MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanococcus maripaludis S2 chromosome

Total Repeats: 340

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005791	GGGAT	2	10	142	151	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005791	TTAAA	2	10	190	199	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005791	CATAC	2	10	2665	2674	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_005791	CCAAG	2	10	3165	3174	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_005791	GGGAT	2	10	5183	5192	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005791	TTAAA	2	10	5231	5240	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005791	CATAC	2	10	7706	7715	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_005791	CCAAG	2	10	8206	8215	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_005791	TAGAT	2	10	26564	26573	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005791	TTAAA	2	10	28913	28922	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005791	TAAAA	2	10	28973	28982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005791	ATGAA	2	10	37098	37107	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005791	GGGAT	2	10	37193	37202	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005791	TTAAA	2	10	37241	37250	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005791	CATAC	2	10	39716	39725	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_005791	CCAAG	2	10	40216	40225	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_005791	TAATG	2	10	42122	42131	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005791	ATTTT	2	10	49030	49039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005791	CAAAA	2	10	49272	49281	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_005791	AATAT	2	10	50005	50014	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005791	ATATT	2	10	50360	50369	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005791	CAAAG	2	10	61547	61556	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_005791	AAATT	2	10	66789	66798	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_005791	ATTTA	2	10	68112	68121	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005791	TTTTA	2	10	73608	73617	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005791	TTTTA	2	10	82595	82604	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005791	ATTTT	2	10	84838	84847	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005791	TTAAT	2	10	102473	102482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_005791	ATCTA	2	10	107167	107176	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_005791	TTTTA	2	10	112743	112752	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005791	ATCCC	2	10	113318	113327	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_005791	ATTAA	2	10	115097	115106	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005791	TTTTA	2	10	116279	116288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005791	AAAGA	2	10	144467	144476	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005791	CTTTT	2	10	161758	161767	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_005791	TGAAC	2	10	167459	167468	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_005791	ATTAA	2	10	180447	180456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005791	AGAAT	2	10	190538	190547	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005791	ATTTT	2	10	193719	193728	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005791	GATCC	2	10	197652	197661	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_005791	AATTT	2	10	199744	199753	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005791	TAATA	2	10	200639	200648	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005791	TACAT	2	10	203453	203462	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_005791	ATTTA	2	10	209667	209676	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005791	TTAAT	2	10	209893	209902	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005791	ATTAA	2	10	212261	212270	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005791	GTATA	2	10	217133	217142	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005791	CATAC	2	10	217202	217211	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_005791	TAAAT	2	10	234241	234250	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005791	TAAAA	2	10	234284	234293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005791	TTTAA	2	10	255768	255777	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005791	TAAAA	2	10	259585	259594	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005791	AAATG	2	10	263497	263506	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005791	ATTTT	2	10	265905	265914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005791	ATTAT	2	10	270062	270071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005791	AATTT	2	10	273143	273152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005791	TATTT	2	10	278311	278320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005791	ATTTA	2	10	281448	281457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005791	TAACT	2	10	286538	286547	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_005791	TTAAA	2	10	296160	296169	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005791	TTTTA	2	10	298613	298622	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005791	TTTTA	2	10	298676	298685	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005791	ATTTT	2	10	298706	298715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005791	TTTTA	2	10	300921	300930	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005791	ACTTA	2	10	306633	306642	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_005791	TAAAA	2	10	308883	308892	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005791	GATTT	2	10	312925	312934	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005791	TTTTA	2	10	324451	324460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005791	AATTT	2	10	330612	330621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005791	AATTG	2	10	331512	331521	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005791	TACTT	2	10	334784	334793	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_005791	TTTTA	2	10	339323	339332	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005791	TAAAA	2	10	340559	340568	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005791	AAAGA	2	10	364363	364372	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005791	ATTTA	2	10	370239	370248	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005791	ATTAA	2	10	370547	370556	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005791	TTATA	2	10	371117	371126	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005791	TTTAA	2	10	378973	378982	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005791	TTTTA	2	10	378999	379008	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005791	ATTTT	2	10	381511	381520	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005791	CTACC	2	10	383786	383795	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_005791	CTACC	2	10	383951	383960	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_005791	ATAAG	2	10	385174	385183	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005791	TAAAT	2	10	385657	385666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005791	AATAA	2	10	391810	391819	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005791	TTTCT	2	10	397283	397292	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_005791	TAAAT	2	10	406582	406591	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005791	TATAA	2	10	408836	408845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005791	TAAAA	2	10	409798	409807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005791	AAATA	2	10	426605	426614	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005791	TTTTC	2	10	426696	426705	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_005791	ATTTA	2	10	428184	428193	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005791	AATTT	2	10	430948	430957	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005791	TGCTT	2	10	431696	431705	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_005791	TAGAA	2	10	433101	433110	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005791	ATTTT	2	10	440426	440435	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005791	TTTAA	2	10	441510	441519	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005791	ATTTA	2	10	442473	442482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005791	TAATT	2	10	452204	452213	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005791	ATTTG	2	10	455110	455119	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005791	AATTT	2	10	455950	455959	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005791	CATAA	2	10	456232	456241	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_005791	ATTAT	2	10	456326	456335	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005791	AATTT	2	10	456383	456392	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005791	GTATC	2	10	456395	456404	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_005791	TAATT	2	10	459165	459174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005791	ATTTT	2	10	459251	459260	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005791	AAAAT	2	10	463356	463365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005791	ATAAA	2	10	463390	463399	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005791	AAAAT	2	10	463500	463509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005791	ATTTA	2	10	473011	473020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005791	ATTTG	2	10	473213	473222	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005791	TTTTG	2	10	474822	474831	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005791	AAATT	2	10	475003	475012	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005791	ATAAA	2	10	475055	475064	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005791	ATTTA	2	10	478232	478241	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005791	CAATG	2	10	481517	481526	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_005791	AAATT	2	10	482819	482828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005791	TAAAA	2	10	489150	489159	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005791	CTGTT	2	10	493814	493823	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_005791	CTGTT	2	10	494129	494138	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_005791	CTGTT	2	10	494510	494519	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_005791	CTGTT	2	10	494825	494834	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_005791	CTGTT	2	10	495140	495149	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_005791	ATTTT	2	10	495898	495907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_005791	TAATA	2	10	502011	502020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005791	AATTC	2	10	504490	504499	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_005791	TTTAG	2	10	506194	506203	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005791	ATTTT	2	10	506222	506231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005791	TTATA	2	10	506342	506351	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_005791	GAAAT	2	10	512009	512018	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_005791	ATATG	2	10	512200	512209	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005791	ATTTA	2	10	521676	521685	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_005791	ATTAA	2	10	523142	523151	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005791	TAATC	2	10	529966	529975	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_005791	ACAAT	2	10	531600	531609	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_005791	TAAAT	2	10	535325	535334	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005791	TAAAA	2	10	541047	541056	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_005791	CTTTT	2	10	545754	545763	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_005791	ATATA	2	10	552826	552835	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_005791	TTAAA	2	10	573491	573500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_005791	GTTAA	2	10	579018	579027	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005791	ATTAA	2	10	582084	582093	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_005791	AAAAT	2	10	596942	596951	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005791	AATTC	2	10	620158	620167	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_005791	TAAAT	2	10	623775	623784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_005791	ATATT	2	10	624269	624278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_005791	ATTTT	2	10	624391	624400	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_005791	TTTAA	2	10	632830	632839	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.