MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Yersinia pestis KIM plasmid pMT-1

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004838	GA	3	6	2953	2958	50 %	0 %	50 %	0 %	31795335
2	NC_004838	GA	4	8	3381	3388	50 %	0 %	50 %	0 %	39980765
3	NC_004838	GT	3	6	4348	4353	0 %	50 %	50 %	0 %	31795336
4	NC_004838	CT	3	6	5300	5305	0 %	50 %	0 %	50 %	31795338
5	NC_004838	AC	3	6	6644	6649	50 %	0 %	0 %	50 %	31795340
6	NC_004838	CT	3	6	7962	7967	0 %	50 %	0 %	50 %	31795340
7	NC_004838	TG	3	6	9897	9902	0 %	50 %	50 %	0 %	31795343
8	NC_004838	AG	3	6	11424	11429	50 %	0 %	50 %	0 %	31795347
9	NC_004838	GC	3	6	12071	12076	0 %	0 %	50 %	50 %	31795348
10	NC_004838	GA	3	6	13704	13709	50 %	0 %	50 %	0 %	39980767
11	NC_004838	CG	3	6	13751	13756	0 %	0 %	50 %	50 %	39980767
12	NC_004838	TC	3	6	14022	14027	0 %	50 %	0 %	50 %	31795351
13	NC_004838	CT	3	6	14576	14581	0 %	50 %	0 %	50 %	31795353
14	NC_004838	CG	3	6	15511	15516	0 %	0 %	50 %	50 %	31795353
15	NC_004838	CG	3	6	15641	15646	0 %	0 %	50 %	50 %	31795353
16	NC_004838	AC	3	6	19898	19903	50 %	0 %	0 %	50 %	31795360
17	NC_004838	GT	3	6	20541	20546	0 %	50 %	50 %	0 %	31795361
18	NC_004838	CG	3	6	20595	20600	0 %	0 %	50 %	50 %	31795361
19	NC_004838	GT	3	6	21309	21314	0 %	50 %	50 %	0 %	31795361
20	NC_004838	AT	3	6	21418	21423	50 %	50 %	0 %	0 %	31795361
21	NC_004838	CG	3	6	22192	22197	0 %	0 %	50 %	50 %	31795362
22	NC_004838	CG	4	8	22286	22293	0 %	0 %	50 %	50 %	31795362
23	NC_004838	CT	3	6	23000	23005	0 %	50 %	0 %	50 %	31795362
24	NC_004838	AT	3	6	23251	23256	50 %	50 %	0 %	0 %	31795362
25	NC_004838	CT	3	6	25089	25094	0 %	50 %	0 %	50 %	31795364
26	NC_004838	GA	3	6	28017	28022	50 %	0 %	50 %	0 %	31795369
27	NC_004838	TC	3	6	29068	29073	0 %	50 %	0 %	50 %	31795371
28	NC_004838	GT	3	6	29155	29160	0 %	50 %	50 %	0 %	31795371
29	NC_004838	TC	3	6	31427	31432	0 %	50 %	0 %	50 %	31795374
30	NC_004838	CT	3	6	32860	32865	0 %	50 %	0 %	50 %	31795374
31	NC_004838	TC	3	6	33110	33115	0 %	50 %	0 %	50 %	31795374
32	NC_004838	CG	3	6	34858	34863	0 %	0 %	50 %	50 %	31795375
33	NC_004838	GT	3	6	35230	35235	0 %	50 %	50 %	0 %	31795376
34	NC_004838	AC	3	6	36510	36515	50 %	0 %	0 %	50 %	39980770
35	NC_004838	AC	3	6	38003	38008	50 %	0 %	0 %	50 %	31795379
36	NC_004838	CT	3	6	39410	39415	0 %	50 %	0 %	50 %	31795379
37	NC_004838	CG	3	6	39606	39611	0 %	0 %	50 %	50 %	31795379
38	NC_004838	AG	3	6	39794	39799	50 %	0 %	50 %	0 %	31795379
