MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydophila caviae GPIC plasmid pCpGP1

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004720	TCG	2	6	154	159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_004720	ATC	2	6	212	217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004720	CCA	2	6	274	279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_004720	AAG	2	6	299	304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004720	CAA	2	6	392	397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_004720	CAA	2	6	455	460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_004720	TTA	2	6	550	555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004720	TAA	2	6	569	574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004720	AAG	2	6	691	696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839221
10	NC_004720	GAT	2	6	843	848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839221
11	NC_004720	ACA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
12	NC_004720	ACA	2	6	984	989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
13	NC_004720	TCT	2	6	1026	1031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839221
14	NC_004720	ACA	2	6	1354	1359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
15	NC_004720	ACA	2	6	1370	1375	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
16	NC_004720	CAG	2	6	1423	1428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_004720	GGT	2	6	1500	1505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004720	GGT	2	6	1522	1527	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004720	GGT	2	6	1544	1549	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004720	GGT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004720	ATT	2	6	1670	1675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839222
22	NC_004720	AGC	2	6	1691	1696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839222
23	NC_004720	TAA	2	6	1769	1774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839222
24	NC_004720	AGC	2	6	1904	1909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839222
25	NC_004720	GTT	2	6	1956	1961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839222
26	NC_004720	GTT	2	6	2054	2059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839222
27	NC_004720	AAG	2	6	2227	2232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839222
28	NC_004720	TAT	3	9	2346	2354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839222
29	NC_004720	AAT	2	6	2462	2467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839222
30	NC_004720	TGT	2	6	2658	2663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
31	NC_004720	AAC	2	6	2732	2737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839223
32	NC_004720	GTT	2	6	2840	2845	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
33	NC_004720	GTT	2	6	2950	2955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
34	NC_004720	GAA	2	6	3062	3067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839223
35	NC_004720	TTA	2	6	3187	3192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839223
36	NC_004720	TGC	2	6	3273	3278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839223
37	NC_004720	TGT	2	6	3350	3355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
38	NC_004720	ATT	2	6	3453	3458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839223
39	NC_004720	ATT	2	6	3666	3671	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_004720	GAG	2	6	3940	3945	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839224
41	NC_004720	AGA	2	6	3952	3957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
42	NC_004720	ACC	2	6	4031	4036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29839224
43	NC_004720	AAC	2	6	4066	4071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839224
44	NC_004720	CTT	2	6	4072	4077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839224
45	NC_004720	GAC	2	6	4171	4176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839224
46	NC_004720	TGA	2	6	4248	4253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839224
47	NC_004720	GAA	2	6	4257	4262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
48	NC_004720	TGT	3	9	4392	4400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839224
49	NC_004720	GTA	2	6	4528	4533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839224
50	NC_004720	AGA	2	6	4875	4880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
51	NC_004720	ATT	2	6	4953	4958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839224
52	NC_004720	ATT	3	9	4973	4981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839224
53	NC_004720	AAG	2	6	4985	4990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
54	NC_004720	ATC	3	9	5011	5019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839224
55	NC_004720	GAA	2	6	5164	5169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
56	NC_004720	AGA	2	6	5183	5188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
57	NC_004720	GCT	2	6	5277	5282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839225
58	NC_004720	TGG	2	6	5462	5467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839225
59	NC_004720	AAG	2	6	5470	5475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
60	NC_004720	GTT	2	6	5565	5570	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839225
61	NC_004720	GAA	2	6	5655	5660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
62	NC_004720	TCA	2	6	5698	5703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839225
63	NC_004720	TAT	2	6	5717	5722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839225
64	NC_004720	CAA	2	6	5845	5850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
65	NC_004720	CAA	2	6	6096	6101	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
66	NC_004720	CAA	2	6	6106	6111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
67	NC_004720	ACA	2	6	6129	6134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
68	NC_004720	AAT	2	6	6138	6143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839225
69	NC_004720	TTG	2	6	6147	6152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004720	ACA	2	6	6226	6231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
71	NC_004720	CAA	2	6	6294	6299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
72	NC_004720	AAC	2	6	6311	6316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
73	NC_004720	AAG	2	6	6349	6354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839226
74	NC_004720	AAT	2	6	6387	6392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
75	NC_004720	TAG	2	6	6463	6468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839226
76	NC_004720	TAT	2	6	6473	6478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839226
77	NC_004720	AAG	2	6	6505	6510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839226
78	NC_004720	AAT	2	6	6521	6526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
79	NC_004720	ATC	2	6	6705	6710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839226
80	NC_004720	TGT	2	6	6731	6736	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839226
81	NC_004720	GTG	2	6	6889	6894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839226
82	NC_004720	ACA	4	12	6939	6950	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
83	NC_004720	ACA	2	6	6977	6982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
84	NC_004720	TAA	2	6	6993	6998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
85	NC_004720	TTA	2	6	7002	7007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004720	TTG	2	6	7031	7036	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004720	AAC	2	6	7476	7481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_004720	GTA	2	6	7499	7504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004720	TCG	2	6	7687	7692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_004720	ATC	2	6	7745	7750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_004720	CCA	2	6	7807	7812	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_004720	AAG	2	6	7832	7837	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004720	CAA	2	6	7925	7930	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.