MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Ralstonia eutropha H16 megaplasmid pHG1

Total Repeats: 337

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005241	ATGTC	2	10	1630	1639	20 %	40 %	20 %	20 %	38637670
2	NC_005241	CGTGC	2	10	1943	1952	0 %	20 %	40 %	40 %	38637670
3	NC_005241	TGGCG	2	10	5482	5491	0 %	20 %	60 %	20 %	38637675
4	NC_005241	GCACC	2	10	7501	7510	20 %	0 %	20 %	60 %	38637679
5	NC_005241	GCGCG	2	10	8576	8585	0 %	0 %	60 %	40 %	38637680
6	NC_005241	TGGGG	2	10	10436	10445	0 %	20 %	80 %	0 %	38637682
7	NC_005241	CAACT	2	10	10655	10664	40 %	20 %	0 %	40 %	38637682
8	NC_005241	CGCAG	2	10	10975	10984	20 %	0 %	40 %	40 %	38637682
9	NC_005241	CGGGC	2	10	11657	11666	0 %	0 %	60 %	40 %	38637684
10	NC_005241	GCAAG	2	10	13057	13066	40 %	0 %	40 %	20 %	38637685
11	NC_005241	TGCCG	2	10	16146	16155	0 %	20 %	40 %	40 %	38637687
12	NC_005241	CGACG	2	10	18356	18365	20 %	0 %	40 %	40 %	38637689
13	NC_005241	GCCCG	2	10	18713	18722	0 %	0 %	40 %	60 %	38637689
14	NC_005241	CAATC	2	10	20201	20210	40 %	20 %	0 %	40 %	38637690
15	NC_005241	CGCCT	2	10	22548	22557	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_005241	ACGCG	2	10	22999	23008	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_005241	GGACG	2	10	26124	26133	20 %	0 %	60 %	20 %	38637692
18	NC_005241	CCGCT	2	10	26256	26265	0 %	20 %	20 %	60 %	38637692
19	NC_005241	CCGAG	2	10	28334	28343	20 %	0 %	40 %	40 %	38637693
20	NC_005241	AGCCA	2	10	29739	29748	40 %	0 %	20 %	40 %	38637695
21	NC_005241	TGGCC	2	10	31593	31602	0 %	20 %	40 %	40 %	38637698
22	NC_005241	GGGCG	2	10	33908	33917	0 %	0 %	80 %	20 %	38637702
23	NC_005241	CATGA	2	10	34051	34060	40 %	20 %	20 %	20 %	38637702
24	NC_005241	TCATG	2	10	37275	37284	20 %	40 %	20 %	20 %	38637706
25	NC_005241	CGCCC	2	10	37418	37427	0 %	0 %	20 %	80 %	38637706
26	NC_005241	CACGC	2	10	39641	39650	20 %	0 %	20 %	60 %	38637707
27	NC_005241	CTTGC	2	10	41794	41803	0 %	40 %	20 %	40 %	38637710
28	NC_005241	TTCCT	2	10	42599	42608	0 %	60 %	0 %	40 %	38637711
29	NC_005241	CGTAG	2	10	43831	43840	20 %	20 %	40 %	20 %	38637712
30	NC_005241	TCACC	2	10	44074	44083	20 %	20 %	0 %	60 %	38637712
31	NC_005241	ACGAT	2	10	45237	45246	40 %	20 %	20 %	20 %	38637713
32	NC_005241	CCAGT	2	10	45792	45801	20 %	20 %	20 %	40 %	38637714
33	NC_005241	CCGCT	2	10	45891	45900	0 %	20 %	20 %	60 %	38637714
34	NC_005241	GCACG	2	10	47780	47789	20 %	0 %	40 %	40 %	38637718
35	NC_005241	AACGC	2	10	49807	49816	40 %	0 %	20 %	40 %	38637719
36	NC_005241	GTCGA	2	10	49940	49949	20 %	20 %	40 %	20 %	38637719
37	NC_005241	TTGGG	2	10	49970	49979	0 %	40 %	60 %	0 %	38637719
38	NC_005241	GCAAA	2	10	50268	50277	60 %	0 %	20 %	20 %	38637719
39	NC_005241	AGGCT	2	10	51554	51563	20 %	20 %	40 %	20 %	38637721
40	NC_005241	ATGAG	2	10	51624	51633	40 %	20 %	40 %	0 %	38637721
41	NC_005241	GGCGC	2	10	57655	57664	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_005241	CTTGC	2	10	57770	57779	0 %	40 %	20 %	40 %	38637726
43	NC_005241	CAAGC	2	10	59030	59039	40 %	0 %	20 %	40 %	38637728
