MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodopseudomonas palustris CGA009 chromosome

Total Repeats: 4953

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005296	GTTTT	2	10	327	336	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005296	GCTGA	2	10	510	519	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_005296	AACTC	2	10	590	599	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_005296	ACCAC	2	10	1991	2000	40 %	0 %	0 %	60 %	39933081
5	NC_005296	AGGCG	2	10	3449	3458	20 %	0 %	60 %	20 %	39933082
6	NC_005296	GCAGC	2	10	4291	4300	20 %	0 %	40 %	40 %	39933083
7	NC_005296	GACGC	2	10	4469	4478	20 %	0 %	40 %	40 %	39933083
8	NC_005296	GTGCT	2	10	5896	5905	0 %	40 %	40 %	20 %	39933084
9	NC_005296	CCGCG	2	10	5955	5964	0 %	0 %	40 %	60 %	39933084
10	NC_005296	CCCGA	2	10	6076	6085	20 %	0 %	20 %	60 %	39933084
11	NC_005296	GCTCG	2	10	7122	7131	0 %	20 %	40 %	40 %	39933084
12	NC_005296	CCTCG	2	10	8053	8062	0 %	20 %	20 %	60 %	39933085
13	NC_005296	GATCG	2	10	11160	11169	20 %	20 %	40 %	20 %	39933088
14	NC_005296	GCCGA	2	10	11200	11209	20 %	0 %	40 %	40 %	39933089
15	NC_005296	CGGCG	2	10	11411	11420	0 %	0 %	60 %	40 %	39933089
16	NC_005296	GACGT	2	10	13336	13345	20 %	20 %	40 %	20 %	39933090
17	NC_005296	CCCGA	2	10	13653	13662	20 %	0 %	20 %	60 %	39933090
18	NC_005296	GCCCT	2	10	14008	14017	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_005296	GCGCA	2	10	14305	14314	20 %	0 %	40 %	40 %	39933091
20	NC_005296	GCGCG	2	10	15444	15453	0 %	0 %	60 %	40 %	39933093
21	NC_005296	ATCGC	2	10	15617	15626	20 %	20 %	20 %	40 %	39933093
22	NC_005296	GGCGA	2	10	16654	16663	20 %	0 %	60 %	20 %	39933093
23	NC_005296	TCCAC	2	10	16701	16710	20 %	20 %	0 %	60 %	39933093
24	NC_005296	GGCCG	2	10	17605	17614	0 %	0 %	60 %	40 %	39933095
25	NC_005296	GGTCG	2	10	19281	19290	0 %	20 %	60 %	20 %	39933096
26	NC_005296	GGCCG	2	10	23607	23616	0 %	0 %	60 %	40 %	39933100
27	NC_005296	TGCCC	2	10	24117	24126	0 %	20 %	20 %	60 %	39933101
28	NC_005296	GTTGC	2	10	24497	24506	0 %	40 %	40 %	20 %	39933101
29	NC_005296	AGCAA	2	10	24552	24561	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_005296	CGCGC	2	10	24721	24730	0 %	0 %	40 %	60 %	39933102
31	NC_005296	TGCGG	2	10	25220	25229	0 %	20 %	60 %	20 %	39933102
32	NC_005296	GCTTC	2	10	26192	26201	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_005296	CTTGC	2	10	27090	27099	0 %	40 %	20 %	40 %	39933104
34	NC_005296	ACCGG	2	10	27135	27144	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_005296	CGGCG	2	10	27289	27298	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_005296	TGCCC	2	10	28161	28170	0 %	20 %	20 %	60 %	39933105
37	NC_005296	CGGGT	2	10	28717	28726	0 %	20 %	60 %	20 %	39933105
38	NC_005296	CGGCG	2	10	29038	29047	0 %	0 %	60 %	40 %	39933105
39	NC_005296	GATCG	2	10	29538	29547	20 %	20 %	40 %	20 %	39933106
40	NC_005296	CGCGC	2	10	29937	29946	0 %	0 %	40 %	60 %	39933106
41	NC_005296	TTTTA	2	10	30701	30710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005296	CGGCG	2	10	32181	32190	0 %	0 %	60 %	40 %	39933108
43	NC_005296	GGCGT	2	10	32881	32890	0 %	20 %	60 %	20 %	39933108
44	NC_005296	GCGCG	2	10	34081	34090	0 %	0 %	60 %	40 %	39933109
45	NC_005296	AGCGC	2	10	34990	34999	20 %	0 %	40 %	40 %	39933109
46	NC_005296	GCCGC	2	10	36563	36572	0 %	0 %	40 %	60 %	39933110
47	NC_005296	CGCGC	2	10	38480	38489	0 %	0 %	40 %	60 %	39933113