39	NC_004838	CG	3	6	40910	40915	0 %	0 %	50 %	50 %	31795379
40	NC_004838	AT	3	6	41637	41642	50 %	50 %	0 %	0 %	31795379
41	NC_004838	GA	3	6	41648	41653	50 %	0 %	50 %	0 %	31795379
42	NC_004838	TG	3	6	42372	42377	0 %	50 %	50 %	0 %	31795380
43	NC_004838	GC	3	6	42999	43004	0 %	0 %	50 %	50 %	31795381
44	NC_004838	TA	3	6	44638	44643	50 %	50 %	0 %	0 %	31795381
45	NC_004838	GT	3	6	44762	44767	0 %	50 %	50 %	0 %	31795381
46	NC_004838	GT	3	6	44798	44803	0 %	50 %	50 %	0 %	31795381
47	NC_004838	CA	3	6	45138	45143	50 %	0 %	0 %	50 %	31795381
48	NC_004838	CA	3	6	45320	45325	50 %	0 %	0 %	50 %	31795381
49	NC_004838	AT	3	6	45775	45780	50 %	50 %	0 %	0 %	31795383
50	NC_004838	TC	3	6	46005	46010	0 %	50 %	0 %	50 %	31795383
51	NC_004838	GA	3	6	47596	47601	50 %	0 %	50 %	0 %	31795385
52	NC_004838	CG	3	6	47710	47715	0 %	0 %	50 %	50 %	31795385
53	NC_004838	GA	4	8	47937	47944	50 %	0 %	50 %	0 %	31795385
54	NC_004838	CG	3	6	48383	48388	0 %	0 %	50 %	50 %	31795386
55	NC_004838	CG	3	6	49627	49632	0 %	0 %	50 %	50 %	31795390
56	NC_004838	CG	3	6	49777	49782	0 %	0 %	50 %	50 %	31795390
57	NC_004838	TA	3	6	50600	50605	50 %	50 %	0 %	0 %	31795391
58	NC_004838	CA	3	6	51312	51317	50 %	0 %	0 %	50 %	31795392
59	NC_004838	TC	3	6	55300	55305	0 %	50 %	0 %	50 %	39980772
60	NC_004838	TG	3	6	56985	56990	0 %	50 %	50 %	0 %	31795399
61	NC_004838	TA	3	6	57480	57485	50 %	50 %	0 %	0 %	31795399
62	NC_004838	GA	3	6	58033	58038	50 %	0 %	50 %	0 %	31795400
63	NC_004838	AG	3	6	59478	59483	50 %	0 %	50 %	0 %	31795402
64	NC_004838	AT	4	8	62110	62117	50 %	50 %	0 %	0 %	39980774
65	NC_004838	AT	3	6	63017	63022	50 %	50 %	0 %	0 %	39980774
66	NC_004838	CG	3	6	63246	63251	0 %	0 %	50 %	50 %	31795407
67	NC_004838	TC	4	8	63550	63557	0 %	50 %	0 %	50 %	31795407
68	NC_004838	GA	3	6	63850	63855	50 %	0 %	50 %	0 %	31795407
69	NC_004838	CA	3	6	64592	64597	50 %	0 %	0 %	50 %	31795410
70	NC_004838	GC	3	6	66244	66249	0 %	0 %	50 %	50 %	31795411
71	NC_004838	CA	3	6	67127	67132	50 %	0 %	0 %	50 %	31795413
72	NC_004838	GC	3	6	67274	67279	0 %	0 %	50 %	50 %	31795413
73	NC_004838	TG	3	6	67383	67388	0 %	50 %	50 %	0 %	31795414
74	NC_004838	GC	3	6	68072	68077	0 %	0 %	50 %	50 %	31795416
75	NC_004838	GC	3	6	68444	68449	0 %	0 %	50 %	50 %	31795416
76	NC_004838	CG	3	6	68472	68477	0 %	0 %	50 %	50 %	31795416
77	NC_004838	GC	3	6	71131	71136	0 %	0 %	50 %	50 %	31795420
78	NC_004838	TC	4	8	73169	73176	0 %	50 %	0 %	50 %	31795421