44	NC_005241	GCAAG	2	10	63252	63261	40 %	0 %	40 %	20 %	38637731
45	NC_005241	CGTGC	2	10	64398	64407	0 %	20 %	40 %	40 %	38637733
46	NC_005241	GACCG	2	10	64971	64980	20 %	0 %	40 %	40 %	38637734
47	NC_005241	GCCTG	2	10	65893	65902	0 %	20 %	40 %	40 %	38637734
48	NC_005241	CAGGC	2	10	69300	69309	20 %	0 %	40 %	40 %	38637737
49	NC_005241	AGGCG	2	10	70090	70099	20 %	0 %	60 %	20 %	38637739
50	NC_005241	ACCTG	2	10	70942	70951	20 %	20 %	20 %	40 %	38637740
51	NC_005241	TGCCT	2	10	74174	74183	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_005241	GCCCG	2	10	75480	75489	0 %	0 %	40 %	60 %	38637745
53	NC_005241	CACGC	2	10	78352	78361	20 %	0 %	20 %	60 %	38637750
54	NC_005241	TCCAT	2	10	82667	82676	20 %	40 %	0 %	40 %	38637755
55	NC_005241	GGAGA	2	10	84977	84986	40 %	0 %	60 %	0 %	38637758
56	NC_005241	GCGCT	2	10	85575	85584	0 %	20 %	40 %	40 %	38637759
57	NC_005241	CTGCA	2	10	85668	85677	20 %	20 %	20 %	40 %	38637759
58	NC_005241	CCGTG	2	10	85988	85997	0 %	20 %	40 %	40 %	38637760
59	NC_005241	TGGCC	2	10	86699	86708	0 %	20 %	40 %	40 %	38637760
60	NC_005241	CACGC	2	10	88290	88299	20 %	0 %	20 %	60 %	38637761
61	NC_005241	CGCGC	2	10	88535	88544	0 %	0 %	40 %	60 %	38637761
62	NC_005241	ACGCG	2	10	89849	89858	20 %	0 %	40 %	40 %	38637762
63	NC_005241	GGTTG	2	10	90387	90396	0 %	40 %	60 %	0 %	38637762
64	NC_005241	CCGAT	2	10	91537	91546	20 %	20 %	20 %	40 %	38637764
65	NC_005241	TGCGC	2	10	95383	95392	0 %	20 %	40 %	40 %	38637767
66	NC_005241	CTCGC	2	10	96662	96671	0 %	20 %	20 %	60 %	38637768
67	NC_005241	GCCGC	2	10	97548	97557	0 %	0 %	40 %	60 %	38637769
68	NC_005241	GCGGG	2	10	99588	99597	0 %	0 %	80 %	20 %	38637770
69	NC_005241	GCGCA	2	10	99909	99918	20 %	0 %	40 %	40 %	38637770
70	NC_005241	CGCAG	2	10	99959	99968	20 %	0 %	40 %	40 %	38637770
71	NC_005241	CTTGG	2	10	100581	100590	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_005241	TATTT	2	10	101450	101459	20 %	80 %	0 %	0 %	38637772
73	NC_005241	GACTA	2	10	102081	102090	40 %	20 %	20 %	20 %	38637772
74	NC_005241	GGGGC	2	10	102519	102528	0 %	0 %	80 %	20 %	38637773
75	NC_005241	TGCAG	2	10	104344	104353	20 %	20 %	40 %	20 %	38637775
76	NC_005241	CGCGC	2	10	107239	107248	0 %	0 %	40 %	60 %	38637776
77	NC_005241	GGCTG	2	10	108921	108930	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_005241	CCGTT	2	10	109025	109034	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_005241	GCTTG	2	10	111960	111969	0 %	40 %	40 %	20 %	38637780
80	NC_005241	TCGGC	2	10	112337	112346	0 %	20 %	40 %	40 %	38637780
81	NC_005241	TTCTG	2	10	113887	113896	0 %	60 %	20 %	20 %	38637781
82	NC_005241	GGGTG	2	10	113963	113972	0 %	20 %	80 %	0 %	38637781
83	NC_005241	GCCAG	2	10	117745	117754	20 %	0 %	40 %	40 %	38637786
84	NC_005241	GCGCG	2	10	120766	120775	0 %	0 %	60 %	40 %	38637788
85	NC_005241	GCGCG	2	10	122167	122176	0 %	0 %	60 %	40 %	38637789
86	NC_005241	ATGCG	2	10	122263	122272	20 %	20 %	40 %	20 %	38637789
87	NC_005241	CGGCG	2	10	125955	125964	0 %	0 %	60 %	40 %	38637791
