MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Nanoarchaeum equitans Kin4-M chromosome

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005213	ACTTCT	2	12	1897	1908	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	41614798
2	NC_005213	CACTAT	2	12	2971	2982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	41614799
3	NC_005213	AATTCT	2	12	3026	3037	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	41614799
4	NC_005213	TTTCTA	2	12	3574	3585	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41614800
5	NC_005213	AATAGA	2	12	6367	6378	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41614804
6	NC_005213	TAAAAA	2	12	6960	6971	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	41614804
7	NC_005213	TATCTA	2	12	7832	7843	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	41614806
8	NC_005213	CTATTG	2	12	11123	11134	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	41614810
9	NC_005213	AAAGCT	2	12	11284	11295	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	41614810
10	NC_005213	CTATTA	2	12	11822	11833	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	41614810
11	NC_005213	TTTAGT	2	12	15423	15434	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	41614813
12	NC_005213	CTTTAG	2	12	15857	15868	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	41614813
13	NC_005213	ACTATA	2	12	17246	17257	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614814
14	NC_005213	ATTTCT	2	12	20144	20155	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41614817
15	NC_005213	AAAGCC	2	12	21367	21378	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	41614817
16	NC_005213	AAAAGC	2	12	22917	22928	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	41614819
17	NC_005213	TGCCCC	2	12	23659	23670	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	41614820
18	NC_005213	GCTTTG	2	12	24750	24761	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	41614821
19	NC_005213	ATAGAA	2	12	25208	25219	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41614822
20	NC_005213	TTGTTT	2	12	26520	26531	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	41614824
21	NC_005213	AAGAAA	2	12	29883	29894	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	41614828
22	NC_005213	AATGTA	2	12	30627	30638	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	41614829
23	NC_005213	CTCCAT	2	12	31330	31341	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	41614829
24	NC_005213	AACCAA	2	12	32789	32800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	41614830
25	NC_005213	TGGATA	2	12	32936	32947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	41614830
26	NC_005213	TTTACC	2	12	33460	33471	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	41614831
27	NC_005213	ATGTAA	2	12	33765	33776	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	41614831
28	NC_005213	ATGTAT	2	12	33978	33989	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41614831
29	NC_005213	AATAGA	2	12	43986	43997	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41614845
30	NC_005213	ATGTAG	2	12	46840	46851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	41614848
31	NC_005213	ATTGGT	2	12	47973	47984	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	41614849
32	NC_005213	TGGATT	2	12	48506	48517	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	41614850
33	NC_005213	TAAAAC	2	12	48635	48646	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	41614850
34	NC_005213	CTTTGC	2	12	50994	51005	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	41614852
35	NC_005213	AGGAAT	2	12	53287	53298	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	41614855
36	NC_005213	AAAAAT	2	12	53941	53952	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	41614855
37	NC_005213	TAACAT	2	12	56231	56242	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614857
38	NC_005213	ATTTAT	2	12	59638	59649	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	41614860
39	NC_005213	ATACAA	2	12	60790	60801	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	41614862
40	NC_005213	TAATGG	2	12	61591	61602	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	41614863
41	NC_005213	TCATAA	2	12	62846	62857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614864
42	NC_005213	ATTTTT	2	12	63575	63586	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	41614864
43	NC_005213	TATTTG	2	12	66092	66103	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	41614868
44	NC_005213	AGTATT	2	12	70955	70966	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41614873
45	NC_005213	AGATAT	2	12	71758	71769	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	41614874
46	NC_005213	TATTCT	2	12	73400	73411	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41614875
47	NC_005213	TCCTTG	2	12	73957	73968	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	41614876
48	NC_005213	CTAAAG	2	12	76511	76522	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	41614878
49	NC_005213	AAATGG	2	12	76703	76714	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	41614878
50	NC_005213	AAAGAA	2	12	79485	79496	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	41614881
51	NC_005213	AAAAAC	2	12	81220	81231	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	41614883
52	NC_005213	TCGTCA	2	12	84846	84857	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	41614886
