MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rhodopseudomonas palustris CGA009 plasmid pRPA

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005297	GCC	2	6	457	462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
2	NC_005297	CGC	2	6	644	649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
3	NC_005297	TGA	2	6	691	696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840938
4	NC_005297	ACG	2	6	747	752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840938
5	NC_005297	TGG	2	6	808	813	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840938
6	NC_005297	TGA	2	6	817	822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840938
7	NC_005297	GGC	2	6	859	864	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
8	NC_005297	GGC	2	6	920	925	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
9	NC_005297	GTC	2	6	943	948	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840938
10	NC_005297	CGC	2	6	949	954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
11	NC_005297	GCG	2	6	959	964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
12	NC_005297	GGC	2	6	1008	1013	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
13	NC_005297	GCC	2	6	1133	1138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
14	NC_005297	TAA	2	6	1147	1152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	39840938
15	NC_005297	TGA	2	6	1174	1179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840938
16	NC_005297	CGT	2	6	1234	1239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840938
17	NC_005297	TGG	2	6	1261	1266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840938
18	NC_005297	GAA	2	6	1271	1276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	39840938
19	NC_005297	CGT	2	6	1288	1293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840938
20	NC_005297	CGG	2	6	1298	1303	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
21	NC_005297	GGC	2	6	1390	1395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
22	NC_005297	CGG	2	6	1455	1460	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
23	NC_005297	CGG	2	6	1470	1475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
24	NC_005297	CGC	2	6	1526	1531	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
25	NC_005297	GCG	2	6	2096	2101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
26	NC_005297	CCT	2	6	2148	2153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840939
27	NC_005297	CGG	2	6	2154	2159	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
28	NC_005297	GAC	2	6	2261	2266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840939
29	NC_005297	GCC	2	6	2276	2281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840939
30	NC_005297	CGG	2	6	2308	2313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
31	NC_005297	CGG	2	6	2427	2432	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
32	NC_005297	CGG	2	6	2547	2552	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
33	NC_005297	GGC	2	6	2668	2673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
34	NC_005297	GGC	3	9	2683	2691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
35	NC_005297	GGT	2	6	2695	2700	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840939
36	NC_005297	GCG	2	6	3019	3024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840940
37	NC_005297	GAG	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840940
38	NC_005297	AAC	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	39840940
39	NC_005297	GAG	2	6	3156	3161	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840940
40	NC_005297	GAT	2	6	3189	3194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840940
41	NC_005297	TCG	2	6	3247	3252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
42	NC_005297	CTG	2	6	3296	3301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
43	NC_005297	GCT	2	6	3493	3498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
44	NC_005297	GCG	2	6	3499	3504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840940
45	NC_005297	TGT	2	6	3585	3590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840940
46	NC_005297	GTT	2	6	3618	3623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840940
47	NC_005297	GTC	2	6	3648	3653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
48	NC_005297	CTT	2	6	3701	3706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840940
49	NC_005297	CTT	2	6	3714	3719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840940
50	NC_005297	TGC	2	6	3861	3866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
51	NC_005297	GGC	2	6	3991	3996	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
52	NC_005297	GCA	2	6	4017	4022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840941
53	NC_005297	CGG	2	6	4165	4170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
54	NC_005297	GGC	2	6	4291	4296	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
55	NC_005297	GGT	2	6	4313	4318	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840941
56	NC_005297	GTC	2	6	4358	4363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840941
57	NC_005297	TGA	2	6	4389	4394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840941
58	NC_005297	TCT	2	6	4399	4404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840941
59	NC_005297	TGC	2	6	4565	4570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840941
60	NC_005297	GCC	2	6	4626	4631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840941
61	NC_005297	CCT	2	6	4753	4758	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840941
62	NC_005297	TGA	2	6	4792	4797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840941
63	NC_005297	TGG	2	6	4873	4878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840941
64	NC_005297	CGC	2	6	4897	4902	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840941
65	NC_005297	GCG	2	6	4970	4975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
66	NC_005297	TGG	2	6	4994	4999	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840941
67	NC_005297	GGC	2	6	5008	5013	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
68	NC_005297	GCG	2	6	5108	5113	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
69	NC_005297	GGC	2	6	5171	5176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
70	NC_005297	CCA	2	6	5292	5297	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	39840941
71	NC_005297	CCT	2	6	5344	5349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840941
72	NC_005297	AGG	2	6	5381	5386	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840941
73	NC_005297	GCA	2	6	5425	5430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840941
74	NC_005297	CGT	2	6	5464	5469	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840941
75	NC_005297	CGG	2	6	5515	5520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
76	NC_005297	GGC	2	6	5650	5655	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
77	NC_005297	CCT	2	6	5744	5749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840941
78	NC_005297	GTT	2	6	5781	5786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840941
79	NC_005297	AGG	2	6	5937	5942	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840942
80	NC_005297	TCG	2	6	5967	5972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840942
81	NC_005297	TGG	2	6	6135	6140	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840942
82	NC_005297	GGC	3	9	6154	6162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840942
83	NC_005297	CCT	2	6	6246	6251	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840942
84	NC_005297	CAG	2	6	6316	6321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840942
85	NC_005297	GCG	2	6	6341	6346	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840942
86	NC_005297	CTT	2	6	6352	6357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840942
87	NC_005297	GCT	2	6	6429	6434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840942
88	NC_005297	GGC	2	6	6442	6447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840942
89	NC_005297	TGG	2	6	6462	6467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840942
90	NC_005297	TCA	2	6	6804	6809	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	39840943
91	NC_005297	CAC	2	6	6887	6892	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	39840943
92	NC_005297	CGC	2	6	6984	6989	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840943
93	NC_005297	TGA	2	6	6997	7002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840943
94	NC_005297	CAA	2	6	7234	7239	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	39840943
95	NC_005297	CGC	2	6	7309	7314	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840943
96	NC_005297	CGT	2	6	7496	7501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840944
97	NC_005297	GGT	2	6	7511	7516	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840944
98	NC_005297	CCA	2	6	7551	7556	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	39840944
99	NC_005297	CCA	2	6	7564	7569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	39840944
100	NC_005297	CGC	2	6	7597	7602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840944
101	NC_005297	TGC	2	6	7606	7611	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840944
102	NC_005297	TGG	2	6	7657	7662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840944
103	NC_005297	GGC	2	6	7669	7674	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840944
104	NC_005297	TGC	2	6	7747	7752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840944
105	NC_005297	TGC	2	6	7765	7770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840944
106	NC_005297	CGC	2	6	7771	7776	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840944
107	NC_005297	GTT	2	6	7784	7789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840944
108	NC_005297	GGC	2	6	7913	7918	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840944

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.