88	NC_005241	CAGGC	2	10	130001	130010	20 %	0 %	40 %	40 %	38637795
89	NC_005241	AGATG	2	10	131082	131091	40 %	20 %	40 %	0 %	38637797
90	NC_005241	GGGCG	2	10	133266	133275	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
91	NC_005241	CATGA	2	10	133409	133418	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_005241	CATCT	2	10	134930	134939	20 %	40 %	0 %	40 %	38637801
93	NC_005241	GCCTG	2	10	136011	136020	0 %	20 %	40 %	40 %	38637804
94	NC_005241	ATGGC	2	10	139184	139193	20 %	20 %	40 %	20 %	38637806
95	NC_005241	CAAGA	2	10	140772	140781	60 %	0 %	20 %	20 %	38637809
96	NC_005241	GATGA	2	10	142446	142455	40 %	20 %	40 %	0 %	38637809
97	NC_005241	TGGAT	2	10	144098	144107	20 %	40 %	40 %	0 %	38637811
98	NC_005241	CCGAG	2	10	146051	146060	20 %	0 %	40 %	40 %	38637813
99	NC_005241	GGTGA	2	10	146614	146623	20 %	20 %	60 %	0 %	38637813
100	NC_005241	AAGCG	2	10	147267	147276	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_005241	CCTGG	2	10	147905	147914	0 %	20 %	40 %	40 %	38637814
102	NC_005241	GACGC	2	10	148048	148057	20 %	0 %	40 %	40 %	38637814
103	NC_005241	GCTCG	2	10	148250	148259	0 %	20 %	40 %	40 %	38637815
104	NC_005241	GCGGT	2	10	151047	151056	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_005241	GGCTC	2	10	153042	153051	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_005241	GCGCA	2	10	156465	156474	20 %	0 %	40 %	40 %	38637820
107	NC_005241	CGGGT	2	10	157018	157027	0 %	20 %	60 %	20 %	38637821
108	NC_005241	TCGGC	2	10	157043	157052	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_005241	CGTAC	2	10	157715	157724	20 %	20 %	20 %	40 %	38637822
110	NC_005241	TGCGC	2	10	159441	159450	0 %	20 %	40 %	40 %	38637824
111	NC_005241	CGCTG	2	10	160526	160535	0 %	20 %	40 %	40 %	38637825
112	NC_005241	GCGCC	2	10	162574	162583	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
113	NC_005241	AGCGC	2	10	162751	162760	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_005241	TGCGC	2	10	163975	163984	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_005241	AAGCG	2	10	164400	164409	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_005241	GGCAA	2	10	164955	164964	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_005241	CTGGC	2	10	166834	166843	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_005241	TTGGC	2	10	169927	169936	0 %	40 %	40 %	20 %	38637828
119	NC_005241	GTCTG	2	10	172120	172129	0 %	40 %	40 %	20 %	38637828
120	NC_005241	AGAGG	2	10	173719	173728	40 %	0 %	60 %	0 %	38637828
121	NC_005241	AGCGC	2	10	174390	174399	20 %	0 %	40 %	40 %	38637828
122	NC_005241	GACTC	2	10	176684	176693	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_005241	CGTCG	2	10	176849	176858	0 %	20 %	40 %	40 %	38637831
124	NC_005241	GCGAC	2	10	177529	177538	20 %	0 %	40 %	40 %	38637831
125	NC_005241	AGGTG	2	10	177988	177997	20 %	20 %	60 %	0 %	38637831
126	NC_005241	TGGCC	2	10	179517	179526	0 %	20 %	40 %	40 %	38637832
