MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus johnsonii NCC 533

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005362	TATAA	2	10	11044	11053	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005362	CTATA	2	10	15003	15012	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_005362	TTTTA	2	10	17192	17201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005362	AAAAT	2	10	19410	19419	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005362	TAACT	2	10	19425	19434	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_005362	TATTT	2	10	23617	23626	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005362	GCTAA	2	10	23673	23682	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_005362	AATCA	2	10	27959	27968	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_005362	ACGTT	2	10	28065	28074	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_005362	ATCTT	2	10	29032	29041	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_005362	TAAAT	2	10	29104	29113	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005362	AGGAA	2	10	44481	44490	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005362	TTTTG	2	10	58726	58735	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_005362	ATTTA	2	10	58817	58826	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005362	TATAA	2	10	70457	70466	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005362	ATAAA	2	10	75642	75651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005362	GTTTT	2	10	76676	76685	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005362	TAAAT	2	10	86083	86092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005362	CAATT	2	10	86203	86212	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_005362	AGTAA	2	10	87719	87728	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005362	ATAAA	2	10	95127	95136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005362	AGAAT	2	10	98405	98414	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005362	TAATA	2	10	102946	102955	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_005362	AGAGT	2	10	106521	106530	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005362	AAAAG	2	10	108636	108645	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005362	CAATA	2	10	111167	111176	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_005362	GAATA	2	10	125658	125667	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005362	ATGAC	2	10	135471	135480	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_005362	TTTTC	2	10	135487	135496	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_005362	TTAAA	2	10	138585	138594	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_005362	ATTTT	2	10	148804	148813	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005362	TGATA	2	10	149539	149548	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005362	ATAGA	2	10	158860	158869	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005362	TATAA	2	10	165066	165075	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_005362	AATAA	2	10	166197	166206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005362	ACCTT	2	10	170077	170086	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_005362	TGTTA	2	10	177063	177072	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005362	AGATT	2	10	187767	187776	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005362	TTATT	2	10	195499	195508	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005362	AAAAG	2	10	197335	197344	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005362	CTTTC	2	10	198033	198042	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_005362	TATTT	2	10	211256	211265	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005362	ATTTT	2	10	215984	215993	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005362	TTTTA	2	10	218024	218033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005362	AATTG	2	10	220143	220152	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_005362	TAAAA	2	10	223385	223394	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005362	TAAAT	2	10	224083	224092	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005362	TATCT	2	10	228061	228070	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_005362	AATTT	2	10	229635	229644	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005362	TAAAA	2	10	242408	242417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_005362	AAAAG	2	10	257936	257945	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_005362	AAATT	2	10	259590	259599	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005362	TGGTT	2	10	265787	265796	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_005362	TTTTA	2	10	267889	267898	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005362	TTTTA	2	10	282807	282816	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005362	TAAAG	2	10	284637	284646	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005362	AGTAA	2	10	285964	285973	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_005362	AATTT	2	10	309672	309681	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005362	AATTG	2	10	331743	331752	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_005362	AATTG	2	10	332690	332699	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005362	CAAGA	2	10	334709	334718	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_005362	ATTTA	2	10	334831	334840	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005362	CCATG	2	10	340266	340275	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_005362	GTTTA	2	10	340548	340557	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005362	TTTTA	2	10	343318	343327	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005362	TGTTT	2	10	367831	367840	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005362	AGAAA	2	10	379006	379015	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005362	AAAGA	2	10	382097	382106	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005362	TAAAA	2	10	382143	382152	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_005362	AATAA	2	10	400862	400871	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_005362	AAATT	2	10	404416	404425	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_005362	TTTAA	2	10	406140	406149	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_005362	AGTGC	2	10	406212	406221	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_005362	TTTAA	2	10	406261	406270	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005362	TTTTA	2	10	406975	406984	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005362	TTTAA	2	10	407004	