MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pMT1

Total Repeats: 72

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005815	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	45478589
2	NC_005815	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	45478589
3	NC_005815	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	45478590
4	NC_005815	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	45478590
5	NC_005815	CAGAG	2	10	7495	7504	40 %	0 %	40 %	20 %	45478595
6	NC_005815	TTGTC	2	10	7893	7902	0 %	60 %	20 %	20 %	45478595
7	NC_005815	TGCGC	2	10	13795	13804	0 %	20 %	40 %	40 %	45478600
8	NC_005815	GGATG	2	10	18431	18440	20 %	20 %	60 %	0 %	45478602
9	NC_005815	ACCAG	2	10	18788	18797	40 %	0 %	20 %	40 %	45478603
10	NC_005815	TGAAC	2	10	18999	19008	40 %	20 %	20 %	20 %	45478603
11	NC_005815	CGGTA	2	10	20892	20901	20 %	20 %	40 %	20 %	45478607
12	NC_005815	CGACA	2	10	21460	21469	40 %	0 %	20 %	40 %	45478607
13	NC_005815	CGGCA	2	10	22707	22716	20 %	0 %	40 %	40 %	45478609
14	NC_005815	AGTGC	2	10	27179	27188	20 %	20 %	40 %	20 %	45478613
15	NC_005815	CTTCG	2	10	28112	28121	0 %	40 %	20 %	40 %	45478614
16	NC_005815	CGGAA	2	10	28996	29005	40 %	0 %	40 %	20 %	45478616
17	NC_005815	AACGG	2	10	29204	29213	40 %	0 %	40 %	20 %	45478616
18	NC_005815	TGCCC	2	10	34377	34386	0 %	20 %	20 %	60 %	45478624
19	NC_005815	AAATT	2	10	35517	35526	60 %	40 %	0 %	0 %	45478625
20	NC_005815	ATTTT	2	10	35749	35758	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005815	TGTCG	2	10	36220	36229	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_005815	CCCCT	2	10	36628	36637	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_005815	TCCCC	2	10	36776	36785	0 %	20 %	0 %	80 %	45478627
24	NC_005815	GCTTC	2	10	38881	38890	0 %	40 %	20 %	40 %	45478632
25	NC_005815	CTCAA	2	10	40668	40677	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_005815	GGAAT	2	10	42177	42186	40 %	20 %	40 %	0 %	45478634
27	NC_005815	GACTG	2	10	43406	43415	20 %	20 %	40 %	20 %	45478635
28	NC_005815	CATTG	2	10	44094	44103	20 %	40 %	20 %	20 %	45478636
29	NC_005815	CGTCA	2	10	47828	47837	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_005815	ACGTA	2	10	49896	49905	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_005815	ACTTA	2	10	51585	51594	40 %	40 %	0 %	20 %	45478643
32	NC_005815	CAGCG	2	10	53972	53981	20 %	0 %	40 %	40 %	45478648
33	NC_005815	CCATT	2	10	54574	54583	20 %	40 %	0 %	40 %	45478650
34	NC_005815	GGGGT	2	10	59654	59663	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005815	GCTGC	2	10	59895	59904	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_005815	GCGAT	2	10	60203	60212	20 %	20 %	40 %	20 %	45478657
37	NC_005815	GTTCG	2	10	62401	62410	0 %	40 %	40 %	20 %	45478659
38	NC_005815	AAGGT	2	10	62750	62759	40 %	20 %	40 %	0 %	45478659
39	NC_005815	AGCGC	2	10	63150	63159	20 %	0 %	40 %	40 %	45478660
40	NC_005815	TCAAA	2	10	63788	63797	60 %	20 %	0 %	20 %	45478660
41	NC_005815	CGCAG	2	10	65253	65262	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_005815	GAAGA	2	10	67495	67504	60 %	0 %	40 %	0 %	45478661
43	NC_005815	TGAAC	2	10	68839	68848	40 %	20 %	20 %	20 %	45478662
44	NC_005815	ATCAG	2	10	71445	71454	40 %	20 %	20 %	20 %	45478665
45	NC_005815	AATTG	2	10	74973	74982	40 %	40 %	20 %	0 %	45478668
46	NC_005815	TAAAA	2	10	76050	76059	80 %	20 %	0 %	0 %	45478668
47	NC_005815	GGAAT	2	10	78714	78723	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005815	CGCTT	2	10	79068	79077	0 %	40 %	20 %	40 %	45478671
49	NC_005815	GGTTT	2	10	80675	80684	0 %	60 %	40 %	0 %	45478675
50	NC_005815	CGAAT	2	10	80990	80999	40 %	20 %	20 %	20 %	45478675
51	NC_005815	TGCTC	2	10	81026	81035	0 %	40 %	20 %	40 %	45478675
52	NC_005815	CGCAG	2	10	81457	81466	20 %	0 %	40 %	40 %	45478677
53	NC_005815	ACAGC	2	10	81574	81583	40 %	0 %	20 %	40 %	45478677
54	NC_005815	TTTGA	2	10	82048	82057	20 %	60 %	20 %	0 %	45478679
55	NC_005815	GCGCT	2	10	82686	82695	0 %	20 %	40 %	40 %	45478679
56	NC_005815	ACCTT	2	10	83086	83095	20 %	40 %	0 %	40 %	45478680
57	NC_005815	CGAAC	2	10	83435	83444	40 %	0 %	20 %	40 %	45478680
58	NC_005815	TGCCG	2	10	85095	85104	0 %	20 %	40 %	40 %	45478681
59	NC_005815	CGAGG	2	10	85533	85542	20 %	0 %	60 %	20 %	45478681
60	NC_005815	GACAG	2	10	86754	86763	40 %	0 %	40 %	20 %	45478683
61	NC_005815	CGACA	2	10	87564	87573	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_005815	TAGAG	2	10	87769	87778	40 %	20 %	40 %	0 %	45478685
63	NC_005815	ATTCC	2	10	89045	89054	20 %	40 %	0 %	40 %	45478687
64	NC_005815	CGCAG	2	10	90168	90177	20 %	0 %	40 %	40 %	45478690
65	NC_005815	CGGAG	2	10	90561	90570	20 %	0 %	60 %	20 %	45478691
66	NC_005815	AATCA	2	10	91699	91708	60 %	20 %	0 %	20 %	45478693
67	NC_005815	AAGCG	2	10	92113	92122	40 %	0 %	40 %	20 %	45478693
68	NC_005815	TACTG	2	10	94503	94512	20 %	40 %	20 %	20 %	45478697
69	NC_005815	TTCTT	2	10	94791	94800	0 %	80 %	0 %	20 %	45478697
70	NC_005815	AACGG	2	10	97903	97912	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_005815	TAGAA	2	10	98961	98970	60 %	20 %	20 %	0 %	45478703
72	NC_005815	GCACC	2	10	106168	106177	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.