MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 chromosome I

Total Repeats: 385

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005823	TAAAAG	2	12	63876	63887	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005823	TTGAAT	2	12	63954	63965	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005823	GATTGT	2	12	67501	67512	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005823	CAAAGA	2	12	67775	67786	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_005823	GAAACA	2	12	71815	71826	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_005823	TCAAAT	2	12	79331	79342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_005823	TTGAAA	2	12	90947	90958	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005823	ATAAAA	2	12	136917	136928	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_005823	AGAATG	2	12	170380	170391	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005823	TTTCAG	2	12	177336	177347	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_005823	TATTCA	2	12	177566	177577	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_005823	TCGTTT	2	12	195022	195033	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_005823	TTTTCA	2	12	198150	198161	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_005823	AGAATT	2	12	205767	205778	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005823	TATGAA	2	12	206035	206046	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005823	TAAAAT	2	12	211099	211110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005823	CAAATC	2	12	218669	218680	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_005823	TTTTCA	2	12	221471	221482	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_005823	TCTGTT	2	12	242206	242217	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_005823	ATTTTG	2	12	269770	269781	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005823	TTAAAA	2	12	278889	278900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005823	ATTCAA	2	12	289552	289563	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_005823	ACTTTA	2	12	291047	291058	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_005823	CTTTGT	2	12	302857	302868	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_005823	TTGTTT	2	12	313155	313166	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005823	AAAACA	2	12	324437	324448	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_005823	TGAATT	2	12	329150	329161	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005823	TAAATT	2	12	348563	348574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_005823	CCACCC	2	12	349763	349774	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
30	NC_005823	AGAATA	2	12	361108	361119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005823	CTTTTT	2	12	363891	363902	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_005823	CCCAAA	2	12	375870	375881	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_005823	AATTCT	2	12	388452	388463	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_005823	TGAAAA	2	12	417251	417262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005823	CTTAAG	2	12	420530	420541	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_005823	TATAAA	2	12	428222	428233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005823	CGGGAA	2	12	438305	438316	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_005823	ATAAAA	2	12	442961	442972	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005823	TTAATT	2	12	449321	449332	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005823	TAAAAA	2	12	452370	452381	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005823	TTGTTT	2	12	465765	465776	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005823	GAATTT	2	12	465846	465857	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005823	TGAAAT	2	12	466084	466095	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005823	TGTTTT	2	12	477819	477830	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005823	TTTTGT	2	12	478425	478436	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005823	TAAAAA	2	12	482075	482086	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005823	AAAAAT	2	12	505206	505217	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005823	AAATTA	2	12	505304	505315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005823	ATATTC	2	12	539818	539829	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_005823	TAAAAA	2	12	551614	551625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005823	TGAATT	2	12	590272	590283	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005823	GCGAGT	2	12	616867	616878	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_005823	TAAAAA	2	12	621022	621033	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005823	ATGTGG	2	12	671957	671968	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005823	TTTCTT	2	12	673546	673557	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_005823	AAAACC	2	12	688767	688778	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_005823	CTTTAA	2	12	695025	695036	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_005823	CGTTAC	2	12	698011	698022	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_005823	CAAAAT	2	12	724025	724036	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_005823	TAAATA	2	12	763854	763865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005823	GAAAAG	2	12	770157	770168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005823	AAAAGG	2	12	774804	774815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005823	GTATAA	2	12	775563	775574	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005823	TTTTAG	2	12	780851	780862	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005823	TTCAAA	2	12	795105	795116	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_005823	TTATTT	2	12	798190	798201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005823	GAGTTT	2	12	830213	830224	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005823	GAAACA	2	12	837363	837374	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_005823	TTTTAA	2	12	838408	838419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005823	AAATTT	2	12	838770	838781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005823	TTTCAA	2	12	847780	847791	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_005823	