48	NC_005296	CCATG	2	10	39433	39442	20 %	20 %	20 %	40 %	39933114
49	NC_005296	ACCGC	2	10	40038	40047	20 %	0 %	20 %	60 %	39933114
50	NC_005296	GCGCG	2	10	41110	41119	0 %	0 %	60 %	40 %	39933115
51	NC_005296	GGCGC	2	10	42470	42479	0 %	0 %	60 %	40 %	39933115
52	NC_005296	CACCC	2	10	43390	43399	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
53	NC_005296	CCGGG	2	10	44821	44830	0 %	0 %	60 %	40 %	39933117
54	NC_005296	TTTGG	2	10	45807	45816	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005296	GTCCG	2	10	47867	47876	0 %	20 %	40 %	40 %	39933121
56	NC_005296	AGCCA	2	10	49184	49193	40 %	0 %	20 %	40 %	39933122
57	NC_005296	CGGCG	2	10	50550	50559	0 %	0 %	60 %	40 %	39933124
58	NC_005296	CGCGC	2	10	51994	52003	0 %	0 %	40 %	60 %	39933125
59	NC_005296	CGATT	2	10	52732	52741	20 %	40 %	20 %	20 %	39933126
60	NC_005296	GCGCC	2	10	55064	55073	0 %	0 %	40 %	60 %	39933129
61	NC_005296	CGCGC	2	10	56459	56468	0 %	0 %	40 %	60 %	39933130
62	NC_005296	CCGGG	2	10	59106	59115	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
63	NC_005296	CGCGT	2	10	59660	59669	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_005296	GTCCA	2	10	60503	60512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_005296	CGGAA	2	10	62198	62207	40 %	0 %	40 %	20 %	39933136
66	NC_005296	GTAGC	2	10	64338	64347	20 %	20 %	40 %	20 %	39933138
67	NC_005296	ACGCA	2	10	65038	65047	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_005296	CATGC	2	10	66547	66556	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_005296	GCCTC	2	10	68429	68438	0 %	20 %	20 %	60 %	39933141
70	NC_005296	CGCGC	2	10	69647	69656	0 %	0 %	40 %	60 %	39933143
71	NC_005296	TCGCC	2	10	69765	69774	0 %	20 %	20 %	60 %	39933143
72	NC_005296	ACCCG	2	10	70338	70347	20 %	0 %	20 %	60 %	39933144
73	NC_005296	GATCG	2	10	70559	70568	20 %	20 %	40 %	20 %	39933144
74	NC_005296	CAGCG	2	10	71810	71819	20 %	0 %	40 %	40 %	39933144
75	NC_005296	GAAGT	2	10	72746	72755	40 %	20 %	40 %	0 %	39933145
76	NC_005296	GCCGC	2	10	74342	74351	0 %	0 %	40 %	60 %	39933148
77	NC_005296	GAGCC	2	10	75917	75926	20 %	0 %	40 %	40 %	39933149
78	NC_005296	AGCCG	2	10	77896	77905	20 %	0 %	40 %	40 %	39933151
79	NC_005296	AGCAA	2	10	79348	79357	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_005296	CGCTG	2	10	79490	79499	0 %	20 %	40 %	40 %	39933153
81	NC_005296	CGGCG	2	10	79523	79532	0 %	0 %	60 %	40 %	39933153
82	NC_005296	GCCAG	2	10	81370	81379	20 %	0 %	40 %	40 %	39933154
83	NC_005296	CCGGA	2	10	81924	81933	20 %	0 %	40 %	40 %	39933154
84	NC_005296	GCCGC	2	10	82230	82239	0 %	0 %	40 %	60 %	39933154
85	NC_005296	GCGCG	2	10	82552	82561	0 %	0 %	60 %	40 %	39933154
86	NC_005296	CCTGC	2	10	82568	82577	0 %	20 %	20 %	60 %	39933154
87	NC_005296	CGCGC	2	10	85153	85162	0 %	0 %	40 %	60 %	39933155
88	NC_005296	CGCTG	2	10	85869	85878	0 %	20 %	40 %	40 %	39933155
89	NC_005296	CGCGC	2	10	85917	85926	0 %	0 %	40 %	60 %	39933155
90	NC_005296	GCCGC	2	10	86172	86181	0 %	0 %	40 %	60 %	39933155
91	NC_005296	CGGCG	2	10	86428	86437	0 %	0 %	60 %	40 %	39933155
92	NC_005296	CAGCT	2	10	87570	87579	20 %	20 %	20 %	40 %	39933157
93	NC_005296	CGCGG	2	10	88342	88351	0 %	0 %	60 %	40 %	39933158
94	NC_005296	GCTCG	2	10	90730	90739	0 %	20 %	40 %	40 %	39933159
95	NC_005296	GACCG	2	10	93112	93121	20 %	0 %	40 %	40 %	229220836
96	NC_005296	AGCCG	2	10	93915	93924	20 %	0 %	40 %	40 %	229220836
