MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechococcus sp. WH 8102

Total Repeats: 200

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005070	ATGTC	2	10	16796	16805	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_005070	TCCGA	2	10	21408	21417	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_005070	CGGAT	2	10	30141	30150	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_005070	AGAAA	2	10	30169	30178	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005070	TTTGT	2	10	41227	41236	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005070	TGCTC	2	10	53369	53378	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_005070	GTTTG	2	10	103357	103366	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005070	GTCCG	2	10	129435	129444	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_005070	CTGGG	2	10	145076	145085	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_005070	TGAGA	2	10	148330	148339	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_005070	GGTCT	2	10	160764	160773	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_005070	AAGAG	2	10	206320	206329	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_005070	CTGCG	2	10	238244	238253	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_005070	AGAGC	2	10	238466	238475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_005070	TGTGG	2	10	275904	275913	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005070	CAGCG	2	10	297583	297592	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_005070	CCGGG	2	10	298076	298085	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_005070	CACAG	2	10	310735	310744	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_005070	AGGTC	2	10	344053	344062	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_005070	TGCAG	2	10	344960	344969	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_005070	AGGGG	2	10	350089	350098	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_005070	AATAA	2	10	354805	354814	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005070	TTTAG	2	10	354875	354884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_005070	CCTGT	2	10	356065	356074	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_005070	CTGAT	2	10	364662	364671	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_005070	AGGCG	2	10	367204	367213	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_005070	TTGCA	2	10	368795	368804	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_005070	GCAAA	2	10	372314	372323	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_005070	TGGTC	2	10	372686	372695	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_005070	CACTG	2	10	373644	373653	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_005070	GTGGA	2	10	374452	374461	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005070	GTTGG	2	10	380407	380416	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_005070	GCATC	2	10	380997	381006	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_005070	TGCAT	2	10	383811	383820	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_005070	AGCTC	2	10	424865	424874	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_005070	ATTTT	2	10	454192	454201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005070	TTATT	2	10	454212	454221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005070	ATTGC	2	10	477279	477288	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_005070	TCGTG	2	10	498373	498382	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_005070	CTCTC	2	10	538814	538823	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_005070	CGGAG	2	10	543757	543766	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_005070	CTTCA	2	10	553772	553781	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_005070	TGGCT	2	10	560655	560664	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_005070	ATCGG	2	10	561323	561332	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_005070	CTCGG	2	10	562057	562066	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_005070	GTTGC	2	10	567273	567282	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_005070	GTGCT	2	10	567535	567544	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_005070	TGGTC	2	10	571052	571061	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_005070	GCTGG	2	10	576599	576608	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_005070	CGGGC	2	10	581955	581964	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
51	NC_005070	GTTCG	2	10	583740	583749	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_005070	TGGCC	2	10	592188	592197	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_005070	GTCCT	2	10	606739	606748	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_005070	GAGCA	2	10	654460	654469	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_005070	TGAGT	2	10	672446	672455	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005070	CGATT	2	10	717331	717340	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_005070	CCCAT	2	10	833635	833644	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_005070	TTCAA	2	10	847430	847439	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_005070	GCAAA	2	10	848880	848889	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_005070	GATTG	2	10	851769	851778	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_005070	AATTG	2	10	852775	852784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_005070	CCGTG	2	10	874506	874515	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_005070	TTGTG	2	10	883019	883028	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_005070	CTGTT	2	10	954477	954486	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_005070	GATCT	2	10	956878	956887	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_005070	AGCCA	2	10	964433	964442	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_005070	AGACC	2	10	1018370	1018379	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_005070	TCAGC	2	10	1021637	1021646	