MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 plasmid pSE-12228-04

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005005	ACA	2	6	147	152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470556
2	NC_005005	ATA	2	6	158	163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
3	NC_005005	CGA	2	6	184	189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	32470556
4	NC_005005	ATT	2	6	206	211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470556
5	NC_005005	TAA	2	6	298	303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
6	NC_005005	GTA	2	6	393	398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
7	NC_005005	ATC	2	6	410	415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470556
8	NC_005005	AAG	2	6	417	422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470556
9	NC_005005	GAA	2	6	512	517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470556
10	NC_005005	ATA	2	6	531	536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
11	NC_005005	AAC	2	6	572	577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470556
12	NC_005005	TAT	2	6	713	718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470556
13	NC_005005	AGT	2	6	751	756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
14	NC_005005	TAG	2	6	772	777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
15	NC_005005	TAA	2	6	816	821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
16	NC_005005	GAA	2	6	884	889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470556
17	NC_005005	TAG	2	6	894	899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
18	NC_005005	TTA	2	6	1134	1139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005005	CTA	2	6	1172	1177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
20	NC_005005	TCT	2	6	1178	1183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
21	NC_005005	TCT	3	9	1207	1215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
22	NC_005005	TAT	2	6	1219	1224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
23	NC_005005	ATA	2	6	1259	1264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
24	NC_005005	GAT	2	6	1333	1338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470557
25	NC_005005	ATT	3	9	1343	1351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
26	NC_005005	CTT	3	9	1384	1392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
27	NC_005005	ATT	2	6	1400	1405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
28	NC_005005	TAA	2	6	1549	1554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
29	NC_005005	CAA	2	6	1655	1660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470557
30	NC_005005	CAT	2	6	1663	1668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
31	NC_005005	TCA	2	6	1740	1745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
32	NC_005005	TCA	2	6	1761	1766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
33	NC_005005	ATG	3	9	1775	1783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470557
34	NC_005005	GAT	2	6	1813	1818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470557
35	NC_005005	TTC	2	6	1899	1904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
36	NC_005005	TTG	2	6	1952	1957	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	32470557
37	NC_005005	TCA	2	6	2001	2006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
38	NC_005005	AAT	2	6	2262	2267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
39	NC_005005	TCT	2	6	2291	2296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
40	NC_005005	TAA	2	6	2319	2324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
41	NC_005005	TTC	2	6	2390	2395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
42	NC_005005	CTT	2	6	2521	2526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
43	NC_005005	TTA	2	6	2565	2570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
44	NC_005005	TCA	2	6	2601	2606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
45	NC_005005	GTT	2	6	2690	2695	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	32470557
46	NC_005005	ATC	2	6	2699	2704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
47	NC_005005	ATT	2	6	2855	2860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
48	NC_005005	TCA	2	6	3009	3014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
49	NC_005005	ACG	2	6	3022	3027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	32470557
50	NC_005005	CAA	2	6	3034	3039	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470557
51	NC_005005	CCT	2	6	3105	3110	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_005005	TTG	2	6	3160	3165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_005005	AAC	2	6	3348	3353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
54	NC_005005	AAC	2	6	3360	3365	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
55	NC_005005	AAG	2	6	3387	3392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470558
56	NC_005005	TGG	2	6	3412	3417	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	32470558
57	NC_005005	TGA	2	6	3460	3465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470558
58	NC_005005	GAA	2	6	3494	3499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470558
59	NC_005005	TAA	2	6	3502	3507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470558
60	NC_005005	AAC	3	9	3524	3532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
61	NC_005005	AAC	2	6	3536	3541	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
62	NC_005005	AGA	2	6	3758	3763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470559
63	NC_005005	AAG	2	6	3819	3824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470559
64	NC_005005	TAG	2	6	3879	3884	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005005	AAT	3	9	3893	3901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_005005	TTG	2	6	4031	4036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005005	TTA	2	6	4039	4044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_005005	TAT	2	6	4050	4055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
69	NC_005005	CGT	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	32470560
70	NC_005005	TTA	2	6	4095	4100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
71	NC_005005	TCT	2	6	4233	4238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470560
72	NC_005005	TTG	2	6	4263	4268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	32470560
73	NC_005005	TAA	2	6	4286	4291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
74	NC_005005	TAA	2	6	4300	4305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
75	NC_005005	TTC	2	6	4361	4366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470560
76	NC_005005	TCA	2	6	4389	4394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470560
