MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 412

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	AG	3	6	65	70	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004851	AT	3	6	1156	1161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004851	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	31983559
4	NC_004851	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	31983559
5	NC_004851	AT	3	6	3452	3457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004851	CT	3	6	4011	4016	0 %	50 %	0 %	50 %	31983555
7	NC_004851	AT	3	6	4240	4245	50 %	50 %	0 %	0 %	31983555
8	NC_004851	AT	3	6	4811	4816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004851	AT	3	6	4963	4968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004851	TG	3	6	4989	4994	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004851	TA	4	8	5113	5120	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004851	AG	3	6	5258	5263	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_004851	TG	3	6	5273	5278	0 %	50 %	50 %	0 %	56403996
14	NC_004851	TG	3	6	6558	6563	0 %	50 %	50 %	0 %	31983633
15	NC_004851	AT	3	6	7014	7019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004851	TA	3	6	7771	7776	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
17	NC_004851	TG	3	6	7831	7836	0 %	50 %	50 %	0 %	56403997
18	NC_004851	TA	3	6	8233	8238	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
19	NC_004851	AT	3	6	8368	8373	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
20	NC_004851	AT	4	8	8926	8933	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
21	NC_004851	AT	3	6	10106	10111	50 %	50 %	0 %	0 %	31983551
22	NC_004851	AT	3	6	10181	10186	50 %	50 %	0 %	0 %	31983551
23	NC_004851	AT	3	6	10319	10324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004851	GC	3	6	10962	10967	0 %	0 %	50 %	50 %	56403998
25	NC_004851	TA	3	6	11338	11343	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
26	NC_004851	AT	3	6	11490	11495	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
27	NC_004851	AT	3	6	11622	11627	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
28	NC_004851	GT	3	6	11844	11849	0 %	50 %	50 %	0 %	31983672
29	NC_004851	TA	4	8	11857	11864	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
30	NC_004851	AT	5	10	11933	11942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004851	CT	3	6	12423	12428	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_004851	AC	3	6	14793	14798	50 %	0 %	0 %	50 %	31983625
33	NC_004851	GA	3	6	15099	15104	50 %	0 %	50 %	0 %	31983625
34	NC_004851	TG	3	6	15353	15358	0 %	50 %	50 %	0 %	31983714
35	NC_004851	AT	3	6	18740	18745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004851	AT	3	6	19458	19463	50 %	50 %	0 %	0 %	31983554
37	NC_004851	AT	3	6	19466	19471	50 %	50 %	0 %	0 %	31983554
38	NC_004851	TC	3	6	19614	19619	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_004851	TG	3	6	19627	19632	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004851	AG	3	6	20100	20105	50 %	0 %	50 %	0 %	31983660
41	NC_004851	CT	3	6	20537	20542	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_004851	AG	3	6	20548	20553	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004851	AT	3	6	21180	21185	50 %	50 %	0 %	0 %	56404000
44	NC_004851	AT	3	6	21341	21346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_004851	GA	3	6	21649	21654	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_004851	TC	4	8	23423	23430	0 %	50 %	0 %	50 %	31983605
