MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Thermus thermophilus HB27 plasmid pTT27

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005838	CT	3	6	7990	7995	0 %	50 %	0 %	50 %	46255081
2	NC_005838	GC	3	6	17149	17154	0 %	0 %	50 %	50 %	46255093
3	NC_005838	GC	3	6	24123	24128	0 %	0 %	50 %	50 %	46255097
4	NC_005838	CG	3	6	34768	34773	0 %	0 %	50 %	50 %	46255109
5	NC_005838	CG	3	6	34993	34998	0 %	0 %	50 %	50 %	46255109
6	NC_005838	CG	3	6	39590	39595	0 %	0 %	50 %	50 %	46255113
7	NC_005838	GC	4	8	40465	40472	0 %	0 %	50 %	50 %	46255114
8	NC_005838	TC	3	6	45338	45343	0 %	50 %	0 %	50 %	46255119
9	NC_005838	TC	3	6	48746	48751	0 %	50 %	0 %	50 %	46255123
10	NC_005838	GA	3	6	49424	49429	50 %	0 %	50 %	0 %	46255125
11	NC_005838	GC	3	6	54578	54583	0 %	0 %	50 %	50 %	46255130
12	NC_005838	CG	3	6	55091	55096	0 %	0 %	50 %	50 %	46255130
13	NC_005838	TC	3	6	57019	57024	0 %	50 %	0 %	50 %	46255133
14	NC_005838	GA	3	6	57645	57650	50 %	0 %	50 %	0 %	46255134
15	NC_005838	CG	3	6	58074	58079	0 %	0 %	50 %	50 %	46255134
16	NC_005838	GA	4	8	58581	58588	50 %	0 %	50 %	0 %	46255135
17	NC_005838	CT	3	6	59160	59165	0 %	50 %	0 %	50 %	46255136
18	NC_005838	TG	3	6	59328	59333	0 %	50 %	50 %	0 %	46255137
19	NC_005838	CT	3	6	59416	59421	0 %	50 %	0 %	50 %	46255137
20	NC_005838	GC	3	6	61797	61802	0 %	0 %	50 %	50 %	46255138
21	NC_005838	GC	3	6	63745	63750	0 %	0 %	50 %	50 %	46255141
22	NC_005838	CG	3	6	66954	66959	0 %	0 %	50 %	50 %	46255145
23	NC_005838	GT	3	6	69547	69552	0 %	50 %	50 %	0 %	46255148
24	NC_005838	CG	3	6	73135	73140	0 %	0 %	50 %	50 %	46255150
25	NC_005838	TC	3	6	73564	73569	0 %	50 %	0 %	50 %	46255150
26	NC_005838	GA	3	6	73639	73644	50 %	0 %	50 %	0 %	46255150
27	NC_005838	AC	3	6	74182	74187	50 %	0 %	0 %	50 %	46255150
28	NC_005838	GC	3	6	75826	75831	0 %	0 %	50 %	50 %	46255151
29	NC_005838	AG	4	8	77573	77580	50 %	0 %	50 %	0 %	46255153
30	NC_005838	GA	3	6	77684	77689	50 %	0 %	50 %	0 %	46255153
31	NC_005838	CG	3	6	79858	79863	0 %	0 %	50 %	50 %	46255155
32	NC_005838	AG	3	6	80340	80345	50 %	0 %	50 %	0 %	46255155
33	NC_005838	GC	3	6	80559	80564	0 %	0 %	50 %	50 %	46255155
34	NC_005838	AG	3	6	81783	81788	50 %	0 %	50 %	0 %	46255156
35	NC_005838	CT	3	6	82330	82335	0 %	50 %	0 %	50 %	46255156
36	NC_005838	CG	3	6	86223	86228	0 %	0 %	50 %	50 %	46255163
37	NC_005838	TC	3	6	86652	86657	0 %	50 %	0 %	50 %	46255163
38	NC_005838	GC	3	6	86892	86897	0 %	0 %	50 %	50 %	46255164
39	NC_005838	GC	3	6	89711	89716	0 %	0 %	50 %	50 %	46255169
40	NC_005838	AG	3	6	96482	96487	50 %	0 %	50 %	0 %	46255176
41	NC_005838	CG	3	6	101178	101183	0 %	0 %	50 %	50 %	46255180
