MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydophila caviae GPIC plasmid pCpGP1

Total Repeats: 69

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004720	AAG	2	6	691	696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839221
2	NC_004720	GAT	2	6	843	848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839221
3	NC_004720	ACA	2	6	911	916	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
4	NC_004720	ACA	2	6	984	989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
5	NC_004720	TCT	2	6	1026	1031	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839221
6	NC_004720	ACA	2	6	1354	1359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
7	NC_004720	ACA	2	6	1370	1375	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839221
8	NC_004720	ATT	2	6	1670	1675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839222
9	NC_004720	AGC	2	6	1691	1696	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839222
10	NC_004720	TAA	2	6	1769	1774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839222
11	NC_004720	AGC	2	6	1904	1909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839222
12	NC_004720	GTT	2	6	1956	1961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839222
13	NC_004720	GTT	2	6	2054	2059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839222
14	NC_004720	AAG	2	6	2227	2232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839222
15	NC_004720	TAT	3	9	2346	2354	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839222
16	NC_004720	AAT	2	6	2462	2467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839222
17	NC_004720	TGT	2	6	2658	2663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
18	NC_004720	AAC	2	6	2732	2737	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839223
19	NC_004720	GTT	2	6	2840	2845	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
20	NC_004720	GTT	2	6	2950	2955	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
21	NC_004720	GAA	2	6	3062	3067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839223
22	NC_004720	TTA	2	6	3187	3192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839223
23	NC_004720	TGC	2	6	3273	3278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839223
24	NC_004720	TGT	2	6	3350	3355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839223
25	NC_004720	ATT	2	6	3453	3458	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839223
26	NC_004720	GAG	2	6	3940	3945	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	29839224
27	NC_004720	AGA	2	6	3952	3957	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
28	NC_004720	ACC	2	6	4031	4036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	29839224
29	NC_004720	AAC	2	6	4066	4071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839224
30	NC_004720	CTT	2	6	4072	4077	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	29839224
31	NC_004720	GAC	2	6	4171	4176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	29839224
32	NC_004720	TGA	2	6	4248	4253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839224
33	NC_004720	GAA	2	6	4257	4262	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
34	NC_004720	TGT	3	9	4392	4400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839224
35	NC_004720	GTA	2	6	4528	4533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839224
36	NC_004720	AGA	2	6	4875	4880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
37	NC_004720	ATT	2	6	4953	4958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839224
38	NC_004720	ATT	3	9	4973	4981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839224
39	NC_004720	AAG	2	6	4985	4990	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839224
40	NC_004720	ATC	3	9	5011	5019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839224
41	NC_004720	GAA	2	6	5164	5169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
42	NC_004720	AGA	2	6	5183	5188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
43	NC_004720	GCT	2	6	5277	5282	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	29839225
44	NC_004720	TGG	2	6	5462	5467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839225
45	NC_004720	AAG	2	6	5470	5475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
46	NC_004720	GTT	2	6	5565	5570	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839225
47	NC_004720	GAA	2	6	5655	5660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839225
48	NC_004720	TCA	2	6	5698	5703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839225
49	NC_004720	TAT	2	6	5717	5722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839225
50	NC_004720	CAA	2	6	5845	5850	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
51	NC_004720	CAA	2	6	6096	6101	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
52	NC_004720	CAA	2	6	6106	6111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
53	NC_004720	ACA	2	6	6129	6134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839225
54	NC_004720	AAT	2	6	6138	6143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839225
55	NC_004720	ACA	2	6	6226	6231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
56	NC_004720	CAA	2	6	6294	6299	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
57	NC_004720	AAC	2	6	6311	6316	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
58	NC_004720	AAG	2	6	6349	6354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839226
59	NC_004720	AAT	2	6	6387	6392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
60	NC_004720	TAG	2	6	6463	6468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	29839226
61	NC_004720	TAT	2	6	6473	6478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	29839226
62	NC_004720	AAG	2	6	6505	6510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	29839226
63	NC_004720	AAT	2	6	6521	6526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226
64	NC_004720	ATC	2	6	6705	6710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	29839226
65	NC_004720	TGT	2	6	6731	6736	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	29839226
66	NC_004720	GTG	2	6	6889	6894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	29839226
67	NC_004720	ACA	4	12	6939	6950	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
68	NC_004720	ACA	2	6	6977	6982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	29839226
69	NC_004720	TAA	2	6	6993	6998	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	29839226

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.