77	NC_005005	TAG	2	6	4407	4412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470560
78	NC_005005	TTA	2	6	4674	4679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
79	NC_005005	TTA	2	6	4714	4719	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
80	NC_005005	TTA	2	6	4779	4784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
81	NC_005005	ATT	3	9	4802	4810	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
82	NC_005005	TAA	2	6	4856	4861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
83	NC_005005	ATA	2	6	4986	4991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
84	NC_005005	TAA	2	6	5021	5026	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_005005	GAT	2	6	5068	5073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_005005	TTA	2	6	5131	5136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_005005	ATG	2	6	5361	5366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005005	GGT	2	6	5382	5387	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005005	TGA	2	6	5450	5455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470561
90	NC_005005	TAA	2	6	5483	5488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
91	NC_005005	ATT	2	6	5551	5556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470561
92	NC_005005	ATA	2	6	5599	5604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
93	NC_005005	ATT	2	6	5624	5629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470561
94	NC_005005	ATA	2	6	5665	5670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
95	NC_005005	ATG	2	6	5752	5757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470561
96	NC_005005	CAA	2	6	5793	5798	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470561
97	NC_005005	CAA	2	6	5838	5843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470561
98	NC_005005	AGA	3	9	5894	5902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470561
99	NC_005005	AAT	2	6	5937	5942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
100	NC_005005	AAG	2	6	5962	5967	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470561
101	NC_005005	GAA	2	6	5979	5984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470561
102	NC_005005	GAA	2	6	6113	6118	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470561
103	NC_005005	ATA	2	6	6130	6135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
104	NC_005005	ACC	2	6	6146	6151	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	32470561
105	NC_005005	TTG	2	6	6221	6226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005005	ATC	2	6	6258	6263	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_005005	GAT	2	6	6337	6342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470562
108	NC_005005	ATT	2	6	6471	6476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470562
109	NC_005005	ATC	2	6	6504	6509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_005005	TCA	2	6	6574	6579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_005005	TTC	2	6	6648	6653	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_005005	ATT	2	6	6678	6683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005005	AGA	2	6	6749	6754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005005	ATC	2	6	6818	6823	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470563
115	NC_005005	AGC	2	6	6874	6879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	32470563
116	NC_005005	AAT	2	6	6912	6917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
117	NC_005005	TAA	2	6	6995	7000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
118	NC_005005	TCA	2	6	7059	7064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470563
119	NC_005005	TAA	2	6	7121	7126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
120	NC_005005	TGA	2	6	7136	7141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470563
121	NC_005005	TAA	2	6	7253	7258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
122	NC_005005	ATA	2	6	7294	7299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
123	NC_005005	AAT	2	6	7425	7430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
124	NC_005005	ATA	2	6	7450	7455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470563
125	NC_005005	CAA	2	6	7510	7515	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470563
126	NC_005005	ACT	2	6	7531	7536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470563
127	NC_005005	TGG	2	6	7556	7561	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	32470563
128	NC_005005	ATT	2	6	7593	7598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470563
129	NC_005005	ATG	2	6	7657	7662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470563
130	NC_005005	AGA	2	6	7739	7744	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470563
131	NC_005005	ATG	2	6	7819	7824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470563
132	NC_005005	TAA	3	9	8062	8070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005005	TTA	2	6	8130	8135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470564
134	NC_005005	TTA	2	6	8148	8153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470564
135	NC_005005	GGA	2	6	8201	8206	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	32470564
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156	NC_005005	TTA	2	6	9091	9096	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470565
157	NC_005005	ATC	2	6	9103	9108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470565
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263	NC_005005	ATA	2	6	15655	15660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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265	NC_005005	TTG	2	6	15753	15758	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
266	NC_005005	TAA	2	6	15766	15771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_005005	TTA	2	6	16000	16005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_005005	CTA	2	6	16151	16156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
269	NC_005005	AGT	2	6	16223	16228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
270	NC_005005	ATT	2	6	16270	16275	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_005005	AAC	2	6	16302	16307	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
272	NC_005005	CTA	2	6	16321	16326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
273	NC_005005	CCT	2	6	16374	16379	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
274	NC_005005	ACG	2	6	16408	16413	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
275	NC_005005	ATA	2	6	16501	16506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_005005	TAC	2	6	16550	16555	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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287	NC_005005	AAG	2	6	17179	17184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.