127	NC_005241	TGCTC	2	10	181617	181626	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_005241	TGACC	2	10	183322	183331	20 %	20 %	20 %	40 %	38637833
129	NC_005241	GTCTA	2	10	184512	184521	20 %	40 %	20 %	20 %	38637834
130	NC_005241	CCCAA	2	10	185912	185921	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
131	NC_005241	CGCGC	2	10	186863	186872	0 %	0 %	40 %	60 %	38637836
132	NC_005241	ATCGA	2	10	189656	189665	40 %	20 %	20 %	20 %	38637839
133	NC_005241	CAGCG	2	10	192014	192023	20 %	0 %	40 %	40 %	38637840
134	NC_005241	CGCTT	2	10	193599	193608	0 %	40 %	20 %	40 %	38637841
135	NC_005241	CGCCT	2	10	194489	194498	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_005241	CGAGG	2	10	195093	195102	20 %	0 %	60 %	20 %	38637842
137	NC_005241	GGAAA	2	10	196948	196957	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_005241	CCAGG	2	10	200465	200474	20 %	0 %	40 %	40 %	38637845
139	NC_005241	TCGGC	2	10	200578	200587	0 %	20 %	40 %	40 %	38637845
140	NC_005241	CGGGC	2	10	201107	201116	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
141	NC_005241	AGCGT	2	10	202776	202785	20 %	20 %	40 %	20 %	38637847
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149	NC_005241	TTTCG	2	10	216167	216176	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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257	NC_005241	GCATT	2	10	347607	347616	20 %	40 %	20 %	20 %	38637994
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269	NC_005241	CCCGC	2	10	366120	366129	0 %	0 %	20 %	80 %	38638012
270	NC_005241	GCGAA	2	10	369263	369272	40 %	0 %	40 %	20 %	38638016
271	NC_005241	TGATC	2	10	370914	370923	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
272	NC_005241	GATCG	2	10	371829	371838	20 %	20 %	40 %	20 %	38638018
273	NC_005241	GGCTT	2	10	372712	372721	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
274	NC_005241	ACATC	2	10	375016	375025	40 %	20 %	0 %	40 %	38638023
275	NC_005241	GGATT	2	10	376922	376931	20 %	40 %	40 %	0 %	38638023
276	NC_005241	GGCCA	2	10	377055	377064	20 %	0 %	40 %	40 %	38638023
277	NC_005241	GCAAT	2	10	377457	377466	40 %	20 %	20 %	20 %	38638024
278	NC_005241	CAGAC	2	10	379424	379433	40 %	0 %	20 %	40 %	38638026
279	NC_005241	TGGCA	2	10	380537	380546	20 %	20 %	40 %	20 %	38638027
280	NC_005241	CGCTG	2	10	382695	382704	0 %	20 %	40 %	40 %	38638028
281	NC_005241	CTGCT	2	10	383639	383648	0 %	40 %	20 %	40 %	38638030
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283	NC_005241	GCTTT	2	10	388346	388355	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
284	NC_005241	TCAGA	2	10	388395	388404	40 %	20 %	20 %	20 %	38638034
285	NC_005241	CCGAT	2	10	393776	393785	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
286	NC_005241	CCGCT	2	10	393831	393840	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
287	NC_005241	TCGTC	2	10	394362	394371	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_005241	GAACA	2	10	394556	394565	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
