MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	CAGAG	2	10	5176	5185	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_004851	ATGTA	2	10	10371	10380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004851	CCATT	2	10	12164	12173	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_004851	GTCTG	2	10	13511	13520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_004851	TGGTG	2	10	17376	17385	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004851	ATGAA	2	10	17599	17608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004851	ATTAC	2	10	18844	18853	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_004851	TAACG	2	10	21531	21540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_004851	CGAGT	2	10	21633	21642	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_004851	CGAGT	2	10	30081	30090	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_004851	CAAAT	2	10	30764	30773	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_004851	ATGTC	2	10	37730	37739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_004851	AGCGA	2	10	40265	40274	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_004851	CCTGA	2	10	40946	40955	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_004851	CTCTT	2	10	57043	57052	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_004851	TTAAG	2	10	70122	70131	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004851	AGCGC	2	10	73623	73632	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_004851	CAGAC	2	10	77851	77860	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_004851	GTCAG	2	10	84273	84282	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_004851	TCCTT	2	10	86852	86861	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_004851	TAAGC	2	10	91006	91015	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_004851	GTCTG	2	10	92024	92033	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_004851	CCTGA	2	10	101603	101612	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_004851	TGGGG	2	10	104883	104892	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004851	TTTTA	2	10	105087	105096	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004851	TTTAT	2	10	105122	105131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004851	CTTTA	2	10	113483	113492	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_004851	TATCA	2	10	141692	141701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_004851	AAACA	2	10	142004	142013	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_004851	TTCAT	2	10	145736	145745	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_004851	AATAT	2	10	147899	147908	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004851	CTGAA	2	10	153527	153536	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_004851	GGCTG	2	10	171722	171731	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_004851	GCCAG	2	10	180083	180092	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_004851	GCCCG	2	10	180282	180291	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_004851	TTCAT	2	10	181370	181379	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_004851	CAGGA	2	10	183602	183611	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_004851	GGCAG	2	10	183696	183705	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_004851	GTCTG	2	10	184689	184698	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_004851	TTGCC	2	10	185219	185228	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_004851	ACGCC	2	10	185466	185475	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_004851	GGTGG	2	10	191298	191307	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004851	ATTTA	2	10	195724	195733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004851	CAGAC	2	10	196962	196971	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_004851	AAAAC	2	10	207825	207834	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_004851	ACTTT	2	10	209160	209169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_004851	CCTGT	2	10	210646	210655	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_004851	ATGAA	2	10	219137	219146	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.