MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Shigella flexneri 2a str. 301 plasmid pCP301

Total Repeats: 310

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004851	GA	3	6	1318	1323	50 %	0 %	50 %	0 %	31983559
2	NC_004851	CT	3	6	1799	1804	0 %	50 %	0 %	50 %	31983559
3	NC_004851	CT	3	6	4011	4016	0 %	50 %	0 %	50 %	31983555
4	NC_004851	AT	3	6	4240	4245	50 %	50 %	0 %	0 %	31983555
5	NC_004851	TG	3	6	5273	5278	0 %	50 %	50 %	0 %	56403996
6	NC_004851	TG	3	6	6558	6563	0 %	50 %	50 %	0 %	31983633
7	NC_004851	TA	3	6	7771	7776	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
8	NC_004851	TG	3	6	7831	7836	0 %	50 %	50 %	0 %	56403997
9	NC_004851	TA	3	6	8233	8238	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
10	NC_004851	AT	3	6	8368	8373	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
11	NC_004851	AT	4	8	8926	8933	50 %	50 %	0 %	0 %	56403997
12	NC_004851	AT	3	6	10106	10111	50 %	50 %	0 %	0 %	31983551
13	NC_004851	AT	3	6	10181	10186	50 %	50 %	0 %	0 %	31983551
14	NC_004851	GC	3	6	10962	10967	0 %	0 %	50 %	50 %	56403998
15	NC_004851	TA	3	6	11338	11343	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
16	NC_004851	AT	3	6	11490	11495	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
17	NC_004851	AT	3	6	11622	11627	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
18	NC_004851	GT	3	6	11844	11849	0 %	50 %	50 %	0 %	31983672
19	NC_004851	TA	4	8	11857	11864	50 %	50 %	0 %	0 %	31983672
20	NC_004851	AC	3	6	14793	14798	50 %	0 %	0 %	50 %	31983625
21	NC_004851	GA	3	6	15099	15104	50 %	0 %	50 %	0 %	31983625
22	NC_004851	TG	3	6	15353	15358	0 %	50 %	50 %	0 %	31983714
23	NC_004851	AT	3	6	19458	19463	50 %	50 %	0 %	0 %	31983554
24	NC_004851	AT	3	6	19466	19471	50 %	50 %	0 %	0 %	31983554
25	NC_004851	AG	3	6	20100	20105	50 %	0 %	50 %	0 %	31983660
26	NC_004851	AT	3	6	21180	21185	50 %	50 %	0 %	0 %	56404000
27	NC_004851	TC	4	8	23423	23430	0 %	50 %	0 %	50 %	31983605
28	NC_004851	CG	3	6	23652	23657	0 %	0 %	50 %	50 %	31983605
29	NC_004851	TC	3	6	23766	23771	0 %	50 %	0 %	50 %	31983605
30	NC_004851	AT	3	6	24379	24384	50 %	50 %	0 %	0 %	56404001
31	NC_004851	CA	3	6	24668	24673	50 %	0 %	0 %	50 %	56404001
32	NC_004851	GT	3	6	26335	26340	0 %	50 %	50 %	0 %	31983684
33	NC_004851	CG	3	6	27112	27117	0 %	0 %	50 %	50 %	31983549
34	NC_004851	GT	3	6	27310	27315	0 %	50 %	50 %	0 %	31983549
35	NC_004851	GA	3	6	28002	28007	50 %	0 %	50 %	0 %	31983549
36	NC_004851	AG	3	6	28661	28666	50 %	0 %	50 %	0 %	31983548
37	NC_004851	AT	3	6	28812	28817	50 %	50 %	0 %	0 %	31983548
38	NC_004851	TG	3	6	32355	32360	0 %	50 %	50 %	0 %	31983598
39	NC_004851	CT	3	6	33795	33800	0 %	50 %	0 %	50 %	31983775
40	NC_004851	GC	3	6	34704	34709	0 %	0 %	50 %	50 %	31983673
41	NC_004851	GT	3	6	34926	34931	0 %	50 %	50 %	0 %	31983673
42	NC_004851	GA	3	6	34933	34938	50 %	0 %	50 %	0 %	31983673
43	NC_004851	TG	3	6	35053	35058	0 %	50 %	50 %	0 %	31983673
44	NC_004851	CG	3	6	35120	35125	0 %	0 %	50 %	50 %	31983673
45	NC_004851	GC	3	6	35744	35749	0 %	0 %	50 %	50 %	31983636