79	NC_004838	CG	3	6	73398	73403	0 %	0 %	50 %	50 %	31795421
80	NC_004838	TC	3	6	73512	73517	0 %	50 %	0 %	50 %	31795421
81	NC_004838	AT	3	6	77325	77330	50 %	50 %	0 %	0 %	39980776
82	NC_004838	TC	3	6	77616	77621	0 %	50 %	0 %	50 %	39980776
83	NC_004838	AT	3	6	77860	77865	50 %	50 %	0 %	0 %	39980776
84	NC_004838	AT	3	6	77983	77988	50 %	50 %	0 %	0 %	39980776
85	NC_004838	AG	3	6	78692	78697	50 %	0 %	50 %	0 %	39980777
86	NC_004838	AT	3	6	78742	78747	50 %	50 %	0 %	0 %	39980777
87	NC_004838	TG	3	6	79174	79179	0 %	50 %	50 %	0 %	31795427
88	NC_004838	GA	3	6	79258	79263	50 %	0 %	50 %	0 %	31795427
89	NC_004838	AC	3	6	80146	80151	50 %	0 %	0 %	50 %	31795427
90	NC_004838	GT	3	6	80917	80922	0 %	50 %	50 %	0 %	31795427
91	NC_004838	AG	3	6	81261	81266	50 %	0 %	50 %	0 %	31795427
92	NC_004838	GA	3	6	81551	81556	50 %	0 %	50 %	0 %	31795427
93	NC_004838	AT	3	6	81730	81735	50 %	50 %	0 %	0 %	31795428
94	NC_004838	TC	3	6	82089	82094	0 %	50 %	0 %	50 %	31795428
95	NC_004838	GA	3	6	84356	84361	50 %	0 %	50 %	0 %	31795430
96	NC_004838	GA	3	6	85357	85362	50 %	0 %	50 %	0 %	31795432
97	NC_004838	CA	3	6	85464	85469	50 %	0 %	0 %	50 %	31795432
98	NC_004838	TC	3	6	87735	87740	0 %	50 %	0 %	50 %	31795433
99	NC_004838	AC	3	6	87945	87950	50 %	0 %	0 %	50 %	31795433
100	NC_004838	GT	3	6	88293	88298	0 %	50 %	50 %	0 %	31795433
101	NC_004838	GA	3	6	89032	89037	50 %	0 %	50 %	0 %	31795434
102	NC_004838	AG	3	6	89200	89205	50 %	0 %	50 %	0 %	31795434
103	NC_004838	AC	3	6	89937	89942	50 %	0 %	0 %	50 %	31795434
104	NC_004838	AG	3	6	90712	90717	50 %	0 %	50 %	0 %	31795434
105	NC_004838	CG	3	6	91226	91231	0 %	0 %	50 %	50 %	31795434
106	NC_004838	TG	3	6	93074	93079	0 %	50 %	50 %	0 %	31795436
107	NC_004838	GA	3	6	93481	93486	50 %	0 %	50 %	0 %	31795436
108	NC_004838	AT	3	6	94027	94032	50 %	50 %	0 %	0 %	31795437
109	NC_004838	TC	3	6	94394	94399	0 %	50 %	0 %	50 %	31795437
110	NC_004838	GT	3	6	94747	94752	0 %	50 %	50 %	0 %	39980779
111	NC_004838	TG	3	6	94861	94866	0 %	50 %	50 %	0 %	39980779
112	NC_004838	CA	4	8	95428	95435	50 %	0 %	0 %	50 %	39980779
113	NC_004838	TC	3	6	96049	96054	0 %	50 %	0 %	50 %	31795439
114	NC_004838	CG	3	6	96222	96227	0 %	0 %	50 %	50 %	31795439
115	NC_004838	CT	3	6	97356	97361	0 %	50 %	0 %	50 %	31795441
116	NC_004838	GC	4	8	97465	97472	0 %	0 %	50 %	50 %	31795441
117	NC_004838	AC	3	6	100642	100647	50 %	0 %	0 %	50 %	31795446

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.