53	NC_005213	ATCAAA	2	12	85169	85180	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	41614887
54	NC_005213	CTTTTT	2	12	86809	86820	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	41614888
55	NC_005213	ACCAAA	2	12	88553	88564	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	41614891
56	NC_005213	CTTTTG	2	12	88714	88725	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	41614891
57	NC_005213	ATTAGT	2	12	90298	90309	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41614894
58	NC_005213	CCTGTA	2	12	93849	93860	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	41614898
59	NC_005213	ATCGGC	2	12	96689	96700	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	41614900
60	NC_005213	AATATA	2	12	99544	99555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	41614903
61	NC_005213	CGCTTT	2	12	101027	101038	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	41614905
62	NC_005213	ATCTAT	2	12	101397	101408	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	41614905
63	NC_005213	TATAAT	2	12	101800	101811	50 %	50 %	0 %	0 %	41614906
64	NC_005213	TTTGTA	2	12	103183	103194	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	41614907
65	NC_005213	TTTTCT	2	12	104152	104163	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	41614908
66	NC_005213	AGCTTT	2	12	104622	104633	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	41614908
67	NC_005213	ATTCCC	2	12	106163	106174	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	41614910
68	NC_005213	AAATCT	2	12	107110	107121	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614911
69	NC_005213	ACTTCT	2	12	108012	108023	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	41614913
70	NC_005213	AAAAAT	2	12	110683	110694	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	41614917
71	NC_005213	TCTATA	2	12	113247	113258	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	41614920
72	NC_005213	GCTTAT	2	12	114825	114836	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	41614922
73	NC_005213	ATGTTT	2	12	116126	116137	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	41614924
74	NC_005213	ATCTAA	2	12	118709	118720	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614925
75	NC_005213	ACCAAG	2	12	119089	119100	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	41614926
76	NC_005213	TTTATA	2	12	119690	119701	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	41614927
77	NC_005213	CAATGG	2	12	119835	119846	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	41614927
78	NC_005213	AAACAT	2	12	128058	128069	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	41614935
79	NC_005213	TTCTAC	2	12	130263	130274	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	41614938
80	NC_005213	CCCCAT	2	12	132329	132340	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	41614939
81	NC_005213	TTCTAT	2	12	133718	133729	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41614940
82	NC_005213	AAACAA	2	12	135653	135664	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	41614943
83	NC_005213	TCTTCA	2	12	136060	136071	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	41614944
84	NC_005213	GCTATT	2	12	136936	136947	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	41614944
85	NC_005213	TATTAA	2	12	138806	138817	50 %	50 %	0 %	0 %	41614948
86	NC_005213	GCTAAT	2	12	140060	140071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	41614950
87	NC_005213	TAAAAT	2	12	142579	142590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	41614951
88	NC_005213	TAGTCT	2	12	143127	143138	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	41614951
89	NC_005213	CTTCTG	2	12	144065	144076	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	41614952
90	NC_005213	TATAAA	2	12	144767	144778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	41614952
91	NC_005213	GTTTTA	2	12	149846	149857	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	41614960
92	NC_005213	CTAATA	2	12	150176	150187	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614960
93	NC_005213	CTTTTT	2	12	152543	152554	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	41614963
94	NC_005213	ACTCCT	2	12	152761	152772	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	41614963
95	NC_005213	TAAATT	2	12	153538	153549	50 %	50 %	0 %	0 %	41614963
96	NC_005213	ATTTAA	2	12	154023	154034	50 %	50 %	0 %	0 %	41614964
97	NC_005213	TGGTAT	2	12	156080	156091	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	41614965
98	NC_005213	AAATCT	2	12	157691	157702	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41614967
99	NC_005213	AGTTAG	2	12	158595	158606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	41614968
100	NC_005213	TTTTTG	2	12	160667	160678	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	41614969
101	NC_005213	GTCTAA	2	12	161074	161085	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	41614970
102	NC_005213	TCTTTC	2	12	161371	161382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	41614970
103	NC_005213	GTATTT	2	12	162694	162705	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	41614972
104	NC_005213	GGCTAT	2	12	165244	165255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	41614975
105	NC_005213	AGCCCT	2	12	166061	166072	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	41614977
106	NC_005213	AAATAG	2	12	168698	168709	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41614981
