MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Ralstonia eutropha H16 megaplasmid pHG1

Total Repeats: 179

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005241	CCAATA	2	12	83	94	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_005241	ACGTGA	2	12	5494	5505	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38637675
3	NC_005241	GCAATG	2	12	7906	7917	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38637679
4	NC_005241	ATCGAG	2	12	8708	8719	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38637680
5	NC_005241	CGCTGC	2	12	10497	10508	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637682
6	NC_005241	CGGCGT	2	12	13093	13104	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637685
7	NC_005241	GTGCTG	2	12	14725	14736	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	38637686
8	NC_005241	CCGGCA	2	12	16061	16072	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38637687
9	NC_005241	AAGCCG	2	12	19471	19482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_005241	AGCTGG	2	12	27269	27280	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	38637693
11	NC_005241	AGATAG	2	12	32016	32027	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005241	GCATCT	2	12	32605	32616	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	38637701
13	NC_005241	CTATCT	2	12	39308	39319	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	38637707
14	NC_005241	GTATCG	2	12	44561	44572	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637713
15	NC_005241	TGGCAT	2	12	45269	45280	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637713
16	NC_005241	CTCGCC	2	12	46896	46907	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_005241	GCGCCT	2	12	47495	47506	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637718
18	NC_005241	TCAGCC	2	12	50397	50408	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637719
19	NC_005241	CCCCTA	2	12	57017	57028	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_005241	CCGCAC	2	12	62485	62496	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	38637730
21	NC_005241	CCAGAT	2	12	64227	64238	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637733
22	NC_005241	AGGGCG	2	12	65524	65535	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	38637734
23	NC_005241	GACGGC	2	12	66440	66451	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	38637735
24	NC_005241	GCTATC	2	12	67302	67313	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	38637737
25	NC_005241	GTGGCG	2	12	67640	67651	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	38637737
26	NC_005241	GATGGC	2	12	67897	67908	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	38637737
27	NC_005241	GAGGCG	2	12	69523	69534	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	38637738
28	NC_005241	AGGCGC	2	12	70413	70424	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	38637740
29	NC_005241	CATACG	2	12	70508	70519	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637740
30	NC_005241	CAAGGC	2	12	70708	70719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	38637740
31	NC_005241	AGCCGG	2	12	71569	71580	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	38637740
32	NC_005241	CATCCG	2	12	72356	72367	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637741
33	NC_005241	TTGCGG	2	12	73027	73038	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	38637743
34	NC_005241	CTGATG	2	12	73826	73837	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637743
35	NC_005241	GTCGGC	2	12	83105	83116	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637756
36	NC_005241	GCATGC	2	12	85907	85918	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637760
37	NC_005241	TCCGCA	2	12	86841	86852	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637761
38	NC_005241	GCTGGT	2	12	87847	87858	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	38637761
39	NC_005241	GGCGCT	2	12	88876	88887	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637761
40	NC_005241	GGGCGA	2	12	92237	92248	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	38637764
41	NC_005241	GCAGCC	2	12	96161	96172	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38637767
42	NC_005241	CTGTCG	2	12	98255	98266	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	38637769
43	NC_005241	CTCAAT	2	12	98927	98938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_005241	CCTCGA	2	12	102249	102260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637773
45	NC_005241	GCGGAC	2	12	106310	106321	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	38637775
46	NC_005241	GAGATC	2	12	109835	109846	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_005241	GGCAAG	2	12	111175	111186	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	38637779
48	NC_005241	AATGAC	2	12	112770	112781	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_005241	CTGGTG	2	12	114768	114779	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	38637781
50	NC_005241	GCGTGC	2	12	115813	115824	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637782
51	NC_005241	CCAGCA	2	12	115858	115869	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	38637782
52	NC_005241	CCAGCC	2	12	120388	120399	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	38637788
53	NC_005241	CCGCAT	2	12	122955	122966	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637789
54	NC_005241	AGGACG	2	12	126908	126919	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_005241	GAGATA	2	12	131373	131384	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	38637798
56	NC_005241	GTGCCG	2	12	138638	138649	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637806
57	NC_005241	CAAGGC	2	12	140753	140764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	38637809
58	NC_005241	GGGTTG	2	12	145742	145753	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005241	TGACCT	2	12	149193	149204	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_005241	GATTCG	2	12	150390	150401	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637816