47	NC_004851	CG	3	6	23652	23657	0 %	0 %	50 %	50 %	31983605
48	NC_004851	TC	3	6	23766	23771	0 %	50 %	0 %	50 %	31983605
49	NC_004851	AT	3	6	24379	24384	50 %	50 %	0 %	0 %	56404001
50	NC_004851	CA	3	6	24668	24673	50 %	0 %	0 %	50 %	56404001
51	NC_004851	GT	3	6	26335	26340	0 %	50 %	50 %	0 %	31983684
52	NC_004851	GC	3	6	26849	26854	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_004851	CG	3	6	27112	27117	0 %	0 %	50 %	50 %	31983549
54	NC_004851	GT	3	6	27310	27315	0 %	50 %	50 %	0 %	31983549
55	NC_004851	GA	3	6	28002	28007	50 %	0 %	50 %	0 %	31983549
56	NC_004851	AG	3	6	28661	28666	50 %	0 %	50 %	0 %	31983548
57	NC_004851	AT	3	6	28812	28817	50 %	50 %	0 %	0 %	31983548
58	NC_004851	GA	3	6	30097	30102	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_004851	AT	3	6	30956	30961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004851	TG	3	6	32355	32360	0 %	50 %	50 %	0 %	31983598
61	NC_004851	CT	3	6	33795	33800	0 %	50 %	0 %	50 %	31983775
62	NC_004851	GC	3	6	34704	34709	0 %	0 %	50 %	50 %	31983673
63	NC_004851	GT	3	6	34926	34931	0 %	50 %	50 %	0 %	31983673
64	NC_004851	GA	3	6	34933	34938	50 %	0 %	50 %	0 %	31983673
65	NC_004851	TG	3	6	35053	35058	0 %	50 %	50 %	0 %	31983673
66	NC_004851	CG	3	6	35120	35125	0 %	0 %	50 %	50 %	31983673
67	NC_004851	AG	4	8	35233	35240	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004851	GC	3	6	35744	35749	0 %	0 %	50 %	50 %	31983636
69	NC_004851	TA	3	6	36793	36798	50 %	50 %	0 %	0 %	56404005
70	NC_004851	AG	3	6	36911	36916	50 %	0 %	50 %	0 %	56404005
71	NC_004851	AG	3	6	37831	37836	50 %	0 %	50 %	0 %	31983705
72	NC_004851	TC	3	6	38022	38027	0 %	50 %	0 %	50 %	31983705
73	NC_004851	TA	3	6	38380	38385	50 %	50 %	0 %	0 %	157042767
74	NC_004851	AT	3	6	38555	38560	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_004851	AG	3	6	38619	38624	50 %	0 %	50 %	0 %	56404006
76	NC_004851	AT	3	6	39445	39450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004851	AT	3	6	39517	39522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004851	AT	3	6	39572	39577	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004851	CT	3	6	42532	42537	0 %	50 %	0 %	50 %	31983584
80	NC_004851	AC	3	6	43872	43877	50 %	0 %	0 %	50 %	31983599
81	NC_004851	AT	3	6	44466	44471	50 %	50 %	0 %	0 %	31983622
82	NC_004851	CA	3	6	45834	45839	50 %	0 %	0 %	50 %	56404009
83	NC_004851	GC	3	6	46836	46841	0 %	0 %	50 %	50 %	31983674
84	NC_004851	GT	3	6	47058	47063	0 %	50 %	50 %	0 %	31983674
85	NC_004851	GA	3	6	47065	47070	50 %	0 %	50 %	0 %	31983674
86	NC_004851	TG	3	6	47185	47190	0 %	50 %	50 %	0 %	31983674
87	NC_004851	CG	3	6	47252	47257	0 %	0 %	50 %	50 %	31983674
88	NC_004851	AG	4	8	47365	47372	50 %	0 %	50 %	0 %	31983726
89	NC_004851	AT	3	6	47728	47733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004851	AT	3	6	48156	48161	50 %	50 %	0 %	0 %	31983556
91	NC_004851	AT	3	6	48515	48520	50 %	50 %	0 %	0 %	31983556
92	NC_004851	AG	3	6	48799	48804	50 %	0 %	50 %	0 %	31983556
93	NC_004851	GA	3	6	48963	48968	50 %	0 %	50 %	0 %	31983556
94	NC_004851	AT	4	8	49386	49393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004851	AC	3	6	51199	51204	50 %	0 %	0 %	50 %	31983600
96	NC_004851	AT	3	6	52507	52512	50 %	50 %	0 %	0 %	31983694
97	NC_004851	TC	3	6	52906	52911	0 %	50 %	0 %	50 %	31983545
98	NC_004851	TC	3	6	54518	54523	0 %	50 %	0 %	50 %	31983545
99	NC_004851	GC	3	6	56140	56145	0 %	0 %	50 %	50 %	31983545
