MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome II

Total Repeats: 401

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005824	AAATC	2	10	67	76	60 %	20 %	0 %	20 %	45655586
2	NC_005824	GGTCT	2	10	922	931	0 %	40 %	40 %	20 %	45655586
3	NC_005824	TTTTG	2	10	3599	3608	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005824	TTTAA	2	10	5009	5018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005824	GAGAA	2	10	7624	7633	60 %	0 %	40 %	0 %	45655592
6	NC_005824	AAAGA	2	10	10476	10485	80 %	0 %	20 %	0 %	45655594
7	NC_005824	GAATC	2	10	11543	11552	40 %	20 %	20 %	20 %	45655595
8	NC_005824	ATCAA	2	10	11808	11817	60 %	20 %	0 %	20 %	45655595
9	NC_005824	TCAAA	2	10	12455	12464	60 %	20 %	0 %	20 %	45655596
10	NC_005824	GATCC	2	10	12662	12671	20 %	20 %	20 %	40 %	45655596
11	NC_005824	AAGAA	2	10	13218	13227	80 %	0 %	20 %	0 %	45655597
12	NC_005824	TCTAT	2	10	13986	13995	20 %	60 %	0 %	20 %	45655598
13	NC_005824	CAAAA	2	10	14377	14386	80 %	0 %	0 %	20 %	45655598
14	NC_005824	AGGTA	2	10	15282	15291	40 %	20 %	40 %	0 %	45655599
15	NC_005824	ACAAA	2	10	15451	15460	80 %	0 %	0 %	20 %	45655599
16	NC_005824	CAAAA	2	10	16816	16825	80 %	0 %	0 %	20 %	45655600
17	NC_005824	GTTAA	2	10	18146	18155	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005824	GATTT	2	10	18234	18243	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005824	TGTAT	2	10	18671	18680	20 %	60 %	20 %	0 %	45655601
20	NC_005824	CCCTA	2	10	18703	18712	20 %	20 %	0 %	60 %	45655601
21	NC_005824	TGTCC	2	10	19815	19824	0 %	40 %	20 %	40 %	45655602
22	NC_005824	CTATT	2	10	19933	19942	20 %	60 %	0 %	20 %	45655602
23	NC_005824	GGTTT	2	10	20532	20541	0 %	60 %	40 %	0 %	45655602
24	NC_005824	ATTGA	2	10	20698	20707	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005824	CCCTA	2	10	20730	20739	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_005824	TTTGA	2	10	20786	20795	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005824	AAGAA	2	10	22138	22147	80 %	0 %	20 %	0 %	45655604
28	NC_005824	TACTT	2	10	22855	22864	20 %	60 %	0 %	20 %	45655605
29	NC_005824	AGGGG	2	10	22904	22913	20 %	0 %	80 %	0 %	45655605
30	NC_005824	GAATA	2	10	23466	23475	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005824	GTAGG	2	10	24166	24175	20 %	20 %	60 %	0 %	45655606
32	NC_005824	CTAAC	2	10	25387	25396	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_005824	TAAGT	2	10	25769	25778	40 %	40 %	20 %	0 %	45655609
34	NC_005824	ATATC	2	10	26703	26712	40 %	40 %	0 %	20 %	45655610
35	NC_005824	CAAAA	2	10	27350	27359	80 %	0 %	0 %	20 %	45655611
36	NC_005824	TGGCT	2	10	28216	28225	0 %	40 %	40 %	20 %	45655611
37	NC_005824	ATTAA	2	10	29108	29117	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005824	GTTTT	2	10	29483	29492	0 %	80 %	20 %	0 %	45655613
39	NC_005824	GAATT	2	10	29696	29705	40 %	40 %	20 %	0 %	45655613
40	NC_005824	GAATA	2	10	29894	29903	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005824	AAAAT	2	10	32161	32170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005824	CTTTT	2	10	32316	32325	0 %	80 %	0 %	20 %	45655617
43	NC_005824	GAAAA	2	10	32749	32758	80 %	0 %	20 %	0 %	45655617
44	NC_005824	TTTTC	2	10	32780	32789	0 %	80 %	0 %	20 %	45655617
45	NC_005824	ATTCT	2	10	34525	34534	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_005824	ACTCC	2	10	34625	34634	20 %	20 %	0 %	60 %	45655618
47	NC_005824	ATCAA	2	10	34799	34808	60 %	20 %	0 %	20 %	45655618
48	NC_005824	CCCAC	2	10	36213	36222	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_005824	TTCTA	2	10	37155	37164	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_005824	AAATC	2	10	37769	37778	60 %	20 %	0 %	20 %	45655619
51	NC_005824	TAAAG	2	10	39137	39146	60 %	20 %	20 %	0 %	45655621
52	NC_005824	CTTTA	2	10	39400	39409	20 %	60 %	0 %	20 %	45655621