TTTTAA	2	12	848837	848848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005823	TTTTGA	2	12	848918	848929	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005823	TTGCGA	2	12	856866	856877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_005823	AAAAGC	2	12	858075	858086	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_005823	TCATAT	2	12	860914	860925	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_005823	GTTTTA	2	12	876690	876701	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005823	CAAAAT	2	12	885939	885950	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_005823	TCATTT	2	12	887281	887292	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_005823	TAAGGC	2	12	906246	906257	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_005823	TTAAAA	2	12	922773	922784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005823	TAGATT	2	12	931821	931832	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_005823	ATTTCT	2	12	950385	950396	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_005823	GTTTTA	2	12	959085	959096	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005823	TTGCGA	2	12	959452	959463	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_005823	TTTGGG	2	12	960891	960902	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005823	ATTTCG	2	12	961131	961142	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_005823	TAATTA	2	12	968145	968156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005823	TTTATT	2	12	975130	975141	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005823	TGTTTT	2	12	975465	975476	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005823	GTTAAT	2	12	987763	987774	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_005823	CAAAAG	2	12	988811	988822	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_005823	GGATTG	2	12	1007118	1007129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005823	ATCTTT	2	12	1007231	1007242	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_005823	CTGATT	2	12	1008622	1008633	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_005823	ATCTTT	2	12	1010461	1010472	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_005823	GGATTG	2	12	1011684	1011695	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005823	TAGTTT	2	12	1050365	1050376	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005823	ATTTAA	2	12	1052464	1052475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005823	CAAATT	2	12	1052688	1052699	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_005823	GCGATT	2	12	1053878	1053889	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_005823	TTCCTC	2	12	1064794	1064805	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_005823	AAAAGA	2	12	1069113	1069124	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005823	ACCTTA	2	12	1071856	1071867	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_005823	AAAATT	2	12	1088715	1088726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005823	TTTAGA	2	12	1095039	1095050	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005823	TAAAAT	2	12	1133461	1133472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005823	AAGCTC	2	12	1136643	1136654	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_005823	GAGATT	2	12	1137193	1137204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005823	TGGATT	2	12	1138644	1138655	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005823	CTGATT	2	12	1138657	1138668	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_005823	ATTTTA	2	12	1143166	1143177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005823	AAAGAT	2	12	1154405	1154416	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005823	AATATT	2	12	1158970	1158981	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005823	TTATTT	2	12	1174581	1174592	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005823	TGGTTA	2	12	1176079	1176090	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005823	GGCTTT	2	12	1182008	1182019	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_005823	TTTTAG	2	12	1185219	1185230	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005823	CTCTAT	2	12	1212562	1212573	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_005823	TAAAAT	2	12	1222627	1222638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005823	TTTTCT	2	12	1243168	1243179	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_005823	TCCGTC	2	12	1247314	1247325	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_005823	CCTGTC	2	12	1249443	1249454	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_005823	AGTCAT	2	12	1251475	1251486	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_005823	AATGGA	2	12	1253132	1253143	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005823	TATAAA	2	12	1270540	1270551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005823	TTTTTA	2	12	1270714	1270725	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_005823	ATTTTA	2	12	1279405	1279416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005823	TAAAAA	2	12	1281196	1281207	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005823	TAAAAT	2	12	1299510	1299521	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_005823	TAAAAT	2	12	2811785	2811796	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
254	NC_005823	TTTCAG	2	12	2813647	2813658	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
255	NC_005823	TATTCA	2	12	2813877	2813888	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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378	NC_005823	GTAATT	2	12	4207762	4207773	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
379	NC_005823	TAGATA	2	12	4225337	4225348	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
380	NC_005823	TAAACT	2	12	4241270	4241281	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
381	NC_005823	TTTCAG	2	12	4261207	4261218	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
382	NC_005823	TATTCA	2	12	4261437	4261448	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
383	NC_005823	CTTTTA	2	12	4261526	4261537	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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385	NC_005823	TATTCA	2	12	4269741	4269752	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.