MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 plasmid pCD1

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005813	TCGC	2	8	328	335	0 %	25 %	25 %	50 %	45478503
2	NC_005813	CATT	2	8	382	389	25 %	50 %	0 %	25 %	45478503
3	NC_005813	GCTG	2	8	895	902	0 %	25 %	50 %	25 %	45478503
4	NC_005813	CTCA	2	8	1390	1397	25 %	25 %	0 %	50 %	45478504
5	NC_005813	TCAG	2	8	1641	1648	25 %	25 %	25 %	25 %	45478504
6	NC_005813	CAGA	2	8	1840	1847	50 %	0 %	25 %	25 %	45478504
7	NC_005813	GCTG	2	8	2125	2132	0 %	25 %	50 %	25 %	45478505
8	NC_005813	GGAT	2	8	2772	2779	25 %	25 %	50 %	0 %	45478507
9	NC_005813	ACTG	2	8	2999	3006	25 %	25 %	25 %	25 %	45478507
10	NC_005813	TTCA	2	8	3292	3299	25 %	50 %	0 %	25 %	45478508
11	NC_005813	CAGA	2	8	3352	3359	50 %	0 %	25 %	25 %	45478508
12	NC_005813	TACC	2	8	4121	4128	25 %	25 %	0 %	50 %	45478510
13	NC_005813	GATG	2	8	4298	4305	25 %	25 %	50 %	0 %	45478510
14	NC_005813	AGCG	2	8	5617	5624	25 %	0 %	50 %	25 %	45478511
15	NC_005813	AACA	2	8	6153	6160	75 %	0 %	0 %	25 %	45478512
16	NC_005813	GATG	2	8	7842	7849	25 %	25 %	50 %	0 %	45478514
17	NC_005813	ATCG	2	8	8811	8818	25 %	25 %	25 %	25 %	45478514
18	NC_005813	AAAT	2	8	9817	9824	75 %	25 %	0 %	0 %	45478515
19	NC_005813	GGAT	2	8	9917	9924	25 %	25 %	50 %	0 %	45478515
20	NC_005813	AATA	2	8	9993	10000	75 %	25 %	0 %	0 %	45478515
21	NC_005813	TCTG	2	8	11542	11549	0 %	50 %	25 %	25 %	45478516
22	NC_005813	GACC	2	8	11627	11634	25 %	0 %	25 %	50 %	45478516
23	NC_005813	CGTG	2	8	11761	11768	0 %	25 %	50 %	25 %	45478516
24	NC_005813	CAGC	2	8	12016	12023	25 %	0 %	25 %	50 %	45478517
25	NC_005813	TTAC	2	8	12994	13001	25 %	50 %	0 %	25 %	45478518
26	NC_005813	ATGA	2	8	13601	13608	50 %	25 %	25 %	0 %	45478518
27	NC_005813	TCCA	2	8	14289	14296	25 %	25 %	0 %	50 %	45478519
28	NC_005813	GACA	2	8	15210	15217	50 %	0 %	25 %	25 %	45478521
29	NC_005813	ACCT	2	8	16501	16508	25 %	25 %	0 %	50 %	45478523
30	NC_005813	CCTG	2	8	16619	16626	0 %	25 %	25 %	50 %	45478523
31	NC_005813	AGCG	2	8	17002	17009	25 %	0 %	50 %	25 %	45478523
32	NC_005813	AGCC	2	8	17208	17215	25 %	0 %	25 %	50 %	45478524
33	NC_005813	AGTG	2	8	17267	17274	25 %	25 %	50 %	0 %	45478524
34	NC_005813	TCAC	2	8	17754	17761	25 %	25 %	0 %	50 %	45478525
35	NC_005813	CTTC	2	8	18295	18302	0 %	50 %	0 %	50 %	45478525
36	NC_005813	CAGC	2	8	18529	18536	25 %	0 %	25 %	50 %	45478526
37	NC_005813	TTTA	2	8	18824	18831	25 %	75 %	0 %	0 %	45478527
38	NC_005813	ATAA	2	8	18841	18848	75 %	25 %	0 %	0 %	45478527
39	NC_005813	ATTT	2	8	19392	19399	25 %	75 %	0 %	0 %	45478528
40	NC_005813	TTTG	2	8	19754	19761	0 %	75 %	25 %	0 %	45478529
41	NC_005813	ATTT	2	8	19848	19855	25 %	75 %	0 %	0 %	45478529
42	NC_005813	TTAG	2	8	19971	19978	25 %	50 %	25 %	0 %	45478530
43	NC_005813	AAAG	2	8	20915	20922	75 %	0 %	25 %	0 %	45478531
44	NC_005813	AGAA	2	8	21193	21200	75 %	0 %	25 %	0 %	45478531