53	NC_005824	TTTTC	2	10	39944	39953	0 %	80 %	0 %	20 %	45655622
54	NC_005824	TGGAT	2	10	42176	42185	20 %	40 %	40 %	0 %	45655624
55	NC_005824	TTTCC	2	10	42328	42337	0 %	60 %	0 %	40 %	45655624
56	NC_005824	CGGAA	2	10	42362	42371	40 %	0 %	40 %	20 %	45655624
57	NC_005824	ATTGG	2	10	42680	42689	20 %	40 %	40 %	0 %	45655624
58	NC_005824	ATTTT	2	10	44576	44585	20 %	80 %	0 %	0 %	45655626
59	NC_005824	ACTTG	2	10	44853	44862	20 %	40 %	20 %	20 %	45655626
60	NC_005824	ATTTT	2	10	45032	45041	20 %	80 %	0 %	0 %	45655626
61	NC_005824	TCCGT	2	10	45827	45836	0 %	40 %	20 %	40 %	45655627
62	NC_005824	ATATT	2	10	45846	45855	40 %	60 %	0 %	0 %	45655627
63	NC_005824	AATTT	2	10	48092	48101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005824	CAATA	2	10	48361	48370	60 %	20 %	0 %	20 %	45655630
65	NC_005824	TGGAT	2	10	51453	51462	20 %	40 %	40 %	0 %	45655633
66	NC_005824	ATTGA	2	10	52687	52696	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005824	ATGAA	2	10	52780	52789	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005824	TTTAT	2	10	53407	53416	20 %	80 %	0 %	0 %	45655635
69	NC_005824	TGGTT	2	10	53927	53936	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005824	GGTTC	2	10	55636	55645	0 %	40 %	40 %	20 %	45655636
71	NC_005824	CTAAA	2	10	55820	55829	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_005824	TTTAA	2	10	56411	56420	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005824	CGGTC	2	10	56650	56659	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_005824	GTGTT	2	10	57260	57269	0 %	60 %	40 %	0 %	45655637
75	NC_005824	TTGTT	2	10	57753	57762	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005824	TGCTT	2	10	58070	58079	0 %	60 %	20 %	20 %	45655638
77	NC_005824	TTCAG	2	10	58394	58403	20 %	40 %	20 %	20 %	45655638
78	NC_005824	GGAAA	2	10	59971	59980	60 %	0 %	40 %	0 %	45655640
79	NC_005824	TTGTT	2	10	60114	60123	0 %	80 %	20 %	0 %	45655640
80	NC_005824	ACGAA	2	10	60394	60403	60 %	0 %	20 %	20 %	45655640
81	NC_005824	ACTTT	2	10	61539	61548	20 %	60 %	0 %	20 %	45655641
82	NC_005824	TAAAA	2	10	66739	66748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005824	AAAAC	2	10	67569	67578	80 %	0 %	0 %	20 %	45655644
84	NC_005824	TTTAT	2	10	70320	70329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005824	TATTT	2	10	70473	70482	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005824	TGAAA	2	10	73644	73653	60 %	20 %	20 %	0 %	45655650
87	NC_005824	TTTAT	2	10	75090	75099	20 %	80 %	0 %	0 %	45655652
88	NC_005824	AAACT	2	10	76155	76164	60 %	20 %	0 %	20 %	45655653
89	NC_005824	TTTTG	2	10	76900	76909	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005824	GTGAA	2	10	77963	77972	40 %	20 %	40 %	0 %	45655654
91	NC_005824	ACCCA	2	10	80012	80021	40 %	0 %	0 %	60 %	45655656
92	NC_005824	ATTTC	2	10	80900	80909	20 %	60 %	0 %	20 %	45655657
93	NC_005824	ATTTG	2	10	80925	80934	20 %	60 %	20 %	0 %	45655657
94	NC_005824	TCCTT	2	10	81710	81719	0 %	60 %	0 %	40 %	45655657
95	NC_005824	AAATA	2	10	81811	81820	80 %	20 %	0 %	0 %	45655657
96	NC_005824	CAGAT	2	10	82414	82423	40 %	20 %	20 %	20 %	45655658
97	NC_005824	GTATT	2	10	83448	83457	20 %	60 %	20 %	0 %	45655658
98	NC_005824	CGGAT	2	10	86006	86015	20 %	20 %	40 %	20 %	45655659
99	NC_005824	GATTT	2	10	86441	86450	20 %	60 %	20 %	0 %	45655659
100	NC_005824	TTTGA	2	10	86882	86891	20 %	60 %	20 %	0 %	45655660
101	NC_005824	CAAGA	2	10	88136	88145	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_005824	TAAAA	2	10	89442	89451	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_005824	AAGAT	2	10	91145	91154	60 %	20 %	20 %	0 %	45655664
104	NC_005824	TTTCT	2	10	91388	91397	0 %	80 %	0 %	20 %	45655664
105	NC_005824	TTTCG	2	10	92784	92793	0 %	60 %	20 %	20 %	45655665
