MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pCD1

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005813	AACG	2	8	4	11	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_005813	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	45478503
3	NC_005813	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	45478503
4	NC_005813	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	45478503
5	NC_005813	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	45478504
6	NC_005813	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	45478504
7	NC_005813	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	45478504
8	NC_005813	GCTG	2	8	2125	2132	0 %	25 %	50 %	25 %	45478505
9	NC_005813	GGAT	2	8	2772	2779	25 %	25 %	50 %	0 %	45478507
10	NC_005813	ACTG	2	8	2999	3006	25 %	25 %	25 %	25 %	45478507
11	NC_005813	TTCA	2	8	3292	3299	25 %	50 %	0 %	25 %	45478508
12	NC_005813	CAGA	2	8	3352	3359	50 %	0 %	25 %	25 %	45478508
13	NC_005813	AGTG	2	8	3449	3456	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005813	TGGC	2	8	3485	3492	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_005813	TACC	2	8	4121	4128	25 %	25 %	0 %	50 %	45478510
16	NC_005813	GATG	2	8	4298	4305	25 %	25 %	50 %	0 %	45478510
17	NC_005813	TAAA	2	8	4907	4914	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005813	GCCC	2	8	4956	4963	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
19	NC_005813	AGCG	2	8	5617	5624	25 %	0 %	50 %	25 %	45478511
20	NC_005813	AACA	2	8	6153	6160	75 %	0 %	0 %	25 %	45478512
21	NC_005813	AGGG	2	8	6201	6208	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005813	GATA	2	8	6709	6716	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005813	GATG	2	8	7842	7849	25 %	25 %	50 %	0 %	45478514
24	NC_005813	ATCG	2	8	8811	8818	25 %	25 %	25 %	25 %	45478514
25	NC_005813	ATAA	2	8	9790	9797	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005813	AAAT	2	8	9817	9824	75 %	25 %	0 %	0 %	45478515
27	NC_005813	GGAT	2	8	9917	9924	25 %	25 %	50 %	0 %	45478515
28	NC_005813	AATA	2	8	9993	10000	75 %	25 %	0 %	0 %	45478515
29	NC_005813	TTCT	2	8	10707	10714	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_005813	TGCC	2	8	10747	10754	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_005813	AAAG	2	8	10892	10899	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005813	TCCC	2	8	11221	11228	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
33	NC_005813	TCTG	2	8	11542	11549	0 %	50 %	25 %	25 %	45478516
34	NC_005813	GACC	2	8	11627	11634	25 %	0 %	25 %	50 %	45478516
35	NC_005813	CGTG	2	8	11761	11768	0 %	25 %	50 %	25 %	45478516
36	NC_005813	TCCG	2	8	11850	11857	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_005813	CAGC	2	8	12016	12023	25 %	0 %	25 %	50 %	45478517
38	NC_005813	TTAC	2	8	12994	13001	25 %	50 %	0 %	25 %	45478518
39	NC_005813	ATGA	2	8	13601	13608	50 %	25 %	25 %	0 %	45478518
40	NC_005813	TAAA	2	8	13776	13783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005813	ATAA	2	8	14085	14092	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005813	TCCA	2	8	14289	14296	25 %	25 %	0 %	50 %	45478519
43	NC_005813	GACA	2	8	15210	15217	50 %	0 %	25 %	25 %	45478521
44	NC_005813	ATCC	2	8	15504	15511	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_005813	TATT	2	8	15522	15529	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005813	TTAT	2	8	16231	16238	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005813	ATTT	2	8	16264	16271	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005813	ACCT	2	8	16501	16508	25 %	25 %	0 %	50 %	45478523