45	NC_005813	ATCA	2	8	21999	22006	50 %	25 %	0 %	25 %	45478532
46	NC_005813	ATCA	2	8	22116	22123	50 %	25 %	0 %	25 %	45478532
47	NC_005813	TCGC	2	8	22540	22547	0 %	25 %	25 %	50 %	45478532
48	NC_005813	GCCA	2	8	22706	22713	25 %	0 %	25 %	50 %	45478532
49	NC_005813	TATT	2	8	23209	23216	25 %	75 %	0 %	0 %	45478533
50	NC_005813	GACT	2	8	24030	24037	25 %	25 %	25 %	25 %	45478535
51	NC_005813	TCGC	2	8	24116	24123	0 %	25 %	25 %	50 %	45478535
52	NC_005813	GCAA	2	8	24327	24334	50 %	0 %	25 %	25 %	45478535
53	NC_005813	AGGT	2	8	25079	25086	25 %	25 %	50 %	0 %	45478536
54	NC_005813	GCTT	2	8	26211	26218	0 %	50 %	25 %	25 %	45478537
55	NC_005813	GATT	2	8	26553	26560	25 %	50 %	25 %	0 %	45478537
56	NC_005813	GGGT	2	8	26892	26899	0 %	25 %	75 %	0 %	45478537
57	NC_005813	CAAT	2	8	27458	27465	50 %	25 %	0 %	25 %	45478538
58	NC_005813	GGTT	2	8	27529	27536	0 %	50 %	50 %	0 %	45478538
59	NC_005813	ACTC	2	8	28175	28182	25 %	25 %	0 %	50 %	45478540
60	NC_005813	AGTG	2	8	28781	28788	25 %	25 %	50 %	0 %	45478541
61	NC_005813	ATTT	2	8	28909	28916	25 %	75 %	0 %	0 %	45478541
62	NC_005813	TTCC	2	8	30662	30669	0 %	50 %	0 %	50 %	45478542
63	NC_005813	CTGC	2	8	31286	31293	0 %	25 %	25 %	50 %	45478543
64	NC_005813	AAGC	2	8	31294	31301	50 %	0 %	25 %	25 %	45478543
65	NC_005813	AAGC	2	8	32149	32156	50 %	0 %	25 %	25 %	45478544
66	NC_005813	AAAG	2	8	32247	32254	75 %	0 %	25 %	0 %	45478544
67	NC_005813	CACC	2	8	32389	32396	25 %	0 %	0 %	75 %	45478544
68	NC_005813	GTAA	2	8	32539	32546	50 %	25 %	25 %	0 %	45478544
69	NC_005813	TGAG	2	8	33194	33201	25 %	25 %	50 %	0 %	45478545
70	NC_005813	TACC	2	8	33486	33493	25 %	25 %	0 %	50 %	45478545
71	NC_005813	GTGA	2	8	33697	33704	25 %	25 %	50 %	0 %	45478545
72	NC_005813	CGAT	2	8	33975	33982	25 %	25 %	25 %	25 %	45478546
73	NC_005813	TGAG	2	8	34011	34018	25 %	25 %	50 %	0 %	45478546
74	NC_005813	AAGC	2	8	34537	34544	50 %	0 %	25 %	25 %	45478548
75	NC_005813	AGTC	2	8	34649	34656	25 %	25 %	25 %	25 %	45478548
76	NC_005813	GGTT	2	8	34795	34802	0 %	50 %	50 %	0 %	45478549
77	NC_005813	AAAG	2	8	35618	35625	75 %	0 %	25 %	0 %	45478550
78	NC_005813	TGAT	2	8	36198	36205	25 %	50 %	25 %	0 %	45478550
79	NC_005813	CGTG	2	8	36412	36419	0 %	25 %	50 %	25 %	45478550
80	NC_005813	AATT	2	8	36669	36676	50 %	50 %	0 %	0 %	45478550
81	NC_005813	GCTC	2	8	37503	37510	0 %	25 %	25 %	50 %	45478551
82	NC_005813	CAAC	2	8	38232	38239	50 %	0 %	0 %	50 %	45478553
83	NC_005813	TTCA	2	8	38881	38888	25 %	50 %	0 %	25 %	45478553
84	NC_005813	TCCT	2	8	38985	38992	0 %	50 %	0 %	50 %	45478554
85	NC_005813	GCCC	2	8	39495	39502	0 %	0 %	25 %	75 %	45478555
86	NC_005813	GCCA	2	8	39598	39605	25 %	0 %	25 %	50 %	45478555
87	NC_005813	GCTT	2	8	39717	39724	0 %	50 %	25 %	25 %	45478555
88	NC_005813	CAAG	2	8	39882	39889	50 %	0 %	25 %	25 %	45478555
89	NC_005813	TGGC	2	8	39921	39928	0 %	25 %	50 %	25 %	45478555
90	NC_005813	AAGC	2	8	40420	40427	50 %	0 %	25 %	25 %	45478555