106	NC_005824	AATCG	2	10	95432	95441	40 %	20 %	20 %	20 %	45655668
107	NC_005824	ATATT	2	10	96796	96805	40 %	60 %	0 %	0 %	45655668
108	NC_005824	TGAAA	2	10	97706	97715	60 %	20 %	20 %	0 %	45655668
109	NC_005824	TGGAG	2	10	98462	98471	20 %	20 %	60 %	0 %	45655668
110	NC_005824	GAAAC	2	10	99207	99216	60 %	0 %	20 %	20 %	45655669
111	NC_005824	TCCTG	2	10	99251	99260	0 %	40 %	20 %	40 %	45655669
112	NC_005824	GGCGT	2	10	100147	100156	0 %	20 %	60 %	20 %	45655670
113	NC_005824	TAAAA	2	10	100734	100743	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005824	TCGCT	2	10	102456	102465	0 %	40 %	20 %	40 %	45655672
115	NC_005824	TTTTG	2	10	103189	103198	0 %	80 %	20 %	0 %	45655672
116	NC_005824	TATGA	2	10	104281	104290	40 %	40 %	20 %	0 %	45655673
117	NC_005824	TTACC	2	10	104769	104778	20 %	40 %	0 %	40 %	45655673
118	NC_005824	GAATA	2	10	106755	106764	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005824	TTTCC	2	10	108704	108713	0 %	60 %	0 %	40 %	45655676
120	NC_005824	ATTCT	2	10	109224	109233	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_005824	CGTTT	2	10	109693	109702	0 %	60 %	20 %	20 %	45655677
122	NC_005824	TTTAT	2	10	110218	110227	20 %	80 %	0 %	0 %	45655677
123	NC_005824	CCTCC	2	10	111328	111337	0 %	20 %	0 %	80 %	45655677
124	NC_005824	TAAAA	2	10	111671	111680	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005824	ATATT	2	10	111742	111751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005824	ATATA	2	10	111800	111809	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005824	TGGTT	2	10	112849	112858	0 %	60 %	40 %	0 %	45655678
128	NC_005824	ATTGG	2	10	113876	113885	20 %	40 %	40 %	0 %	45655679
129	NC_005824	AAAAG	2	10	114572	114581	80 %	0 %	20 %	0 %	45655680
130	NC_005824	GTCTT	2	10	114972	114981	0 %	60 %	20 %	20 %	45655681
131	NC_005824	GAAAA	2	10	118182	118191	80 %	0 %	20 %	0 %	45655685
132	NC_005824	ACAAA	2	10	119460	119469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_005824	GAAAA	2	10	119740	119749	80 %	0 %	20 %	0 %	45655686
134	NC_005824	ATAGA	2	10	122407	122416	60 %	20 %	20 %	0 %	45655687
135	NC_005824	AATTT	2	10	122754	122763	40 %	60 %	0 %	0 %	45655688
136	NC_005824	TATAA	2	10	124182	124191	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_005824	CATTT	2	10	124215	124224	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_005824	ATCAA	2	10	125689	125698	60 %	20 %	0 %	20 %	45655689
139	NC_005824	CTTCT	2	10	126194	126203	0 %	60 %	0 %	40 %	45655689
140	NC_005824	AATTT	2	10	126264	126273	40 %	60 %	0 %	0 %	45655689
141	NC_005824	CTCTA	2	10	128069	128078	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_005824	TGAAT	2	10	129186	129195	40 %	40 %	20 %	0 %	45655691
143	NC_005824	TCTTT	2	10	130460	130469	0 %	80 %	0 %	20 %	45655693
144	NC_005824	ATCGA	2	10	130525	130534	40 %	20 %	20 %	20 %	45655693
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146	NC_005824	CAAAG	2	10	131421	131430	60 %	0 %	20 %	20 %	45655693
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151	NC_005824	TAGTT	2	10	133067	133076	20 %	60 %	20 %	0 %	45655694
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159	NC_005824	GAACT	2	10	139872	139881	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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193	NC_005824	AAAAT	2	10	175634	175643	80 %	20 %	0 %	0 %	45655727
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197	NC_005824	AATTT	2	10	178536	178545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_005824	ATTTA	2	10	183367	183376	40 %	60 %	0 %	0 %	45655733
199	NC_005824	TCCTG	2	10	183395	183404	0 %	40 %	20 %	40 %	45655733
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242	NC_005824	GATTC	2	10	217078	217087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