49	NC_005813	CCTG	2	8	16619	16626	0 %	25 %	25 %	50 %	45478523
50	NC_005813	AGCG	2	8	17002	17009	25 %	0 %	50 %	25 %	45478523
51	NC_005813	AGCC	2	8	17208	17215	25 %	0 %	25 %	50 %	45478524
52	NC_005813	AGTG	2	8	17267	17274	25 %	25 %	50 %	0 %	45478524
53	NC_005813	TCAC	2	8	17754	17761	25 %	25 %	0 %	50 %	45478525
54	NC_005813	CTTC	2	8	18295	18302	0 %	50 %	0 %	50 %	45478525
55	NC_005813	CAGC	2	8	18529	18536	25 %	0 %	25 %	50 %	45478526
56	NC_005813	TTTA	2	8	18824	18831	25 %	75 %	0 %	0 %	45478527
57	NC_005813	ATAA	2	8	18841	18848	75 %	25 %	0 %	0 %	45478527
58	NC_005813	ATTT	2	8	19392	19399	25 %	75 %	0 %	0 %	45478528
59	NC_005813	TTTG	2	8	19754	19761	0 %	75 %	25 %	0 %	45478529
60	NC_005813	ATTT	2	8	19848	19855	25 %	75 %	0 %	0 %	45478529
61	NC_005813	TTAG	2	8	19971	19978	25 %	50 %	25 %	0 %	45478530
62	NC_005813	AAAG	2	8	20915	20922	75 %	0 %	25 %	0 %	45478531
63	NC_005813	AGAA	2	8	21193	21200	75 %	0 %	25 %	0 %	45478531
64	NC_005813	ATCA	2	8	21999	22006	50 %	25 %	0 %	25 %	45478532
65	NC_005813	ATCA	2	8	22116	22123	50 %	25 %	0 %	25 %	45478532
66	NC_005813	TCGC	2	8	22540	22547	0 %	25 %	25 %	50 %	45478532
67	NC_005813	GCCA	2	8	22706	22713	25 %	0 %	25 %	50 %	45478532
68	NC_005813	TATT	2	8	23209	23216	25 %	75 %	0 %	0 %	45478533
69	NC_005813	AAAT	2	8	23588	23595	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005813	GACT	2	8	24030	24037	25 %	25 %	25 %	25 %	45478535
71	NC_005813	TCGC	2	8	24116	24123	0 %	25 %	25 %	50 %	45478535
72	NC_005813	GCAA	2	8	24327	24334	50 %	0 %	25 %	25 %	45478535
73	NC_005813	TGCG	2	8	24832	24839	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_005813	AGGT	2	8	25079	25086	25 %	25 %	50 %	0 %	45478536
75	NC_005813	TCCC	2	8	25288	25295	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
76	NC_005813	CTTT	2	8	25471	25478	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_005813	CAAA	2	8	25515	25522	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_005813	GCTT	2	8	26211	26218	0 %	50 %	25 %	25 %	45478537
79	NC_005813	GATT	2	8	26553	26560	25 %	50 %	25 %	0 %	45478537
80	NC_005813	GGGT	2	8	26892	26899	0 %	25 %	75 %	0 %	45478537
81	NC_005813	CAAT	2	8	27458	27465	50 %	25 %	0 %	25 %	45478538
82	NC_005813	GGTT	2	8	27529	27536	0 %	50 %	50 %	0 %	45478538
83	NC_005813	ACTC	2	8	28175	28182	25 %	25 %	0 %	50 %	45478540
84	NC_005813	AGTG	2	8	28781	28788	25 %	25 %	50 %	0 %	45478541
85	NC_005813	ATTT	2	8	28909	28916	25 %	75 %	0 %	0 %	45478541
86	NC_005813	TTCC	2	8	30662	30669	0 %	50 %	0 %	50 %	45478542
87	NC_005813	CTGC	2	8	31286	31293	0 %	25 %	25 %	50 %	45478543
88	NC_005813	AAGC	2	8	31294	31301	50 %	0 %	25 %	25 %	45478543
89	NC_005813	AAGC	2	8	32149	32156	50 %	0 %	25 %	25 %	45478544
90	NC_005813	AAAG	2	8	32247	32254	75 %	0 %	25 %	0 %	45478544
91	NC_005813	CACC	2	8	32389	32396	25 %	0 %	0 %	75 %	45478544
92	NC_005813	GTAA	2	8	32539	32546	50 %	25 %	25 %	0 %	45478544
93	NC_005813	TGAG	2	8	33194	33201	25 %	25 %	50 %	0 %	45478545
94	NC_005813	TACC	2	8	33486	33493	25 %	25 %	0 %	50 %	45478545
95	NC_005813	GTGA	2	8	33697	33704	25 %	25 %	50 %	0 %	45478545
96	NC_005813	CGAT	2	8	33975	33982	25 %	25 %	25 %	25 %	45478546
97	NC_005813	TGAG	2	8	34011	34018	25 %	25 %	50 %	0 %	45478546
98	NC_005813	AAGC	2	8	34537	34544	50 %	0 %	25 %	25 %	45478548
99	NC_005813	AGTC	2	8	34649	34656	25 %	25 %	25 %	25 %	45478548
100	NC_005813	GGTT	2	8	34795	34802	0 %	50 %	50 %	0 %	45478549
101	NC_005813	AAAG	2	8	35618	35625	75 %	0 %	25 %	0 %	45478550
