MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	CAGC	2	8	26	33	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_004851	ATCT	2	8	122	129	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_004851	TCGT	2	8	169	176	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_004851	GTAG	2	8	968	975	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004851	AATT	2	8	2345	2352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004851	AAAT	2	8	2362	2369	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004851	GATA	2	8	5157	5164	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004851	AGGA	2	8	7294	7301	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004851	ATTG	2	8	10333	10340	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004851	CATT	2	8	12051	12058	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_004851	TTTG	2	8	12516	12523	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004851	ATTG	2	8	12672	12679	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004851	CTGT	2	8	13675	13682	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_004851	TACT	2	8	13795	13802	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_004851	TGAG	2	8	15215	15222	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004851	TTGA	2	8	17571	17578	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004851	CAAC	2	8	17749	17756	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_004851	ACTA	2	8	17869	17876	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_004851	ATGA	2	8	18009	18016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004851	TCAG	2	8	18091	18098	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_004851	AAAC	2	8	19654	19661	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_004851	ACGA	2	8	19708	19715	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_004851	ATGA	2	8	20469	20476	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004851	AAGT	2	8	21329	21336	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004851	CCGT	2	8	26676	26683	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_004851	ATTC	2	8	26819	26826	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_004851	TGCA	2	8	26886	26893	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_004851	TCCT	2	8	30216	30223	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_004851	GCAT	2	8	30487	30494	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_004851	TCCA	2	8	30756	30763	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_004851	TCCA	2	8	30882	30889	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_004851	TCTT	2	8	32810	32817	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_004851	AGAT	2	8	37333	37340	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004851	TTTA	2	8	37365	37372	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004851	ATAC	2	8	39423	39430	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_004851	GCGT	2	8	40479	40486	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_004851	GCTG	2	8	40658	40665	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_004851	GTTT	2	8	40722	40729	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004851	CTGG	2	8	41044	41051	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_004851	AGGA	2	8	44746	44753	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_004851	TGTA	2	8	49266	49273	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_004851	GATA	2	8	49429	49436	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004851	ATTA	2	8	56869	56876	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004851	CCTG	2	8	61843	61850	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_004851	CCTC	2	8	61874	61881	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
46	NC_004851	TACT	2	8	61977	61984	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_004851	ATAA	2	8	62076	62083	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004851	AACT	2	8	62089	62096	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_004851	AACC	2	8	64053	64060	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_004851	TACA	2	8	67891	67898	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_004851	TTTA	2	8	67974	67981	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004851	TAAA	2	8	68074	68081	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_004851	AATA	2	8	68125	68132	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004851	GAGT	2	8	69952	69959	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004851	TCCT	2	8	69980	69987	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_004851	TCTT	2	8	72939	72946	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_004851	CGGG	2	8	74451	74458	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
58	NC_004851	TAAT	2	8	81379	81386	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004851	AGCC	2	8	84176	84183	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_004851	AATC	2	8	86013	86020	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_004851	CTGA	2	8	86785	86792	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_004851	TTCC	2	8	86844	86851	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_004851	AGGA	2	8	89540	89547	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004851	GCAC	2	8	91072	91079	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_004851	CGCT	2	8	91092	91099	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_004851	GACT	2	8	91187	91194	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_004851	ACCT	2	8	91656	91663	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_004851	TCCA	2	8	91912	91919	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_004851	ATAC	2	8	95215	95222	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_004851	TCCT	2	8	97049	97056	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_004851	CTGG	2	8	101701	101708	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_004851	ATAA	2	8	102958	102965	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_004851	GCAG	2	8	103406	103413	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_004851	TGAA	2	8	103554	103561	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004851	TAAG	2	8	103649	103656	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004851	CTAT	2	8	103677	103684	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_004851	TCGG	2	8	103694	103701	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_004851	GACG	2	8	103932	103939	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_004851	GTTC	2	8	103979	103986	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_004851	AAAT	2	8	105237	105244	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_004851	TGTA	2	8	106785	106792	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004851	CAAT	2	8	116327	116334	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_004851	AATT	2	8	130558	130565	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004851	AATA	2	8	131840	131847	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_004851	AAAT	2	8	131901	131908	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004851	TCAT	2	8	135681	135688	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_004851	CTTT	2	8	135987	135994	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_004851	GTTT	2	8	136110	136117	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004851	AGGA	2	8	137351	137358	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004851	CGGC	2	8	138708	138715	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_004851	GGAT	2	8	138989	138996	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004851	CTGC	2	8	139627	139634	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_004851	CTGA	2	8	139869	139876	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_004851	GACA	2	8	140510	140517	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_004851	GTTT	2	8	140793	140800	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004851	AACT	2	8	141597	141604	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_004851	ATTC	2	8	142187	142194	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_004851	ATTG	2	8	144605	144612	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_004851	CTTA	2	8	145646	145653	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_004851	TCAA	2	8	145766	145773	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_004851	GCAG	2	8	145987	145994	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_004851	TCGT	2	8	146075	146082	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_004851	AGAA	2	8	149387	149394	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_004851	AGGA	2	8	158743	158750	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_004851	TGTT	2	8	158897	158904	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004851	ATTT	2	8	158985	158992	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004851	CAGT	2	8	159884	159891	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_004851	ACTG	2	8	159898	159905	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_004851	ACAG	2	8	160870	160877	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_004851	CTGT	2	8	161355	161362	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_004851	GTAT	2	8	161410	161417	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004851	GCTT	2	8	166760	166767	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_004851	AATC	2	8	166915	166922	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_004851	CTTC	2	8	171685	171692	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_004851	ATTC	2	8	173307	173314	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_004851	TAAA	2	8	177090	177097	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004851	GGCT	2	8	179261	179268	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_004851	TTAC	2	8	180370	180377	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_004851	TAAC	2	8	181251	181258	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_004851	CAGC	2	8	183683	183690	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_004851	GGAA	2	8	183732	183739	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004851	CTGT	2	8	184853	184860	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_004851	TACT	2	8	184973	184980	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_004851	GACG	2	8	185992	185999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_004851	CAGT	2	8	187743	187750	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_004851	ACTG	2	8	187757	187764	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_004851	AGTA	2	8	187825	187832	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004851	AGCG	2	8	187929	187936	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_004851	TAAA	2	8	191409	191416	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_004851	TGCT	2	8	191683	191690	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_004851	TCTG	2	8	197478	197485	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_004851	AGGA	2	8	197915	197922	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_004851	AGGA	2	8	207515	207522	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_004851	TCAT	2	8	207790	207797	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_004851	TGGC	2	8	209212	209219	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
136	NC_004851	TACA	2	8	210387	210394	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_004851	CATT	2	8	210616	210623	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_004851	GACA	2	8	210657	210664	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_004851	TGAT	2	8	211351	211358	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_004851	CATA	2	8	212858	212865	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_004851	TCCT	2	8	216335	216342	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_004851	TCAT	2	8	218058	218065	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_004851	CTAT	2	8	218079	218086	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_004851	CTTC	2	8	218419	218426	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_004851	TATT	2	8	218666	218673	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_004851	TTGA	2	8	219109	219116	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_004851	CAAC	2	8	219287	219294	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_004851	TGAT	2	8	220003	220010	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_004851	AGGT	2	8	220092	220099	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_004851	AATA	2	8	220167	220174	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_004851	TTAA	2	8	220215	220222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.