107	NC_005213	ATTATG	2	12	169768	169779	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41614982
108	NC_005213	TAATAT	2	12	172360	172371	50 %	50 %	0 %	0 %	41614985
109	NC_005213	AGAAGT	2	12	172503	172514	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	41614986
110	NC_005213	TTGAAT	2	12	174015	174026	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41614988
111	NC_005213	CTGGAG	2	12	180990	181001	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	41614996
112	NC_005213	ATAGTT	2	12	183400	183411	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41615000
113	NC_005213	TCCTTT	2	12	186781	186792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	41615003
114	NC_005213	CTTTAT	2	12	186926	186937	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41615003
115	NC_005213	ATTTTT	2	12	192963	192974	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	41615008
116	NC_005213	AAACAT	2	12	193743	193754	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	41615009
117	NC_005213	TTTTGG	2	12	194884	194895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	41615012
118	NC_005213	TAGAAA	2	12	195734	195745	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41615015
119	NC_005213	AGAAAA	2	12	200560	200571	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	41615020
120	NC_005213	TTAGAT	2	12	200765	200776	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41615020
121	NC_005213	TATAGA	2	12	201267	201278	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	41615022
122	NC_005213	TTTTGT	2	12	204202	204213	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	41615024
123	NC_005213	TACAAA	2	12	205830	205841	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	41615026
124	NC_005213	ACAGAA	2	12	209543	209554	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	41615030
125	NC_005213	GAAAAA	2	12	209663	209674	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	41615030
126	NC_005213	GAAATA	2	12	211968	211979	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41615033
127	NC_005213	GAAAAT	2	12	212384	212395	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41615033
128	NC_005213	ATGGTT	2	12	212416	212427	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	41615033
129	NC_005213	GCGATA	2	12	215454	215465	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	41615034
130	NC_005213	GTAAAA	2	12	215929	215940	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41615035
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137	NC_005213	AAATAT	2	12	230845	230856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	41615052
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140	NC_005213	TAAAGC	2	12	234048	234059	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	41615057
141	NC_005213	CTTTTA	2	12	234501	234512	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41615058
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152	NC_005213	AAAATT	2	12	251353	251364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	41615071
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154	NC_005213	AATAGC	2	12	253319	253330	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	41615072
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162	NC_005213	TTTTTC	2	12	266724	266735	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	41615082
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177	NC_005213	CCATAG	2	12	294860	294871	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	41615123
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179	NC_005213	CCATCC	2	12	295811	295822	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	41615124
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221	NC_005213	ATTAGA	2	12	365899	365910	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	41615205
222	NC_005213	CTTTAA	2	12	372194	372205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	41615210
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226	NC_005213	CTTTAT	2	12	381258	381269	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	41615218
227	NC_005213	AAGGGC	2	12	381338	381349	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	41615218
228	NC_005213	CTAAAC	2	12	382975	382986	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	41615220
229	NC_005213	AAATAT	2	12	388909	388920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	41615225
230	NC_005213	ATTCGA	2	12	389155	389166	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	41615226
231	NC_005213	TTAAAG	2	12	389328	389339	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	41615226
232	NC_005213	CAATAT	2	12	389504	389515	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	41615226
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234	NC_005213	AGGTTA	2	12	393704	393715	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	41615230
235	NC_005213	AGCAAG	2	12	397135	397146	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	41615231
236	NC_005213	TTAATG	2	12	397209	397220	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	41615231
237	NC_005213	CTTTTG	2	12	398817	398828	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	41615235
238	NC_005213	GTTTTT	2	12	399199	399210	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	41615235
239	NC_005213	TAAAAG	2	12	400061	400072	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	41615237
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.