46	NC_004851	TA	3	6	36793	36798	50 %	50 %	0 %	0 %	56404005
47	NC_004851	AG	3	6	36911	36916	50 %	0 %	50 %	0 %	56404005
48	NC_004851	AG	3	6	37831	37836	50 %	0 %	50 %	0 %	31983705
49	NC_004851	TC	3	6	38022	38027	0 %	50 %	0 %	50 %	31983705
50	NC_004851	TA	3	6	38380	38385	50 %	50 %	0 %	0 %	157042767
51	NC_004851	AG	3	6	38619	38624	50 %	0 %	50 %	0 %	56404006
52	NC_004851	CT	3	6	42532	42537	0 %	50 %	0 %	50 %	31983584
53	NC_004851	AC	3	6	43872	43877	50 %	0 %	0 %	50 %	31983599
54	NC_004851	AT	3	6	44466	44471	50 %	50 %	0 %	0 %	31983622
55	NC_004851	CA	3	6	45834	45839	50 %	0 %	0 %	50 %	56404009
56	NC_004851	GC	3	6	46836	46841	0 %	0 %	50 %	50 %	31983674
57	NC_004851	GT	3	6	47058	47063	0 %	50 %	50 %	0 %	31983674
58	NC_004851	GA	3	6	47065	47070	50 %	0 %	50 %	0 %	31983674
59	NC_004851	TG	3	6	47185	47190	0 %	50 %	50 %	0 %	31983674
60	NC_004851	CG	3	6	47252	47257	0 %	0 %	50 %	50 %	31983674
61	NC_004851	AG	4	8	47365	47372	50 %	0 %	50 %	0 %	31983726
62	NC_004851	AT	3	6	48156	48161	50 %	50 %	0 %	0 %	31983556
63	NC_004851	AT	3	6	48515	48520	50 %	50 %	0 %	0 %	31983556
64	NC_004851	AG	3	6	48799	48804	50 %	0 %	50 %	0 %	31983556
65	NC_004851	GA	3	6	48963	48968	50 %	0 %	50 %	0 %	31983556
66	NC_004851	AC	3	6	51199	51204	50 %	0 %	0 %	50 %	31983600
67	NC_004851	AT	3	6	52507	52512	50 %	50 %	0 %	0 %	31983694
68	NC_004851	TC	3	6	52906	52911	0 %	50 %	0 %	50 %	31983545
69	NC_004851	TC	3	6	54518	54523	0 %	50 %	0 %	50 %	31983545
70	NC_004851	GC	3	6	56140	56145	0 %	0 %	50 %	50 %	31983545
71	NC_004851	CT	3	6	57274	57279	0 %	50 %	0 %	50 %	31983776
72	NC_004851	GC	3	6	58183	58188	0 %	0 %	50 %	50 %	31983675
73	NC_004851	GT	3	6	58405	58410	0 %	50 %	50 %	0 %	31983675
74	NC_004851	GA	3	6	58412	58417	50 %	0 %	50 %	0 %	31983675
75	NC_004851	TG	3	6	58532	58537	0 %	50 %	50 %	0 %	31983675
76	NC_004851	CG	3	6	58599	58604	0 %	0 %	50 %	50 %	31983675
77	NC_004851	GC	3	6	59401	59406	0 %	0 %	50 %	50 %	31983678
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79	NC_004851	TG	3	6	60196	60201	0 %	50 %	50 %	0 %	31983620
80	NC_004851	GT	3	6	61395	61400	0 %	50 %	50 %	0 %	31983729
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82	NC_004851	CT	3	6	63516	63521	0 %	50 %	0 %	50 %	31983582
83	NC_004851	CT	3	6	65707	65712	0 %	50 %	0 %	50 %	31983583
84	NC_004851	AC	3	6	67047	67052	50 %	0 %	0 %	50 %	31983601
85	NC_004851	AT	3	6	68434	68439	50 %	50 %	0 %	0 %	31983644
86	NC_004851	GT	3	6	68469	68474	0 %	50 %	50 %	0 %	31983644
87	NC_004851	AT	3	6	68647	68652	50 %	50 %	0 %	0 %	31983644
88	NC_004851	CT	3	6	70221	70226	0 %	50 %	0 %	50 %	31983652
89	NC_004851	CA	3	6	71373	71378	50 %	0 %	0 %	50 %	31983652
90	NC_004851	TC	3	6	71409	71414	0 %	50 %	0 %	50 %	31983649
91	NC_004851	TG	3	6	72484	72489	0 %	50 %	50 %	0 %	31983602
92	NC_004851	CG	3	6	74746	74751	0 %	0 %	50 %	50 %	31983732
93	NC_004851	TC	3	6	74933	74938	0 %	50 %	0 %	50 %	31983732
94	NC_004851	CA	3	6	74939	74944	50 %	0 %	0 %	50 %	31983732
95	NC_004851	GA	3	6	75039	75044	50 %	0 %	50 %	0 %	31983732