407013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005362	TTTTA	2	10	409264	409273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005362	ATTAT	2	10	424876	424885	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_005362	TTTTA	2	10	481773	481782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005362	GATAA	2	10	492212	492221	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005362	GAGAT	2	10	493304	493313	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005362	CTTTT	2	10	502086	502095	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_005362	ATAAA	2	10	516899	516908	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005362	AATTA	2	10	558167	558176	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005362	ATATA	2	10	558402	558411	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005362	GGTAA	2	10	558863	558872	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005362	TCGTG	2	10	559680	559689	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_005362	TAAGG	2	10	561748	561757	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005362	TTGAA	2	10	562258	562267	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005362	TGATT	2	10	583227	583236	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005362	TAAAA	2	10	600432	600441	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_005362	ATTTT	2	10	603924	603933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005362	TCTTT	2	10	611220	611229	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_005362	ATTAG	2	10	613111	613120	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005362	TGAGA	2	10	613360	613369	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005362	AATAA	2	10	617789	617798	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_005362	CAAAA	2	10	617912	617921	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_005362	TAAGA	2	10	619451	619460	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005362	ATTTT	2	10	634794	634803	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_005362	AAAAG	2	10	650731	650740	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005362	TTTAA	2	10	662887	662896	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005362	ACATT	2	10	673685	673694	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_005362	ATTGT	2	10	698932	698941	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005362	CTTTC	2	10	704017	704026	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_005362	AATTG	2	10	708926	708935	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005362	CATAA	2	10	739516	739525	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_005362	CTATA	2	10	741435	741444	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_005362	ATATT	2	10	753884	753893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005362	AATTA	2	10	754051	754060	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_005362	TATTT	2	10	770532	770541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005362	CAGTA	2	10	781753	781762	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_005362	TAACT	2	10	782065	782074	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_005362	TTTTG	2	10	788433	788442	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005362	TTTTA	2	10	828485	828494	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005362	TAAAG	2	10	842257	842266	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005362	TTAAG	2	10	850914	850923	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005362	TTTTA	2	10	853391	853400	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005362	TAAAA	2	10	885265	885274	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005362	GTTTA	2	10	929726	929735	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005362	ATTTA	2	10	935637	935646	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005362	TTAAA	2	10	937836	937845	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_005362	AATTG	2	10	939104	939113	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005362	ATTTT	2	10	939482	939491	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005362	AAAAT	2	10	946924	946933	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005362	ACGTA	2	10	948186	948195	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_005362	TAATT	2	10	954309	954318	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005362	TCTAG	2	10	958122	958131	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_005362	TAAAA	2	10	961842	961851	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005362	TATTT	2	10	985961	985970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_005362	ATAAA	2	10	990229	990238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_005362	CAGGG	2	10	991117	991126	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_005362	GAAAG	2	10	1014891	1014900	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005362	TTTTA	2	10	1021589	1021598	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_005362	TAAAA	2	10	1050932	1050941	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005362	ATTTA	2	10	1053078	1053087	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_005362	GAATA	2	10	1065248	1065257	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_005362	GAGAA	2	10	1065926	1065935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005362	TACGT	2	10	1073549	1073558	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_005362	AACAT	2	10	1079701	1079710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_005362	GATTT	2	10	1100032	1100041	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_005362	TTTTG	2	10	1100429	1100438	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_005362	TAATT	2	10	1105656	1105665	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_005362	ATTAA	2	10	1142056	1142065	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_005362	TTAAT	2	10	1142086	1142095	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_005362	AAGAA	2	10	1149689	1149698	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_005362	GAAAT	2	10	1152907	1152916	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_005362	ATTTT	2	10	1167537	1167546	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_005362	TTTCT	2	10	1179040	1179049	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_005362	TATAG	2	10	1180871	1180880	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_005362	AGCAT	2	10	1188788	1188797	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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155	NC_005362	ATTAA	2	10	1210795	1210804	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.