42	NC_005838	GC	3	6	101557	101562	0 %	0 %	50 %	50 %	46255180
43	NC_005838	CG	3	6	101563	101568	0 %	0 %	50 %	50 %	46255180
44	NC_005838	GC	3	6	104969	104974	0 %	0 %	50 %	50 %	46255184
45	NC_005838	GC	3	6	109146	109151	0 %	0 %	50 %	50 %	46255188
46	NC_005838	GA	3	6	109689	109694	50 %	0 %	50 %	0 %	46255188
47	NC_005838	GC	3	6	112687	112692	0 %	0 %	50 %	50 %	46255192
48	NC_005838	AG	3	6	115745	115750	50 %	0 %	50 %	0 %	46255194
49	NC_005838	GC	3	6	115770	115775	0 %	0 %	50 %	50 %	46255194
50	NC_005838	GC	3	6	116142	116147	0 %	0 %	50 %	50 %	46255195
51	NC_005838	GA	3	6	116627	116632	50 %	0 %	50 %	0 %	46255196
52	NC_005838	CG	3	6	117859	117864	0 %	0 %	50 %	50 %	46255196
53	NC_005838	CG	3	6	118776	118781	0 %	0 %	50 %	50 %	46255198
54	NC_005838	CG	4	8	118988	118995	0 %	0 %	50 %	50 %	46255198
55	NC_005838	GA	3	6	119712	119717	50 %	0 %	50 %	0 %	46255199
56	NC_005838	GC	3	6	122169	122174	0 %	0 %	50 %	50 %	46255199
57	NC_005838	GC	3	6	123684	123689	0 %	0 %	50 %	50 %	46255199
58	NC_005838	GC	3	6	132373	132378	0 %	0 %	50 %	50 %	46255203
59	NC_005838	GC	3	6	133798	133803	0 %	0 %	50 %	50 %	46255203
60	NC_005838	TC	3	6	133887	133892	0 %	50 %	0 %	50 %	46255203
61	NC_005838	GC	3	6	134383	134388	0 %	0 %	50 %	50 %	46255203
62	NC_005838	GC	3	6	134860	134865	0 %	0 %	50 %	50 %	46255204
63	NC_005838	CT	3	6	136895	136900	0 %	50 %	0 %	50 %	46255205
64	NC_005838	GC	3	6	137025	137030	0 %	0 %	50 %	50 %	46255205
65	NC_005838	TG	3	6	143511	143516	0 %	50 %	50 %	0 %	46255210
66	NC_005838	CG	3	6	143592	143597	0 %	0 %	50 %	50 %	46255210
67	NC_005838	TC	3	6	147109	147114	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
68	NC_005838	GA	3	6	147239	147244	50 %	0 %	50 %	0 %	46255216
69	NC_005838	TC	3	6	147387	147392	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
70	NC_005838	CT	3	6	147515	147520	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
71	NC_005838	CT	3	6	148053	148058	0 %	50 %	0 %	50 %	46255216
72	NC_005838	AG	4	8	148238	148245	50 %	0 %	50 %	0 %	46255216
73	NC_005838	GC	3	6	149081	149086	0 %	0 %	50 %	50 %	46255217
74	NC_005838	GC	3	6	149429	149434	0 %	0 %	50 %	50 %	46255217
75	NC_005838	CG	3	6	150798	150803	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
76	NC_005838	CG	3	6	151257	151262	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
77	NC_005838	CG	3	6	151411	151416	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
78	NC_005838	GC	3	6	151635	151640	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
79	NC_005838	CG	3	6	151794	151799	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
80	NC_005838	CG	3	6	151992	151997	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