243	NC_005824	CATTG	2	10	220002	220011	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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247	NC_005824	ATTTA	2	10	223621	223630	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_005824	ATTAT	2	10	224179	224188	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
249	NC_005824	AGAAT	2	10	227044	227053	60 %	20 %	20 %	0 %	45655762
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251	NC_005824	CTTCT	2	10	228001	228010	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
252	NC_005824	TCGAA	2	10	228553	228562	40 %	20 %	20 %	20 %	45655763
253	NC_005824	TATAA	2	10	228865	228874	60 %	40 %	0 %	0 %	45655763
254	NC_005824	TCCAA	2	10	228937	228946	40 %	20 %	0 %	40 %	45655763
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256	NC_005824	CACTT	2	10	231364	231373	20 %	40 %	0 %	40 %	45655764
257	NC_005824	TTCAG	2	10	231820	231829	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
258	NC_005824	TTTCT	2	10	232394	232403	0 %	80 %	0 %	20 %	45655765
259	NC_005824	AAACA	2	10	232432	232441	80 %	0 %	0 %	20 %	45655765
260	NC_005824	GACAG	2	10	232828	232837	40 %	0 %	40 %	20 %	45655765
261	NC_005824	TTTCT	2	10	233354	233363	0 %	80 %	0 %	20 %	45655765
262	NC_005824	ATAAA	2	10	233954	233963	80 %	20 %	0 %	0 %	45655765
263	NC_005824	TTTTA	2	10	234510	234519	20 %	80 %	0 %	0 %	45655765
264	NC_005824	GATTT	2	10	234643	234652	20 %	60 %	20 %	0 %	45655765
265	NC_005824	TAAAA	2	10	234967	234976	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_005824	ATTTT	2	10	235423	235432	20 %	80 %	0 %	0 %	45655767
267	NC_005824	TAAAA	2	10	236328	236337	80 %	20 %	0 %	0 %	45655768
268	NC_005824	ATTTT	2	10	236525	236534	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_005824	AATTT	2	10	236745	236754	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_005824	AATCG	2	10	237424	237433	40 %	20 %	20 %	20 %	45655769
271	NC_005824	TTATT	2	10	237859	237868	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
272	NC_005824	GGATT	2	10	238116	238125	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
273	NC_005824	ATTAA	2	10	238538	238547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_005824	AATAT	2	10	241808	241817	60 %	40 %	0 %	0 %	45655772
275	NC_005824	AGAAA	2	10	242355	242364	80 %	0 %	20 %	0 %	45655772
276	NC_005824	TTTTC	2	10	243761	243770	0 %	80 %	0 %	20 %	45655773
277	NC_005824	TTCCA	2	10	243899	243908	20 %	40 %	0 %	40 %	45655773
278	NC_005824	GAATT	2	10	245066	245075	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
279	NC_005824	TGAAT	2	10	245191	245200	40 %	40 %	20 %	0 %	45655774
280	NC_005824	CTTCT	2	10	245455	245464	0 %	60 %	0 %	40 %	45655774
281	NC_005824	TTGAA	2	10	245973	245982	40 %	40 %	20 %	0 %	45655774
282	NC_005824	GATTG	2	10	246238	246247	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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284	NC_005824	TACAA	2	10	246478	246487	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
285	NC_005824	ACAAT	2	10	248203	248212	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_005824	CAACC	2	10	251553	251562	40 %	0 %	0 %	60 %	45655777
287	NC_005824	TTTGG	2	10	252915	252924	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
288	NC_005824	TTCGA	2	10	254205	254214	20 %	40 %	20 %	20 %	45655778
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393	NC_005824	GAAAT	2	10	342623	342632	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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399	NC_005824	CAAAT	2	10	347149	347158	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
400	NC_005824	AACAA	2	10	348147	348156	80 %	0 %	0 %	20 %	45655850
401	NC_005824	TGGAA	2	10	349818	349827	40 %	20 %	40 %	0 %	45655851

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.