MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodopseudomonas palustris CGA009 chromosome

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005296	GGCCGC	2	12	13938	13949	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_005296	CGGCGC	2	12	44179	44190	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_005296	CTGATC	2	12	52087	52098	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_005296	CGGCGC	2	12	65097	65108	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_005296	TCGCGG	2	12	104140	104151	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_005296	TTGCGA	2	12	119533	119544	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_005296	GCCGAA	2	12	179247	179258	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_005296	GCCGTC	2	12	179478	179489	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_005296	CTTCGG	2	12	224390	224401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_005296	GATCAC	2	12	262876	262887	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_005296	ATCGGA	2	12	330488	330499	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_005296	CAGATG	2	12	354710	354721	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_005296	GCCGCA	2	12	357469	357480	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_005296	GAGCCG	2	12	359393	359404	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_005296	CGTTTG	2	12	359465	359476	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_005296	GATTGC	2	12	450194	450205	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_005296	GCGATC	2	12	536736	536747	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_005296	GACGCT	2	12	541364	541375	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_005296	CTGCCG	2	12	559848	559859	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_005296	CGTCCG	2	12	586887	586898	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
21	NC_005296	AGGTCG	2	12	602457	602468	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_005296	GCTTGC	2	12	642154	642165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_005296	CGGTTG	2	12	643267	643278	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_005296	AGCCTG	2	12	690398	690409	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_005296	TCGCGC	2	12	702902	702913	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_005296	TTTGCA	2	12	778752	778763	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_005296	ATTTGC	2	12	779194	779205	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_005296	ATTCTC	2	12	806118	806129	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_005296	GCTCCG	2	12	821354	821365	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_005296	TGCCGT	2	12	829800	829811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_005296	GCTCTA	2	12	852847	852858	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_005296	TTTTTG	2	12	874064	874075	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005296	CTGAAC	2	12	880789	880800	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_005296	GTATCC	2	12	909031	909042	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_005296	GTTGGG	2	12	938726	938737	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005296	GCAAGC	2	12	967080	967091	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_005296	ACCCCC	2	12	981360	981371	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
38	NC_005296	ACAGCA	2	12	993377	993388	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_005296	GCAACG	2	12	996758	996769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_005296	TTTCGA	2	12	1001648	1001659	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_005296	GCCCGT	2	12	1003526	1003537	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_005296	GCCGGC	2	12	1020316	1020327	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_005296	GGAGGG	2	12	1052011	1052022	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005296	CCCTCC	2	12	1052125	1052136	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
45	NC_005296	GCTGGC	2	12	1063598	1063609	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_005296	CGCAGC	2	12	1100018	1100029	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_005296	GTCGCG	2	12	1125331	1125342	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_005296	AACGCG	2	12	1142792	1142803	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_005296	TCGGCA	2	12	1165080	1165091	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_005296	CATTGA	2	12	1195906	1195917	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_005296	GATCAA	2	12	1196280	1196291	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_005296	ACCCCC	2	12	1205273	1205284	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
53	NC_005296	ACCCCC	2	12	1206505	1206516	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
54	NC_005296	GGAGCC	2	12	1219099	1219110	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_005296	CGCTTG	2	12	1222970	1222981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_005296	GCGCGA	2	12	1390594	1390605	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_005296	CGCAGC	2	12	1411558	1411569	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_005296	GCCGCG	2	12	1425740	1425751	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_005296	CGACCA	2	12	1494012	1494023	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
60	NC_005296	TGCTCC	2	12	1534047	1534058	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_005296	CAACGA	2	12	1566288	1566299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_005296	TCGCCG	2	12	1600636	1600647	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_005296	CGCATC	2	12	1614250	1614261	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_005296	CAGCAT	2	12	1618666	1618677	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_005296	GGGAGA	2	12	1635539	1635550	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005296	GGGAGA	2	12	1751701	1751712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005296	CGGTGG	2	12	1764665	1764676	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_005296	AGCGGC	2	12	1794971	1794982	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_005296	AAAAAC	2	12	1813330	1813341	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_005296	TTGGCT	2	12	1884965	1884976	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_005296	ACCGCC	2	12	1892251	1892262	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_005296	AATAAC	2	12	1903432	1903443	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_005296	AAGAAC	2	12	1904761	1904772	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_005296	CGAACT	2	12	1907642	1907653	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_005296	AGGATG	2	12	1908863	1908874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_005296	CGTTTC	2	12	1912537	1912548	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_005296	AAGTTG	2	12	1976055	1976066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_005296	TTCCAG	2	12	1981110	1981121	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_005296	CAGCCG	2	12	2004101	2004112	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_005296	CCGCGG	2	12	2038908	2038919	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_005296	TCTCCC	2	12	2122436	2122447	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_005296	CGCATC	2	12	2128267	2128278	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_005296	CTGTTG	2	12	2184984	2184995	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_005296	GCTTCT	2	12	2194652	2194663	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_005296	CTCGTT	2	12	2265918	2265929	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_005296	ACCCCC	2	12	2298975	2298986	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