96	NC_004851	TG	3	6	75075	75080	0 %	50 %	50 %	0 %	31983653
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98	NC_004851	GC	3	6	76499	76504	0 %	0 %	50 %	50 %	31983676
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102	NC_004851	AT	3	6	80687	80692	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
103	NC_004851	AT	3	6	81027	81032	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
104	NC_004851	GA	3	6	81135	81140	50 %	0 %	50 %	0 %	31983558
105	NC_004851	AT	3	6	81342	81347	50 %	50 %	0 %	0 %	31983558
106	NC_004851	TG	3	6	81855	81860	0 %	50 %	50 %	0 %	31983733
107	NC_004851	GA	3	6	82263	82268	50 %	0 %	50 %	0 %	56404010
108	NC_004851	GC	3	6	82944	82949	0 %	0 %	50 %	50 %	31983679
109	NC_004851	AT	3	6	85748	85753	50 %	50 %	0 %	0 %	31983737
110	NC_004851	CT	3	6	87212	87217	0 %	50 %	0 %	50 %	31983650
111	NC_004851	TC	4	8	87487	87494	0 %	50 %	0 %	50 %	31983650
112	NC_004851	TG	3	6	88192	88197	0 %	50 %	50 %	0 %	31983637
113	NC_004851	TG	3	6	88804	88809	0 %	50 %	50 %	0 %	31983689
114	NC_004851	AT	3	6	89260	89265	50 %	50 %	0 %	0 %	31983687
115	NC_004851	TC	3	6	91765	91770	0 %	50 %	0 %	50 %	31983777
116	NC_004851	TA	3	6	92947	92952	50 %	50 %	0 %	0 %	31983612
117	NC_004851	CG	3	6	93026	93031	0 %	0 %	50 %	50 %	31983612
118	NC_004851	AT	3	6	93068	93073	50 %	50 %	0 %	0 %	31983612
119	NC_004851	TC	3	6	95521	95526	0 %	50 %	0 %	50 %	31983557
120	NC_004851	CT	3	6	95685	95690	0 %	50 %	0 %	50 %	31983557
121	NC_004851	AT	3	6	95969	95974	50 %	50 %	0 %	0 %	31983557
122	NC_004851	AT	3	6	97331	97336	50 %	50 %	0 %	0 %	31983623
123	NC_004851	TC	3	6	98609	98614	0 %	50 %	0 %	50 %	31983739
124	NC_004851	GA	3	6	102059	102064	50 %	0 %	50 %	0 %	31983607
125	NC_004851	CG	3	6	102173	102178	0 %	0 %	50 %	50 %	31983607
126	NC_004851	GA	4	8	102400	102407	50 %	0 %	50 %	0 %	31983607
127	NC_004851	AT	3	6	104158	104163	50 %	50 %	0 %	0 %	56404014
128	NC_004851	TC	3	6	105844	105849	0 %	50 %	0 %	50 %	31983531
129	NC_004851	AT	3	6	106023	106028	50 %	50 %	0 %	0 %	31983531
130	NC_004851	CG	3	6	106233	106238	0 %	0 %	50 %	50 %	31983531
131	NC_004851	AT	4	8	106379	106386	50 %	50 %	0 %	0 %	31983531
132	NC_004851	AT	3	6	106422	106427	50 %	50 %	0 %	0 %	31983531
133	NC_004851	TA	4	8	107240	107247	50 %	50 %	0 %	0 %	31983589
134	NC_004851	AT	3	6	107291	107296	50 %	50 %	0 %	0 %	31983589
135	NC_004851	GA	3	6	107553	107558	50 %	0 %	50 %	0 %	31983589
136	NC_004851	AG	3	6	107839	107844	50 %	0 %	50 %	0 %	31983589
137	NC_004851	GA	3	6	108468	108473	50 %	0 %	50 %	0 %	31983589
138	NC_004851	TG	3	6	108582	108587	0 %	50 %	50 %	0 %	31983589
139	NC_004851	TA	3	6	109037	109042	50 %	50 %	0 %	0 %	31983589
140	NC_004851	GA	3	6	109549	109554	50 %	0 %	50 %	0 %	31983586
141	NC_004851	AT	3	6	110132	110137	50 %	50 %	0 %	0 %	56404015
142	NC_004851	AT	3	6	110352	110357	50 %	50 %	0 %	0 %	56404015
143	NC_004851	AT	3	6	110517	110522	50 %	50 %	0 %	0 %	56404015
144	NC_004851	TG	3	6	110738	110743	0 %	50 %	50 %	0 %	56404015
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.