MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Yersinia pestis KIM plasmid pMT-1

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004838	GTTAA	2	10	1042	1051	40 %	40 %	20 %	0 %	31795334
2	NC_004838	TACGT	2	10	2713	2722	20 %	40 %	20 %	20 %	31795335
3	NC_004838	CGCTC	2	10	2779	2788	0 %	20 %	20 %	60 %	31795335
4	NC_004838	TGACG	2	10	4781	4790	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_004838	CAATG	2	10	8515	8524	40 %	20 %	20 %	20 %	31795341
6	NC_004838	CCAGT	2	10	9202	9211	20 %	20 %	20 %	40 %	31795342
7	NC_004838	GGGGA	2	10	11207	11216	20 %	0 %	80 %	0 %	31795346
8	NC_004838	AGGGG	2	10	11355	11364	20 %	0 %	80 %	0 %	31795347
9	NC_004838	CACGA	2	10	11762	11771	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_004838	AATTT	2	10	12467	12476	40 %	60 %	0 %	0 %	31795349
11	NC_004838	GGGCA	2	10	13607	13616	20 %	0 %	60 %	20 %	39980767
12	NC_004838	CCGTT	2	10	18780	18789	0 %	40 %	20 %	40 %	31795358
13	NC_004838	TTCCG	2	10	18988	18997	0 %	40 %	20 %	40 %	31795358
14	NC_004838	CGAAG	2	10	19872	19881	40 %	0 %	40 %	20 %	31795360
15	NC_004838	GCACT	2	10	20805	20814	20 %	20 %	20 %	40 %	31795361
16	NC_004838	TGCCG	2	10	25281	25290	0 %	20 %	40 %	40 %	31795365
17	NC_004838	TGTCG	2	10	26528	26537	0 %	40 %	40 %	20 %	31795367
18	NC_004838	GTACC	2	10	27095	27104	20 %	20 %	20 %	40 %	31795367
19	NC_004838	GTTCA	2	10	28989	28998	20 %	40 %	20 %	20 %	31795371
20	NC_004838	CTGGT	2	10	29200	29209	0 %	40 %	40 %	20 %	31795371
21	NC_004838	CATCC	2	10	29557	29566	20 %	20 %	0 %	60 %	31795372
22	NC_004838	GCGCA	2	10	34529	34538	20 %	0 %	40 %	40 %	31795374
23	NC_004838	GACAA	2	10	40431	40440	60 %	0 %	20 %	20 %	31795379
24	NC_004838	CTCTG	2	10	40829	40838	0 %	40 %	20 %	40 %	31795379
25	NC_004838	TTTGA	2	10	46515	46524	20 %	60 %	20 %	0 %	31795384
26	NC_004838	GCGCT	2	10	47153	47162	0 %	20 %	40 %	40 %	31795384
27	NC_004838	ACCTT	2	10	47553	47562	20 %	40 %	0 %	40 %	31795385
28	NC_004838	CGAAC	2	10	47902	47911	40 %	0 %	20 %	40 %	31795385
29	NC_004838	CGAAT	2	10	48476	48485	40 %	20 %	20 %	20 %	31795386
30	NC_004838	TGCTC	2	10	48512	48521	0 %	40 %	20 %	40 %	31795386
31	NC_004838	CGCAG	2	10	48943	48952	20 %	0 %	40 %	40 %	31795388
32	NC_004838	ACAGC	2	10	49060	49069	40 %	0 %	20 %	40 %	31795388
33	NC_004838	GGTGC	2	10	49862	49871	0 %	20 %	60 %	20 %	31795390
34	NC_004838	AACAA	2	10	55241	55250	80 %	0 %	0 %	20 %	39980772
35	NC_004838	GGTAA	2	10	58249	58258	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004838	CCGTT	2	10	58810	58819	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_004838	AAAGA	2	10	61921	61930	80 %	0 %	20 %	0 %	39980774
38	NC_004838	CGCTT	2	10	64600	64609	0 %	40 %	20 %	40 %	31795410
39	NC_004838	TGATT	2	10	65014	65023	20 %	60 %	20 %	0 %	31795410
40	NC_004838	CTGCG	2	10	66545	66554	0 %	20 %	40 %	40 %	31795412
41	NC_004838	GGAAT	2	10	67668	67677	40 %	20 %	40 %	0 %	39980775
42	NC_004838	CTCTA	2	10	68944	68953	20 %	40 %	0 %	40 %	31795417
43	NC_004838	TGTCG	2	10	69149	69158	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_004838	CTGTC	2	10	69959	69968	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_004838	CCTCG	2	10	71104	71113	0 %	20 %	20 %	60 %	31795420
46	NC_004838	ACGGC	2	10	71541	71550	20 %	0 %	40 %	40 %	31795420
47	NC_004838	GTTCG	2	10	73202	73211	0 %	40 %	40 %	20 %	31795421
48	NC_004838	AAGGT	2	10	73551	73560	40 %	20 %	40 %	0 %	31795421
49	NC_004838	AGCGC	2	10	73951	73960	20 %	0 %	40 %	40 %	31795422
50	NC_004838	TCAAA	2	10	74589	74598	60 %	20 %	0 %	20 %	31795422
51	NC_004838	AAACC	2	10	74902	74911	60 %	0 %	0 %	40 %	31795423
52	NC_004838	AAGCG	2	10	76509	76518	40 %	0 %	40 %	20 %	31795424
53	NC_004838	CATTC	2	10	76862	76871	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_004838	TTTTA	2	10	79527	79536	20 %	80 %	0 %	0 %	31795427
55	NC_004838	CAATT	2	10	80604	80613	40 %	40 %	0 %	20 %	31795427
56	NC_004838	TGGAT	2	10	81705	81714	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_004838	CTGAT	2	10	84131	84140	20 %	40 %	20 %	20 %	31795430
58	NC_004838	CGGCG	2	10	85213	85222	0 %	0 %	60 %	40 %	31795432
59	NC_004838	AGTTC	2	10	86736	86745	20 %	40 %	20 %	20 %	31795432
60	NC_004838	CTGCG	2	10	90324	90333	0 %	20 %	40 %	40 %	31795434
61	NC_004838	CCAGA	2	10	92871	92880	40 %	0 %	20 %	40 %	31795435
62	NC_004838	ATCGC	2	10	93415	93424	20 %	20 %	20 %	40 %	31795436
63	NC_004838	ACCCC	2	10	93964	93973	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
64	NC_004838	CGCTG	2	10	99646	99655	0 %	20 %	40 %	40 %	31795444

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.