MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome II

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005824	CGGAGA	2	12	1040	1051	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45655586
2	NC_005824	AGGAGA	2	12	2883	2894	50 %	0 %	50 %	0 %	45655587
3	NC_005824	TTCTTT	2	12	4073	4084	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655588
4	NC_005824	GAACCG	2	12	4510	4521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	45655588
5	NC_005824	AAAAGA	2	12	8948	8959	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655593
6	NC_005824	ATTTTT	2	12	12257	12268	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655596
7	NC_005824	TTTGAC	2	12	12898	12909	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655597
8	NC_005824	TGGAAG	2	12	19357	19368	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005824	TTTAGA	2	12	20286	20297	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655602
10	NC_005824	TAAATT	2	12	20648	20659	50 %	50 %	0 %	0 %	45655602
11	NC_005824	GGAAAA	2	12	20947	20958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655603
12	NC_005824	GGATTT	2	12	21249	21260	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	45655603
13	NC_005824	TTTTGT	2	12	22780	22791	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	45655605
14	NC_005824	AAAAAT	2	12	24032	24043	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655606
15	NC_005824	GAAAAA	2	12	24250	24261	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655606
16	NC_005824	GACGGA	2	12	30840	30851	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	45655614
17	NC_005824	CTTGGA	2	12	31210	31221	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655615
18	NC_005824	TGATCG	2	12	32632	32643	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655617
19	NC_005824	TTCTCT	2	12	33600	33611	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_005824	GAAAAA	2	12	35377	35388	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655618
21	NC_005824	GGAAAA	2	12	35599	35610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655618
22	NC_005824	GTTTAA	2	12	42783	42794	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655625
23	NC_005824	ATTCTA	2	12	43209	43220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655625
24	NC_005824	CGGAAT	2	12	45302	45313	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	45655627
25	NC_005824	AACCAA	2	12	47897	47908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	45655629
26	NC_005824	GAATTA	2	12	51541	51552	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	45655633
27	NC_005824	TAGGGG	2	12	51693	51704	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	45655633
28	NC_005824	TTTTCT	2	12	69010	69021	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655646
29	NC_005824	GGAAAT	2	12	70048	70059	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655646
30	NC_005824	AAAAAC	2	12	71751	71762	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_005824	AGTTTT	2	12	77265	77276	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655654
32	NC_005824	TTGAAC	2	12	77882	77893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45655654
33	NC_005824	TTTCTT	2	12	79879	79890	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655656
34	NC_005824	CAAAAA	2	12	83031	83042	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	45655658
35	NC_005824	GAAAAA	2	12	83076	83087	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655658
36	NC_005824	AGCAGA	2	12	84074	84085	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	45655658
37	NC_005824	AAAAAT	2	12	84225	84236	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655658
38	NC_005824	ATAGAA	2	12	86970	86981	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45655660
39	NC_005824	TTGCTT	2	12	87127	87138	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655660
40	NC_005824	TTTCGA	2	12	88053	88064	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655660
41	NC_005824	TTTTTC	2	12	88811	88822	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655661
42	NC_005824	TTTAAT	2	12	89460	89471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005824	GAATTC	2	12	92597	92608	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	45655665
44	NC_005824	TTTCTT	2	12	96937	96948	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655668
45	NC_005824	AAATTT	2	12	99501	99512	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005824	TGGAAC	2	12	99844	99855	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	45655670
47	NC_005824	TCTAAT	2	12	102920	102931	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655672
48	NC_005824	ATGAAT	2	12	104169	104180	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005824	TTCGAT	2	12	104662	104673	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655673
50	NC_005824	CAAAGT	2	12	105380	105391	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	45655674
51	NC_005824	TTGTTT	2	12	106002	106013	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005824	ATCTAT	2	12	114917	114928	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_005824	TTTTCA	2	12	116689	116700	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	45655683
54	NC_005824	TTGCAG	2	12	120062	120073	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655686
55	NC_005824	AGATCA	2	12	124092	124103	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_005824	GTTTTT	2	12	124891	124902	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005824	TCAAAA	2	12	125909	125920	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655689
58	NC_005824	TTGGGA	2	12	126412	126423	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	45655689
59	NC_005824	TAAAAA	2	12	128056	128067	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005824	GTTAAT	2	12	129358	129369	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	45655692
61	NC_005824	TTTCTT	2	12	129759	129770	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655692
62	NC_005824	CAATTT	2	12	135366	135377	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655695