97	NC_005296	AATGC	2	10	94092	94101	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_005296	GGCGA	2	10	94569	94578	20 %	0 %	60 %	20 %	39933162
99	NC_005296	GGCCG	2	10	95481	95490	0 %	0 %	60 %	40 %	39933162
100	NC_005296	AACCC	2	10	99653	99662	40 %	0 %	0 %	60 %	39933166
101	NC_005296	GCTCG	2	10	99753	99762	0 %	20 %	40 %	40 %	39933166
102	NC_005296	GCCTG	2	10	99946	99955	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_005296	GATCC	2	10	101624	101633	20 %	20 %	20 %	40 %	39933167
104	NC_005296	CGCGC	2	10	102495	102504	0 %	0 %	40 %	60 %	39933169
105	NC_005296	ACTAA	2	10	104474	104483	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_005296	GCCCC	2	10	104577	104586	0 %	0 %	20 %	80 %	39933173
107	NC_005296	GCCGC	2	10	104982	104991	0 %	0 %	40 %	60 %	39933173
108	NC_005296	CCGGT	2	10	106105	106114	0 %	20 %	40 %	40 %	39933174
109	NC_005296	TCGGA	2	10	106149	106158	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_005296	GCGCA	2	10	106689	106698	20 %	0 %	40 %	40 %	39933175
111	NC_005296	CCGGC	2	10	109834	109843	0 %	0 %	40 %	60 %	39933176
112	NC_005296	GGCTG	2	10	110267	110276	0 %	20 %	60 %	20 %	39933176
113	NC_005296	CGGCG	2	10	110381	110390	0 %	0 %	60 %	40 %	39933176
114	NC_005296	GGCGC	2	10	110396	110405	0 %	0 %	60 %	40 %	39933176
115	NC_005296	CCTCG	2	10	111057	111066	0 %	20 %	20 %	60 %	39933177
116	NC_005296	CGCGG	2	10	111543	111552	0 %	0 %	60 %	40 %	39933178
117	NC_005296	CGGCG	2	10	111949	111958	0 %	0 %	60 %	40 %	39933178
118	NC_005296	GCCGC	2	10	112575	112584	0 %	0 %	40 %	60 %	39933179
119	NC_005296	GCGCA	2	10	114126	114135	20 %	0 %	40 %	40 %	39933180
120	NC_005296	CGGTC	2	10	115860	115869	0 %	20 %	40 %	40 %	39933182
121	NC_005296	AAGGC	2	10	115871	115880	40 %	0 %	40 %	20 %	39933182
122	NC_005296	GGCGA	2	10	117104	117113	20 %	0 %	60 %	20 %	39933183
123	NC_005296	GCGTC	2	10	117724	117733	0 %	20 %	40 %	40 %	39933183
124	NC_005296	GCCGC	2	10	118239	118248	0 %	0 %	40 %	60 %	39933184
125	NC_005296	GCCAG	2	10	118573	118582	20 %	0 %	40 %	40 %	39933184
126	NC_005296	GGTCG	2	10	118783	118792	0 %	20 %	60 %	20 %	39933184
127	NC_005296	CCGCA	2	10	119431	119440	20 %	0 %	20 %	60 %	39933184
128	NC_005296	GCAGC	2	10	120040	120049	20 %	0 %	40 %	40 %	39933185
129	NC_005296	CGGCG	2	10	121832	121841	0 %	0 %	60 %	40 %	39933186
130	NC_005296	TCGGA	2	10	121873	121882	20 %	20 %	40 %	20 %	39933186
131	NC_005296	CGGCC	2	10	122807	122816	0 %	0 %	40 %	60 %	39933187
132	NC_005296	GATCG	2	10	122934	122943	20 %	20 %	40 %	20 %	39933187
133	NC_005296	CGGCG	2	10	123519	123528	0 %	0 %	60 %	40 %	39933187
134	NC_005296	GGCCC	2	10	124072	124081	0 %	0 %	40 %	60 %	39933188
135	NC_005296	CCGCG	2	10	124867	124876	0 %	0 %	40 %	60 %	39933188
136	NC_005296	GATGC	2	10	124940	124949	20 %	20 %	40 %	20 %	39933188
137	NC_005296	GCCCG	2	10	125105	125114	0 %	0 %	40 %	60 %	39933188
138	NC_005296	TCCGG	2	10	126301	126310	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_005296	GCGCC	2	10	128275	128284	0 %	0 %	40 %	60 %	39933192
140	NC_005296	CCGCA	2	10	128719	128728	20 %	0 %	20 %	60 %	39933192
141	NC_005296	CGAAC	2	10	132625	132634	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_005296	ACAGA	2	10	135735	135744	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_005296	GCTCG	2	10	136976	136985	0 %	20 %	40 %	40 %	39933199
144	NC_005296	CCGGT	2	10	137467	137476	0 %	20 %	40 %	40 %	39933199
145	NC_005296	GCCGC	2	10	137901	137910	0 %	0 %	40 %	60 %	39933199