100	NC_004851	CT	3	6	57274	57279	0 %	50 %	0 %	50 %	31983776
101	NC_004851	GC	3	6	58183	58188	0 %	0 %	50 %	50 %	31983675
102	NC_004851	GT	3	6	58405	58410	0 %	50 %	50 %	0 %	31983675
103	NC_004851	GA	3	6	58412	58417	50 %	0 %	50 %	0 %	31983675
104	NC_004851	TG	3	6	58532	58537	0 %	50 %	50 %	0 %	31983675
105	NC_004851	CG	3	6	58599	58604	0 %	0 %	50 %	50 %	31983675
106	NC_004851	AG	4	8	58712	58719	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004851	GC	3	6	59401	59406	0 %	0 %	50 %	50 %	31983678
108	NC_004851	AC	3	6	59837	59842	50 %	0 %	0 %	50 %	31983620
109	NC_004851	TG	3	6	60196	60201	0 %	50 %	50 %	0 %	31983620
110	NC_004851	GT	3	6	61395	61400	0 %	50 %	50 %	0 %	31983729
111	NC_004851	CA	3	6	61832	61837	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_004851	TA	3	6	62659	62664	50 %	50 %	0 %	0 %	31983582
113	NC_004851	CT	3	6	63516	63521	0 %	50 %	0 %	50 %	31983582
114	NC_004851	CT	3	6	65707	65712	0 %	50 %	0 %	50 %	31983583
115	NC_004851	AC	3	6	67047	67052	50 %	0 %	0 %	50 %	31983601
116	NC_004851	GA	3	6	67856	67861	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004851	TA	3	6	68265	68270	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_004851	AT	3	6	68434	68439	50 %	50 %	0 %	0 %	31983644
119	NC_004851	GT	3	6	68469	68474	0 %	50 %	50 %	0 %	31983644
120	NC_004851	AT	3	6	68647	68652	50 %	50 %	0 %	0 %	31983644
121	NC_004851	AT	3	6	69973	69978	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004851	CT	3	6	70221	70226	0 %	50 %	0 %	50 %	31983652
123	NC_004851	CA	3	6	71373	71378	50 %	0 %	0 %	50 %	31983652
124	NC_004851	TC	3	6	71409	71414	0 %	50 %	0 %	50 %	31983649
125	NC_004851	TG	3	6	72484	72489	0 %	50 %	50 %	0 %	31983602
126	NC_004851	TC	4	8	74630	74637	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_004851	CG	3	6	74746	74751	0 %	0 %	50 %	50 %	31983732
128	NC_004851	TC	3	6	74933	74938	0 %	50 %	0 %	50 %	31983732
129	NC_004851	CA	3	6	74939	74944	50 %	0 %	0 %	50 %	31983732
130	NC_004851	GA	3	6	75039	75044	50 %	0 %	50 %	0 %	31983732
131	NC_004851	TG	3	6	75075	75080	0 %	50 %	50 %	0 %	31983653
132	NC_004851	AG	3	6	76227	76232	50 %	0 %	50 %	0 %	31983653
133	NC_004851	GC	3	6	76499	76504	0 %	0 %	50 %	50 %	31983676
134	NC_004851	TG	3	6	77501	77506	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_004851	CT	3	6	78548	78553	0 %	50 %	0 %	50 %	31983552
136	NC_004851	TA	3	6	79614	79619	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_004851	AT	3	6	79884	79889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_004851	AT	3	6	79943	79948	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
139	NC_004851	TA	4	8	80203	80210	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
140	NC_004851	AT	3	6	80687	80692	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
141	NC_004851	AT	3	6	81027	81032	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
142	NC_004851	GA	3	6	81135	81140	50 %	0 %	50 %	0 %	31983558
143	NC_004851	AT	3	6	81342	81347	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
144	NC_004851	TA	4	8	81433	81440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_004851	AT	3	6	81764	81769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_004851	TG	3	6	81855	81860	0 %	50 %	50 %	0 %	31983733
147	NC_004851	GA	3	6	82263	82268	50 %	0 %	50 %	0 %	56404010
148	NC_004851	GC	3	6	82944	82949	0 %	0 %	50 %	50 %	31983679
149	NC_004851	AT	3	6	85748	85753	50 %	50 %	0 %	0 %	31983737
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.