102	NC_005813	TGAT	2	8	36198	36205	25 %	50 %	25 %	0 %	45478550
103	NC_005813	CGTG	2	8	36412	36419	0 %	25 %	50 %	25 %	45478550
104	NC_005813	AATT	2	8	36669	36676	50 %	50 %	0 %	0 %	45478550
105	NC_005813	GCTC	2	8	37503	37510	0 %	25 %	25 %	50 %	45478551
106	NC_005813	TAAA	2	8	37635	37642	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005813	CAAC	2	8	38232	38239	50 %	0 %	0 %	50 %	45478553
108	NC_005813	TTCA	2	8	38881	38888	25 %	50 %	0 %	25 %	45478553
109	NC_005813	TCCT	2	8	38985	38992	0 %	50 %	0 %	50 %	45478554
110	NC_005813	GCCC	2	8	39495	39502	0 %	0 %	25 %	75 %	45478555
111	NC_005813	GCCA	2	8	39598	39605	25 %	0 %	25 %	50 %	45478555
112	NC_005813	GCTT	2	8	39717	39724	0 %	50 %	25 %	25 %	45478555
113	NC_005813	CAAG	2	8	39882	39889	50 %	0 %	25 %	25 %	45478555
114	NC_005813	TGGC	2	8	39921	39928	0 %	25 %	50 %	25 %	45478555
115	NC_005813	AAGC	2	8	40420	40427	50 %	0 %	25 %	25 %	45478555
116	NC_005813	AATA	2	8	40650	40657	75 %	25 %	0 %	0 %	45478556
117	NC_005813	AGAC	2	8	40661	40668	50 %	0 %	25 %	25 %	45478556
118	NC_005813	AGAA	2	8	41408	41415	75 %	0 %	25 %	0 %	45478556
119	NC_005813	TTGA	2	8	41503	41510	25 %	50 %	25 %	0 %	45478556
120	NC_005813	GTTA	2	8	41581	41588	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005813	AATG	2	8	42352	42359	50 %	25 %	25 %	0 %	45478557
122	NC_005813	TTAT	2	8	43121	43128	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005813	ATAA	2	8	43176	43183	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005813	ATGT	2	8	43231	43238	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005813	TTTG	2	8	43240	43247	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005813	AAAT	2	8	44474	44481	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005813	CATT	2	8	44541	44548	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_005813	ATAA	2	8	45322	45329	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005813	TTTA	2	8	45489	45496	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005813	TTTA	2	8	45867	45874	25 %	75 %	0 %	0 %	45478561
131	NC_005813	ATAA	2	8	46612	46619	75 %	25 %	0 %	0 %	45478562
132	NC_005813	CAAA	2	8	46954	46961	75 %	0 %	0 %	25 %	45478563
133	NC_005813	GTTG	2	8	46967	46974	0 %	50 %	50 %	0 %	45478563
134	NC_005813	CGCC	2	8	47630	47637	0 %	0 %	25 %	75 %	45478564
135	NC_005813	ATAA	2	8	48458	48465	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005813	TGTT	2	8	48760	48767	0 %	75 %	25 %	0 %	45478565
137	NC_005813	GTCG	2	8	49449	49456	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_005813	GGTG	2	8	49487	49494	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
139	NC_005813	CCGG	2	8	50347	50354	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_005813	GCAG	2	8	50774	50781	25 %	0 %	50 %	25 %	45478566
141	NC_005813	GCTG	2	8	51021	51028	0 %	25 %	50 %	25 %	45478567
142	NC_005813	AGGG	2	8	51360	51367	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005813	ACTG	2	8	52051	52058	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_005813	AAAG	2	8	52164	52171	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005813	TCCA	2	8	52656	52663	25 %	25 %	0 %	50 %	229220788
146	NC_005813	ATGG	2	8	52796	52803	25 %	25 %	50 %	0 %	229220788
147	NC_005813	TTGA	2	8	52827	52834	25 %	50 %	25 %	0 %	229220788
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186	NC_005813	AAAG	2	8	67957	67964	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
187	NC_005813	GTAA	2	8	68192	68199	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.