61	NC_005241	CGCGTG	2	12	152344	152355	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_005241	CGTGGC	2	12	156380	156391	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637820
63	NC_005241	GTCACA	2	12	157348	157359	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_005241	GTCTTC	2	12	157867	157878	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	38637823
65	NC_005241	AGGCAA	2	12	161187	161198	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_005241	TGGGGC	2	12	161570	161581	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_005241	GAAGCG	2	12	162776	162787	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_005241	GATCGA	2	12	168139	168150	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38637827
69	NC_005241	AGGTCA	2	12	178922	178933	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38637832
70	NC_005241	TCGGTC	2	12	180371	180382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	38637832
71	NC_005241	AAAGCC	2	12	183290	183301	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	38637833
72	NC_005241	CCGTGG	2	12	184135	184146	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637834
73	NC_005241	GGCCGA	2	12	186813	186824	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	38637836
74	NC_005241	TCATGA	2	12	188088	188099	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_005241	TTCGCA	2	12	189203	189214	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	38637839
76	NC_005241	CAACTG	2	12	189548	189559	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637839
77	NC_005241	CGTAAC	2	12	190023	190034	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_005241	TCCGGA	2	12	204744	204755	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637849
79	NC_005241	CGGGCT	5	30	204771	204800	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637849
80	NC_005241	GCGCTG	2	12	216404	216415	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_005241	CGGCAT	2	12	216517	216528	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637859
82	NC_005241	GCATCG	2	12	218110	218121	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_005241	GCATAG	2	12	221782	221793	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38637864
84	NC_005241	CTCGGC	2	12	222378	222389	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637865
85	NC_005241	TTCAAG	2	12	225658	225669	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	38637868
86	NC_005241	CGGCCG	2	12	228704	228715	0 %	0 %	50 %	50 %	38637875
87	NC_005241	GCTGGC	2	12	232303	232314	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637878
88	NC_005241	CGACGC	2	12	232357	232368	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38637878
89	NC_005241	GCTGTC	2	12	232677	232688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	38637879
90	NC_005241	GCGCCG	3	18	233021	233038	0 %	0 %	50 %	50 %	38637879
91	NC_005241	CGCGCT	2	12	233519	233530	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637880
92	NC_005241	CCTTCG	2	12	235111	235122	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	38637882
93	NC_005241	GGGCTG	2	12	235905	235916	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	38637882
94	NC_005241	GGGCGT	2	12	236048	236059	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	38637882
95	NC_005241	CGGGCG	2	12	239855	239866	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	38637886
96	NC_005241	CGAAAT	2	12	240267	240278	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	38637886
97	NC_005241	GTACCG	2	12	247596	247607	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637895
98	NC_005241	TCACCG	2	12	248657	248668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637896
99	NC_005241	ACGATC	2	12	249889	249900	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637898
100	NC_005241	CTCAAG	2	12	252213	252224	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637901
101	NC_005241	TGGATA	2	12	255118	255129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	38637904
102	NC_005241	TTGGCA	2	12	255244	255255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637904
103	NC_005241	CGCATG	2	12	257284	257295	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637905
104	NC_005241	TCCGAT	2	12	261115	261126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	38637907
105	NC_005241	CGCGCT	2	12	262705	262716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637909
106	NC_005241	GCACCG	2	12	263124	263135	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38637910
107	NC_005241	GCCGTC	2	12	264098	264109	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637911
108	NC_005241	TCGCGC	2	12	265691	265702	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637912
109	NC_005241	CGATCT	2	12	267321	267332	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	38637912
110	NC_005241	CCGTGG	2	12	268702	268713	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637913
111	NC_005241	TGGGCA	2	12	270028	270039	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	38637914
112	NC_005241	CCGGCA	2	12	271225	271236	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38637915
113	NC_005241	GTATCG	2	12	271660	271671	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637916
114	NC_005241	GCCGCT	2	12	274171	274182	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_005241	GGCATC	2	12	274301	274312	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637919
116	NC_005241	CGCCTG	2	12	277275	277286	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637923
117	NC_005241	CGCGAG	2	12	282446	282457	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	38637927
118	NC_005241	ATCACG	2	12	283610	283621	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637928
119	NC_005241	GCCAGC	2	12	283733	283744	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38637928
120	NC_005241	CATGGC	2	12	284435	284446	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637929