289	NC_005241	CGCAT	2	10	396675	396684	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_005241	CGGCG	2	10	400646	400655	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
291	NC_005241	GGCGT	2	10	401734	401743	0 %	20 %	60 %	20 %	38638043
292	NC_005241	CAACA	2	10	402105	402114	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
293	NC_005241	CGTGC	2	10	403292	403301	0 %	20 %	40 %	40 %	38638044
294	NC_005241	GGTGT	2	10	403980	403989	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
295	NC_005241	TCCGG	2	10	404785	404794	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
296	NC_005241	CAGGC	2	10	405063	405072	20 %	0 %	40 %	40 %	38638046
297	NC_005241	GCCAT	2	10	406011	406020	20 %	20 %	20 %	40 %	38638047
298	NC_005241	AGGGA	2	10	408222	408231	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
299	NC_005241	GCCGT	2	10	409224	409233	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
300	NC_005241	GGTGC	2	10	409995	410004	0 %	20 %	60 %	20 %	38638051
301	NC_005241	TCGGC	2	10	411054	411063	0 %	20 %	40 %	40 %	38638053
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308	NC_005241	AGCGC	2	10	422792	422801	20 %	0 %	40 %	40 %	38638063
309	NC_005241	TTCCG	2	10	423081	423090	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
310	NC_005241	TGACC	2	10	423316	423325	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
311	NC_005241	GGCCC	2	10	424918	424927	0 %	0 %	40 %	60 %	38638066
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318	NC_005241	TGGGC	2	10	431610	431619	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
319	NC_005241	TCACG	2	10	431892	431901	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
320	NC_005241	AGTGG	2	10	432937	432946	20 %	20 %	60 %	0 %	38638073
321	NC_005241	GGCAT	2	10	433720	433729	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
322	NC_005241	GCAAG	2	10	434133	434142	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
323	NC_005241	ACTGT	2	10	434403	434412	20 %	40 %	20 %	20 %	38638075
324	NC_005241	GATTA	2	10	434885	434894	40 %	40 %	20 %	0 %	38638075
325	NC_005241	AGCGG	2	10	435033	435042	20 %	0 %	60 %	20 %	38638075
326	NC_005241	CATGA	2	10	437387	437396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
327	NC_005241	GCCGC	2	10	440410	440419	0 %	0 %	40 %	60 %	38638079
328	NC_005241	GCAGG	2	10	441901	441910	20 %	0 %	60 %	20 %	38638080
329	NC_005241	CTTGC	2	10	442857	442866	0 %	40 %	20 %	40 %	38638081
330	NC_005241	CCCAG	2	10	443081	443090	20 %	0 %	20 %	60 %	38638081
331	NC_005241	AGCGC	2	10	443882	443891	20 %	0 %	40 %	40 %	38638081
332	NC_005241	GCGCG	2	10	443951	443960	0 %	0 %	60 %	40 %	38638082
333	NC_005241	GCCGC	2	10	448097	448106	0 %	0 %	40 %	60 %	38638086
334	NC_005241	GCGGT	2	10	448402	448411	0 %	20 %	60 %	20 %	38638086
335	NC_005241	TCGAA	2	10	448744	448753	40 %	20 %	20 %	20 %	38638087
336	NC_005241	GGCTT	2	10	450492	450501	0 %	40 %	40 %	20 %	38638088
337	NC_005241	GGGCG	2	10	451828	451837	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.