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_005070	TCTGA	2	10	1049785	1049794	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_005070	AACTC	2	10	1050345	1050354	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_005070	GCCAC	2	10	1052101	1052110	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_005070	CAATC	2	10	1052146	1052155	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_005070	TCAGA	2	10	1058004	1058013	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_005070	GTTTT	2	10	1126809	1126818	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005070	CACTG	2	10	1128958	1128967	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_005070	GCGAT	2	10	1129449	1129458	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_005070	CTTGG	2	10	1129947	1129956	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_005070	GCTCT	2	10	1130499	1130508	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_005070	CAGGC	2	10	1131009	1131018	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_005070	AAGGA	2	10	1132283	1132292	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005070	ATTGC	2	10	1136675	1136684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_005070	CTGCC	2	10	1139859	1139868	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
83	NC_005070	AAAAG	2	10	1153215	1153224	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_005070	AGCCT	2	10	1153355	1153364	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_005070	GAGCA	2	10	1153717	1153726	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_005070	CACGA	2	10	1155962	1155971	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_005070	CAAGA	2	10	1156310	1156319	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_005070	TTTTG	2	10	1171739	1171748	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005070	CTCAT	2	10	1172493	1172502	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_005070	CAATT	2	10	1174427	1174436	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_005070	CAAGC	2	10	1225206	1225215	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_005070	TTAAG	2	10	1270724	1270733	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005070	CCACA	2	10	1297285	1297294	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_005070	AGGAT	2	10	1299328	1299337	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005070	ATTTT	2	10	1309279	1309288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_005070	CTAGG	2	10	1311245	1311254	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_005070	CAGGG	2	10	1331388	1331397	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_005070	CGTGC	2	10	1334480	1334489	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_005070	ATGCA	2	10	1335292	1335301	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_005070	AGAGA	2	10	1348308	1348317	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005070	GGTTA	2	10	1348753	1348762	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_005070	TCCGA	2	10	1351334	1351343	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_005070	TGAGC	2	10	1352226	1352235	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_005070	GATCA	2	10	1353481	1353490	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_005070	TGACG	2	10	1363585	1363594	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_005070	CGGCA	2	10	1376564	1376573	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_005070	TCACC	2	10	1382956	1382965	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
108	NC_005070	CGTTG	2	10	1403417	1403426	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_005070	ATCAA	2	10	1408305	1408314	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_005070	CACCG	2	10	1410455	1410464	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
111	NC_005070	TCAGG	2	10	1413294	1413303	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_005070	AATCA	2	10	1457854	1457863	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_005070	GACAC	2	10	1490170	1490179	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_005070	TGCCA	2	10	1493349	1493358	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_005070	AGTTG	2	10	1501945	1501954	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_005070	ACTTA	2	10	1503480	1503489	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_005070	GCATT	2	10	1506125	1506134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_005070	CATGC	2	10	1515488	1515497	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_005070	TAGCT	2	10	1524544	1524553	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_005070	CATGC	2	10	1524882	1524891	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_005070	ACGTC	2	10	1529584	1529593	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_005070	GCCTG	2	10	1552386	1552395	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_005070	GACCA	2	10	1553765	1553774	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_005070	GCCAA	2	10	1592242	1592251	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_005070	AAACG	2	10	1593437	1593446	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_005070	CGATT	2	10	1593610	1593619	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_005070	CTTCT	2	10	1598588	1598597	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_005070	AGCAG	2	10	1607778	1607787	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_005070	GGCCA	2	10	1607802	1607811	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_005070	AGCCG	2	10	1608010	1608019	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_005070	GCTGA	2	10	1608092	1608101	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_005070	CAGCC	2	10	1608392	1608401	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
133	NC_005070	TCCAC	2	10	1608761	1608770	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_005070	ATTGA	2	10	1626112	1626121	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005070	GCCAG	2	10	1629770	1629779	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_005070	GGCAA	2	10	1630632	1630641	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_005070	CCCCA	2	10	1632397	1632406	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
