8	159995	160002	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_005838	CG	3	6	160504	160509	0 %	0 %	50 %	50 %	46255230
104	NC_005838	TC	3	6	160933	160938	0 %	50 %	0 %	50 %	46255230
105	NC_005838	CG	3	6	161481	161486	0 %	0 %	50 %	50 %	46255231
106	NC_005838	GC	3	6	161908	161913	0 %	0 %	50 %	50 %	46255232
107	NC_005838	GC	3	6	162154	162159	0 %	0 %	50 %	50 %	46255232
108	NC_005838	CG	3	6	162673	162678	0 %	0 %	50 %	50 %	46255232
109	NC_005838	GC	3	6	165223	165228	0 %	0 %	50 %	50 %	46255235
110	NC_005838	CT	3	6	166297	166302	0 %	50 %	0 %	50 %	46255237
111	NC_005838	GC	3	6	166609	166614	0 %	0 %	50 %	50 %	46255237
112	NC_005838	GC	3	6	168630	168635	0 %	0 %	50 %	50 %	46255239
113	NC_005838	GC	3	6	169286	169291	0 %	0 %	50 %	50 %	46255239
114	NC_005838	GC	3	6	173993	173998	0 %	0 %	50 %	50 %	46255245
115	NC_005838	GC	3	6	174152	174157	0 %	0 %	50 %	50 %	46255245
116	NC_005838	GC	3	6	174994	174999	0 %	0 %	50 %	50 %	46255246
117	NC_005838	TC	4	8	181304	181311	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_005838	CG	3	6	181466	181471	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_005838	CG	3	6	181562	181567	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_005838	GC	3	6	182376	182381	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NC_005838	AG	3	6	182989	182994	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005838	AG	4	8	183558	183565	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005838	TC	3	6	184788	184793	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_005838	CG	3	6	185946	185951	0 %	0 %	50 %	50 %	46255260
125	NC_005838	GA	3	6	187172	187177	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005838	GC	3	6	193432	193437	0 %	0 %	50 %	50 %	46255267
127	NC_005838	CT	3	6	194650	194655	0 %	50 %	0 %	50 %	46255269
128	NC_005838	CT	3	6	195998	196003	0 %	50 %	0 %	50 %	46255270
129	NC_005838	GC	3	6	197385	197390	0 %	0 %	50 %	50 %	46255270
130	NC_005838	GC	3	6	197996	198001	0 %	0 %	50 %	50 %	46255270
131	NC_005838	GC	3	6	200760	200765	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_005838	TC	3	6	203125	203130	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_005838	CG	3	6	204782	204787	0 %	0 %	50 %	50 %	46255275
134	NC_005838	CA	3	6	205192	205197	50 %	0 %	0 %	50 %	46255276
135	NC_005838	AG	3	6	205385	205390	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005838	GA	3	6	205470	205475	50 %	0 %	50 %	0 %	46255277
137	NC_005838	GC	3	6	208698	208703	0 %	0 %	50 %	50 %	46255279
138	NC_005838	AC	3	6	209700	209705	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_005838	TC	3	6	211114	211119	0 %	50 %	0 %	50 %	46255281
140	NC_005838	AG	3	6	212592	212597	50 %	0 %	50 %	0 %	46255282
141	NC_005838	CA	3	6	213603	213608	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_005838	AG	3	6	214167	214172	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005838	GA	3	6	214397	214402	50 %	0 %	50 %	0 %	46255285
144	NC_005838	CT	3	6	214848	214853	0 %	50 %	0 %	50 %	46255286
145	NC_005838	GC	3	6	216206	216211	0 %	0 %	50 %	50 %	46255287
146	NC_005838	GC	3	6	222136	222141	0 %	0 %	50 %	50 %	46255291
147	NC_005838	GC	3	6	222178	222183	0 %	0 %	50 %	50 %	46255291
148	NC_005838	CG	3	6	224897	224902	0 %	0 %	50 %	50 %	46255292
149	NC_005838	GC	3	6	230321	230326	0 %	0 %	50 %	50 %	46255298
150	NC_005838	GC	3	6	231645	231650	0 %	0 %	50 %	50 %	46255299
151	NC_005838	GA	3	6	232181	232186	50 %	0 %	50 %	0 %	46255299

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.