146	NC_005296	GGCAC	2	10	138648	138657	20 %	0 %	40 %	40 %	39933199
147	NC_005296	CAACA	2	10	140615	140624	60 %	0 %	0 %	40 %	39933200
148	NC_005296	GTTGG	2	10	143655	143664	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
149	NC_005296	GCGAC	2	10	146194	146203	20 %	0 %	40 %	40 %	39933206
150	NC_005296	CGCGG	2	10	146798	146807	0 %	0 %	60 %	40 %	39933207
151	NC_005296	CAGGA	2	10	151824	151833	40 %	0 %	40 %	20 %	39933211
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153	NC_005296	TGGTC	2	10	154483	154492	0 %	40 %	40 %	20 %	39933213
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157	NC_005296	GATCG	2	10	161089	161098	20 %	20 %	40 %	20 %	39933218
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161	NC_005296	CGGCT	2	10	164618	164627	0 %	20 %	40 %	40 %	39933222
162	NC_005296	CCGCG	2	10	164650	164659	0 %	0 %	40 %	60 %	39933222
163	NC_005296	CGGCT	2	10	165902	165911	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
164	NC_005296	AATCG	2	10	167215	167224	40 %	20 %	20 %	20 %	39933225
165	NC_005296	GGCCG	2	10	173716	173725	0 %	0 %	60 %	40 %	39933231
166	NC_005296	GTTGG	2	10	175609	175618	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_005296	CGCGA	2	10	175659	175668	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
168	NC_005296	GAACA	2	10	175696	175705	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_005296	ATCGG	2	10	176640	176649	20 %	20 %	40 %	20 %	39933234
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171	NC_005296	GCGAG	2	10	178362	178371	20 %	0 %	60 %	20 %	39933237
172	NC_005296	TCGCT	2	10	178437	178446	0 %	40 %	20 %	40 %	39933237
173	NC_005296	AAGCC	2	10	181718	181727	40 %	0 %	20 %	40 %	39933239
174	NC_005296	GCCGG	2	10	181759	181768	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
175	NC_005296	AAGCG	2	10	183902	183911	40 %	0 %	40 %	20 %	39933241
176	NC_005296	CGGCG	2	10	185190	185199	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
177	NC_005296	CGGCG	2	10	185232	185241	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
178	NC_005296	GAAAG	2	10	185339	185348	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
179	NC_005296	TCACC	2	10	187104	187113	20 %	20 %	0 %	60 %	39933245
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182	NC_005296	CGGCG	2	10	189938	189947	0 %	0 %	60 %	40 %	39933247
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186	NC_005296	GCGCC	2	10	192365	192374	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
187	NC_005296	GCGAT	2	10	192601	192610	20 %	20 %	40 %	20 %	39933250
188	NC_005296	GTCGA	2	10	195150	195159	20 %	20 %	40 %	20 %	39933253
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192	NC_005296	CCGCA	2	10	200330	200339	20 %	0 %	20 %	60 %	39933257
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195	NC_005296	AGCCG	2	10	200702	200711	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
196	NC_005296	GGAAA	2	10	202965	202974	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
197	NC_005296	GCTTC	2	10	203066	203075	0 %	40 %	20 %	40 %	39933259
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199	NC_005296	CCGAG	2	10	206303	206312	20 %	0 %	40 %	40 %	39933262
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201	NC_005296	CCGTC	2	10	207911	207920	0 %	20 %	20 %	60 %	39933264
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216	NC_005296	GGCCG	2	10	222321	222330	0 %	0 %	60 %	40 %	39933275