138	NC_005070	CTTGA	2	10	1633223	1633232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_005070	TGATC	2	10	1633461	1633470	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_005070	CGGAA	2	10	1646528	1646537	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_005070	TCAGG	2	10	1651292	1651301	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_005070	CACGG	2	10	1668885	1668894	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_005070	CATCG	2	10	1716006	1716015	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_005070	TCAAA	2	10	1731897	1731906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_005070	CAGCA	2	10	1746183	1746192	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_005070	AGGGC	2	10	1746214	1746223	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_005070	GCTCT	2	10	1801339	1801348	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_005070	TGGCA	2	10	1813659	1813668	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
149	NC_005070	CAAAA	2	10	1841895	1841904	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_005070	CGCCA	2	10	1849734	1849743	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
151	NC_005070	GATCC	2	10	1850003	1850012	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_005070	AAAAT	2	10	1850228	1850237	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_005070	TGGTC	2	10	1853187	1853196	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_005070	CACAT	2	10	1853210	1853219	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
155	NC_005070	CAAGG	2	10	1870634	1870643	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
156	NC_005070	TGGCT	2	10	1872402	1872411	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_005070	CTCCC	2	10	1873333	1873342	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
158	NC_005070	CAGTT	2	10	1873476	1873485	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_005070	CTTTC	2	10	1873639	1873648	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
160	NC_005070	CACGA	2	10	1875118	1875127	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
161	NC_005070	CTCAC	2	10	1876436	1876445	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
162	NC_005070	CCGAC	2	10	1879571	1879580	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
163	NC_005070	ATTCC	2	10	1893488	1893497	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_005070	CCATC	2	10	1907825	1907834	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
165	NC_005070	AAAAC	2	10	1923065	1923074	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_005070	AGGGA	2	10	1963414	1963423	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_005070	GACCA	2	10	1977969	1977978	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
168	NC_005070	ATGAA	2	10	1984330	1984339	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_005070	TTGAG	2	10	1985812	1985821	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
170	NC_005070	CCCAC	2	10	2012524	2012533	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
171	NC_005070	AGCAA	2	10	2077591	2077600	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_005070	TGGCT	2	10	2079342	2079351	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
173	NC_005070	CTCCC	2	10	2080273	2080282	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
174	NC_005070	CAGTT	2	10	2080416	2080425	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
175	NC_005070	CTTTC	2	10	2080579	2080588	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
176	NC_005070	CACGA	2	10	2082059	2082068	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_005070	CTCAC	2	10	2083378	2083387	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
178	NC_005070	ACTTT	2	10	2120883	2120892	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_005070	GCCTT	2	10	2122354	2122363	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
180	NC_005070	TAATT	2	10	2142538	2142547	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_005070	GATCA	2	10	2166618	2166627	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_005070	TGAAC	2	10	2189586	2189595	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_005070	TGATT	2	10	2191366	2191375	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
184	NC_005070	CACAC	2	10	2193766	2193775	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
185	NC_005070	GGACC	2	10	2210912	2210921	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
186	NC_005070	GGATC	2	10	2243880	2243889	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
187	NC_005070	TAACT	2	10	2255936	2255945	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
188	NC_005070	TCAGC	2	10	2261201	2261210	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
189	NC_005070	CGGTT	2	10	2272506	2272515	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
190	NC_005070	CACTC	2	10	2313216	2313225	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
191	NC_005070	AGCTA	2	10	2313781	2313790	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_005070	GCATC	2	10	2318278	2318287	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
193	NC_005070	GAAAC	2	10	2343213	2343222	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
194	NC_005070	AGCGG	2	10	2359610	2359619	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
195	NC_005070	ATACG	2	10	2384868	2384877	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
196	NC_005070	TAGTA	2	10	2384937	2384946	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_005070	CAATA	2	10	2387506	2387515	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
198	NC_005070	CTGCA	2	10	2412053	2412062	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
199	NC_005070	TGATC	2	10	2413115	2413124	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
200	NC_005070	CACAA	2	10	2413130	2413139	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.