MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pCD1

Total Repeats: 50

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005813	GTTCG	2	10	426	435	0 %	40 %	40 %	20 %	45478503
2	NC_005813	AAGGT	2	10	775	784	40 %	20 %	40 %	0 %	45478503
3	NC_005813	AGCGC	2	10	1175	1184	20 %	0 %	40 %	40 %	45478504
4	NC_005813	TCAAA	2	10	1813	1822	60 %	20 %	0 %	20 %	45478504
5	NC_005813	GGCGA	2	10	3581	3590	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_005813	TGCGC	2	10	4088	4097	0 %	20 %	40 %	40 %	45478510
7	NC_005813	CTTTT	2	10	4890	4899	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_005813	AGCCA	2	10	7530	7539	40 %	0 %	20 %	40 %	45478514
9	NC_005813	CATGG	2	10	7792	7801	20 %	20 %	40 %	20 %	45478514
10	NC_005813	ATCCA	2	10	8303	8312	40 %	20 %	0 %	40 %	45478514
11	NC_005813	TATAG	2	10	12311	12320	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005813	CATTC	2	10	19258	19267	20 %	40 %	0 %	40 %	45478528
13	NC_005813	GCAAT	2	10	19499	19508	40 %	20 %	20 %	20 %	45478528
14	NC_005813	ATTCA	2	10	20233	20242	40 %	40 %	0 %	20 %	45478531
15	NC_005813	ACTTT	2	10	20468	20477	20 %	60 %	0 %	20 %	45478531
16	NC_005813	GGAAT	2	10	20676	20685	40 %	20 %	40 %	0 %	45478531
17	NC_005813	CCGTA	2	10	21627	21636	20 %	20 %	20 %	40 %	45478532
18	NC_005813	GAGAC	2	10	22788	22797	40 %	0 %	40 %	20 %	45478532
19	NC_005813	ACCAA	2	10	22844	22853	60 %	0 %	0 %	40 %	45478532
20	NC_005813	GCTTG	2	10	23979	23988	0 %	40 %	40 %	20 %	45478535
21	NC_005813	AGAAA	2	10	25248	25257	80 %	0 %	20 %	0 %	45478536
22	NC_005813	ATTTA	2	10	25419	25428	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005813	GCTCT	2	10	26731	26740	0 %	40 %	20 %	40 %	45478537
24	NC_005813	AACAA	2	10	27633	27642	80 %	0 %	0 %	20 %	45478538
25	NC_005813	GTGAA	2	10	27942	27951	40 %	20 %	40 %	0 %	45478539
26	NC_005813	GATGC	2	10	35522	35531	20 %	20 %	40 %	20 %	45478550
27	NC_005813	GATGG	2	10	35795	35804	20 %	20 %	60 %	0 %	45478550
28	NC_005813	CCTGC	2	10	35816	35825	0 %	20 %	20 %	60 %	45478550
29	NC_005813	AATAG	2	10	37651	37660	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005813	ACTCT	2	10	39050	39059	20 %	40 %	0 %	40 %	45478554
31	NC_005813	CGCGG	2	10	39658	39667	0 %	0 %	60 %	40 %	45478555
32	NC_005813	GCATC	2	10	39902	39911	20 %	20 %	20 %	40 %	45478555
33	NC_005813	TTTTA	2	10	41601	41610	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005813	TAAAA	2	10	41740	41749	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005813	CAAGC	2	10	47102	47111	40 %	0 %	20 %	40 %	45478563
36	NC_005813	ATGTT	2	10	48349	48358	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005813	GTATA	2	10	48849	48858	40 %	40 %	20 %	0 %	45478565
38	NC_005813	ATTGG	2	10	50096	50105	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005813	TTAAT	2	10	50471	50480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005813	CACTA	2	10	51661	51670	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_005813	GGTCC	2	10	51706	51715	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_005813	CCAAA	2	10	52705	52714	60 %	0 %	0 %	40 %	229220788
43	NC_005813	GGCTG	2	10	54181	54190	0 %	20 %	60 %	20 %	45478569
44	NC_005813	ACAAA	2	10	57232	57241	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_005813	AAGGT	2	10	59205	59214	40 %	20 %	40 %	0 %	45478578
46	NC_005813	TTCTT	2	10	62878	62887	0 %	80 %	0 %	20 %	45478583
47	NC_005813	GATGA	2	10	65690	65699	40 %	20 %	40 %	0 %	45478585
48	NC_005813	TACAG	2	10	66715	66724	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_005813	TGAGG	2	10	66910	66919	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005813	TTAAT	2	10	69775	69784	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.