63	NC_005824	TGCCAT	2	12	136414	136425	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	45655696
64	NC_005824	AAAACT	2	12	136915	136926	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655697
65	NC_005824	GATAAA	2	12	140522	140533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	45655699
66	NC_005824	CTTTTG	2	12	141438	141449	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655700
67	NC_005824	TTTTTG	2	12	143085	143096	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	45655702
68	NC_005824	TCTAAC	2	12	144284	144295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	45655703
69	NC_005824	CAAGTC	2	12	146391	146402	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	45655704
70	NC_005824	CTTTTT	2	12	147597	147608	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655706
71	NC_005824	AGTGCG	2	12	148764	148775	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	45655706
72	NC_005824	TGTCTT	2	12	151115	151126	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655709
73	NC_005824	TTTTCG	2	12	152821	152832	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655711
74	NC_005824	TCTGGA	2	12	153814	153825	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655712
75	NC_005824	TCAATT	2	12	153925	153936	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	45655712
76	NC_005824	TTCCGA	2	12	154526	154537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	45655712
77	NC_005824	CGGTTA	2	12	165377	165388	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655720
78	NC_005824	AAAATT	2	12	165661	165672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	45655720
79	NC_005824	AAGGGA	2	12	169914	169925	50 %	0 %	50 %	0 %	45655724
80	NC_005824	GTTCAG	2	12	170649	170660	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	45655725
81	NC_005824	CGATTT	2	12	171422	171433	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655725
82	NC_005824	AAAAGA	2	12	175123	175134	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	45655727
83	NC_005824	TAAAAA	2	12	177554	177565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655728
84	NC_005824	TTGATT	2	12	177600	177611	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655728
85	NC_005824	TCGGCC	2	12	179172	179183	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_005824	AAATCA	2	12	179357	179368	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_005824	AAGGAA	2	12	180144	180155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655730
88	NC_005824	GTAGAA	2	12	185563	185574	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655734
89	NC_005824	AGTGTA	2	12	186114	186125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655735
90	NC_005824	TTTTCT	2	12	187945	187956	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	45655737
91	NC_005824	AATAAA	2	12	188118	188129	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	45655737
92	NC_005824	AGAAAG	2	12	191899	191910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	45655740
93	NC_005824	TTTTGA	2	12	193050	193061	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655741
94	NC_005824	TTTTGA	2	12	194520	194531	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655742
95	NC_005824	CTAAAA	2	12	196047	196058	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655743
96	NC_005824	ATCGTT	2	12	197014	197025	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655744
97	NC_005824	GATTTT	2	12	198489	198500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655745
98	NC_005824	TTTTTA	2	12	199103	199114	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655746
99	NC_005824	TGATTT	2	12	200356	200367	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655746
100	NC_005824	GTGAAT	2	12	200915	200926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655747
101	NC_005824	AAATCC	2	12	201037	201048	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655747
102	NC_005824	TTATAT	2	12	202446	202457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	45655748
103	NC_005824	TACGTT	2	12	202512	202523	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655748
104	NC_005824	AACGAA	2	12	204057	204068	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	45655749
105	NC_005824	ATTTTT	2	12	207254	207265	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	45655753
106	NC_005824	AGTCAA	2	12	207491	207502	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_005824	ATTCTG	2	12	208110	208121	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	45655754
108	NC_005824	AATCCA	2	12	209155	209166	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	45655754
109	NC_005824	AAATAC	2	12	218736	218747	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	45655758
110	NC_005824	GTATTT	2	12	221486	221497	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655760
111	NC_005824	TTAAAA	2	12	228158	228169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005824	ATCAAT	2	12	228643	228654	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45655763
113	NC_005824	ATCAAA	2	12	229956	229967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_005824	ACAAAA	2	12	230045	230056	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_005824	ACCACT	2	12	230347	230358	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	45655764
116	NC_005824	TGTTTC	2	12	231376	231387	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	45655764
117	NC_005824	TTTGAT	2	12	231886	231897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005824	GATTTT	2	12	233149	233160	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	45655765
119	NC_005824	AAATTC	2	12	234167	234178	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	45655765
120	NC_005824	TGGAAT	2	12	234237	234248	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	45655765
121	NC_005824	GAGTTT	2	12	238207	238218	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005824	GTAGAA	2	12	238841	238852	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	45655770
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.