MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	GGTTCG	2	12	6655	6666	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	31983633
2	NC_004851	CCCTTC	2	12	13944	13955	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	31983625
3	NC_004851	GCCGGA	2	12	15484	15495	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	31983714
4	NC_004851	AGGGAA	2	12	19428	19439	50 %	0 %	50 %	0 %	31983554
5	NC_004851	CAGGAG	2	12	23438	23449	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	31983605
6	NC_004851	TATCGA	2	12	36779	36790	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	56404005
7	NC_004851	TTCCAT	2	12	38710	38721	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	56404006
8	NC_004851	AATCTG	2	12	39283	39294	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	31983640
9	NC_004851	CTGGCT	2	12	41782	41793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983584
10	NC_004851	GATGCG	2	12	42796	42807	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	31983584
11	NC_004851	GCAGAA	2	12	44093	44104	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	31983599
12	NC_004851	CGGCTT	2	12	44667	44678	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983622
13	NC_004851	CTCAGA	2	12	44776	44787	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	31983659
14	NC_004851	CAAAAC	2	12	44827	44838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	31983659
15	NC_004851	TTCCAT	2	12	49594	49605	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	31983727
16	NC_004851	AATCTG	2	12	50167	50178	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	31983631
17	NC_004851	GCAGAA	2	12	51420	51431	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	31983600
18	NC_004851	GGCGGA	2	12	51678	51689	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	31983728
19	NC_004851	TGGCGG	2	12	52470	52481	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	31983694
20	NC_004851	GCATCA	2	12	54153	54164	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	31983545
21	NC_004851	ATGCTG	2	12	59873	59884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	31983620
22	NC_004851	ATGAAG	2	12	60309	60320	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	31983620
23	NC_004851	AACTCA	2	12	62265	62276	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	31983582
24	NC_004851	GATGCG	2	12	63780	63791	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	31983582
25	NC_004851	GATGCG	2	12	65971	65982	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	31983583
26	NC_004851	GCAGAA	2	12	67268	67279	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	31983601
27	NC_004851	TCCGCC	2	12	71855	71866	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	31983731
28	NC_004851	ACTCTG	2	12	72030	72041	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	31983731
29	NC_004851	CGTAAA	2	12	82544	82555	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	56404011
30	NC_004851	GGTTCG	2	12	88901	88912	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	31983689
31	NC_004851	ATTAAA	2	12	90605	90616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56404012
32	NC_004851	AAGCCG	2	12	97124	97135	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983623
33	NC_004851	GCTCCT	2	12	102380	102391	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	31983607
34	NC_004851	AGAGAA	2	12	107062	107073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	31983788
35	NC_004851	TATCTG	2	12	109108	109119	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	31983586
36	NC_004851	GTTCAT	2	12	114389	114400	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	31983579
37	NC_004851	TAAAAA	2	12	116745	116756	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	31983575
38	NC_004851	GAAAAA	2	12	118712	118723	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	31983573
39	NC_004851	AAGTGA	2	12	126535	126546	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	31983568
40	NC_004851	AGTGAA	2	12	126656	126667	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	31983568
41	NC_004851	GATGCG	2	12	127022	127033	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	31983569
42	NC_004851	AGAAAA	2	12	127705	127716	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	31983569
43	NC_004851	TTAATG	2	12	129047	129058	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	31983544
44	NC_004851	CGGTTT	2	12	130050	130061	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	31983538
45	NC_004851	ATTTAA	2	12	134462	134473	50 %	50 %	0 %	0 %	31983539
46	NC_004851	CGGCTT	2	12	137272	137283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	31983621
47	NC_004851	TTCATT	2	12	140320	140331	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	56404019
48	NC_004851	GCAGAA	2	12	144270	144281	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	31983746
49	NC_004851	TAGTGA	2	12	150219	150230	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	31983529
50	NC_004851	GGTTAT	2	12	150424	150435	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	31983529
51	NC_004851	GCAGAA	2	12	154740	154751	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	31983597
52	NC_004851	GATGTG	2	12	161583	161594	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	31983536
53	NC_004851	ACCGGA	2	12	166142	166153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983666
54	NC_004851	TCAGCA	2	12	171966	171977	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	31983665
55	NC_004851	ACATTT	2	12	172540	172551	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	31983665
56	NC_004851	TCAGAT	2	12	178405	178416	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	31983686
57	NC_004851	ATGGAA	2	12	178979	178990	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	31983755
58	NC_004851	GATGCG	2	12	182964	182975	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	56404031
59	NC_004851	GCAGAA	2	12	187580	187591	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	31983603
60	NC_004851	CCTGCT	2	12	189360	189371	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	31983664
61	NC_004851	CAGTTG	2	12	190165	190176	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	31983664
62	NC_004851	CTTCAT	2	12	196245	196256	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	31983619
63	NC_004851	ATGTGG	2	12	201562	201573	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	31983654
64	NC_004851	TGGGGC	2	12	201868	201879	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	31983654
65	NC_004851	TGCCCT	2	12	202661	202672	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	31983654
66	NC_004851	AACACG	2	12	204109	204120	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	56404032
67	NC_004851	TGGGGA	2	12	204376	204387	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	56404032
68	NC_004851	GGTTCG	2	12	206876	206887	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	31983690
69	NC_004851	TCCGCA	2	12	213267	213278	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	56404034
70	NC_004851	AGCCAG	2	12	214283	214294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56404034
71	NC_004851	AAGCCG	2	12	216410	216421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	31983624

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.