MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome II

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005824	TTTTG	2	10	3599	3608	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005824	TTTAA	2	10	5009	5018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005824	GTTAA	2	10	18146	18155	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005824	GATTT	2	10	18234	18243	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005824	ATTGA	2	10	20698	20707	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005824	CCCTA	2	10	20730	20739	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_005824	TTTGA	2	10	20786	20795	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005824	GAATA	2	10	23466	23475	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005824	CTAAC	2	10	25387	25396	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_005824	ATTAA	2	10	29108	29117	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005824	GAATA	2	10	29894	29903	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005824	AAAAT	2	10	32161	32170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005824	ATTCT	2	10	34525	34534	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_005824	CCCAC	2	10	36213	36222	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
15	NC_005824	TTCTA	2	10	37155	37164	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_005824	AATTT	2	10	48092	48101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005824	ATTGA	2	10	52687	52696	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005824	ATGAA	2	10	52780	52789	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005824	TGGTT	2	10	53927	53936	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_005824	CTAAA	2	10	55820	55829	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_005824	TTTAA	2	10	56411	56420	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005824	CGGTC	2	10	56650	56659	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_005824	TTGTT	2	10	57753	57762	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_005824	TAAAA	2	10	66739	66748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005824	TTTAT	2	10	70320	70329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005824	TATTT	2	10	70473	70482	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005824	TTTTG	2	10	76900	76909	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005824	CAAGA	2	10	88136	88145	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_005824	TAAAA	2	10	89442	89451	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005824	TAAAA	2	10	100734	100743	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005824	GAATA	2	10	106755	106764	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005824	ATTCT	2	10	109224	109233	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_005824	TAAAA	2	10	111671	111680	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005824	ATATT	2	10	111742	111751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005824	ATATA	2	10	111800	111809	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005824	ACAAA	2	10	119460	119469	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_005824	TATAA	2	10	124182	124191	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005824	CATTT	2	10	124215	124224	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_005824	CTCTA	2	10	128069	128078	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_005824	AAAAT	2	10	133623	133632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005824	CAATA	2	10	133732	133741	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_005824	CGTTT	2	10	138924	138933	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_005824	CAAGG	2	10	139383	139392	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_005824	GAACT	2	10	139872	139881	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_005824	ATTGT	2	10	141717	141726	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005824	AAAAT	2	10	158909	158918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005824	ACAAA	2	10	160154	160163	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_005824	CTATT	2	10	160372	160381	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_005824	GAATT	2	10	167970	167979	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005824	GTTTC	2	10	168232	168241	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_005824	TGGAT	2	10	169487	169496	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005824	TTAAA	2	10	169746	169755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005824	TAAAA	2	10	173651	173660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005824	GGTTT	2	10	174218	174227	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005824	GAAAT	2	10	174751	174760	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005824	TTTTA	2	10	178198	178207	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005824	AATTT	2	10	178536	178545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005824	ATTTT	2	10	187038	187047	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005824	GAATT	2	10	188735	188744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005824	ATTTT	2	10	193829	193838	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005824	AGAAA	2	10	193951	193960	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005824	TATTC	2	10	204980	204989	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_005824	TAAAG	2	10	216708	216717	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005824	GATTC	2	10	217078	217087	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_005824	CATTG	2	10	220002	220011	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_005824	GTTTC	2	10	220220	220229	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_005824	ATTTA	2	10	222306	222315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005824	TTTAT	2	10	222320	222329	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005824	ATTTA	2	10	223621	223630	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005824	ATTAT	2	10	224179	224188	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005824	TAGAA	2	10	227960	227969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005824	CTTCT	2	10	228001	228010	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_005824	TTCAG	2	10	231820	231829	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_005824	TAAAA	2	10	234967	234976	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005824	ATTTT	2	10	236525	236534	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005824	AATTT	2	10	236745	236754	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005824	TTATT	2	10	237859	237868	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005824	GGATT	2	10	238116	238125	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005824	ATTAA	2	10	238538	238547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005824	GAATT	2	10	245066	245075	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005824	GATTG	2	10	246238	246247	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005824	CAAAA	2	10	246422	246431	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_005824	TACAA	2	10	246478	246487	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_005824	ACAAT	2	10	248203	248212	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_005824	TTTGG	2	10	252915	252924	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005824	CTTAA	2	10	258021	258030	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_005824	AAATT	2	10	258417	258426	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005824	AGTTA	2	10	264130	264139	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005824	AAGAA	2	10	264855	264864	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005824	CCAAT	2	10	279024	279033	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_005824	ATATT	2	10	284637	284646	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_005824	GTCTG	2	10	284846	284855	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_005824	TCTGG	2	10	285171	285180	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_005824	CCAAA	2	10	290110	290119	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_005824	CGAAT	2	10	291245	291254	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_005824	TTTGA	2	10	297971	297980	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005824	AAAAT	2	10	298553	298562	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005824	CTGAA	2	10	298578	298587	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_005824	TATTT	2	10	298682	298691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005824	AGCAC	2	10	299384	299393	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_005824	ATCCG	2	10	300164	300173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_005824	CGAAT	2	10	300510	300519	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_005824	TCCAA	2	10	300840	300849	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_005824	ATTTT	2	10	300928	300937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005824	ATTTT	3	15	303218	303232	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005824	TTTTA	2	10	303407	303416	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005824	AAAAT	2	10	308674	308683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005824	AGAAT	2	10	308938	308947	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005824	TCTCT	2	10	313829	313838	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_005824	TGAAT	2	10	313977	313986	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005824	AATCA	2	10	323574	323583	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_005824	AAGTC	2	10	330922	330931	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_005824	AAAAT	2	10	331423	331432	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005824	AAAAG	2	10	336932	336941	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005824	AAAAG	2	10	337206	337215	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005824	CTTGA	2	10	338314	338323	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_005824	ATTAA	2	10	341812	341821	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005824	TTTAA	2	10	342082	342091	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005824	GAAAT	2	10	342623	342632	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005824	TTTTA	2	10	342660	342669	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005824	CTTTT	2	10	342794	342803	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_005824	CAAAT	2	10	347149	347158	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.