81	NC_005838	CG	3	6	152105	152110	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
82	NC_005838	GC	3	6	152226	152231	0 %	0 %	50 %	50 %	46255218
83	NC_005838	GA	3	6	155231	155236	50 %	0 %	50 %	0 %	46255222
84	NC_005838	GA	3	6	156594	156599	50 %	0 %	50 %	0 %	46255225
85	NC_005838	CT	3	6	157776	157781	0 %	50 %	0 %	50 %	46255225
86	NC_005838	CG	3	6	160504	160509	0 %	0 %	50 %	50 %	46255230
87	NC_005838	TC	3	6	160933	160938	0 %	50 %	0 %	50 %	46255230
88	NC_005838	CG	3	6	161481	161486	0 %	0 %	50 %	50 %	46255231
89	NC_005838	GC	3	6	161908	161913	0 %	0 %	50 %	50 %	46255232
90	NC_005838	GC	3	6	162154	162159	0 %	0 %	50 %	50 %	46255232
91	NC_005838	CG	3	6	162673	162678	0 %	0 %	50 %	50 %	46255232
92	NC_005838	GC	3	6	165223	165228	0 %	0 %	50 %	50 %	46255235
93	NC_005838	CT	3	6	166297	166302	0 %	50 %	0 %	50 %	46255237
94	NC_005838	GC	3	6	166609	166614	0 %	0 %	50 %	50 %	46255237
95	NC_005838	GC	3	6	168630	168635	0 %	0 %	50 %	50 %	46255239
96	NC_005838	GC	3	6	169286	169291	0 %	0 %	50 %	50 %	46255239
97	NC_005838	GC	3	6	173993	173998	0 %	0 %	50 %	50 %	46255245
98	NC_005838	GC	3	6	174152	174157	0 %	0 %	50 %	50 %	46255245
99	NC_005838	GC	3	6	174994	174999	0 %	0 %	50 %	50 %	46255246
100	NC_005838	CG	3	6	185946	185951	0 %	0 %	50 %	50 %	46255260
101	NC_005838	GC	3	6	193432	193437	0 %	0 %	50 %	50 %	46255267
102	NC_005838	CT	3	6	194650	194655	0 %	50 %	0 %	50 %	46255269
103	NC_005838	CT	3	6	195998	196003	0 %	50 %	0 %	50 %	46255270
104	NC_005838	GC	3	6	197385	197390	0 %	0 %	50 %	50 %	46255270
105	NC_005838	GC	3	6	197996	198001	0 %	0 %	50 %	50 %	46255270
106	NC_005838	CG	3	6	204782	204787	0 %	0 %	50 %	50 %	46255275
107	NC_005838	CA	3	6	205192	205197	50 %	0 %	0 %	50 %	46255276
108	NC_005838	GA	3	6	205470	205475	50 %	0 %	50 %	0 %	46255277
109	NC_005838	GC	3	6	208698	208703	0 %	0 %	50 %	50 %	46255279
110	NC_005838	TC	3	6	211114	211119	0 %	50 %	0 %	50 %	46255281
111	NC_005838	AG	3	6	212592	212597	50 %	0 %	50 %	0 %	46255282
112	NC_005838	GA	3	6	214397	214402	50 %	0 %	50 %	0 %	46255285
113	NC_005838	CT	3	6	214848	214853	0 %	50 %	0 %	50 %	46255286
114	NC_005838	GC	3	6	216206	216211	0 %	0 %	50 %	50 %	46255287
115	NC_005838	GC	3	6	222136	222141	0 %	0 %	50 %	50 %	46255291
116	NC_005838	GC	3	6	222178	222183	0 %	0 %	50 %	50 %	46255291
117	NC_005838	CG	3	6	224897	224902	0 %	0 %	50 %	50 %	46255292
118	NC_005838	GC	3	6	230321	230326	0 %	0 %	50 %	50 %	46255298
119	NC_005838	GC	3	6	231645	231650	0 %	0 %	50 %	50 %	46255299
120	NC_005838	GA	3	6	232181	232186	50 %	0 %	50 %	0 %	46255299

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.