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220	NC_005296	CGTCA	2	10	229762	229771	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
221	NC_005296	CAGCG	2	10	232210	232219	20 %	0 %	40 %	40 %	39933285
222	NC_005296	CTCCC	2	10	234122	234131	0 %	20 %	0 %	80 %	39933287
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227	NC_005296	CAAAA	2	10	241105	241114	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
228	NC_005296	GGGTC	2	10	241725	241734	0 %	20 %	60 %	20 %	39933293
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231	NC_005296	TGCGA	3	15	244938	244952	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
232	NC_005296	TCGGC	2	10	247456	247465	0 %	20 %	40 %	40 %	39933298
233	NC_005296	ACGAA	2	10	247867	247876	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
234	NC_005296	CGGCG	2	10	248642	248651	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
235	NC_005296	ACTGC	2	10	250161	250170	20 %	20 %	20 %	40 %	39933301
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240	NC_005296	GCGCT	2	10	253643	253652	0 %	20 %	40 %	40 %	39933304
241	NC_005296	GCCGC	2	10	254611	254620	0 %	0 %	40 %	60 %	39933306
242	NC_005296	AGGGC	2	10	255311	255320	20 %	0 %	60 %	20 %	39933306
243	NC_005296	CCGAC	2	10	256340	256349	20 %	0 %	20 %	60 %	39933307
244	NC_005296	GCCCG	2	10	257786	257795	0 %	0 %	40 %	60 %	39933309
245	NC_005296	GGCCG	2	10	258401	258410	0 %	0 %	60 %	40 %	39933310
246	NC_005296	CACGC	2	10	261247	261256	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
247	NC_005296	CCGCA	2	10	264008	264017	20 %	0 %	20 %	60 %	39933315
248	NC_005296	AGCGC	2	10	265633	265642	20 %	0 %	40 %	40 %	39933317
249	NC_005296	GCGGT	2	10	266754	266763	0 %	20 %	60 %	20 %	39933318
250	NC_005296	CCGCA	2	10	268589	268598	20 %	0 %	20 %	60 %	39933320
251	NC_005296	ATCGA	2	10	269560	269569	40 %	20 %	20 %	20 %	39933322
252	NC_005296	AGCGC	2	10	272657	272666	20 %	0 %	40 %	40 %	39933324
253	NC_005296	TTCAT	2	10	273361	273370	20 %	60 %	0 %	20 %	39933325
254	NC_005296	TTCCA	2	10	274139	274148	20 %	40 %	0 %	40 %	39933326
255	NC_005296	ATCCG	2	10	274244	274253	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
256	NC_005296	GATCG	2	10	277176	277185	20 %	20 %	40 %	20 %	39933329
257	NC_005296	CGGTG	2	10	277944	277953	0 %	20 %	60 %	20 %	39933331
258	NC_005296	GCGCG	2	10	278499	278508	0 %	0 %	60 %	40 %	39933331
259	NC_005296	CGGTG	2	10	278864	278873	0 %	20 %	60 %	20 %	39933332
260	NC_005296	GCCGC	2	10	279069	279078	0 %	0 %	40 %	60 %	39933332
261	NC_005296	ACGCC	2	10	279685	279694	20 %	0 %	20 %	60 %	39933332
262	NC_005296	GCGAC	2	10	280181	280190	20 %	0 %	40 %	40 %	39933333
263	NC_005296	CGACG	2	10	280707	280716	20 %	0 %	40 %	40 %	39933333
264	NC_005296	CGGCC	2	10	280872	280881	0 %	0 %	40 %	60 %	39933333
265	NC_005296	CGCAC	2	10	282701	282710	20 %	0 %	20 %	60 %	39933335
266	NC_005296	AGCGC	2	10	282845	282854	20 %	0 %	40 %	40 %	39933335
267	NC_005296	GGACT	2	10	282962	282971	20 %	20 %	40 %	20 %	39933335
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269	NC_005296	CGCGG	2	10	285319	285328	0 %	0 %	60 %	40 %	39933336
270	NC_005296	GCGAC	2	10	285372	285381	20 %	0 %	40 %	40 %	39933336
271	NC_005296	GATCT	2	10	287159	287168	20 %	40 %	20 %	20 %	39933337
272	NC_005296	CGTTG	2	10	287217	287226	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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