87	NC_005296	GGCAGC	2	12	2303014	2303025	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_005296	GGGGGT	2	12	2332024	2332035	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005296	TTGCAA	2	12	2394824	2394835	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_005296	TGTCGT	2	12	2421351	2421362	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_005296	AAATTG	2	12	2439376	2439387	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_005296	AGCCGA	2	12	2443404	2443415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_005296	GATCGA	2	12	2473163	2473174	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_005296	GGGACC	2	12	2487557	2487568	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_005296	GTCGCG	2	12	2539797	2539808	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_005296	CCCTCT	2	12	2554293	2554304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_005296	TGTTTC	2	12	2564388	2564399	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_005296	TGATCC	2	12	2666081	2666092	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_005296	CCACGA	2	12	2728299	2728310	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_005296	TTTTTG	2	12	2732928	2732939	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005296	GCCCAT	2	12	2750253	2750264	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_005296	TGTTCG	2	12	2860165	2860176	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_005296	CGATCG	2	12	2860221	2860232	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_005296	CAATAT	2	12	2861925	2861936	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_005296	ACTGGC	2	12	2873959	2873970	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_005296	ATGCCG	2	12	2965094	2965105	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_005296	ATTTTC	2	12	2993178	2993189	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_005296	CGGAGC	2	12	3014853	3014864	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_005296	CGCCGA	2	12	3032923	3032934	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_005296	TTCCGG	2	12	3050119	3050130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_005296	GGTCGT	2	12	3050271	3050282	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_005296	GGCGAG	2	12	3091512	3091523	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_005296	AGGGGG	2	12	3093693	3093704	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005296	CGCGCC	2	12	3100104	3100115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_005296	CTTCAA	3	18	3123703	3123720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_005296	GCAATT	2	12	3129234	3129245	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_005296	GACCGA	2	12	3218927	3218938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_005296	GGTTCC	2	12	3232555	3232566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_005296	CGGCCG	2	12	3236922	3236933	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_005296	AGGCGA	2	12	3278109	3278120	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_005296	ATTTCA	2	12	3295519	3295530	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_005296	CTTTTT	2	12	3318011	3318022	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_005296	CAAGCG	2	12	3337967	3337978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_005296	CCCTCG	2	12	3352027	3352038	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_005296	CTTTTT	2	12	3362326	3362337	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_005296	CAGCGG	2	12	3371959	3371970	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_005296	CGCCCC	2	12	3382938	3382949	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_005296	CGCATG	2	12	3383449	3383460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_005296	GGCTCG	2	12	3418154	3418165	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_005296	GCCGCA	2	12	3418410	3418421	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_005296	GCCTGC	2	12	3418805	3418816	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_005296	CGCCGG	2	12	3493495	3493506	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_005296	CCGGGC	2	12	3557262	3557273	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_005296	GCGCTG	2	12	3567448	3567459	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_005296	GTTGCA	2	12	3586738	3586749	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_005296	GATGCA	2	12	3601575	3601586	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_005296	CGACTG	2	12	3638854	3638865	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_005296	CTTCTC	2	12	3640270	3640281	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_005296	CGCTTA	2	12	3667867	3667878	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_005296	TTGCCG	2	12	3687525	3687536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_005296	CCGGCT	2	12	3688698	3688709	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
144	NC_005296	TCGGCC	2	12	3689249	3689260	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
145	NC_005296	ATCGTC	2	12	3690486	3690497	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_005296	GCAGCC	2	12	3701926	3701937	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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149	NC_005296	GACCAA	2	12	3736685	3736696	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_005296	CGGGCC	2	12	3738294	3738305	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_005296	CAGCCG	2	12	3755104	3755115	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
152	NC_005296	GCGAAT	2	12	3841669	3841680	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_005296	ATTCCC	2	12	3859890	3859901	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_005296	GCGACG	2	12	3860851	3860862	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_005296	GCCGAT	2	12	3880095	3880106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_005296	CTTGTT	2	12	3885651	3885662	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_005296	GCCGGA	2	12	3924918	3924929	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_005296	GACTCT	2	12	3934386	3934397	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_005296	ACTTGC	2	12	3951161	3951172	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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226	NC_005296	GGTTTG	2	12	5456807	5456818	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.