121	NC_005241	AGGCCA	2	12	290714	290725	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	38637931
122	NC_005241	CCAACC	2	12	291370	291381	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	38637932
123	NC_005241	CTACGA	2	12	291416	291427	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38637932
124	NC_005241	CGCTGG	2	12	294488	294499	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637935
125	NC_005241	CACCCG	2	12	299735	299746	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	38637939
126	NC_005241	GACGAG	2	12	301660	301671	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	38637942
127	NC_005241	TTACCC	2	12	304655	304666	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	38637947
128	NC_005241	GTGAAG	2	12	305415	305426	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	38637948
129	NC_005241	GCGCTC	2	12	306565	306576	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637950
130	NC_005241	GAACGC	2	12	308014	308025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	38637950
131	NC_005241	CCCGTT	2	12	313326	313337	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	38637957
132	NC_005241	GGCCTT	2	12	317051	317062	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	38637961
133	NC_005241	ACGTCG	2	12	319448	319459	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38637964
134	NC_005241	CTACCA	2	12	322179	322190	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	38637967
135	NC_005241	GCTTTC	2	12	325182	325193	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	38637972
136	NC_005241	CTTGTC	2	12	328375	328386	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	38637975
137	NC_005241	CCTCGC	2	12	334046	334057	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	38637980
138	NC_005241	TTCAAG	2	12	336221	336232	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	38637982
139	NC_005241	CCCGAG	2	12	340844	340855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
140	NC_005241	GGCCTT	2	12	342995	343006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	38637989
141	NC_005241	GGCGCT	2	12	344304	344315	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38637990
142	NC_005241	CTGCAC	3	18	346798	346815	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637992
143	NC_005241	CTGCAC	2	12	346822	346833	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38637992
144	NC_005241	CTACAC	5	30	346834	346863	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	38637992
145	NC_005241	TCCGGC	2	12	346898	346909	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38637992
146	NC_005241	GATCTG	2	12	350248	350259	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38637997
147	NC_005241	CGCCGG	2	12	357427	357438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_005241	GGCCTG	2	12	359106	359117	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38638005
149	NC_005241	AGGGTC	2	12	362752	362763	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	38638009
150	NC_005241	GCCCAA	2	12	363395	363406	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	38638010
151	NC_005241	GTACCA	2	12	363935	363946	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	38638010
152	NC_005241	TCGAGA	2	12	373312	373323	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38638020
153	NC_005241	GCCTAT	2	12	374410	374421	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	38638021
154	NC_005241	TCGCCA	2	12	374615	374626	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38638022
155	NC_005241	CATCGC	2	12	377363	377374	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	38638024
156	NC_005241	CCCTGC	2	12	381577	381588	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	38638027
157	NC_005241	GCCGTG	2	12	384842	384853	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	38638032
158	NC_005241	CACCTT	2	12	388824	388835	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	38638034
159	NC_005241	AATCGG	2	12	389026	389037	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38638034
160	NC_005241	GCATGC	2	12	394864	394875	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_005241	ATCGCG	2	12	401458	401469	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	38638042
162	NC_005241	GTAGAC	2	12	401584	401595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	38638043
163	NC_005241	CACGCC	2	12	405421	405432	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	38638047
164	NC_005241	AAGTCA	2	12	409679	409690	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	38638051
165	NC_005241	GGTTCA	2	12	411980	411991	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_005241	AGGCCC	2	12	412387	412398	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38638055
167	NC_005241	CACCGG	2	12	414162	414173	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	38638056
168	NC_005241	CGCTCG	2	12	421934	421945	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38638063
169	NC_005241	GGCGCC	2	12	434990	435001	0 %	0 %	50 %	50 %	38638075
170	NC_005241	ACTTCC	2	12	435249	435260	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	38638075
171	NC_005241	CCACGA	2	12	436614	436625	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	38638076
172	NC_005241	GTAGTC	2	12	438510	438521	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	38638077
173	NC_005241	CCGCGG	2	12	439264	439275	0 %	0 %	50 %	50 %	38638078
174	NC_005241	TCGGCC	2	12	444646	444657	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38638082
175	NC_005241	GGTCGG	2	12	444886	444897	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	38638083
176	NC_005241	GTGCAG	2	12	449636	449647	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	38638088
177	NC_005241	GCTTGG	2	12	449983	449994	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	38638088
178	NC_005241	GCGCTC	2	12	450032	450043	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	38638088
179	NC_005241	CGGGGG	2	12	451844	451855	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.