91	NC_005813	AATA	2	8	40650	40657	75 %	25 %	0 %	0 %	45478556
92	NC_005813	AGAC	2	8	40661	40668	50 %	0 %	25 %	25 %	45478556
93	NC_005813	AGAA	2	8	41408	41415	75 %	0 %	25 %	0 %	45478556
94	NC_005813	TTGA	2	8	41503	41510	25 %	50 %	25 %	0 %	45478556
95	NC_005813	AATG	2	8	42352	42359	50 %	25 %	25 %	0 %	45478557
96	NC_005813	TTTA	2	8	45867	45874	25 %	75 %	0 %	0 %	45478561
97	NC_005813	ATAA	2	8	46612	46619	75 %	25 %	0 %	0 %	45478562
98	NC_005813	CAAA	2	8	46954	46961	75 %	0 %	0 %	25 %	45478563
99	NC_005813	GTTG	2	8	46967	46974	0 %	50 %	50 %	0 %	45478563
100	NC_005813	CGCC	2	8	47630	47637	0 %	0 %	25 %	75 %	45478564
101	NC_005813	TGTT	2	8	48760	48767	0 %	75 %	25 %	0 %	45478565
102	NC_005813	GCAG	2	8	50774	50781	25 %	0 %	50 %	25 %	45478566
103	NC_005813	GCTG	2	8	51021	51028	0 %	25 %	50 %	25 %	45478567
104	NC_005813	TCCA	2	8	52656	52663	25 %	25 %	0 %	50 %	229220788
105	NC_005813	ATGG	2	8	52796	52803	25 %	25 %	50 %	0 %	229220788
106	NC_005813	TTGA	2	8	52827	52834	25 %	50 %	25 %	0 %	229220788
107	NC_005813	AGTC	2	8	53095	53102	25 %	25 %	25 %	25 %	229220788
108	NC_005813	AGTC	2	8	53337	53344	25 %	25 %	25 %	25 %	229220788
109	NC_005813	TGGA	2	8	53349	53356	25 %	25 %	50 %	0 %	229220788
110	NC_005813	TGAC	2	8	53410	53417	25 %	25 %	25 %	25 %	229220788
111	NC_005813	AATT	2	8	53611	53618	50 %	50 %	0 %	0 %	45478569
112	NC_005813	GCTT	2	8	53683	53690	0 %	50 %	25 %	25 %	45478569
113	NC_005813	GGAA	2	8	53738	53745	50 %	0 %	50 %	0 %	45478569
114	NC_005813	TGGT	2	8	53991	53998	0 %	50 %	50 %	0 %	45478569
115	NC_005813	TTTC	2	8	54450	54457	0 %	75 %	0 %	25 %	45478569
116	NC_005813	GGCT	2	8	56962	56969	0 %	25 %	50 %	25 %	45478574
117	NC_005813	AAAT	2	8	57112	57119	75 %	25 %	0 %	0 %	45478574
118	NC_005813	CTTA	2	8	57512	57519	25 %	50 %	0 %	25 %	45478575
119	NC_005813	GCGG	2	8	57874	57881	0 %	0 %	75 %	25 %	45478576
120	NC_005813	TGAC	2	8	57927	57934	25 %	25 %	25 %	25 %	45478576
121	NC_005813	GAAC	2	8	58619	58626	50 %	0 %	25 %	25 %	45478577
122	NC_005813	GCCA	2	8	58657	58664	25 %	0 %	25 %	50 %	45478577
123	NC_005813	CTGG	2	8	59604	59611	0 %	25 %	50 %	25 %	45478578
124	NC_005813	TCTG	2	8	61341	61348	0 %	50 %	25 %	25 %	45478580
125	NC_005813	GACC	2	8	61426	61433	25 %	0 %	25 %	50 %	45478580
126	NC_005813	CGTG	2	8	61560	61567	0 %	25 %	50 %	25 %	45478580
127	NC_005813	AGCC	2	8	61662	61669	25 %	0 %	25 %	50 %	45478580
128	NC_005813	TGGA	2	8	63479	63486	25 %	25 %	50 %	0 %	45478584
129	NC_005813	CCCT	2	8	63611	63618	0 %	25 %	0 %	75 %	45478584
130	NC_005813	GACA	2	8	65503	65510	50 %	0 %	25 %	25 %	45478585
131	NC_005813	GGCT	2	8	65784	65791	0 %	25 %	50 %	25 %	45478585
132	NC_005813	ACGT	2	8	66229	66236	25 %	25 %	25 %	25 %	45478585
133	NC_005813	GTCA	2	8	69347	69354	25 %	25 %	25 %	25 %	45478586
134	NC_005813	GCAG	2	8	70078	70085	25 %	0 %	50 %	25 %	45478587

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.